cluster # 10626

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Oryza sativa
cluster # 10626 cluster # 10626 Sequences # 7 consensus # 3

see consensus multiple alignment with clustalw

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consensus_10626#0 length = 485 sequences # 4

consensus_10626#1 length = 466 sequences # 2
consensus_10626#2 length = 455 sequences # 1

consensusID : consensus_10626#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 4
consensus length = 485
fasta sequence

                              [AATGATGATGAGGAAGTCACCACCATC-AACATCGCCGGTGTAT-CCGCT-GCAACCGTGCTGCTC-CTCATGTACTTGATG-CCATGGGCGTC-GTTTGCTGGAGC--ACCAGTGTTCCAGCCGTCGAGGTGC-AACCCTACGCTGCTGAC-GCCATGTGCGGGCC-GACGCTGTTCGGTGG-CCGGTCC-CCGGCGTGTTGCGCACAGCTGCGGGCACA-GCGGCGTGCCTATGCGCGTACGC-CGGAGCCCCAATTACGGCAGCTACATCCGGAGCCCCAACGCCAAGCGTCTCTTCACTGTTT-CGCCCTTCCCATACC-CCGGTGCTCCTAGAC-CTCAATTAGCTCATATC-GGTCACGC-CCATGGCTAT-CCTTTGGAGCTCTAGCATCATGTGCAC-AGTGTAAAATG-TTGTGACATG-AATAAAATGGTTGTCATGTTTAGTCCAAAAAATCCATGATATCAATCCCAAGATACAGTAGCTAATTCCTTTGCTAAAAA]

[+] EMBL BI794885             [AATGATGATGAGGAAGTCACCACCATC AACATCGCCGGTGTAT CCGCTGGCAACCGTGCTGCTC CTCATGTACTTGATG CCATGGGCTTC GTTTGTTGGAGCCAACCAGTGTTCC GCCGTCGAGGTGCAAACCCTACGCTGCTGACAGCCATGTGCGGGCC GACGCTGTTCGGTGGCCCGGTCC CCGGCGTGTTGCGCACAGCTGCGGGCACA GCGGCGTGCCTATGCGCGTACGC CGGAGCCCCAATTACGCAAGCTACATCCGGAGCCCCAACGCCAAGCGTCTCTTCACTGTTT CGCCCTTCCCATACC CCGGTGCTCCTAGAC CTCAATTAGCTCATATC GGTCACGC CCATGGCTAT CCTTTGGAGCTCTAGCATCATGTGCAC AGTGTAAAATG TTGTGACATG AATAAAATGGTTGTCATGTTTAGTCCAAAAAA                                                ]
[+] EMBL BI798281             [   GATGATGAGGAAGTCACCACCATCAAACATC CCGGTGTAT CCGCT  C ACCGTGCTGCTCACTCATGTACTTGATG CCATGGGCGTC GTTTGCTGGAGC  ACAAGTGTTCCAGCCGTCGAGGTGC AACCCTACGCTGCTGAC GCCATGTGCGGGCCAGACGCTGTTCGGTGG CCGGTCC CCGGCGTGTTGCGCACAGCTGCGGGCACA GCGGCGTGCCTATGCGCGTACGC CGGAGCCCCAATTACGGCAG TACATCCGGAGCCCCAAC CCAAGCGTCTCTTCACTGTTT CGCCCTTCCCATACC GCGGTGCT CTAGAC CTCAATTAGCTCATATC GGTCACGC CCATGGCTATCCCTTTGGAGCTCTAGCATCATGTGCAC AGTGTAAAATGTTTGTGACCTGAAATAAAATGGTTGTCATGTTTAG CCAAAA                                                  ]
[+] EMBL BI799162             [      GATGAGGAAGTCACCACCATC AACATCGCCGGTGTATGCCGCT GCAGCCGTGCTGCTC CTCATGTACTTGATGCCCATGGGCGTCGGTGTGGTGGAGC  ACCAGTGTTCCACCCGTCGAGGTGC AACCCTACGCTGCTGAC GCCATGTGCGGGCC GACGCTGTTCGGTGG CCGGTCCGCCGGCGTGTTGCGCACAGCTGCGGGCACAGGCGGCGTGCCTATGCGCGTACGCGCGGAGCCCCAATTACGGCAGCTACATCCGGAGCCCCAACGCCAAGCGTCTCTTCACTGTTTGCG CCTTCCCATACC GCGGTGCT CTAGAC CTCAATTAGCTCATATC GGTCACGC CCATGGCTAT CCTTTGGAGCTCTAGCATCATGTGCAC AGTGTAAAATG TTGTGACATG AATAAAATGGTTGTCATGTTTAGTCCAAAA                                                  ]
[+] EMBL BI797023             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TCCCATACCGCAGGTGCTCCTAGACACTCAATTAGCTCATATCAGGTCACGCACCATGGCTATGCCTTTGGAGCTCTAGCATCATGTGCACAAGTGTAAAATG TTGTGACATG AATAAAATGGTTGTCATGTTTAGTCCAGTGATTCCATGATATCAATCCCAAGATACAGTAGCTAATTCCTTTGCTAAAAA]




