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Oryza sativa
cluster # 12079 cluster # 12079       Sequences # 10       consensus # 1


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_12079#0 length = 1598 sequences # 10  

consensusID : consensus_12079#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 10
consensus length = 1598
fasta sequence
                              [CTCTCTACGAAACACAGTACAAGAAATTCATGTATATATACCCTACACACTCACACCTATGAATACGTATAGGTACGCAACAAACCACATTTATAAAAGCCAAACTTTTGCTATGTGTATCTCTATTGTAGGTGAAGATCATTAGATCAAGACCAGAGTTATATATGTTCCATCATCCTAAAACGTACTTCCAAAAGCTCTAATCATGAGCACTACTCAAGACCAAAGTGGATCATGCATGTAACAAATGAAATAAGATAAGAGTCACTGGCAAACAAAAATGTGGCATATATGCCTCTGGGCCCCAATCAAGCAAATAGGCCAACCTGGTGCCCTAATTAAGCTAGCTTGCAAAAATTCAATGGACAGGTAGATCGATCAGTGTGTGACTACCTATAGCTATATAGCTTTAGCTAGCTAGCGTCCTCACTTGTCTACAACGACGTGCCACCCACTTCTCCTCCTCACTAACACACATCCACTTATATATACACACATTTGTAATTTGTATCTATATATATTTGCAATGCTTAAGCTTGAAACCTAGCTTGAAGCTAGCTTAATTTGCTAGCCATTATAGCCTCTCATCGATATATATACCCCAATGCATATGTAATTAAGCTTGAATCCTATTTTTCTTCCTTGTTTGTGTTTTGTGTTTGTGACTTGGGTCGAATTAGTTTGAGAGAATTTGGAGGGTTTTTGGTTTTGGTTTTGATTTTG--ATTTTGATTTTGATTTAGTTTTTGAGTTACATGAACAGGTTCAGAAATGTGTTGCTACGAAAGTGCAAGAGCCTGTCACGCTCTCTCTCGAGGTCGAGCTCCTACAGGAACCTCCGATCCATGTCCACCCGGGAGCACGTCGTCGCCGGCGGCGAT-GGCGGCATTGTCGGCGGCGGCGAC-AGCAAGGCGGTGTCGGCCGGCGGCGACGGGGCGGTGGTGTTCGTCGGGAGCTCGCGGCGGCGCTACGTGATCAGCAACAAGCACCTCAGCCACCCGCTGATCGCCGCGCTCATCGACGACGACGTCCCGGCGGCGGCCGCCGGAGACGGAAAAGAAGGC-GGCGGCGGCGGTGGGGTGGTTGAGAGGAGGAGGTCGACGTCGGCAGCGACGACGACGTCGTCGTCGACCAAGCCGATCGCCGTCAACTGCGAGGTCGTGCTGTTCGACCACCTACTGTGGATGCTGGACAACGCCGTCGACCTCCGCGCCGGCGGCGACGGCGACGACGACGACGCCGCCATGAGAGAGCTCGCCCAGCTCTACGCCTACTAGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGATCATGGAGAGAGATCAGCTTAATCAACACCATCAATGTTAGTTAAGTACTCGATC-GGTACATGCGTGCATGCATGTTGTTAGTAA-TTGTTTTGATTAGTTCTTAAAATTAAC-TGCCTTGATTGATTTCATTTTTAATTTTGA-TGTTCATTTGGTTCTTGCGCGAGATCTAAAAGATTATTCGGCGCGATGAAGAAGATGATTTGATGCATGTACATGCAAAATGTATGGAACATGGTGTAGTTATTATGGTTTATGATGTTTTTCACAAAAGAAGAACAGATGAATGAATTTATGGATAGA]

[+] EMBL CB634966             [CTCTCTACGAAACACAGTACAAGAAATTCATGTATATATACCCTACACACTCACACCTATGAATACGTATAGGTACGCAACAAACCACATTTATAAAAGCCAAACTTTTGCTATGTGTATCTCTATTGTAGGTGAAGATCATTAGATCAAGACCAGAGTTATATATGTTCCATCATCCTAAAACGTACTTCCAAAAGCTCTAATCATGAGCACTACTCAAGACCAAAGTGGATCATGCATGTAACAAATGAAATAAGATAAGAGTCACTGGCAAACAAAAATGTGGCATATATGCCTCTGGGCCCCAATCAAGCAAATAGGCCAACCTGGTGCCCTAATTAAGCTAGCTTGCAAAAATTCAATGGACAGGTAGATCGATCAGTGTGTGACTACCTATAGCTATATAGCTTTAGCTAGCTAGCGTCCTCACTTGTCTACAACGACGTGCCACCCACTTCTCCTCCTCACTAACACACATCCACTTATATATACACACATTTGTAATTTGTATCTATATATATTTGCAATGCTTAAGCTTGAAACCTAGCTTGAAGCTAGCTTAATTTGCTAGCCATTATAGCCTCTCATCGATATATATACCCCAATGCATATGTAATTAAGCTTGAATCCTATTTTTCTTCCTTGTTTGTGTTTTGTGTTTGTGACTTGGGTCGAATTAGTTTGAGAGAATTTGGAGGGTTTTTGGTTTTGGTTTTGATTTTG  ATTTTGATTTTGATTTAGTTTTTGAGTTACATGAACAGGTTCAGAAATGTGTTGCTACGAAAGTGCAAGAGCCTGTCACGCTCTCTCTCGAGacttt                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ]
[+] EMBL CB634934             [           ACACAGTACAAGAAATTCATGTATATATACGCTACACACTCACACCTATGAATACGTATAGGTACGCAACAAACCACATTTATAAAAGCCAAACTTTTGCTATGTGTATCTCTATTGTAGGTGAAGATCATTAGATCAAGACCAGAGTTATATATGTTCCATCATCCTAAAACGTACTTCCAAAAGCTCTAATCATGAGCACTACTCAAGACCAAAGTGGATCATGCATGTAACAAATGAAATAAGATAAGAGTCACTGGCAAACAAAAATGTGGCATATATGCCTCTGGGCCCCAATCAAGCAAATAGGCCAACCTGGTGCCCTAATTAAGCTAGCTTGCAAAAATTCAATGGACAGGTAGATCGATCAGTGTGTGACTACCTATAGCTATATAGCTTTAGCTAGCTAGCGTCCTCACTTGTCTACAACGACGTGCCACCCACTTCTCCTCCTCACTAACACACATCCACTTATATATACACACATTTGTAATTTGTATCTATATATATTTGCAATGCTTAAGCTTGAAACCTAGCTTGAAGCTAGCTTAATTTGCTAGCCATTATAGCCTCTCATCGATATATATACCCCAATGCATATGTAATTAAGCTTGAATCCTATTTTTCTTCCTTGTTTGTGTTTTGTGTTTGTGACTTGGGTCGAATTAGTTTGAGAGAATTTGGAGGGTTTTTGGTTTTGGTTTTGATTTTG  ATTTTGATTTTGATTTAGTTTTTGAGTTACATGAACAGGTTCAGAAATGTGTTGCTACGAAAGTGCAAGAGCCTGTCACGCTCTCTCTCGAGactt                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ]
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[+] EMBL AU164662             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ccGCTTGAAACCTAGCTTGAAGCTAGCTTAATTTGCTAGCCATTATAGCCTCTCATCGATATATATACCCCAATGCATATGTAATTAAGCTTGAATCCTATTTTTCTTCCTTGTTTGTGTTTTGTGTTTGTGACTTGGGTCGAATTAGTTTGAGAGAATTTGGAGGGTTTTTGGTTTTGGTTTTGATTTTG  ATTTTGATTTTGATTTAGTTTTTGAGTTACATGAACAGGTTCAGAAATGTGTTGCTACGAAAGTGCAAGAGCCTGTCACGCTCTCTCTCGAGGTCGAGCTCCTACAGGAACCTCCGATCCATGTCCACCCGGGAGCACGTCGTCGCCGGCGGCGAT GGCGGCATTGTCGGCGGCGGCGAC AGCAAGGCGGTGTCGGCCGGCGGCGACGGGGCGGTGGTGTTCGTCGGGAGCTCGCGGCGGCGCTACGTGATCAGCAACAAGCACCTCAGCCACCCGCTGATCGCCGCGCTCATCGACGACGAC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ]
[+] EMBL OSR13691A            [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TAGCTTGAAGCTAGCTTAATTTGCTAGCCATTATAGCCTCTCATCGATATATATACCCCAATGCATATGTAATTAAGCTTGAATCCTATTTTTCTTCCTTGTTTGTGTTTTGTGTTTGTGACTTGGGTCGAATTAGTTTGAGAGAATTTGGAGGGTTTTTGGTTTTGGTTTTGATTTTG  ATTTTGATTTTGATTTAGTTTTTGAGTTACATGAACAGGTTCAGAAATGTGTTGCTACGAAAGTGCAAGAGCCTGTCACGCTCTCTCTCGAGGTCGAGCTCCTACAGGAACCTCCGATCCATGTCCAC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ]
