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Apis mellifera
cluster # 272 cluster # 272       Sequences # 5       consensus # 2


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_272#0 length = 607 sequences # 2  
consensus_272#1 length = 470 sequences # 3  

consensusID : consensus_272#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 607
fasta sequence
                              [CCAACGATCCTATCTCGTTCCTGAGGCCACTCACTCACGCGTAGAATTTTAACCTGCACAATTTGGTTTTGTCGACCAGTCGTTGTCTCTGAGTCGGTTACAACACATCGTTACAATACAAATTAACTGTCTAAATCTGTCAATTTTTGATTTCTCTCGACATTTATTAATCGTTTATAAAAATATTTGAAACATTGGAATTTCTTATTATTGATTTTTCTGAATATTTTTCTAGTTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTTTCGAGTGCATCGTGAGTAATAGATAAGCATGATCAGTGTAGGAATGGAAGATATTGGAGATCAAAAGGAAAATTTAGTGGAGTGTATAGATTTTTAAATTTTTCAGACTTGTTTTCCTTNNNNTTTCTTTTTTTTTTTTTCCTATTTTTGGATTAAATTCTTTTTAAACTTATCTAGTAAATATGATTCAATCAATAAACAGCTGATACTCTAATCGATATGATGTAAGATTGAGATTGCAATGTAATCAAAGCTCATATTCTTAGTTTGAAAAAAAAAAAATTCATATTTTCAATGGAATAATTTTGCACTATAATATTGTTAATATTCGTATATTAAATTGA]

[+] EMBL BI512699             [CCAACGATCCTATCTCGTTCCTGAGGCCACTCACTCACGCGTAGAATTTTAACCTGCACAATTTGGTTTTGTCGACCAGTCGTTGTCTCTGAGTCGGTTACAACACATCGTTACAATACAAATTAACTGTCTAAATCTGTCAATTTTTGATTTCTCTCGACATTTATTAATCGTTTATAAAAATATTTGAAACATTGGAATTTCTTATTATTGATTTTTCTGAATATTTTTCTAGTTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTTTCGAGTGCATCGTGAGTAATAGATAAGCATGATCAGTGTAGGAATGGAAGATATTGGAGATCAAAAGGAAAATTTAGTGGAGTGTATAGATTTTTAAATTTTTCAGACTTGTTTTCCTTNNNNTTTCTTTTTTTTTTTTTCCTATTTTTGGATTAAATTCTTTTTAAACTTATCTAGTAAATATGATTCAATCAATAAACAGCTGATACTCTAATCGATATGATGTAAGATTGAGATTGCAATGTAATCAAAGCTCATATTCTTAGTTTGAAAAAAAAA                                                                 ]
[+] EMBL BI514709             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             AACTTATCTAGTAAATATGATTCAATCAATAAACAGCTGATACTCTAATCGATATGATGTAAGATTGAAATTGCAATGTAATCAAAGCTCATATTCTTAGTTTGAAAAAAAAAAAATTCATATTTTCAATGGAATAATTTTGCACTATAATATTGTTAATATTCGTATATTAAATTGA]


>consensus_272#0 CCAACGATCCTATCTCGTTCCTGAGGCCACTCACTCACGCGTAGAATTTTAACCTGCACA ATTTGGTTTTGTCGACCAGTCGTTGTCTCTGAGTCGGTTACAACACATCGTTACAATACA AATTAACTGTCTAAATCTGTCAATTTTTGATTTCTCTCGACATTTATTAATCGTTTATAA AAATATTTGAAACATTGGAATTTCTTATTATTGATTTTTCTGAATATTTTTCTAGTTTAT TTATTTATTTATTTATTTATTTTTCGAGTGCATCGTGAGTAATAGATAAGCATGATCAGT GTAGGAATGGAAGATATTGGAGATCAAAAGGAAAATTTAGTGGAGTGTATAGATTTTTAA ATTTTTCAGACTTGTTTTCCTTNNNNTTTCTTTTTTTTTTTTTCCTATTTTTGGATTAAA TTCTTTTTAAACTTATCTAGTAAATATGATTCAATCAATAAACAGCTGATACTCTAATCG ATATGATGTAAGATTGAGATTGCAATGTAATCAAAGCTCATATTCTTAGTTTGAAAAAAA AAAAATTCATATTTTCAATGGAATAATTTTGCACTATAATATTGTTAATATTCGTATATT AAATTGA



