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consensusID : consensus_9950#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 22 consensus length = 1009 fasta sequence
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consensusID : consensus_9950#2 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 825 fasta sequence
[CCAGATTCCTGCTGGTCCTNTTTACNCACATTTGTTTNTTCCTTATATGTTACCTTCCTGCTGGTTTNTAGCATTTTAGNGGACAAGTCCGTTTTGTAAAAGGTGGATTTAAGCCCTTGCTGCTTTAGTAATTAGTTCCTTGAGAATACATTACCAAGGTTCTGGTATGAAACCGGNACGGANTCCCAGCCCCGCTCTGTACCGCCCGAAGCTGAACGATTGTTTTTTGTGTTCATCGAACGTACAACGCTTCCTCGTTTGTTCTAGTGCGCGACTAAGCAAGTCCATTGCATGGGCGCATGCAACGGTTGAATGGTGTGCAGGCTCCAGCACAGTTACATTGTTCCAAATTCAACCGTATGCGACCCGTTCACGTTTTGATGAAGTTTTCCACCGTGGTACGCAGCTTAGCGCAGCGCACATCGGTAGATATCCTTGATGAGCGTTTTGATGCCATCGGACGAGGGAACGTCTTCCGGTGCGGTATTGAGAATCAATTTAGCTTCCACCATATAGTTGGGGCTGGGCATTTTGGTAAAGGTACTGATGCGTTTCTCCGTTTCCTTAATATCTTCCAGCAGATCAAATATCCATCCAGTTCGGTGCTACGATGCGACACTTTTGTTGTTGCCGAAGATGTATTCCCAGCCACACGGTACATAAAGCGGCGTGCCTCCTCGGAATGGTTCGATGGTGCCCGATATGAGATAGATGGAATCATGGTTAAAGTTGGGTATCACACTAATTAGGGAGTTTTCACCGATAAACTCTAGCTCGGCCGTTCCAGTCTGTTGCGCTCCTGCACGTTACACCTCTGGCGATCTG]
[-] EMBL AL696751 [CCAGATTCCTGCTGGTCCTNTTTACNCACATTTGTTTNTTCCTTATATGTTACCTTCCTGCTGGTTTNTAGCATTTTAGNGGACAAGTCCGTTTTGTAAAAGGTGGATTTAAGCCCTTGCTGCTTTAGTAATTAGTTCCTTGAGAATACATTACCAAGGTTCTGGTATGAAACCGGNACGGANTCCCAGCCCCGCTCTGTACCGCCCGAAGCTGAACGATTGTTTTTTGTGTTCATCGAACGTACAACGCTTCCTCGTTTGTTCTAGTGCGCGACTAAGCAAGTCCATTGCATGGGCGCATGCAACGGTTGAATGGTGTGCAGGCTCCAGCACAGTTACATTGTTCCAAATTCAACCGTATGCGACCCGTTCACGTTTTGATGAAGTTTTCCACCGTGGTACGCAGCTTAGCGCAGCGCACATCGGTAGATATCCTTGATGAGCGTTTTGATGCCATCGGACGAGGGAACGTCTTCCGGTGCGGTATTGAGAATCAATTTAGCTTCCACCATATAGTTGGGGCTGGGCATTTTGGTAAAGGTACTGATGCGTTTCTCCGTTTCCTTAATATCTTCCAGCAGATCAAATATCCATCCAGTTCGGTGCTACGATGCGACACTTTTGTTGTTGCCGAAGATGTATTCCCAGCCACACGGTACATAAAGCGGCGTGCCTCCTCGGAATGGTTCGATGGTGCCCGATATGAGATAGATGGAATCATGGTTAAAGTTGGGTATCACACTAATTAGGGAGTTTTCACCGATAAACTCTAGCTCGGCCGTTCCAGTCTGTTGCGCTCCTGCACGTTACACCTCTGGCGATCTG]
consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment
consensus_9950#1 ------------------------------------------------------------
consensus_9950#2 ------------------------------------------------------------
consensus_9950#0 TTTTTTTGGTTGGCTTTTACATGAAAGTATATATTTTATTCACAATCACTTTTTTACAAG 60
consensus_9950#1 ------------------------------------------------------------