[+] EMBL OSS15814A            [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TGCTAGCCATTATAGCCTCTCATCGATATATATACCCCAATGCATATGTAATTAAGCTTGAATCCTATTTTTCTTCCTTGTTTGTGTTTTGTGTTTGTNACTTGGGTCGAATTAGTTTGAGAGAATTTGGAGGGTTTTTGGTTTTGGTTTTGATTTTN  ATTTTNATTTTNATTTAGTTTTTGAGTTACATGAACAGGTTCAGAAATGTGTTGCTACGAAAGTGCAAGAGCCTGTCACGCTCTCTCTCGAGGTCGAGCTCCTACAGGAACCTCCGATCCATGTCCACCCGGGAGCACGTCGTCGCCGGCGG GAT GGCGGCATTGTCGGCGGCGGCGAC ANAAAGGCGGTGTCGGCCGGCGGCGACGGGGCGGTGGTGTTCGTCGGGAGCTCGCGGCGGCGCTACGTGATCAGCAACAAGCANCTCAGCCAACCG                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ]
[+] EMBL AU096602             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TGCTAGCCATTATAGCCTCTCATCGATATATATACCCCAATGCATATGTAATTAAGCTTGAATCCTATTTTTCTTCCTTGTTTGTGTTTTGTGTTTGTGACTTGGGTCGAATTAGTTTGAGAGAATTTGGAGGGTTTTTGGTTTTGGTTTTGATTTTG  ATTTTGATTTTGATTTAGTTTTTGAGTTACATGAACAGGTTCAGAAATGTGTTGCTACGAAAGTGCAAGAGCCTGTCACGCTCTCTCTCGAGGTCGAGCTCCTACAGGAACCTCCGATCCATGTCCACCCGGGAGCACGTCGTCGCCGGCGGCGAT GGCGGCATTGTCGGCGGCGGCGAC AGCAAGGCGGTGTCGGCCGGCGGCGACGGGGCGGTGGTGTTCGTCGGGAGCTCGCGGCGGCGCTACGTGATCAGCAACAAGCACCTCAGCCACCCGCTGATCGCCGCGCTCATCGACGACGAC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ]
[+] EMBL OSS14423A            [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         AGCCATTATAGCCTCTCATCGATATATATACCCCAATGCATATGTAATTAAGCTTGAATCCTATTTTTCTTCCTTGTTTGTGTTTTGTGTTTGTGACTTGGGTCGAATTAGTTTGAGAGAATTTGGAGGGTTTTTGGTTTTGGTTTTGATTTTG  ATTTTGATTTTGATTTAGTTTTTGAGTTACATGAACAGGTTCAGAAATGTGTTGCTACGAAAGTGCAAGAGCCTGTCACGCTCTCTCTCGAGGTCGAGCTCCTACAGGAACCTCCGATCCATGTCCACCCGGGAGCACGTCGTCGGCGGCCGGGATGGGCGGCATTGTCGGCGGCGGCGACAANAAAGGCGGTGTCGGCCGGC GCGACGGGGCGGTGGTG TCGTCGGGAGCTCGCGGCGGCG TACGTGATCAAGAACA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ]
[+] EMBL AU163121             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            GATTTTGGAATTTTGATTTTGATTTAGTTTTTGAGTTACATGAACAGGTTCAGAAATGTGTTGCTACGAAAGTGCAAGAGCCTGTCACGCTCTCTCTCGAGGTCGAGCTCCTACAGGAACCTCCGATCCATGTCCACCCGGGAGCACGTCGT  CCGGCGGCGAT GGCGGCATTGTCGGCGGCGGCGAC AGCAAGGCGGTGTCGGCCGGCGGCGACGGGGCGGTGGTGTTCGTCGGGAGCTCGCGGCGGCGCTACGTGATCAGCAACAAGCACCTCAGCCACCCGCTGA CGCCGCGCTCATCGACGAC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ]