consensusID : consensus_272#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 470
fasta sequence
                              [CATATTTTCGATGGAATAATTTTGCACTATAATATTGTTAATATTCGTATATTAGATTGATTTTTAAATATGTATCGATCTTTGATCTGTAATTTTCAATTATTGATTCGACTTAAACTTTTGTATACGTTTTAATAATCGTATCACGATACTACGATTCCATAATCTCATCTGCTTATAAATTCACATGGCATCTCCTTCGAACGATTATTTTCCAAACGAGGAACAAAATATTTTGGATGACACAATATTTGACAATGGTATGTAATTCTCTTGAAAAAAAATTCTGTAATAATTTTATGATCCTTTTATAATTATAATAAAATTTAATAGCAATCTAGTTGAAATATTGTCATAAAATTTTGAAGACAAACCAAGAAGATTGAAAGAAAAAATTGTTTTATCCATCTTTTTTATTTTTCGGAATAAAAATTAAGCAAATATTTTTTAATAATTCGTTTCATTTTTCT]

[+] EMBL BI514489             [CATATTTTCGATGGAATAATTTTGCACTATAATATTGTTAATATTCGTATATTAGATTGATTTTTAAATATGTATCGATCTTTGATCTGTAATTTTCAATTATTGATTCGACTTAAACTTTTGTATACGTTTTAATAATCGTATCACGATACTACGATTCCATAATCTCATCTGCTTATAAATTCACATGGCATCTCCTTCGAACGATTATTTTCCAAACGAGGAACAAAATATTTTGGATGACACAATATTTGACAATGGTATGTAATTCTCTTGAAAAAAAATTCTGTAATAATTTTATGATCCTTTTATAATTATAATAAAATTTAATAGCAATCTAGTTGAAATATTGTCATAAAATTTTGAAGACAAACCAAGAAGATTGAAAGAAAAAATTGTTTTATCCATCTTTTTTATTTTTCGGAATAAAAATTAAGCAAATATTTTTTAATAATTCGTTTCATTTTT  ]
[+] EMBL BI514788             [      TTCGATGGAATAATTTTGCACTATAATATTGTTAATATTCGTATATTAGATTGATTTTTAAATATGTATCGATCTTTGATCTGTAATTTTCAATTATTGATTCGACTTAAACTTTTGTATACGTTTTAATAATCGTATCACGATACTACGATTCCATAATCTCATCTGCTTATAAATTCACATGGCATCTCCTTCGAACGATTATTTTCCAAACGAGGAACAAAATATTTTGGATGACACAATATTTGACAATGGTATGTAATTCTCTTGAAAAAAAATTCTGTAATAATTTTATGATCCTTTTATAATTATAATAAAATTTAATAGCAATCTAGTTGAAATATTGTCATAAAATTTTGAAGACAAACCAAGAAGATTGAAAGAAAAAATTGTTTTATCCATCTTTTTTATTTTTCGGAATAAAAATTAAGCAAATATTTTTTAATAATTCGTTTCATTTTTCT]
[+] EMBL BI514704             [                                                                                                                                                                                     ATTCACATGGCATCTCCTTCGAACGATTATTTTCCAAACGAGGAACAAAATATTTTGGATGACACAATATTTGACAATGGTATGTAATTCTCTTGAAAAAAAATTCTGTAATAATTTTATGATCCTTTTATAATTATAATAAAATTTAATAGCAATCTAGTTGAAATATTGTCATAAAATTTTGAAGACAAACCAAGAAGATTGAAAGAAAAAATTGTTTTATCCATCTTTTTTATTTTTCGGAATAAAAATTAAGCAAATATTTTTTAATAATTCGTTTCATTTTT  ]


