cluster # 11417

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Oryza sativa
cluster # 11417 cluster # 11417 Sequences # 9 consensus # 1
see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_11417#0 length = 1012 sequences # 9
consensusID : consensus_11417#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 9
consensus length = 1012
fasta sequence
                              [GATATCCACACCCAGCAAGGAGGATGCTGAGTTAGCAATGGCCATCAATGCCTCCATCCTGTCAGCTATAGCCGAGGGAGTGCCCGATGTTCAGCCAATAACAACGACTACTGCGACCAATGATTGGGGAAACCCTCCAAGCAACTCCCTCAATGGATGGGGCCCACCAGATACTTCTGCGCCTTCAAAGACAAGTGGCCAAGTACCAGTTGTTACATCAAGCAGTAGCACATACAATGGGTGGGACGTGCCTGGAACAAGCTCTGGCCAAAGTTCGTCCAAACACAACAAAAGCCAGAACAGCACTTTCGTGGTTCCGCAGGAGGCGCTTCCATCTCTTCCAGTCCCAACTGCGCCTCCACTTGCCGTGGGAACCTTCTACGATGGTCCTATTCAGTATCCGTCAATAGATTCCACGCCAGTCGACGTAACCATGCCTTCTGCTGACGGTGGTACAGCGGTAAGCTCTGCAAAACCTGCAGAGAACGAAGGTGATGCAAAACCTGCAGAAAGTGATGCTAATGCAAGCAACAGCGGTAACACTCCACCGGGAACCTGTGTTATTTGTTTGGATGCTCCTGTGGAAGGTGCCTGCATTCCGTGTGGTCACATGGCTGGTTGCATGTCCTGCTTGAAGGATATAGAAT-CAAAGAAATGGGGATGCCCCATTTGTCGAGCCAAG-ATTAACCAGATTATCCGCCTCTATGCAGTTTGAGCAATTCCAACAATCAAATAGTAGACATGGGAATGAACAATGGGTGTTTGTTCTTCGTTACAAGTTCTGATGGAAAAAGAAAAGCTCCATCTGTAAAGTATGTCATGCTGTCAGCTGTGATTTTGATGTTCCAATTGTACTGAAAAAATTATACATTCTGTGTTATGTGCATTACGTGAAGCTATGAACGGTAGTACGATACATTACTATAGGGAACTTGTGTACATATATATCTATGAGAACTATACAGTATACATAAGATTAATTGTTGGCTAAATTCTGCGCAGCTGGTTGTGT]

[+] EMBL AK059792             [GATATCCACACCCAGCAAGGAGGATGCTGAGTTAGCAATGGCCATCAATGCCTCCATCCTGTCAGCTATAGCCGAGGGAGTGCCCGATGTTCAGCCAATAACAACGACTACTGCGACCAATGATTGGGGAAACCCTCCAAGCAACTCCCTCAATGGATGGGGCCCACCAGATACTTCTGCGCCTTCAAAGACAAGTGGCCAAGTACCAGTTGTTACATCAAGCAGTAGCACATACAATGGGTGGGACGTGCCTGGAACAAGCTCTGGCCAAAGTTCGTCCAAACACAACAAAAGCCAGAACAGCACTTTCGTGGTTCCGCAGGAGGCGCTTCCATCTCTTCCAGTCCCAACTGCGCCTCCACTTGCCGTGGGAACCTTCTACGATGGTCCTATTCAGTATCCGTCAATAGATTCCACGCCAGTCGACGTAACCATGCCTTCTGCTGACGGTGGTACAGCGGTAAGCTCTGCAAAACCTGCAGAGAACGAAGGTGATGCAAAACCTGCAGAAAGTGATGCTAATGCAAGCAACAGCGGTAACACTCCACCGGGAACCTGTGTTATTTGTTTGGATGCTCCTGTGGAAGGTGCCTGCATTCCGTGTGGTCACATGGCTGGTTGCATGTCCTGCTTGAAGGATATAGAAT CAAAGAAATGGGGATGCCCCATTTGTCGAGCCAAG ATTAACCAGATTATCCGCCTCTATGCAGTTTGAGCAATTCCAACAATCAAATAGTAGACATGGGAATGAACAATGGGTGTTTGTTCTTCGTTACAAGTTCTGATGGAAAAAGAAAAGCTCCATCTGTAAAGTATGTCATGCTGTCAGCTGTGATTTTGATGTTCCAATTGTACTGAAAAAATTATACATTCTGTGTTATGTGCATTACGTGAAGCTATGAACGGTAGTACGATACATTACTATAGGGAACTTGTGTACATATATATCTATGAGAACTATACAGTATACATAAGATTA                                 ]