>consensus_10626#0
AATGATGATGAGGAAGTCACCACCATCAACATCGCCGGTGTATCCGCTGCAACCGTGCTG
CTCCTCATGTACTTGATGCCATGGGCGTCGTTTGCTGGAGCACCAGTGTTCCAGCCGTCG
AGGTGCAACCCTACGCTGCTGACGCCATGTGCGGGCCGACGCTGTTCGGTGGCCGGTCCC
CGGCGTGTTGCGCACAGCTGCGGGCACAGCGGCGTGCCTATGCGCGTACGCCGGAGCCCC
AATTACGGCAGCTACATCCGGAGCCCCAACGCCAAGCGTCTCTTCACTGTTTCGCCCTTC
CCATACCCCGGTGCTCCTAGACCTCAATTAGCTCATATCGGTCACGCCCATGGCTATCCT
TTGGAGCTCTAGCATCATGTGCACAGTGTAAAATGTTGTGACATGAATAAAATGGTTGTC
ATGTTTAGTCCAAAAAATCCATGATATCAATCCCAAGATACAGTAGCTAATTCCTTTGCT
AAAAA

consensusID : consensus_10626#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 466
fasta sequence

                              [AACACAAAGGCATCAATGATGATGGGGAAGTCGTCACCATCAACGTCGCCGGTGTACGCCGTTGCCGCCGCGCTGCTGCTTGTGTACTTGATGGTGGCCATGGGCGCCGGCGTGGTGGAGGCGGCGGTGGTGCCACCGTCGAGGTGCAACCCGACGCTGCTGACGCCGTGCGCGGGGCCGGCGCTGTTTGGGGGGCCGGTGCCGCCGGCATGCTGTGCACAGCTGCGGGCACAGGCGGCGTGCCTATGCGCGTACGCACGGAGCCCCAATTATGGTAGCTACATTAGGAGCCCCAACGCTAGGCGTCTCTTCGCCGTCTGCGGCCTTCCCATGCCGCAGTGCTCTTAGATCTTAATTAGCTTGCTTCGATCACACCCATGGCTATGGCTTTGGAGCTCTAGCATCATGTGCACAGTGTAAAATGTTGTGGCATGAATAAAATGGTTGTCATGTTTAGTTCAAAAAA]

[+] EMBL AK107901             [AACACAAAGGCATCAATGATGATGGGGAAGTCGTCACCATCAACGTCGCCGGTGTACGCCGTTGCCGCCGCGCTGCTGCTTGTGTACTTGATGGTGGCCATGGGCGCCGGCGTGGTGGAGGCGGCGGTGGTGCCACCGTCGAGGTGCAACCCGACGCTGCTGACGCCGTGCGCGGGGCCGGCGCTGTTTGGGGGGCCGGTGCCGCCGGCATGCTGTGCACAGCTGCGGGCACAGGCGGCGTGCCTATGCGCGTACGCACGGAGCCCCAATTATGGTAGCTACATTAGGAGCCCCAACGCTAGGCGTCTCTTCGCCGTCTGCGGCCTTCCCATGCCGCAGTGCTCTTAGATCTTAATTAGCTTGCTTCGATCACACCCATGGCTATGGCTTTGGAGCTCTAGCATCATGTGCACAGTGTAAAATGTTGTGGCATGAATAAAATGGTTGTCA                ]
[+] EMBL AU085954             [           ATCAATGATGATGGGGAAGTCGTCACCATCAACGTCGCCGGTGTACGCCGTTGCCGCCGCGCTGCTGCTTGTGTACTTGATGGTGGCCATGGGCGCCGGCGTGGTGGAGGCGGCGGTGGTGCCACCGTCGAGGTGCAACCCGACGCTGCTGACGCCGTGCGCGGGGCCGGCGCTGTTTGGGGGGCCGGTGCCGCCGGCATGCTGTGCACAGCTGCGGGCACAGGCGGCGTGCCTATGCGCGTACGCACGGAGCCCCAATTATGGTAGCTACATTAGGAGCCCCAACGCTAGGCGTCTCTTCGCCGTCTGCGGCCTTCCCATGCCGCAGTGCTCTTAGATCTTAATTAGCTTGCTTCGATCACACCCATGGCTATGGCTTTGGAGCTCTAGCATCATGTGCACAGTGTAAAATGTTGTGGCATGAATAAAATGGTTGTCATGTTTAGTTCAAAAAA]