>consensus_272#1 CATATTTTCGATGGAATAATTTTGCACTATAATATTGTTAATATTCGTATATTAGATTGA TTTTTAAATATGTATCGATCTTTGATCTGTAATTTTCAATTATTGATTCGACTTAAACTT TTGTATACGTTTTAATAATCGTATCACGATACTACGATTCCATAATCTCATCTGCTTATA AATTCACATGGCATCTCCTTCGAACGATTATTTTCCAAACGAGGAACAAAATATTTTGGA TGACACAATATTTGACAATGGTATGTAATTCTCTTGAAAAAAAATTCTGTAATAATTTTA TGATCCTTTTATAATTATAATAAAATTTAATAGCAATCTAGTTGAAATATTGTCATAAAA TTTTGAAGACAAACCAAGAAGATTGAAAGAAAAAATTGTTTTATCCATCTTTTTTATTTT TCGGAATAAAAATTAAGCAAATATTTTTTAATAATTCGTTTCATTTTTCT



consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_272#0      CCAACGATCCTATCTCGTTCCTGAGGCCACTCACTCACGCGTAGAATTTTAACCTGCACA 60
consensus_272#1      --------------------------------------------------------CATA 4
                                                                             ** *

consensus_272#0      ATTTGGTTTTGTCGACCAGTCGTTGTCTCTGAGTCGGTTACAACACATCGTTACAATACA 120
consensus_272#1      TTTTCG----ATGGAATAATTTTGCACTATAATATTGTTA----ATATTCGTATATT--A 54
                      *** *     * **  * *  *   ** * *    ****    * **   ** * *  *

consensus_272#0      AATTAACTGTCTAA-ATCTGTCAATTTTTGATTTCTCTCGACATTTATTAATCGTTTATA 179
consensus_272#1      GATTGATTTTTAAATATGTATCGATCTTTGATCT------GTAATTTTCAATTATTGATT 108
                      *** * * *  ** ** * ** ** ****** *        * ** * ***  ** ** 

consensus_272#0      AAAATATTTGAAACATTGGAATTTCTTATTATTGATTTTTCTGAATATTTTTCTAGTTTA 239
consensus_272#1      CGA----CTTAAACTTTTGTATACGTTTTAATAATCGTATCACGATACTA--CGATTCCA 162
                       *     * **** ** * **   ** * **     * **   *** *   * * *  *

consensus_272#0      TTTATTTATTTATTTATTTATTTTTCGAGTGCATCGTGAGTAATAGATAAGCATGATCAG 299
consensus_272#1      TAATCTCATCTGCTTATAAATTCAC--ATGGCATCTCCTTCGAACGATTATTTT--CCAA 218
                     *    * ** *  ****  ***     *  *****       *  *** *   *   ** 

consensus_272#0      TGTAGGAATGGAAGATATTGGAGATCAAAAGGAAAATTTAGTGGAGTGTATAGATTTTTA 359
consensus_272#1      ACGAGGAACAAAATATTTTGGATGACAC----AATATTTGACAATG-GTATG------TA 267
                        *****   ** ** *****   **     ** ****      * ****       **

consensus_272#0      AATTTTTCAGACTTGTTTTCCTTNNNNTTTCTTTTTTTTTTTTTCCTATTTTTGGATTAA 419
consensus_272#1      ATTCTCTTGAAAAAAAATTCTGTAATAATTTTATGATCCTTTT----ATAATTATAATAA 323
                     * * * *   *      ***  *     ** * *  *  ****    **  **  * ***

consensus_272#0      ATTCTTTTTAAACTTATCTAGTAAATATGATTCAATCAATAAACAGCTGATACTCTAATC 479
consensus_272#1      AAT---TTAATAGCAATCTAGTTGAAATATT---GTCA-TAAAATTTTGA-AGACAAACC 375
                     * *   ** * *   *******  * **  *    *** ****    *** *  * ** *

consensus_272#0      GATATGATGTAAGATTGAGATTGCAATGTAATCAAAGCTCATATTCTTAGTTTGAAAAAA 539
consensus_272#1      AAGAAGATTGAAAGAAAAAATTGT--TTTATCCATCTTTTTTATTTTTCG--GAATAAAA 431
                      * * ***  **     * ****   * **  **    *  **** ** *    * ****

consensus_272#0      AAAAAATTCATATTTTCAATGGAATAATTTTGCACTATAATATTGTTAATATTCGTATAT 599
consensus_272#1      ATTAAGCAAATATTTTTTAATAATTCGTTTCATTTTTCT--------------------- 470
                     *  **    *******  *   * *  ***     *                        

consensus_272#0      TAAATTGA 607
consensus_272#1      --------
                             




Data build on Fri Aug 8 13:08:45 CEST 2003 by Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)