cluster # 13998

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Oryza sativa
cluster # 13998 cluster # 13998 Sequences # 14 consensus # 3

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_13998#0 length = 1615 sequences # 12

consensus_13998#1 length = 676 sequences # 1
consensus_13998#2 length = 615 sequences # 1

consensusID : consensus_13998#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 12
consensus length = 1615
fasta sequence

                              [TCTCTCTCTCTCTCCCGTTCGTGCGTGCTAGCTAGGGCATCTCGTCGCATTGATGCAGCAGCCGCCGTCGCAGCCGCAGCCCGGCATGGGCGGCCCGCCTCCGCCGCCACAGGGCGCGGCGGGGCAGCCGCCGCAGTGGGGCGCGATCCCGCCGCCGATGCCGCCGCACCAGTACGGCGCGCCGCCGCCCCAGCAGCCGCCGGCGATGTGGGGCCAGCCCCCGCCGCAGGCGCAC-TACGGGCAGGTGCCCCCGCCCCAGCCGTACTACGCCGCGCCACCGCCGCAGGCGATGCCCGCCCCCGCGGCCGCGGACGAGGTGAAGACGCTCTGGATCGGCGACCTGCAGCCCTGGATGGACGAGAGCTACATCTACAACTGCTTCGCGGCCACCGGGGAGGTTCAATCTGTGAAGCTTATCCGGGACAAACAAAGTGGACAGCTTCAGGGTTATGGCTTTGTTGAGTTTACAAGTCGTGCAGCTGCTGATCGAATTCTTCAGACTTATAATGGACAGATGATGCCGAATGTTGAGATGGTCTTCCGATTGAATTGGGCCAGTGCTGGCGAGAAGCGTGATGATACCCCTGACTACACCATTTTTGTCGGGGATTTGGCTGCAGATGTTACAGACTACCTACTACAAGAGACATTCAGGGTCCATTACCCTTCGGTTAAGGGTGCAAAAGTTGTAACTGACAAAATGACAATGCGTTCAAAGGGTTATGGGTTTGTGAAATTTGGTGATCCTACAGAGCAAGCTCGTGCGATGACTGAAATGAATGGAATGCTTTGCTCTTCCAGACCGATGCGTATTGGTCCAGCGGCAAATAAGAAAACAACAGGGGTTCAGGAGAGAGTACCAAATGCTCAAGGAGCTCAGTCTGAGAATGATCCTAACAATACCACCATATTCGTTGGTGGTCTTGACCCCAACGTCACTGAAGATGTCTTGAAACAAGTTTTCGCTCCTTATGGAGAAGTTGTCCATGTTAAGATTCCTGTTGGGAAAAGATGTGGTTTTGTTCAATATGTTAACAGGCCTTCTGCTGAGCAAGCACTGGCAGTGCTACAAGGGACCTTGATTGGTGGGCAGAATGTTAGACTTTCGTGGGGTCGAAGCCTTTCAAACAAACAGCCTCAGCACGACTCGAATCAGTGG------GGTGCTGGTGCTGGTGCTGGTGGTTACTATGGTGGCTATGGACAAGGTTATGAGGCTTATGGTGGGTATGCACAACCTCAGGATCCTAACATGTATGGTTATGGAGCCTATGCTGGTTATCCCAATTACCAACAGCAACAAGTAGCACAGCAGCAGCCGCCGCAGCAGTGAGCCCTGTTTGATCGATCGCGTCTTTGGGCTGTGAGGCACACAACCCATTTCAAGCTACAGCTTTAGCTATGTTATTGCTATTCTCAATAGAGAGACGGTTTCTGAAGACTCCAGATTTCGATTGAGGTTTTAATGTATGAACTGTATTATGATTATGAACAACGGATGCTGCCATATCGTGGTTCCTATATTGAGTCATGTATTTTGAAAACATATCCTCTGTTTCCATCTCACCCTTATCATCGATTATTATTATTGCTAAAAAAAAAAAAAAAAAANAAAAAA]