[-] EMBL CB666035             [                                       GGCCATCAATGCCTCCATCCTGTCAGCTATAGCCGAGGGAGTGCCCGATGTTCAGCCAATAACAACGACTACTGCGACCAATGATTGGGGAAACCCTCCAAGCAACTCCCTCAATGGATGGGGCCCACCAGATACTTCTGCGCCTTCAAAGACAAGTGGCCAAGTACCAGTTGTTACATCAAGCAGTAGCACATACAATGGGTGGGACGTGCCTGGAACAAGCTCTGGCCAAAGTTCGTCCAAACACAACAAAAGCCAGAACAGCACTTTCGTGGTTCCGCAGGAGGCGCTTCCATCTCTTCCAGTCCCAACTGCGCCTCCACTTGCCGTGGGAACCTTCTACGATGGTCCTATTCAGTATCCGTCAATAGATTCCACGCCAGTCGACGTAACCATGCCTTCTGCTGACGGTGGTACAGCGGTAAGCTCTGCAAAACCTGCAGAGAACGAAGGTGATGCAAAACCTGCAGAAAGTGATGCTAATGCAAGCAACAGCGGTAACACTCCACCGGGAACCTGTGTTATTTGTTTGGATGCTCCTGTGGAAGGTGCCTGCATTCCGTGTGGTCACATGGCTGGTTGCATGTCCTGCTTGAAGGATATAGAAT CAAAGAAATGGGGATGCCCCATTTGTCGAGCCAAG ATTAACCAGATTATCCGCCTCTATGCAGTTTGAGCAATTCCAACAATCAAATAGTAGACATGGGAATGAACAATGGGTGTTTGTTCTTCGTTACAAGTTCTGATGGAAAAAGAAAAGCTCCATCTGTAAAGTATGTCATGCTGTCAGCTGTGATTTTGATGTTCCAATTGTACTGAAAAAAT                                                                                                                                                    ]
[-] EMBL CB628645             [                                                                                                                                                                                                       CAAGTACCAGTTGTTACATCAAGCAGTAGCACATACAATGGGTGGGACGTGCCTGGAACAAGCTCTGGCCAAAGTTCGTCCAAACACAACAAAAGCCAGAACAGCACTTTCGTGGTTCCGCAGGAGGCGCTTCCATCTCTTCCAGTCCCAACTGCGCCTCCACTTGCCGTGGGAACCTTCTACGATGGTCCTATTCAGTATCCGTCAATAGATTCCACGCCAGTCGACGTAACCATGCCTTCTGCTGATGGTGGTACAGCGGTAAGCTCTGCAAAACCTGCAGAGAACGAAGGTGATGCAAAACCTGCAGAAAGTGATGCTAATGCAAGCAACAGCGGTAACACTCCACCGGGAACCTGTGTTATTTGTTTGGATGCTCCTGTGGAAGGTGCCTGCATTCCGTGTGGTCACATGGCTGGTTGCATGTCCTGCTTGAAGGATATAGAAT CAAAGAAATGGGGATGCCCCATTTGTCGAGCCAAG ATTAACCAGATTATCCGCCTCTATGCAGTTTGAGCAATTCCAACAATCAAATAGTAGACATGGGAATGAACAATGGGTGTTTGTTCTTCGTTACAAGTTCTGATGGAAAAAGAAAAGCTCCATCTGTAAAGTATGTCATGCTGTCAGCTGTGATTTTGATGTTCCAATTGTACTGAAAAAATTATACATTCTGTGTTATGTGCATTACGTGAAGCTATGAACGGTAGTACGATACATTACTATAGGGAACTTGTGTACATATATATCTATGAGAACTATATAGTATACATAAGATTAA                                ]