>consensus_10626#1
AACACAAAGGCATCAATGATGATGGGGAAGTCGTCACCATCAACGTCGCCGGTGTACGCC
GTTGCCGCCGCGCTGCTGCTTGTGTACTTGATGGTGGCCATGGGCGCCGGCGTGGTGGAG
GCGGCGGTGGTGCCACCGTCGAGGTGCAACCCGACGCTGCTGACGCCGTGCGCGGGGCCG
GCGCTGTTTGGGGGGCCGGTGCCGCCGGCATGCTGTGCACAGCTGCGGGCACAGGCGGCG
TGCCTATGCGCGTACGCACGGAGCCCCAATTATGGTAGCTACATTAGGAGCCCCAACGCT
AGGCGTCTCTTCGCCGTCTGCGGCCTTCCCATGCCGCAGTGCTCTTAGATCTTAATTAGC
TTGCTTCGATCACACCCATGGCTATGGCTTTGGAGCTCTAGCATCATGTGCACAGTGTAA
AATGTTGTGGCATGAATAAAATGGTTGTCATGTTTAGTTCAAAAAA

consensusID : consensus_10626#2
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 455
fasta sequence

                              [CCGCCCACGCGTCCGCCCACGCGTCCGGAGGAAGTCACCACCAATCAAACATCGCCGGTGTATCCACCTGCACCGTGCTGCTCACTCATGTACTTGATGGCCATGGGCTCGGTGTGGTGGAGACAGCAGTGTTCCCCGTCGAGGTGCAACCCTACGCTGCTGACGCCATGTGCGGGCCAGACAGCTGTTCGGTGGGCCGGTCCGCCGGCGTGTTGCGCACAGCTCGGGCACAGGCGGCGTGCCTATGCGCGTACGCGCGGAGCCCCAATTACGGCAGTACATCCGGAGCCCCAACGCCAAGCGTCTCTTCACTGTTTCGCCTTCCCATACCGCGGTGCTCCTAGACCTCAATTAGCTCATATCGTCACGCCCATGGCTATCCTTTGGAGCTTACCATCATGTGCACAGTGTAAAATGTTGTGACATGAATAAAATGTGTCATGTTATCCAGTGAT]

[+] EMBL BI797014             [CCGCCCACGCGTCCGCCCACGCGTCCGGAGGAAGTCACCACCAATCAAACATCGCCGGTGTATCCACCTGCACCGTGCTGCTCACTCATGTACTTGATGGCCATGGGCTCGGTGTGGTGGAGACAGCAGTGTTCCCCGTCGAGGTGCAACCCTACGCTGCTGACGCCATGTGCGGGCCAGACAGCTGTTCGGTGGGCCGGTCCGCCGGCGTGTTGCGCACAGCTCGGGCACAGGCGGCGTGCCTATGCGCGTACGCGCGGAGCCCCAATTACGGCAGTACATCCGGAGCCCCAACGCCAAGCGTCTCTTCACTGTTTCGCCTTCCCATACCGCGGTGCTCCTAGACCTCAATTAGCTCATATCGTCACGCCCATGGCTATCCTTTGGAGCTTACCATCATGTGCACAGTGTAAAATGTTGTGACATGAATAAAATGTGTCATGTTATCCAGTGAT]




>consensus_10626#2
CCGCCCACGCGTCCGCCCACGCGTCCGGAGGAAGTCACCACCAATCAAACATCGCCGGTG
TATCCACCTGCACCGTGCTGCTCACTCATGTACTTGATGGCCATGGGCTCGGTGTGGTGG
AGACAGCAGTGTTCCCCGTCGAGGTGCAACCCTACGCTGCTGACGCCATGTGCGGGCCAG
ACAGCTGTTCGGTGGGCCGGTCCGCCGGCGTGTTGCGCACAGCTCGGGCACAGGCGGCGT
GCCTATGCGCGTACGCGCGGAGCCCCAATTACGGCAGTACATCCGGAGCCCCAACGCCAA
GCGTCTCTTCACTGTTTCGCCTTCCCATACCGCGGTGCTCCTAGACCTCAATTAGCTCAT
ATCGTCACGCCCATGGCTATCCTTTGGAGCTTACCATCATGTGCACAGTGTAAAATGTTG
TGACATGAATAAAATGTGTCATGTTATCCAGTGAT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_10626#0      -------------------AATGATGATGAGGAAGTCACCACCATC--AACATCGCCGGT 39
consensus_10626#2      CCGCCCACGCGTCCGC-CCACGCGTCCGGAGGAAGTCACCACCAATCAAACATCGCCGGT 59
consensus_10626#1      -----AACACAAAGGCATCAATGATGATGGGGAAGTCGTCACCATC--AACGTCGCCGGT 53
                                          *    *   * *******  *****    *** ********

