|
These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Oryza sativa see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_10607#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 2 consensus length = 667 fasta sequence
[TAGCAAGCTCGACTGATCATCTGAAATGGCTCGCAAGAATCTCCTTCTGCTTGGTGTCTTCCTATCTGCTCTGCTTTTCTTCTTCCTGGATGTAGCTCACGCAAGAGAGCTCGCTGAAGCCAGTGAATCTGAGGGGAAGAATGTGAAGCCAACAGGTAGGTCAGGGGTCGAGGATCAGAAGTGGGGCGGTGCTCATGGAGGAGGATATGGATATGGCGGCGGGTATGGTGGAGGAGGATATGGTCATCCTGGGTATGGTGGTGGCTATGGTGGTGGATATGGCCACCCTGGATATGGCGGTGGCTACGGAGGTGGATACGGCCAAGGATATGGCTGTGGGTATGGTCATCCTGGTCACAGTGGAGGATATGGTGGTGGTTACGGAGGTGGTTATGGTGGAGGATACGGTGGTGGGGGTGGCTACGGTGGTGGTGGAGGTTATGGAGGAGGACATGGTGGTGGTTGGCCTTAATAGGTATTCGAGTCATCTAAGTACAACTGTTAAATAAGTCAATTATGACAAACTTGTTTGAGTATGCATGCTGCTAGTAGGAACATTGTATAGTAGCAAGAAACTAGAAGAGCATCATGTTTGGTCTCTTCTTATATATGTATGTTCCTTCCAACATGTATTCTGGCTTTAAGCATAATAATATGGTATATCTGA]
[+] EMBL AK062457 [TAGCAAGCTCGACTGATCATCTGAAATGGCTCGCAAGAATCTCCTTCTGCTTGGTGTCTTCCTATCTGCTCTGCTTTTCTTCTTCCTGGATGTAGCTCACGCAAGAGAGCTCGCTGAAGCCAGTGAATCTGAGGGGAAGAATGTGAAGCCAACAGGTAGGTCAGGGGTCGAGGATCAGAAGTGGGGCGGTGCTCATGGAGGAGGATATGGATATGGCGGCGGGTATGGTGGAGGAGGATATGGTCATCCTGGGTATGGTGGTGGCTATGGTGGTGGATATGGCCACCCTGGATATGGCGGTGGCTACGGAGGTGGATACGGCCAAGGATATGGCTGTGGGTATGGTCATCCTGGTCACAGTGGAGGATATGGTGGTGGTTACGGAGGTGGTTATGGTGGAGGATACGGTGGTGGGGGTGGCTACGGTGGTGGTGGAGGTTATGGAGGAGGACATGGTGGTGGTTGGCCTTAATAGGTATTCGAGTCATCTAAGTACAACTGTTAAATAAGTCAATTATGACAAACTTGTTTGAGTATGCATGCTGCTAGTAGGAACATTGTATAGTAGCAAGAAACTAGAAGAGCATCATGTTTGGTCTCTTCTTATATATGTATGTTCCTTCCAACATGTATTCTGGCTTTAAGCATAATAATATGGTATATCTGA]
[-] EMBL CB683735 [ GATCATCTGAAATGGCTCGCAAGAATCTCCTTCTGCTTGGTGTCTTCCTATCTGCTCTGCTTTTCTTCTTCCTGGATGTAGCTCACGCAAGAGAGCTCGCTGAAGCCAGTGAATCTGAGGGGAAGAATGTGAAGCCAACAGGTAGGTCAGGGGTCGAGGATCAGAAGTGGGGCGGTGCTCATGGAGGAGGATATGGATATGGCGGCGGGTATGGTGGAGGAGGATATGGTCATCCTGGGTATGGTGGTGGCTATGGTGGTGGATATGGCCACCCTGGATATGGCGGTGGCTACGGAGGTGGATACGGCCAAGGATATGGCTGTGGGTATGGTCATCCTGGTCACAGTGGAGGATATGGTGGTGGTTACGGAGGTGGTTATGGTGGAGGATACGGTGGTGGGGGTGGCTACGGTGGTGGTGGAGGTTATGGAGGAGGACATGGTGGTGGTTGGCCTTAATAGGTATTCGAGTCATCTAAGTACAACTGTTAAATAAGTCAATTATGACAAACTTGTTTGAGTATGCATGCTGCTAGTAGGAACATTGTATAGTAGCAAGAAACTAGAAGAGCATCATGTTTGGTCTCTTCTTATATATGTATGTTCCTTCCAACATGTATTCTGGCATGAAGCATAATAATATGGTAT ]