[-] EMBL CB630596             [                                                                                                                                                                                                        AAGTACCAGTTGTTACATCAAGCAGTAGCACATACAATGGGTGGGACGTGCCTGGAACAAGCTCTGGCCAAAGTTCGTCCAAACACAACAAAAGCCAGAACAGCACTTTCGTGGTTCCGCAGGAGGCGCTTCCATCTCTTCCAGTCCCAACTGCGCCTCCACTTGCCGTGGGAACCTTCTACGATGGTCCTATTCAGTATCCGTCAATAGATTCCACGCCAGTCGACGTAACCATGCCTTCTGCTGATGGTGGTACAGCGGTAAGCTCTGCAAAACCTGCAGAGAACGAAGGTGATGCAAAACCTGCAGAAAGTGATGCTAATGCAAGCAACAGCGGTAACACTCCACCGGGAACCTGTGTTATTTGTTTGGATGCTCCTGTGGAAGGTGCCTGCATTCCGTGTGGTCACATGGCTGGTTGCATGTCCTGCTTGAAGGATATAGAAT CAAAGAAATGGGGATGCCCCATTTGTCGAGCCAAG ATTAACCAGATTATCCGCCTCTATGCAGTTTGAGCAATTCCAACAATCAAATAGTAGACATGGGAATGAACAATGGGTGTTTGTTCTTCGTTACAAGTTCTGATGGAAAAAGAAAAGCTCCATCTGTAAAGTATGTCATGCTGTCAGCTGTGATTTTGATGTTCCAATTGTACTGAAAAAATTATACATTCTGTGTTATGTGCATTACGTGAAGCTATGAACGGTAGTACGATACATTACTATAGGGAACTTGTGTACATATATATCTATGAGAACTATATAGTATACATAAGATTAA                                ]
[+] EMBL BP184572             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                  AAAGCCAGAACAGCACTTTCGTGGTTCCGCAGGAGGCGCTTCCATCTCTTCCAGTCCCAACTGCGCCTCCACTTGCCGTGGGAACCTTCTACGATGGTCCTATTCAGTATCCGTCAATAGATTCCACGCCAGTCGACGTAACCATGCCTTCTGCTGACGGTGGTACAGCGGTAAGCTCTGCAAAACCTGCAGAGAACGAAGGTGATGCAAAACCTGCAGAAAGTGATGCTAATGCAAGCAACAGCGGTAACACTCCACCGGGAACCTGTGTTATTTGTTTGGATGCTCCTGTGGAAGGTGCCTGCATTCCGTGTGGTCACATGGCTGGTTGCATGTCCTGCTTGAAGGATATAGAAT CAAAGAAATGGGGATGCCCCATTTGTCGAGCCAAG ATTAACCAGATTATCCGCCTCTATGCAGTTTGAGCAATTCCAACAATCAAATAGTAGACATGGGAATGAACAATGGGTGTTTGTTCTTCGTTACAAGTTCTGATGGAAAAAGAAAAGCTCCATCTGTAAAGTATGTCATGCTGTCAGCTGTGATTTTGATGTTCCAATTGTACTGAAAAAATTATACATTCTGTGTTATGTGCATTACGTGAAGCTATGAACGGTAGTACGATACATTACTATAGGGAACTTGTGTACATATATATCTATGAGAACTATACAGTATACATA                                       ]
[-] EMBL CB637507             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               AGCTCTGCAAAACTTGCAGAGAACGAAGGTGATGCAAAACCTGCAGAAAGTGATGTTAATGCAAGCAACAGCGGTAACACTCCACCGGGAACCTGTGTTATTTGTTTGGATGCTCCTGTGGAAGGTGCCTGCATTCCGTGTGGTCACATGGCTGGTTGCATGTCCTGCTTGAAGGATATAGAAT CAAAGAAATGGGGATGCCCCATTTGTCGAGCCAAG ATTAACCAGATTATCCGCCTCTATGCAGTTTGAGCAATTCCACCAATCAAATAGTAGACATGGGAATGACCAATGGGTGTTTGTTCTTCGTTACAAGTTCTGATGGAAAAAGAAAAGCTCCATCTGTAAAGTATGTCATGCTGTCAGCTGTGATTTTGATGTTCCAATTGTACTGAAAAAATTATACATTCTGTGTTATGTGCATTACGTGAAGCTATGAACGGTAGTACGATACATTACTATAGGGAACTTGTGTACATATATATCTATGAGAACTATCCAGTATACATAAGATTAATTGTTGGCTAAATTCTGCGCAGCTGGTTGTGT]