consensus_10626#0      GTAT-CCGCTGCAACCGTGCTGCTC-CTCATGTACTTGATG----CCATGGGCGT-CGTT 92
consensus_10626#2      GTAT-CCACCTGCACCGTGCTGCTCACTCATGTACTTGATGG---CCATGGGCTC-GGTG 114
consensus_10626#1      GTACGCCGTTGCCGCCGCGCTGCTG-CTTGTGTACTTGATGGTGGCCATGGGCGCCGGCG 112
                       ***  **       *** ******  **  ***********    ********    *  

consensus_10626#0      TGCTGGAG-CACCAGTGTTCCAGCCGTCGAGGTGCAACCCTACGCTGCTGACGCCATGTG 151
consensus_10626#2      TGGTGGAGACAGCAGTGTTCC--CCGTCGAGGTGCAACCCTACGCTGCTGACGCCATGTG 172
consensus_10626#1      TGGTGGAGGCGGCGGTGGTGCCACCGTCGAGGTGCAACCCGACGCTGCTGACGCCGTGCG 172
                       ** ***** *  * *** * *  ***************** ************** ** *

consensus_10626#0      CGGGCC-GAC-GCTGTTCGGTGG-CCGGT-CC-CCGGCGTGTTGCGCACAGCTGCGGGCA 206
consensus_10626#2      CGGGCCAGACAGCTGTTCGGTGGGCCGGT-CCGCCGGCGTGTTGCGCACAGCT-CGGGCA 230
consensus_10626#1      CGGGGCCGGC-GCTGTTTGGGGGGCCGGTGCCGCCGGCATGCTGTGCACAGCTGCGGGCA 231
                       **** * * * ****** ** ** ***** ** ***** ** ** ******** ******

consensus_10626#0      CAG-CGGCGTGCCTATGCGCGTACGC-CGGAGCCCCAATTACGGCAGCTACATCCGGAGC 264
consensus_10626#2      CAGGCGGCGTGCCTATGCGCGTACGCGCGGAGCCCCAATTACGGCAG-TACATCCGGAGC 289
consensus_10626#1      CAGGCGGCGTGCCTATGCGCGTACGCACGGAGCCCCAATTATGGTAGCTACATTAGGAGC 291
                       *** ********************** ************** ** ** *****  *****

consensus_10626#0      CCCAACGCCAAGCGTCTCTTCACTGTTT-CGCCCTTCCCATACCCCGGTGCTCCTAGACC 323
consensus_10626#2      CCCAACGCCAAGCGTCTCTTCACTGTTT-CGCC-TTCCCATACCGCGGTGCTCCTAGACC 347
consensus_10626#1      CCCAACGCTAGGCGTCTCTTCGCCGTCTGCGGCCTTCCCATGCCGCAGTGCTCTTAGATC 351
                       ******** * ********** * ** * ** * ******* ** * ****** **** *

consensus_10626#0      TCAATTAGCTCATATCGGTCACGCCCATGGCTATC-CTTTGGAGCTCTAGCATCATGTGC 382
consensus_10626#2      TCAATTAGCTCATATCG-TCACGCCCATGGCTATC-CTTTGGAGCT-TACCATCATGTGC 404
consensus_10626#1      TTAATTAGCTTGCTTCGATCACACCCATGGCTATGGCTTTGGAGCTCTAGCATCATGTGC 411
                       * ********    *** **** ***********  ********** ** **********

consensus_10626#0      ACAGTGTAAAATGTTGTGACATGAATAAAATGGTTGTCATGTTTAGTCCAAAAAATCCAT 442
consensus_10626#2      ACAGTGTAAAATGTTGTGACATGAATAAAATG--TGTCATGTT--ATCCAGTGAT----- 455
consensus_10626#1      ACAGTGTAAAATGTTGTGGCATGAATAAAATGGTTGTCATGTTTAGTTCAAAAAA----- 466
                       ****************** *************  *********   * **   *      

consensus_10626#0      GATATCAATCCCAAGATACAGTAGCTAATTCCTTTGCTAAAAA 485
consensus_10626#2      -------------------------------------------
consensus_10626#1      -------------------------------------------