consensusID : consensus_10607#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 3 consensus length = 631 fasta sequence
[TAGCAAGCTCGACTGATCATCTGAAATGGCTCGCAAGAATCTCCTTCTGCTTGGTGTCTTCCTATCTGCTCTGCTTTTCTTCTTCCTGGATGTAGCTCACGCAAGAGAGCTCGCTGAAGCCAGTGAATCTGAGGGGAAGAATGTGAAGCCAACAGGTAGGTCAGGGGTCGAGGATCAGAAGTGGGGCGGTGCTCATGGAGGAGGATATGGATATGGCGGCGGGTATGGTGGAGGAGGATATGGTCATCCTGGGTATGGTGGTGGCTATGGTGGTGGATATGGCCACCCTGGATATGGCGGTGGCTACGGAGGTGGATACGGCCAAGGATATGGCTGTGGGTATGGTCATCCTGGTCACAGTGGAGGATACGGTGGTGGGGGTGGCTACGGTGGTGGTGGAGGTTATGGAGGAGGACATGGTGGTGGTTGGCCTTAATAGGTATTCGAGTCATCTAAGTACAACTGTTAAATAAGTCAATTATGACAAACTTGTTTGAGTATGCATGCTGCTAGTAGGAACATTGTATAGTAGCAAGAAACTAGAAGAGCATCATGTTTGGTCTCTTCTTATATATGTATGTTCCTTCCAACATGTATTCTGGCTTTAAGCATAATAATATGGTATATCTGA]
[+] EMBL AK062964 [TAGCAAGCTCGACTGATCATCTGAAATGGCTCGCAAGAATCTCCTTCTGCTTGGTGTCTTCCTATCTGCTCTGCTTTTCTTCTTCCTGGATGTAGCTCACGCAAGAGAGCTCGCTGAAGCCAGTGAATCTGAGGGGAAGAATGTGAAGCCAACAGGTAGGTCAGGGGTCGAGGATCAGAAGTGGGGCGGTGCTCATGGAGGAGGATATGGATATGGCGGCGGGTATGGTGGAGGAGGATATGGTCATCCTGGGTATGGTGGTGGCTATGGTGGTGGATATGGCCACCCTGGATATGGCGGTGGCTACGGAGGTGGATACGGCCAAGGATATGGCTGTGGGTATGGTCATCCTGGTCACAGTGGAGGATACGGTGGTGGGGGTGGCTACGGTGGTGGTGGAGGTTATGGAGGAGGACATGGTGGTGGTTGGCCTTAATAGGTATTCGAGTCATCTAAGTACAACTGTTAAATAAGTCAATTATGACAAACTTGTTTGAGTATGCATGCTGCTAGTAGGAACATTGTATAGTAGCAAGAAACTAGAAGAGCATCATGTTTGGTCTCTTCTTATATATGTATGTTCCTTCCAACATGTATTCTGGCTTTAAGCATAATAATATGGTATATCTGA]
[+] EMBL AK104925 [TAGCAAGCTCGACTGATCATCTGAAATGGCTCGCAAGAATCTCCTTCTGCTTGGTGTCTTCCTATCTGCTCTGCTTTTCTTCTTCCTGGATGTAGCTCACGCAAGAGAGCTCGCTGAAGCCAGTGAATCTGAGGGGAAGAATGTGAAGCCAACAGGTAGGTCAGGGGTCGAGGATCAGAAGTGGGGCGGTGCTCATGGAGGAGGATATGGATATGGCGGCGGGTATGGTGGAGGAGGATATGGTCATCCTGGGTATGGTGGTGGCTATGGTGGTGGATATGGCCACCCTGGATATGGCGGTGGCTACGGAGGTGGATACGGCCAAGGATATGGCTGTGGGTATGGTCATCCTGGTCACAGTGGAGGATACGGTGGTGGGGGTGGCTACGGTGGTGGTGGAGGTTATGGAGGAGGACATGGTGGTGGTTGGCCTTAATAGGTATTCGAGTCATCTAAGTACAACTGTTAAATAAGTCAATTATGACAAACTTGTTTGAGTATGCATGCTGCTAGTAGGAACATTGTATAGTAGCAAGAAACTAGAAGAGCATCATGTTTGGTCTCTTCTTATATATGTATGTTCCTTCCAACATGTATTCTGGCTTTAAGCATAATAATATGGTATATCT ]
[+] EMBL CA766489 [ CCTTAATAGGTATTCGAGTCATCTAAGTACAACTGTTAAATAAGTCAGTTATGACAAACTTGTTTGAGTATGCATGCTGCTAGTAGGAACATTGTATAGTAGCAAGAAACTAGAAGAGCATCATGTTTGGTCTCTTCTTATATATGTATGTTCCTTCCAACATGTATTCTGGCTTTAAGCATAATAATATGGTATATC ]