[+] EMBL AK120834             [TCTCTCTCTCTCTCCCGTTCGTGCGTGCTAGCTAGGGCATCTCGTCGCATTGATGCAGCAGCCGCCGTCGCAGCCGCAGCCCGGCATGGGCGGCCCGCCTCCGCCGCCACAGGGCGCGGCGGGGCAGCCGCCGCAGTGGGGCGCGATCCCGCCGCCGATGCCGCCGCACCAGTACGGCGCGCCGCCGCCCCAGCAGCCGCCGGCGATGTGGGGCCAGCCCCCGCCGCAGGCGCAC TACGGGCAGGTGCCCCCGCCCCAGCCGTACTACGCCGCGCCACCGCCGCAGGCGATGCCCGCCCCCGCGGCCGCGGACGAGGTGAAGACGCTCTGGATCGGCGACCTGCAGCCCTGGATGGACGAGAGCTACATCTACAACTGCTTCGCGGCCACCGGGGAGGTTCAATCTGTGAAGCTTATCCGGGACAAACAAAGTGGACAGCTTCAGGGTTATGGCTTTGTTGAGTTTACAAGTCGTGCAGCTGCTGATCGAATTCTTCAGACTTATAATGGACAGATGATGCCGAATGTTGAGATGGTCTTCCGATTGAATTGGGCCAGTGCTGGCGAGAAGCGTGATGATACCCCTGACTACACCATTTTTGTCGGGGATTTGGCTGCAGATGTTACAGACTACCTACTACAAGAGACATTCAGGGTCCATTACCCTTCGGTTAAGGGTGCAAAAGTTGTAACTGACAAAATGACAATGCGTTCAAAGGGTTATGGGTTTGTGAAATTTGGTGATCCTACAGAGCAAGCTCGTGCAATGACTGAAATGAATGGAATGCTTTGCTCTTCCAGACCGATGCGTATTGGTCCAGCGGCAAATAAGAAAACAACAGGGGTTCAGGAGAGAGTACCAAATGCTCAAGGAGCTCAGTCTGAGAATGATCCTAACAATACCACCATATTCGTTGGTGGTCTTGACCCCAACGTCACTGAAGATGTCTTGAAACAAGTTTTCGCTCCTTATGGAGAAGTTGTCCATGTTAAGATTCCTGTTGGGAAAAGATGTGGTTTTGTTCAATATGTTAACAGGCCTTCTGCTGAGCAAGCACTGGCAGTGCTACAAGGGACCTTGATTGGTGGGCAGAATGTTAGACTTTCGTGGGGTCGAAGCCTTTCAAACAAACAGCCTCAGCACGACTCGAATCAGTGG      GGTGCTGGTGCTGGTGCTGGTGGTTACTATGGTGGCTATGGACAAGGTTATGAGGCTTATGGTGGGTATGCACAACCTCAGGATCCTAACATGTATGGTTATGGAGCCTATGCTGGTTATCCCAATTACCAACAGCAACAAGTAGCACAGCAGCAGCCGCCGCAGCAGTGAGCCCTGTTTGATCGATCGCGTCTTTGGGCTGTGAGGCACACAACCCATTTCAAGCTACAGCTTTAGCTATGTTATTGCTATTCTCAATAGAGAGACGGTTTCTGAAGACTCCAGATTTCGATTGAGGTTTTAATGTATGAACTGTATTATGATTATGAACAACGGATGCTGCCATATCGTGGTTCCTATATTGAGTCATGTATTTTGAAAACATATCCTCTGTTTCCATCTCACCCTTATCATCGATTAT                                   ]
[+] EMBL AU064053             [          TCTCCCGTTCGTGCGTGCTAGCTAGGGCATCTCGTCGCATTGATGCAGCAGCCGCCGTCGCAGCCGCAGCCCGGCATGGGCGGCCCGNCTCCGCCGCCACAGGGCGCGGCGGGGCAGCCG CGATGTGGGGCGCGATCCCGCCGCCGATGCCGCCGCACCAGTACGGCGCGCCG CGCCCCAGCAGCCGCCGGCGATGTGGGGCCAGCCCCCGNCGCA   GCACTTACGGGCA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ]
