These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Apis mellifera see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_439#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 3 consensus length = 773 fasta sequence [AATGATTTAGTTTGTCTTTTAGACACAATAATATTAATTTATAAACAAGCTGCTTGCAATATTGTAAAACCACAATTAATGGAAAGTACTTTAAAGAATACTTTTAAAACAGATGATGATAAATGTTTAATATTTTTAAATGCATGGTTTACCTATGGTAAAGGAATAATTGATCATTTTAGACAAATGTCTATATTTCCTGTTCAGGTTAAAGATATCGATTGGAGTTTAAATATTCAAGCTGCATCTTCAAGTATTAAAAAGGATGTGCGACCAATGGCATTATTGCAATTAAATTTAACAGGAGAAGACGAATCTAAATTAACATTGGAATTTGATAAAAAAGAACTCATAGATTTATATCATAATTTAGAGAGAATACAATCACAATTGGATGCTTTTAAATAATAGAAATTTGAGTATTCGGTGTACGTGTGTTTGCATCAAAGACAATCATGGGGATCAGAAACAAGCTGCAATGATGTTTTCGTATTATTATTTATTTAAAGAAATGGTTTACAATGCCGGAGAGACTGACACTCAAACGCGCACGTACGATCCACCGATCACATCTCGGTGCAGATTCTTGAATTGTTGGAAACTTAACAATAACTCAATGGCACACGAAGGTGATGGTCGATCGAGTGACAGCAATGAAAACGCAATATTATCCGAAACGAAGATAAATATCTCAAATGGGGACGCTTAACAATTAAGAATTGTCTTAGCGTTAATTTTAACATGTGGCTCATTATATATAATGAGCATCAGCA] [+] EMBL BI510476 [AATGATTTAGTTTGTCTTTTAGACACAATAATATTAATTTATAAACAAGCTGCTTGCAATATTGTAAAACCACAATTAATGGAAAGTACTTTAAAGAATACTTTTAAAACAGATGATGATAAATGTTTAATATTTTTAAATGCATGGTTTACCTATGGTAAAGGAATAATTGATCATTTTAGACAAATGTCTATATTTCCTGTTCAGGTTAAAGATATCGATTGGAGTTTAAATATTCAAGCTGCATCTTCAAGTATTAAAAAGGATGTGCGACCAATGGCATTATTGCAATTAAATTTAACAGGAGAAGACGAATCTAAATTAACATTGGAATTTGATAAAAAAGAACTCATAGATTTATATCATAATTTAGAGAGAATACAATCACAATTGGATGCTTTTAAATAATAGAAATTTGAGTATTCGGTGTACGTGTGTTTGCATCAAAGACAATCATGGGGATCAGAAACAAGCTGCAATGATGTTTTCGTATTATTATTTATTTAAAGAAATGGTTTACAATGCCGGAGAGACTGACACTCAAACGCGCACGTACGATCCACCGATCACATCTCGGTGCAGATTCTTGAATTGTTGGAAACTTAACAAT ] [-] EMBL BI506999 [ ATTGATCATTTTAGACAAATGTCTATATTTCCTGTTCAGGTTAAAGATATCGATTGGAGTTTAAATATTCAAGCTGCATCTTCAAGTATTAAAAAGGATGTGCGACCAATGGCATTATTGCAATTAAATTTAACAGGAGAAGACGAATCTAAATTAACATTGGAATTTGATAAAAAAGAACTCATAGATTTATATCATAATTTAGAGAGAATACAATCACAATTGGATGCTTTTAAATAATAGAAATTTGAGTATTCGGTGTACGTGTGTTTGCATCAAAGACAATCATGGGGATCAGAAACAAGCTGCAATGATGTTTTCGTATTATTATTTATTTAAAGAAATGGTTTACAATGCCGGAGAGACTGACACTCAAACGCGCACGTACGATCCACCGATCACATCTCGGTGCAGATTCTTGAATTGTTGGAAACTTAACAATAACTCAATGGCACACGAAGGTGATGGTCGATCGAGTGACAGCAATGAAAACGCAATATTATCCGAAACGAAGATAAATATCTCAAATGGGGACGCTTAACAATTAAGAATTGTCTTAGCGTTAATTTTAACATGTGGCTCATTATATAT ] [-] EMBL BI510089 [ AAAGAAATGGTTTACAATGCCGGAGAGACTGACACTCAAACGCGCACGTACGATCCACCGATCACATCTCGGTGCAGATTCTTGAATTGTTGGAAACTTAACAATAACTCAATGGCACACGAAGGTGATGGTCGATCGAGTGACAGCAATGAAAACGCAATATTATCCGAAACGAAGATAAATATCTCAAATGGGGACGCTTAACAATTAAGAATTGTCTTAGCGTTAATTTTAACATGTGGCTCATTATATATAATGAGCATCAGCA] consensusID : consensus_439#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 453 fasta sequence [GCAGATTCTTGAATTGTTGGAAACTTAACAATAACTCAATGGCACACGAAGGTAGGTAATTAATTAGGTTCGAACGAAAGCGTTCTACGTTTGATTATTGCACACGATCTGTACCGAGTTTCCTATGAATTTTGAGACTTTTCTTCTTAATATCGTTAAATATTACTTTTGTACCTTTAATAATTATAGAATGATTCAAACAAATGATTCAAAGTAATTATTACTTATTAATTATTACTTTGCAGGTGATGGTCGATCGAGTGACAGCAATGAAAACGCAATATTATCCGAAACGAAGATAAATATCTCAAATGGGGACGCTTAACAATTAAGAATTGTCTTAGCGTTAATTTTAACATGTGGCTCATTATATATAATGAGCATCAGCAGTATAAAGTGGATATCGTAGTATTCTAATAAAAAAAAAAAAAAAAGCAACGCGGCCGCTCCAAC] [-] EMBL BI507363 [GCAGATTCTTGAATTGTTGGAAACTTAACAATAACTCAATGGCACACGAAGGTAGGTAATTAATTAGGTTCGAACGAAAGCGTTCTACGTTTGATTATTGCACACGATCTGTACCGAGTTTCCTATGAATTTTGAGACTTTTCTTCTTAATATCGTTAAATATTACTTTTGTACCTTTAATAATTATAGAATGATTCAAACAAATGATTCAAAGTAATTATTACTTATTAATTATTACTTTGCAGGTGATGGTCGATCGAGTGACAGCAATGAAAACGCAATATTATCCGAAACGAAGATAAATATCTCAAATGGGGACGCTTAACAATTAAGAATTGTCTTAGCGTTAATTTTAACATGTGGCTCATTATATATAATGAGCATCAGCAGTATAAAGTGGATATCGTAGTATTCTAATAAAAAAAAAAAAAAAAGCAACGCGGCCGCTCCAAC] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_439#0 AATGATTTAGTTTGTCTTTTAGACACAATAATATTAATTTATAAACAAGCTGCTTGCAAT 60 consensus_439#1 ------------------------------------------------------------ consensus_439#0 ATTGTAAAACCACAATTAATGGAAAGTACTTTAAAGAATACTTTTAAAACAGATGATGAT 120 consensus_439#1 ------------------------------------------------------------ consensus_439#0 AAATGTTTAATATTTTTAAATGCATGGTTTACCTATGGTAAAGGAATAATTGATCATTTT 180 consensus_439#1 ------------------------------------------------------------ consensus_439#0 AGACAAATGTCTATATTTCCTGTTCAGGTTAAAGATATCGATTGGAGTTTAAATATTCAA 240 consensus_439#1 ------------------------------------------------------------ consensus_439#0 GCTGCATCTTCAAGTATTAAAAAGGATGTGCGACCAATGGCATTATTGCAATTAAATTTA 300 consensus_439#1 ------------------------------------------------------------ consensus_439#0 ACAGGAGAAGACGAATCTAAATTAACATTGGAATTTGATAAAAAAGAACTCATAGATTTA 360 consensus_439#1 ---------------------------------------------------GCAGATT-- 7 ***** consensus_439#0 TATCATAATTTAGAGAGAATACAATCACAATTGGATGCTTTTAAATAATAGAAATTTGAG 420 consensus_439#1 ---CTTGAATTGTTGGAAACTTAACAATAACTCAATGGCACACGAAGGTAGGTAATTAAT 64 * * * ** * ** ** * ** * *** * *** * ** * consensus_439#0 TATTCGGTGTACGTGTGTTTGCATCAAAGACAATCATGGGGATCAGAAACAAGCTGCAAT 480 consensus_439#1 TAG-----GTTCGAACGAAAGCGTTCTACGTT----TGATTATTGCACACGATCTGTACC 115 ** ** ** * ** * * ** ** * ** * *** * consensus_439#0 GATGTTTTCGTATTATTATTTATTTAAAGAAATGGTTTACAATGCCGGAGAGACTGACAC 540 consensus_439#1 GAG--TTTCCTATGAAT-----TTTGAGACTTTTCTTCTTAATATCGTTAAATATTACTT 168 ** **** *** * * *** * * ** *** ** * * ** consensus_439#0 TCAAACGCGCACGTACGATCCACCGATCACATCTCGGTGCAGATTCTTGAATTGTTGGAA 600 consensus_439#1 TTGTACCTTTAATAATTATAGAATGATT-CAAACAAATG---ATTC--AAAGTAATTATT 222 * ** * * ** * *** ** ** **** ** * * consensus_439#0 ACTTAACAATAACTCAATGGCACACGAAGGTGATGGTCGATCGAGTGACAGCAATGAAAA 660 consensus_439#1 ACTTATTAATTATTACTTTGC------AGGTGATGGTCGATCGAGTGACAGCAATGAAAA 276 ***** *** * * * ** ********************************* consensus_439#0 CGCAATATTATCCGAAACGAAGATAAATATCTCAAATGGGGACGCTTAACAATTAAGAAT 720 consensus_439#1 CGCAATATTATCCGAAACGAAGATAAATATCTCAAATGGGGACGCTTAACAATTAAGAAT 336 ************************************************************ consensus_439#0 TGTCTTAGCGTTAATTTTAACATGTGGCTCATTATATATAATGAGCATCAGCA------- 773 consensus_439#1 TGTCTTAGCGTTAATTTTAACATGTGGCTCATTATATATAATGAGCATCAGCAGTATAAA 396 ***************************************************** consensus_439#0 --------------------------------------------------------- consensus_439#1 GTGGATATCGTAGTATTCTAATAAAAAAAAAAAAAAAAGCAACGCGGCCGCTCCAAC 453 |
Data build on Fri Aug 8 13:08:45 CEST 2003 by Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) |