[-] EMBL BI805678             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GAAAAGAAGGCTGGTGGNGGCGGTGGGGTGGTTGAGAGGAGGAGGTCGACGTCGGCAGCGACGACGACGTCGTCGTCGACCAAGCCGATCGCCGTCAACTGCGATGTCGTGCTGTTCGACCACCTGCTGTGGATGCTGGACAACGCCGTCGA CTCCGCGCCGGCGG GACGG GA GACGACGA GCCGCCATGAGAGAGCTCG CCAGCTCTACGCCTACTAGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGATCATGGAGAGAGATCAGCTTAATCAACACCATCAATGTTAGTTAAGTACTCGATCTGGTACATGCGTGCATGCATGTTGTTAGTAATTTGTTTTGATTAGTTCTTAAAATTAACTTGCCTTGATTGATTTCATTTTTAA TTTGATTGTTCATTTGGTTCTTGCcg                                                                                                                                           ]


>consensus_12079#0 CTCTCTACGAAACACAGTACAAGAAATTCATGTATATATACCCTACACACTCACACCTAT GAATACGTATAGGTACGCAACAAACCACATTTATAAAAGCCAAACTTTTGCTATGTGTAT CTCTATTGTAGGTGAAGATCATTAGATCAAGACCAGAGTTATATATGTTCCATCATCCTA AAACGTACTTCCAAAAGCTCTAATCATGAGCACTACTCAAGACCAAAGTGGATCATGCAT GTAACAAATGAAATAAGATAAGAGTCACTGGCAAACAAAAATGTGGCATATATGCCTCTG GGCCCCAATCAAGCAAATAGGCCAACCTGGTGCCCTAATTAAGCTAGCTTGCAAAAATTC AATGGACAGGTAGATCGATCAGTGTGTGACTACCTATAGCTATATAGCTTTAGCTAGCTA GCGTCCTCACTTGTCTACAACGACGTGCCACCCACTTCTCCTCCTCACTAACACACATCC ACTTATATATACACACATTTGTAATTTGTATCTATATATATTTGCAATGCTTAAGCTTGA AACCTAGCTTGAAGCTAGCTTAATTTGCTAGCCATTATAGCCTCTCATCGATATATATAC CCCAATGCATATGTAATTAAGCTTGAATCCTATTTTTCTTCCTTGTTTGTGTTTTGTGTT TGTGACTTGGGTCGAATTAGTTTGAGAGAATTTGGAGGGTTTTTGGTTTTGGTTTTGATT TTGATTTTGATTTTGATTTAGTTTTTGAGTTACATGAACAGGTTCAGAAATGTGTTGCTA CGAAAGTGCAAGAGCCTGTCACGCTCTCTCTCGAGGTCGAGCTCCTACAGGAACCTCCGA TCCATGTCCACCCGGGAGCACGTCGTCGCCGGCGGCGATGGCGGCATTGTCGGCGGCGGC GACAGCAAGGCGGTGTCGGCCGGCGGCGACGGGGCGGTGGTGTTCGTCGGGAGCTCGCGG CGGCGCTACGTGATCAGCAACAAGCACCTCAGCCACCCGCTGATCGCCGCGCTCATCGAC GACGACGTCCCGGCGGCGGCCGCCGGAGACGGAAAAGAAGGCGGCGGCGGCGGTGGGGTG GTTGAGAGGAGGAGGTCGACGTCGGCAGCGACGACGACGTCGTCGTCGACCAAGCCGATC GCCGTCAACTGCGAGGTCGTGCTGTTCGACCACCTACTGTGGATGCTGGACAACGCCGTC GACCTCCGCGCCGGCGGCGACGGCGACGACGACGACGCCGCCATGAGAGAGCTCGCCCAG CTCTACGCCTACTAGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGATCATGGAGAGAGATCAGCTTAAT CAACACCATCAATGTTAGTTAAGTACTCGATCGGTACATGCGTGCATGCATGTTGTTAGT AATTGTTTTGATTAGTTCTTAAAATTAACTGCCTTGATTGATTTCATTTTTAATTTTGAT GTTCATTTGGTTCTTGCGCGAGATCTAAAAGATTATTCGGCGCGATGAAGAAGATGATTT GATGCATGTACATGCAAAATGTATGGAACATGGTGTAGTTATTATGGTTTATGATGTTTT TCACAAAAGAAGAACAGATGAATGAATTTATGGATAGA



clustalw multiple alignements is not computed in this case


Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)