[+] EMBL CB669959             [          TCTCCCGTTCGAGCGTGCTAGCTAGGGCATCTCGTCGCATTGATGCAGCAGCCGCCGTCGCAGCCGCAGCCCGGCATGGGCGGCCCGCCTCCGCCGCCACAGGGCGCGGCGGGGCAGCCGCCGCAATGGGGCGCAATCCCGCCGCCGATGCCGCCGCACCAGTACGGCGCGCCGCCGCCCCAGCAGCCGCCGGCGATGTGGGGCCAGCCCCCGCCGCAGGCGCAC TACGGGCAGGTGCCCCCGCCCCAGCCGTACTACGCCGCGCCACCGCCGCAGGCGATGCCCGCCCCCGCGGCCGCGGACGAGGTGAAGACGCTCTGGATCAGCGACCTGCAGCCCTGGATGGACGAGAGCTACATCTACAACTGCTTCGCGGCCACCGGGGAGGTTCAATCTGTGAAGCTTATCCGGGACAAACAAAGTGGACAGCTTCAGGGTTATGGCTTTGTTGAGTTTACAAGTCGTGCAGCTGCTGATCGAATTCTTCAGACTTATAATGGACAGATGATGCCGAATGTTGAGATGGTCTTCCGATTGAATTGGGCCAGAGCTGGCGAGAAGCGTGATGATACCCCTGACTACACCATTTTTGTCGGGGATTTGGCTGCAGATGTTACAGACTACCTACTACAAGAGACATTCAGGGTCCATTACCCTTCGGTTAAGGGTGCAAGAGTTGTAACTGACAAAATGA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ]
[+] EMBL CB621120             [                      GCGCGTTAGCTAGGGCATCTCGTCGCCATGATGCAGCAGCCGCCGTCGCAGCCGCAGCCCGGCATGGGCGGCCCGCCTCCGCCGCCGCAGGGCGCGGCTGGGCAGCCGCCGCAGTGGGGCGCGATCCCGCCGCCGATGCCGCCGCACCAGTACGGCGCGCCGCCGCCCCAGCAGCCGCCGGCGATGTGGGGCCAGCCCCCGCCGCAGGCGCAC TACGGGCAGGTGCCCCCGCCCCAGCCGTACTACGCCGCGCCACCGCCGCAGGCGATGCCCGCCCCCGCGGCCGCGGACGAGGTGAAGACGCTCTGGATCGGCGACCTGCAGCCCTGGATGGACGAGAGCTACATCTACAACTGCTTCGCGGCCACCGGGGAGGTTCAATCTGTGAAGCTTATCCGGGACAAACAAAGTGGACAGCTTCAGGGTTATGGCTTTGTTGAGTTTACAAGTCGTGCAGCTGCTGATCGAATTCTTCAGACTTATAATGGACAGATGATGCCGAATGTTGAGATGGTCTTCCGATTGAATTGGGCCAGTGCTGGCGAGAAGCGTGATGATACCCCTGACTACACCATTTTTGTTGGGGATTTGGCTGCAGATGTTACAGACTACCTACTACAAGAGACATTCCGGGTCCATTACCCTTCGGTTAAGGGTGCAAAAGTTGTAACTGACAAAATGACAATGCGTTCAAAGGGTTATGGGTTTGTGAAATTTGGTGATCCTACAGAGCAAGCTCGTGCGATGACTGAAATGAATGGAA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ]
[+] EMBL CB620965             [                      gcgcctTAACAAGGGCATCTCGTCGCCATGATGCAGCAGCCGCCGTCGCAGCCGCAGCCCGGCATGGGCGGCCCCCCTCCGCCGCCGCAGGGCGCGGCTGGGCAGCCGCCGCAGTGGGGCGCGATCCCGCCGCCGATGCCGCCGCACCAGTACGGCGCGCCGCCGCCCCAGCAGCCGCCGGCGATGTGGGGCCAGCCCCCGCCGCAGGCGCAC