[+] EMBL CA764073             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          GGTGATGCAAAACCTGCAGAAAGTGATGCTAATGCAAGCAACAGCGGTAACACTCCACCGGGAACCTGTGTTATTTGTTTGGATGCTCCTGTGGAAGGTGCCTGCATTCCGTGTGGTCACATGGCTGGTTGCATGTCCTGCTTGAAGGATATAGAAT CAAAGAAATGGGGATGCCCCATTTGTCGAGCCAAG ATTAACCAGATTATCCGCCTCTATGCAGTTTGAGCAATTCCAACAATCAAATAGTAGACATGGGAATGAACAATGGGTGTTTGTTCTTCGTTACAAGTTCTGATGGAAAAAGAAAAGCTCCATCTGTAAAGTATGTCATGCTGTCAGCTGTGATTTTGATGTTCCAATTGTACTGAAAAAATTATACATTCTGTGTTATGTGCATTACGTGAAGCTATGAACGGTAGTACGATACATTACTATAGGGAACTTGTGTACATATATATCTATGAGAACTATATAGTATACATAAGATTAATTGTTGGC                        ]
[+] EMBL AU055804             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    GGCTGGTTGCATGTCCTGCTTGAAGGATATAGAATCCAAAGAAATGGGGATGCCCCATTTNTCGAGCCAAG ATTAACCAGATTATCCGCCTCTATGCAGTTTGAGCAATTCCAACAATCAAATAGTAGACATGGGAATGAACAATGGGTGTTTGTTCTTCGTTACAAGTTCTGATGGAAAAAGAAAAGCTCCATCTGTAAAGTATGTCATGCTGTCAGCTGTGATTTTGATGTTCCAATTGTACTGAAAAAATTATACATTCTGTGTTATGTGCATTACGTGAAGCTATGAACGGTAGTACGATACATTACTATAGGGAACTTGTGTACATATATATCTATGAGAACTATACAGTATACATAAGATTAATTGTTGGCTAAAaaaaaaa             ]
[-] EMBL OS38171              [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TTTGTCGAGCCAAGAATTAACCAGATTATCCGCCTCTATGCAGTTTGAGCAATTCCAACAATCAAATAGTAGACAT GGAATGAACAATGGGTGTTTGTTCTTCGTTACAAGTTCTGATGGAAAAAGAAAAGCTCCATCTGTAAAGTATGTCATGCTGTCAGCTGTGATTTTGATGTTCCAATTGTACTGAAAAAATTATACATTCTGTGNTATGTGCATTACGTGAAGCTATGAASGGTAGTACGAT CATTACTATAGGGAACTTGTGTACATATATATCTATGAGAACTATATAGTATACATAAGATTAAT                               ]




>consensus_11417#0
GATATCCACACCCAGCAAGGAGGATGCTGAGTTAGCAATGGCCATCAATGCCTCCATCCT
GTCAGCTATAGCCGAGGGAGTGCCCGATGTTCAGCCAATAACAACGACTACTGCGACCAA
TGATTGGGGAAACCCTCCAAGCAACTCCCTCAATGGATGGGGCCCACCAGATACTTCTGC
GCCTTCAAAGACAAGTGGCCAAGTACCAGTTGTTACATCAAGCAGTAGCACATACAATGG
GTGGGACGTGCCTGGAACAAGCTCTGGCCAAAGTTCGTCCAAACACAACAAAAGCCAGAA
CAGCACTTTCGTGGTTCCGCAGGAGGCGCTTCCATCTCTTCCAGTCCCAACTGCGCCTCC
ACTTGCCGTGGGAACCTTCTACGATGGTCCTATTCAGTATCCGTCAATAGATTCCACGCC
AGTCGACGTAACCATGCCTTCTGCTGACGGTGGTACAGCGGTAAGCTCTGCAAAACCTGC
AGAGAACGAAGGTGATGCAAAACCTGCAGAAAGTGATGCTAATGCAAGCAACAGCGGTAA
CACTCCACCGGGAACCTGTGTTATTTGTTTGGATGCTCCTGTGGAAGGTGCCTGCATTCC
GTGTGGTCACATGGCTGGTTGCATGTCCTGCTTGAAGGATATAGAATCAAAGAAATGGGG
ATGCCCCATTTGTCGAGCCAAGATTAACCAGATTATCCGCCTCTATGCAGTTTGAGCAAT
TCCAACAATCAAATAGTAGACATGGGAATGAACAATGGGTGTTTGTTCTTCGTTACAAGT
TCTGATGGAAAAAGAAAAGCTCCATCTGTAAAGTATGTCATGCTGTCAGCTGTGATTTTG
ATGTTCCAATTGTACTGAAAAAATTATACATTCTGTGTTATGTGCATTACGTGAAGCTAT
GAACGGTAGTACGATACATTACTATAGGGAACTTGTGTACATATATATCTATGAGAACTA
TACAGTATACATAAGATTAATTGTTGGCTAAATTCTGCGCAGCTGGTTGTGT
clustalw multiple alignements is not computed in this case