consensusID : consensus_10607#2 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 625 fasta sequence
[GAAACGTCTCGCAAGAATCTCCTTCTGCTTGGTGTCTTCCTATCTGCTCTGCTTTTCTTCTTCCTGGATGTAGCTCACGCAAGAGAGCTCGCTGAAGCCAGTGAATCTGAGGGGAAGAATGTGAAGCCAACAGGTAGGTCAGGGGTCGAGGATCAGAAGTGGGGCGGTGCTCATGGAGGAGGATATGGATATGGCGGCGGGTATGGTGGAGGAGGATATGGTCATCCTGGGTATGGTGGTGGCTATGGTGGTGGATATGGCCACCCTGGATATGGCGGTGGCTACGGAGGTGGATACGGCCAAGGATATGGCTGTGGGTATGGTCATCCTGGTCACAGTGGAGGATATGGTGGTGGTTACGGAGGTGGTTATGGTGGAGGATACGGTGGTGGGGGTGGCTACCGTGGCGGCGGACGCCATACCCGCCGCCATATCCATATCCTCCTCCATGAGCACCGCCCCACTTCTGATCCTCGACCCCTGACCTACCTGTTGGCTTCACATTCTTCCCCTCAGATTCACTGGCTTCAGCGAGCTCTCTTGCGTGAGCTACATCCAGGAAGAAGAAAAGCAGAGCAGATAGGAAGACACCAAGCAGAAGGAGATTCTTGCGAGCCATTTCAGA]
[+] EMBL CB683337 [GAAACGTCTCGCAAGAATCTCCTTCTGCTTGGTGTCTTCCTATCTGCTCTGCTTTTCTTCTTCCTGGATGTAGCTCACGCAAGAGAGCTCGCTGAAGCCAGTGAATCTGAGGGGAAGAATGTGAAGCCAACAGGTAGGTCAGGGGTCGAGGATCAGAAGTGGGGCGGTGCTCATGGAGGAGGATATGGATATGGCGGCGGGTATGGTGGAGGAGGATATGGTCATCCTGGGTATGGTGGTGGCTATGGTGGTGGATATGGCCACCCTGGATATGGCGGTGGCTACGGAGGTGGATACGGCCAAGGATATGGCTGTGGGTATGGTCATCCTGGTCACAGTGGAGGATATGGTGGTGGTTACGGAGGTGGTTATGGTGGAGGATACGGTGGTGGGGGTGGCTACCGTGGCGGCGGACGCCATACCCGCCGCCATATCCATATCCTCCTCCATGAGCACCGCCCCACTTCTGATCCTCGACCCCTGACCTACCTGTTGGCTTCACATTCTTCCCCTCAGATTCACTGGCTTCAGCGAGCTCTCTTGCGTGAGCTACATCCAGGAAGAAGAAAAGCAGAGCAGATAGGAAGACACCAAGCAGAAGGAGATTCTTGCGAGCCATTTCAGA]
consensusID : consensus_10607#3 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 518 fasta sequence
[TAGCAAGCTCGACTGATCATCTGAAATGGCTCGCAAGAATCTCCTTCTGCTTGGTGTCTTCCTATCTGCTCTGCTTTTCTTCTTCCTGGATGTAGCTCACGCAAGAGAGCTCGCTGAAGCCAGTGAATCTGAGGGGAAGAATGTGAAGCCAACAGGTAGGTCAGGGGTCGAGGATCAGAAGTGGGGCGGTGCTCATGGAGGAGGATATGGATATGGCGGCGGGTATGGTGGAGGAGGATATGGTCATCCTGGTTATGGTGGAGGATACGGTGGTGGGGGTGGCTACGGTGGTGGTGGAGGTTATGGAGGAGGACATGGTGGTGGTTGGCCTTAATAGGTATTCGAGTCATCTAAGTACAACTGTTAAATAAGTCAATTATGACAAACTTGTTTGAGTATGCATGCTGCTAGTAGGAACATTGTATAGTAGCAAGAAACTAGAAGAGCATCATGTTTGGTCTCTTCTTATATATGTATGTTCCTTCCAACATGTATTCTGGCTTTAAGCATAATAATAT]
[+] EMBL AK063002 [TAGCAAGCTCGACTGATCATCTGAAATGGCTCGCAAGAATCTCCTTCTGCTTGGTGTCTTCCTATCTGCTCTGCTTTTCTTCTTCCTGGATGTAGCTCACGCAAGAGAGCTCGCTGAAGCCAGTGAATCTGAGGGGAAGAATGTGAAGCCAACAGGTAGGTCAGGGGTCGAGGATCAGAAGTGGGGCGGTGCTCATGGAGGAGGATATGGATATGGCGGCGGGTATGGTGGAGGAGGATATGGTCATCCTGGTTATGGTGGAGGATACGGTGGTGGGGGTGGCTACGGTGGTGGTGGAGGTTATGGAGGAGGACATGGTGGTGGTTGGCCTTAATAGGTATTCGAGTCATCTAAGTACAACTGTTAAATAAGTCAATTATGACAAACTTGTTTGAGTATGCATGCTGCTAGTAGGAACATTGTATAGTAGCAAGAAACTAGAAGAGCATCATGTTTGGTCTCTTCTTATATATGTATGTTCCTTCCAACATGTATTCTGGCTTTAAGCATAATAATAT]
consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment
consensus_10607#1 TAGCAAGCTCGACTGATCATCTGAAATGGCTCGCAAGAATCTCCTTCTGCTTGGTGTCTT 60
consensus_10607#3 TAGCAAGCTCGACTGATCATCTGAAATGGCTCGCAAGAATCTCCTTCTGCTTGGTGTCTT 60
consensus_10607#0 TAGCAAGCTCGACTGATCATCTGAAATGGCTCGCAAGAATCTCCTTCTGCTTGGTGTCTT 60
consensus_10607#2 ----------------------GAAACGTCTCGCAAGAATCTCCTTCTGCTTGGTGTCTT 38
**** * *******************************
consensus_10607#1 CCTATCTGCTCTGCTTTTCTTCTTCCTGGATGTAGCTCACGCAAGAGAGCTCGCTGAAGC 120
consensus_10607#3 CCTATCTGCTCTGCTTTTCTTCTTCCTGGATGTAGCTCACGCAAGAGAGCTCGCTGAAGC 120
consensus_10607#0 CCTATCTGCTCTGCTTTTCTTCTTCCTGGATGTAGCTCACGCAAGAGAGCTCGCTGAAGC 120
consensus_10607#2 CCTATCTGCTCTGCTTTTCTTCTTCCTGGATGTAGCTCACGCAAGAGAGCTCGCTGAAGC 98
************************************************************
consensus_10607#1 CAGTGAATCTGAGGGGAAGAATGTGAAGCCAACAGGTAGGTCAGGGGTCGAGGATCAGAA 180
consensus_10607#3 CAGTGAATCTGAGGGGAAGAATGTGAAGCCAACAGGTAGGTCAGGGGTCGAGGATCAGAA 180
consensus_10607#0 CAGTGAATCTGAGGGGAAGAATGTGAAGCCAACAGGTAGGTCAGGGGTCGAGGATCAGAA 180
consensus_10607#2 CAGTGAATCTGAGGGGAAGAATGTGAAGCCAACAGGTAGGTCAGGGGTCGAGGATCAGAA 158
************************************************************
consensus_10607#1 GTGGGGCGGTGCTCATGGAGGAGGATATGGATATGGCGGCGGGTATGGTGGAGGAGGATA 240
consensus_10607#3 GTGGGGCGGTGCTCATGGAGGAGGATATGGATATGGCGGCGGGTATGGTGGAGGAGGATA 240
consensus_10607#0 GTGGGGCGGTGCTCATGGAGGAGGATATGGATATGGCGGCGGGTATGGTGGAGGAGGATA 240
consensus_10607#2 GTGGGGCGGTGCTCATGGAGGAGGATATGGATATGGCGGCGGGTATGGTGGAGGAGGATA 218
************************************************************
consensus_10607#1 TGGTCATCCTGGGTATGGTGGTGGCTATGGTGGTGGATATGGCCACCCTGGATATGGCGG 300
consensus_10607#3 TGGTCATCCTGGTTATGGTGG--------------------------------------- 261
consensus_10607#0 TGGTCATCCTGGGTATGGTGGTGGCTATGGTGGTGGATATGGCCACCCTGGATATGGCGG 300
consensus_10607#2 TGGTCATCCTGGGTATGGTGGTGGCTATGGTGGTGGATATGGCCACCCTGGATATGGCGG 278
************ ********
consensus_10607#1 TGGCTACGGAGGTGGATACGGCCAAGGATATGGCTGTGGGTATGGTCATCCTGGTCACAG 360