TACGGGCAGGTGCCCCCGCCCCAGCCGTACTACGCCGCGCCACCGCCGCAGGCGATGCCCGCCCCCGCGGCCGCGGACGAGGTGAAGACGCTCTGGATCGGCGACCTGCAGCCCTGGATGGACGAGAGCTACATCTACAACTGCTTCGCGGCCACCGGGGAGGTTCAATCTGTGAAGCTTATCCGGGACAAACAAAGTGGACAGCTTCAGGGTTATGGCTTTGTTGAGTTTACAAGTCGTGCAGCTGCTGATCGAATTCTTCAGACTTATAATGGACAGATGATGCCGAATGTTGAGATGGTCTTCCGATTGAATTGGGCCAGTGCTGGCGAGAAGCGTGATGATACCCCTGACTACACCATTTTTGTTGGGGATTTGGCTGCAGATGTTACAGACTACCTACTACAAGAGACATTCCGGGTCCATTACCCTTCGGTTAAGGGTGCAAAAGTTGTAACTGACAAAATGACAATGCGTTCAAAGGGTTATGGGTTTGTGAAATTTGGTGATCCTACAGAGCAAGCTCGTGCGATGACTGAAATGAATGGAATGC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ]
[+] EMBL CB669943             [                                             CGCATTGATCCAGCAGGCGCCGTCGCAGCCGCAGCCCGGCATGGGCGGCCCGCCTCCGCCGCCACAGGGCGCGGCGGGGCAGCCGCCGCAGTGGGGCGCGATCCCGCCGCCGATGCCGCCGCACCAGTACGGAGCGCCGCCGCCCCAGCAGCCGCCGGCGATGTGGGGCCAGCCCCCGCCGCAGGCGCAC TACGGGCAGGTGCCCCCGCCCCAACCGTACTACGCCGCGCCACCGCCGCAGGCGATGCCCGCCCCCGCGGCCGCGGACGAGGTGAAGACGCTCTGGATCGGCGACCTGCAGCCCTGGATGGACGAGAGCTACATCTACAACTGCTTCGCGGCCACCGGGGAGGTTCAATCTGTGAAGCTTATCCGGGACAAACAAAGTGGACAGCTTCAGGGTTATGGCTTTGTTGAGTTTACAAGTCGTGCAGCTGCTGATCGAATTCTTCACACTTATAATGGACAGATGATGCCGAATGTTGAGATGGTCTTCCGATTGAATTGGGCCAGTGCTGGCGAGAAGCGTGATGATACCCCTGACTACACCATTTTTGTCGGGGATTTGGCTGCAGATGTTACAGACTACCTACTACGAGAGACATTCAGGGTCCATTACCCTTCGGTTAAGGGTGCAAAAGTTGTAAC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ]
[+] EMBL BP184685             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  AGACTTATAATGGACAGATGATGCCGAATGTTGAGATGGTCTTCCGATTGAATTGGGCCAGTGCTGGCGAGAAGCGTGATGATACCCCTGACTACACCATTTTTGTCGGGGATTTGGCTGCAGATGTTACAGACTACCTACTACAAGAGACATTCAGGGTCCATTACCCTTCGGTTAAGGGTGCAAAAGTTGTAACTGACAAAATGACAATGCGTTCAAAGGGTTATGGGTTTGTGAAATTTGGTGATCCTACAGAGCAAGCTCGTGCAATGACTGAAATGAATGGAATGCTTTGCTCTTCCAGACCGATGCGTATTGGTCCAGCGGCAAATAAGAAAACAACAGGGGTTCAGGAGAGAGTACCAAATGCTCAAGGAGCTCAGTCTGAGAATGATCCTAACAATACCACCATATTCGTTGGTGGTCTTGACCCCAACGTCACTGAAGATGTCTTGAAACAAGTTTTCGCTCCTTATGGAGAAGTTGTCCATGTTAAGATTCCTGTTGGGAAAAGATGTGGTTTTGTTCAATATGTTAACAGGCCTTCTGCTGAGCAAGCACTGGCAGT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ]