consensus_9950#2 ------------------------------------------------------------
consensus_9950#0 AAAAAAGCTTTTCCTTTCTTTTAAGCCCGCATTATGATTTGAACATGTGAACAGATAAAT 120
consensus_9950#1 -------------------GTGGTCACGATTNATACCACATNTACCTTTAC--NTTGATA 39
consensus_9950#2 ------------------------CCAGATTCCTGC----TGGTCCTNTTT--ACNCACA 30
consensus_9950#0 GAAAAAAGACAATAAATTTACAGCTTTTTCCTACACCCACTGGAGTGTTATTGATTGAAA 180
* * * * *
consensus_9950#1 ----CACGCTTAANTAAGTATGTAGCNCGTACTGCTTCCTG-GTTTTTACGCCATTTTAC 94
consensus_9950#2 ----TTTGTTTN-TTCCTTATATGTTAC---CTTCCTGCTG-GTTTNTAG--CATTTTA- 78
consensus_9950#0 ACAGTATCCCTGACTGGTACGATAAAACACATAACTTACTATATCTAAACATCAATCTAT 240
* * * * * * ** * * * ** * **
consensus_9950#1 GTGGGCAA-CAATGCCCTTTTGTTNTGAAAAGGNGNGAATGTTGTAATCCGTTACGTGCC 153
consensus_9950#2 ---GNGGA-CAAGTCCGTTTTGT----AAAAGGTGGA-----TTTAAGCCCTTGC----- 120
consensus_9950#0 AAACTTACTCTCTGGCTTTAGACATTTAGTGGACAATCCTTTTTTAAGGTGATTTTATCC 300
* * ** * * * *** *
consensus_9950#1 TTCTTAAGTTATTTAGGTTTCTTGAAGNAATACATTGTACCAAGGT-CTGG-ATGAACC- 210
consensus_9950#2 TGCTTTAGTAATT--AGTTCCTTGA--GAATACATT--ACCAAGGTTCTGGTATGAAACC 174
consensus_9950#0 TTACTGCTTTAGT---ATTAGTTCTGAGAATACATT--ACCAGGGT-CTGG-ATGAACC- 352
* * * * * ** ** ******** **** *** **** ***** *
consensus_9950#1 -GGACG--ATCCCAGCCC-GCTC-GTACCGCC-GAAGCTGAACGATTGTGTTCGTTGTGT 264
consensus_9950#2 GGNACGGANTCCCAGCCCCGCTCTGTACCGCCCGAAGCTGAACGATTGTTTT--TTGTGT 232
consensus_9950#0 -GGACG--ATCCCAGCCC-GCTC-GTACCGCC-GAAGCTGAACGATTGTGTT-GTTGTGT 405
* *** ********* **** ******** **************** ** ******
consensus_9950#1 TCATCGAACGTACAAC-CTTCCTCGTTTGTTCTA---TCCGACTAAGCAAGTCCATTGCC 320
consensus_9950#2 TCATCGAACGTACAACGCTTCCTCGTTTGTTCTAGTGCGCGACTAAGCAAGTCCATTGC- 291
consensus_9950#0 TCATCGAACGTACAAC-CTTCCTCGTTTGTTCTA---TCCGACCAAGCAAGTCCATTGC- 460
**************** ***************** **** ***************
consensus_9950#1 ATGGGGGCA-GCAACGGTTGAATGGTGT--CAGCTCCAGCACAGTTACATT-TTCCAAAT 376
consensus_9950#2 ATGGGCGCATGCAACGGTTGAATGGTGTGCAGGCTCCAGCACAGTTACATTGTTCCAAAT 351
consensus_9950#0 ATGGG-GCA-GCAACGGTTGAATGGTGTG-CAGCTCCAGCACAGTTACATT-TTCCAAAT 516
***** *** ****************** ******************* ********
consensus_9950#1 TCA-CCGTATGCGACCCGTTCAC-TTTTGATGAAGTTTTCCACCGTGGTACGCAGCTTAG 434
consensus_9950#2 TCAACCGTATGCGACCCGTTCACGTTTTGATGAAGTTTTCCACCGTGGTACGCAGCTTAG 411
consensus_9950#0 TCA-CCGTATGCGACCC-TTCAC-TTTTGATGAAGTTTTCCACCGTGGTACGCAGCTTAG 573