consensus_10607#3 ------------------------------------------------------------
consensus_10607#0 TGGCTACGGAGGTGGATACGGCCAAGGATATGGCTGTGGGTATGGTCATCCTGGTCACAG 360
consensus_10607#2 TGGCTACGGAGGTGGATACGGCCAAGGATATGGCTGTGGGTATGGTCATCCTGGTCACAG 338
consensus_10607#1 TGG------------------------------------AGGATACGGTGGTGGGGGTGG 384
consensus_10607#3 ---------------------------------------AGGATACGGTGGTGGGGGTGG 282
consensus_10607#0 TGGAGGATATGGTGGTGGTTACGGAGGTGGTTATGGTGGAGGATACGGTGGTGGGGGTGG 420
consensus_10607#2 TGGAGGATATGGTGGTGGTTACGGAGGTGGTTATGGTGGAGGATACGGTGGTGGGGGTGG 398
*********************
consensus_10607#1 CTACGGTGGTGGTGGAGGTTATGGAGGAGGACATGGTGGTGGTTGGCCTTAATAGGTATT 444
consensus_10607#3 CTACGGTGGTGGTGGAGGTTATGGAGGAGGACATGGTGGTGGTTGGCCTTAATAGGTATT 342
consensus_10607#0 CTACGGTGGTGGTGGAGGTTATGGAGGAGGACATGGTGGTGGTTGGCCTTAATAGGTATT 480
consensus_10607#2 CTACCGTGGCGGCGGACGCCATACCCGCCGCCATATCCATA-TCCTCCTCCATGAGCACC 457
**** **** ** *** * ** * * *** * * *** ** * *
consensus_10607#1 -CGAGTCATCTAAGTA-CAACTGTTAAATAAGTCAATTATGACAAACTTGT----TTGAG 498
consensus_10607#3 -CGAGTCATCTAAGTA-CAACTGTTAAATAAGTCAATTATGACAAACTTGT----TTGAG 396
consensus_10607#0 -CGAGTCATCTAAGTA-CAACTGTTAAATAAGTCAATTATGACAAACTTGT----TTGAG 534
consensus_10607#2 GCCCCACTTCTGATCCTCGACCCCTGACCTACCTGTTGGCTTCACATTCTTCCCCTCAGA 517
* * *** * * ** * * * * ** * * * *
consensus_10607#1 TATGCATGCTGCTAGTAGGAACATTGTATAG----TAGCAAGAAACTAGAAGAGCAT--C 552
consensus_10607#3 TATGCATGCTGCTAGTAGGAACATTGTATAG----TAGCAAGAAACTAGAAGAGCAT--C 450
consensus_10607#0 TATGCATGCTGCTAGTAGGAACATTGTATAG----TAGCAAGAAACTAGAAGAGCAT--C 588
consensus_10607#2 TTCACTGGCTTCAGCGAGCTCTCTTGCGTGAGCTACATCCAGGAAGAAGAAAAGCAGAGC 577
* * *** * ** *** * * * ** ** **** **** *
consensus_10607#1 ATGTTTGGTCTCTTCTTATATATGTATGTTCCTTCCAACATGTATTCTGGCTTTAAGCAT 612
consensus_10607#3 ATGTTTGGTCTCTTCTTATATATGTATGTTCCTTCCAACATGTATTCTGGCTTTAAGCAT 510
consensus_10607#0 ATGTTTGGTCTCTTCTTATATATGTATGTTCCTTCCAACATGTATTCTGGCTTTAAGCAT 648
consensus_10607#2 AGATAGGAAGACACCAAGCAGAAGGAGATTCTTGCGAGC---CATTTCAGA--------- 625
* * * * * * * * * *** * * * * *** *
consensus_10607#1 AATAATATGGTATATCTGA 631
consensus_10607#3 AATAATAT----------- 518
consensus_10607#0 AATAATATGGTATATCTGA 667
consensus_10607#2 -------------------
|
| Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||