[-] EMBL CB620966             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           GTGAAATTTGGTGATCCTACAGAGCAAGCTCGTGCGATGACTGAAATGAATGGAATGCTTTGTTCTTCCAGACCGATGCGTATTGGTCCAGCGGCAAATAAGAAAACAACAGGGGTTCAGGAGAGAGTACCAAATGCTCAAGGAGCTCAGTCTGAGAATGATCCTAACAATACCACCATATTCGTTGGTGGCCTTGACCCCAGCGTCACTGAAGATGTCTTGAAACAAGTTTTCGCTCCTTATGGAGAAGTTGTCCATGTTAAGATTCCTGTTGGGAAAAGATGTGGTTTTGTTCAATATGTTAACAGGCCTTCTGCTGAGCAAGCACTGGCAGTGCTACAAGGGACCTTGATTGGTGGGCAGAATGTTAGACTTTCATGGGGTCGAAGCCTTTCAAACAAACAGCCTCAGCATGACTCGAATCAGTGGGGTGCTGGTGCTGGTGCTGGTGCTGGTGGTTACTATGGTGGCTATGGACAAGGTTATGAGGCTTATGGTGGGTATGCACAACCTCAGGATCCTAACATGTATGGTTATGGAGCCTATGCTGGTTATCCCAATTACCAACAGCAACAAGTAGCACAGCAGCAGCCGCCGCAGCAGTGAGCCCTGTTTGATCGATCGCGTCTTTGGGCTGTGAGGCACACAACCCATTTCAAGCTACAGCTTTAGCTATGTTATTGCTATTCTCAATAGAGAGACGGTTTCTGAAGACTCCAGATTTCGATTGAGGTTTTAATGTATGAACTGTATTATGATTATGAACAACGGATGCTGCCATA                                                                                                             ]
[-] EMBL CB621121             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GGTCCAGCGGCAAATAAGAAAACAACAGGGGTTCAGGAGAGAGTACCAAATGCTCAAGGAGCTCAGTCTGAGAATGATCCTAACAATACCACCATATTCGTTGGTGGCCTTGACCCCAGCGTCACTGAAGATGTCTTGAAACAAGTTTTCGCTCCTTATGGAGAAGTTGTCCATGTTAAGATTCCTGTTGGGAAAAGATGTGGTTTTGTTCAATATGTTAACAGGCCTTCTGCTGAGCAAGCACTGGCAGTGCTACAAGGGACCTTGATTGGTGGGCAGAATGTTAGACTTTCATGGGGTCGAAGCCTTTCAAACAAACAGCCTCAGCATGACTCGAATCAGTGGGGTGCTGGTGCTGGTGCTGGTGCTGGTGGTTACTATGGTGGCTATGGACAAGGTTATGAGGCTTATGGTGGGTATGCACAACCTCAGGATCCTAACATGTATGGTTATGGAGCCTATGCTGGTTATCCCAATTACCAACAGCAACAAGTAGCACAGCAGCAGCCGCCGCAGCAGTGAGCCCTGTTTGATCGATCGCGTCTTTGGGCTGTGAGGCACACAACCCATTTCAAGCTACAGCTTTAGCTATGTTATTGCTATTCTCAATAGAGAGACGGTTTCTGAAGACTCCAGATTTCGATTGAGGTTTTAATGTATGAACTGTATTATGATTATGAACAACGGATGCTGCCATA                                                                                                             ]