*** ************* ***** ************************************
consensus_9950#1 CGCAGCGCACATCG-TAGATATCCTTGATGAGCGTTTTGATGCCATCGGACGAGGGAACG 493
consensus_9950#2 CGCAGCGCACATCGGTAGATATCCTTGATGAGCGTTTTGATGCCATCGGACGAGGGAACG 471
consensus_9950#0 CGCAGCGCACATCG-TAGATATCCTTGATGAGCGTTTTGATGCCATCGGACGAGGGAACG 632
************** *********************************************
consensus_9950#1 TCTTCCGGTGCGGTATTGAGAATCAATTTAGCTTCCACCATATAGTTGGGGCTGGGCATT 553
consensus_9950#2 TCTTCCGGTGCGGTATTGAGAATCAATTTAGCTTCCACCATATAGTTGGGGCTGGGCATT 531
consensus_9950#0 TCTTCCGGTGCGGTATTGAGAATCAATTTAGCTTCCACCATATAGTTGGGGCTGGGCATT 692
************************************************************
consensus_9950#1 TTGGTAAAGGTACTGATGCGTTTCTCCGTTTCCTTAATATCTTCCAGCAGATCAA-TATC 612
consensus_9950#2 TTGGTAAAGGTACTGATGCGTTTCTCCGTTTCCTTAATATCTTCCAGCAGATCAAATATC 591
consensus_9950#0 TTGGTAAAGGTACTGATGCGTTTCTCCGTTTCCTTAATATCTTCCAGCAGATCAA-TATC 751
******************************************************* ****
consensus_9950#1 CATCCAGTTCGGTGCTACGATGCGACACTTTTGTTGTTGCCGAAGATGTATTCCCAGCCA 672
consensus_9950#2 CATCCAGTTCGGTGCTACGATGCGACACTTTTGTTGTTGCCGAAGATGTATTCCCAGCCA 651
consensus_9950#0 CATCCAGTTCGGTGCTACGATGCGACACTTTTGTTGTTGCCGAAGATGTATTCCCAGCCA 811
************************************************************
consensus_9950#1 CAGCGGTACATAAAGCGGCGTGCCTCCTCGGAATGGTTCGATGGTGCCCGATATGAGATA 732
consensus_9950#2 CA-CGGTACATAAAGCGGCGTGCCTCCTCGGAATGGTTCGATGGTGCCCGATATGAGATA 710
consensus_9950#0 CAGCGGTACATAAAGCGGCGTGCCTCCTCGGAATGGTTCGATGGTGCCCGATATGAGATA 871
** *********************************************************
consensus_9950#1 GATGGAATCATGGTTAAAGTTGGGTATCACACTAATTAGGGAGTTTTCACCGATAAACT- 791
consensus_9950#2 GATGGAATCATGGTTAAAGTTGGGTATCACACTAATTAGGGAGTTTTCACCGATAAACTC 770
consensus_9950#0 GATGGAATCATGGTTAAAGTTGGGTATCACACTAATTAGGGAGTTTTCACCGATAAACTC 931
***********************************************************
consensus_9950#1 TAGCTCGGCCGTTCCA-TCTGTACGCCCTGTGCCGATTCTGC------------------ 832
consensus_9950#2 TAGCTCGGCCGTTCCAGTCTGTTGCGCTCCTGCACGTTACACCTCTGGCGATCTG----- 825
consensus_9950#0 TAGCTCGGCCGGTTCCATCTGTTGCGCTCCTGCACGTCCAATCAAAACCCAGTAGGCCAA 991
*********** * * ***** * *** *
consensus_9950#1 ------------------
consensus_9950#2 ------------------
consensus_9950#0 CAGTGCTCTTTGAATTCC 1009
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| Copyright Wed Dec 3 12:11:56 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||