[-] EMBL CB680967             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           AATAAGAAAACAACAGGGGTTCAGGAGAGAGTACCAAATGCTCAAGGAGCTCAGTCTGAGAATGATCCTAACAATACCACCATATTCGTTGGTGGTCTTGACCCCAACGTCACTGAAGATGTCTTGAAACAAGTTTTCGCTCCTTATGGAGAAGTTGTCCATGTTAAGATTCCTGTTGGGAAAAGATGTGGTTTTGTTCAATATGTTAACAGGCCTTCTGCTGAGCAAGCACTGGCAGTGCTACAAGGGACCTTGATTGGTGGGCAGAATGTTAGACTTTCGTGGGGTCGAAGCCTTTCAAACAAACAGCCTCAGCACGACTCGAATCAGTGG      GGTGCTGGTGCTGGTGCTGGTGGTTACTATGGTGGCTATGGACAAGGTTATGAGGCTTATGGTGGGTATGCACAACCTCAGGATCCTAACATGTATGGTTATGGAGCCTATGCTGGTTATCCCAATTACCAACAGCAACAAGTAGCACAGCAGCAGCCGCCGCAGCAGTGAGCCCTGTTTGATCGATCGCGTCTTTGGGCTGTGAGGCACACAACCCATTTCAAGCTACAGCTTTAGCTATGTTATTGCTATTCTCAATAGAGAGACGGTTTCTGAAGACTCCAGATTTCGATTGAGGTTTTAATGTATGAACTGTATTATGATTATGAACAACGGATGCTGCCAT                                                                                                              ]
[+] EMBL AK058671             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TTTAGCTATGTTATTGCTATTCTCAATAGAGAGACGGTTTCTGAAGACTCCAGATTTCGATTGAGGTTTTAATGTATGAACTGTATTATGATTATGAACAACGGATGCTGCCATATCGTGGTTCCTATATTGAGTCATGTATTTTGAAAACATATCCTCTGTTTCCATCTCACCCTTATCATCGATTATTATT                               ]
[+] EMBL AU058337             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TGCTATTCTCAATAGAGAGACGGTTTCTGAAGACTCCAGATTTCGATTGAGGTTTTAATGTATGAACTGTATTATGATTATGAACAACGGATGCTGCCATATCGTGGTTCCTATATTGAGTCATGTATTTTGAAAACATATCCTCTGTTTCCATCTCACCCTTATCATCGATTATTATTATTGCTAAAAAAAAAAAAAAAAAANAAAAAA]




>consensus_13998#0
TCTCTCTCTCTCTCCCGTTCGTGCGTGCTAGCTAGGGCATCTCGTCGCATTGATGCAGCA
GCCGCCGTCGCAGCCGCAGCCCGGCATGGGCGGCCCGCCTCCGCCGCCACAGGGCGCGGC
GGGGCAGCCGCCGCAGTGGGGCGCGATCCCGCCGCCGATGCCGCCGCACCAGTACGGCGC
GCCGCCGCCCCAGCAGCCGCCGGCGATGTGGGGCCAGCCCCCGCCGCAGGCGCACTACGG
GCAGGTGCCCCCGCCCCAGCCGTACTACGCCGCGCCACCGCCGCAGGCGATGCCCGCCCC
CGCGGCCGCGGACGAGGTGAAGACGCTCTGGATCGGCGACCTGCAGCCCTGGATGGACGA
GAGCTACATCTACAACTGCTTCGCGGCCACCGGGGAGGTTCAATCTGTGAAGCTTATCCG
GGACAAACAAAGTGGACAGCTTCAGGGTTATGGCTTTGTTGAGTTTACAAGTCGTGCAGC
TGCTGATCGAATTCTTCAGACTTATAATGGACAGATGATGCCGAATGTTGAGATGGTCTT
CCGATTGAATTGGGCCAGTGCTGGCGAGAAGCGTGATGATACCCCTGACTACACCATTTT
TGTCGGGGATTTGGCTGCAGATGTTACAGACTACCTACTACAAGAGACATTCAGGGTCCA
TTACCCTTCGGTTAAGGGTGCAAAAGTTGTAACTGACAAAATGACAATGCGTTCAAAGGG
TTATGGGTTTGTGAAATTTGGTGATCCTACAGAGCAAGCTCGTGCGATGACTGAAATGAA
TGGAATGCTTTGCTCTTCCAGACCGATGCGTATTGGTCCAGCGGCAAATAAGAAAACAAC
AGGGGTTCAGGAGAGAGTACCAAATGCTCAAGGAGCTCAGTCTGAGAATGATCCTAACAA
TACCACCATATTCGTTGGTGGTCTTGACCCCAACGTCACTGAAGATGTCTTGAAACAAGT
TTTCGCTCCTTATGGAGAAGTTGTCCATGTTAAGATTCCTGTTGGGAAAAGATGTGGTTT
TGTTCAATATGTTAACAGGCCTTCTGCTGAGCAAGCACTGGCAGTGCTACAAGGGACCTT
GATTGGTGGGCAGAATGTTAGACTTTCGTGGGGTCGAAGCCTTTCAAACAAACAGCCTCA
GCACGACTCGAATCAGTGGGGTGCTGGTGCTGGTGCTGGTGGTTACTATGGTGGCTATGG
ACAAGGTTATGAGGCTTATGGTGGGTATGCACAACCTCAGGATCCTAACATGTATGGTTA
TGGAGCCTATGCTGGTTATCCCAATTACCAACAGCAACAAGTAGCACAGCAGCAGCCGCC
GCAGCAGTGAGCCCTGTTTGATCGATCGCGTCTTTGGGCTGTGAGGCACACAACCCATTT
CAAGCTACAGCTTTAGCTATGTTATTGCTATTCTCAATAGAGAGACGGTTTCTGAAGACT
CCAGATTTCGATTGAGGTTTTAATGTATGAACTGTATTATGATTATGAACAACGGATGCT
GCCATATCGTGGTTCCTATATTGAGTCATGTATTTTGAAAACATATCCTCTGTTTCCATC
TCACCCTTATCATCGATTATTATTATTGCTAAAAAAAAAAAAAAAAAANAAAAAA

consensusID : consensus_13998#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 676
fasta sequence

                              [TCACTGAAGATGTCTTGAAACAAGTTTTCGCTCCTTATGGAGAAGTTGTCCATGTTAAGATTCCTGTTGGGAAAAGATGTGGTTTTGTTCAATATGTTAACAGGTTGACTCTTTGTTCGTTTGTTCTATTTCCACAGATGTCTTACTGCCTTGTATTTTTTTTTTTTTGATGAGGTACTTGCAAATTACTCTTGTCATTGCATATTCAGGCCTTCTGCTGAGCAAGCACTGGCAGTGCTACAAGGGACCTTGATTGGTGGGCAGAATGTTAGACTTTCGTGGGGTCGAAGCCTTTCAAACAAACAGCCTCAGCACGACTCGAATCAGTGGGGTGCTGGTGCTGGTGCTGGTGGTTACTATGGTGGCTATGGACAAGGTTATGAGGCTTATGGTGGGTATGCACAACCTCAGGATCCTAACATGTATGGTTATGGAGCCTATGCTGGTTATCCCAATTACCAACAGCAACAAGTAGCACAGCAGCAGCCGCCGCAGCAGTGAGCCCTGTTTGATCGATCGCGTCTTTGGGCTGTGAGGCACACAACCCATTTCAAGCTACAGCTTTAGCTATGTTATTGCTATTCTCAATAGAGAGACGGTTTCTGAAGACTCCAGATTTCGATTGAGGTTTTAATGTATGAACTGTATTATGATTATGAACAACGGATGCTGCCAT]

[-] EMBL CB669958             [TCACTGAAGATGTCTTGAAACAAGTTTTCGCTCCTTATGGAGAAGTTGTCCATGTTAAGATTCCTGTTGGGAAAAGATGTGGTTTTGTTCAATATGTTAACAGGTTGACTCTTTGTTCGTTTGTTCTATTTCCACAGATGTCTTACTGCCTTGTATTTTTTTTTTTTTGATGAGGTACTTGCAAATTACTCTTGTCATTGCATATTCAGGCCTTCTGCTGAGCAAGCACTGGCAGTGCTACAAGGGACCTTGATTGGTGGGCAGAATGTTAGACTTTCGTGGGGTCGAAGCCTTTCAAACAAACAGCCTCAGCACGACTCGAATCAGTGGGGTGCTGGTGCTGGTGCTGGTGGTTACTATGGTGGCTATGGACAAGGTTATGAGGCTTATGGTGGGTATGCACAACCTCAGGATCCTAACATGTATGGTTATGGAGCCTATGCTGGTTATCCCAATTACCAACAGCAACAAGTAGCACAGCAGCAGCCGCCGCAGCAGTGAGCCCTGTTTGATCGATCGCGTCTTTGGGCTGTGAGGCACACAACCCATTTCAAGCTACAGCTTTAGCTATGTTATTGCTATTCTCAATAGAGAGACGGTTTCTGAAGACTCCAGATTTCGATTGAGGTTTTAATGTATGAACTGTATTATGATTATGAACAACGGATGCTGCCAT]




>consensus_13998#1
TCACTGAAGATGTCTTGAAACAAGTTTTCGCTCCTTATGGAGAAGTTGTCCATGTTAAGA
TTCCTGTTGGGAAAAGATGTGGTTTTGTTCAATATGTTAACAGGTTGACTCTTTGTTCGT
TTGTTCTATTTCCACAGATGTCTTACTGCCTTGTATTTTTTTTTTTTTGATGAGGTACTT
GCAAATTACTCTTGTCATTGCATATTCAGGCCTTCTGCTGAGCAAGCACTGGCAGTGCTA
CAAGGGACCTTGATTGGTGGGCAGAATGTTAGACTTTCGTGGGGTCGAAGCCTTTCAAAC
AAACAGCCTCAGCACGACTCGAATCAGTGGGGTGCTGGTGCTGGTGCTGGTGGTTACTAT
GGTGGCTATGGACAAGGTTATGAGGCTTATGGTGGGTATGCACAACCTCAGGATCCTAAC
ATGTATGGTTATGGAGCCTATGCTGGTTATCCCAATTACCAACAGCAACAAGTAGCACAG
CAGCAGCCGCCGCAGCAGTGAGCCCTGTTTGATCGATCGCGTCTTTGGGCTGTGAGGCAC
ACAACCCATTTCAAGCTACAGCTTTAGCTATGTTATTGCTATTCTCAATAGAGAGACGGT
TTCTGAAGACTCCAGATTTCGATTGAGGTTTTAATGTATGAACTGTATTATGATTATGAA
CAACGGATGCTGCCAT

consensusID : consensus_13998#2
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 615
fasta sequence

                              [TTTGTTGTGAGCTNCAGATATTCGTTGGTGGTCTTGACCCCAACGTCACTGAAGATGTCTTGAAACAAGTTTTCGCTCCTTATGGAGAAGTTGTCCATGTTAAGATTCCTGTTGGGAAAAGATGTGGTTTTGTTCAATATGTTAACAGGCCTTCTGCTGAGCAAGCACTGGCAGTGCTACAAGGGACCTTGATTGGTGGGCAGAATGTTAGACTTTCGTGGGGTCGAAGCCTTTCAAACAAACAGCCTCAGCACGACTCGAATCAGTGGGGTGCTGGTGCTGGTGCTGGTGGTTACTATGGTGGCTATGGACAAGGTTATGAGGCTTATGGTGGGTATGCACAACCTCAGGATCCTAACATGTATGGTTATGGAGCCTATGCTGGTTATCCCAATTACCAACAGCAACAAGTAGCACAGCAGCAGCCGCCGCAGCAGTGAGCCCTGTTTGATCGATCGCGTCTTTGGGCTGTGAGGCACACAACCCATTTCAAGCTACAGCTTTAGCTATGTTATTGCTATTCTCAATAGAGAGACGGTTTCTGAAGACTCCAGATTTCGATTGAGGTTTTAATGTATGAACTGTATTATGATTATGAACAACGGATGCTGCCAT]

[-] EMBL CB671473             [TTTGTTGTGAGCTNCAGATATTCGTTGGTGGTCTTGACCCCAACGTCACTGAAGATGTCTTGAAACAAGTTTTCGCTCCTTATGGAGAAGTTGTCCATGTTAAGATTCCTGTTGGGAAAAGATGTGGTTTTGTTCAATATGTTAACAGGCCTTCTGCTGAGCAAGCACTGGCAGTGCTACAAGGGACCTTGATTGGTGGGCAGAATGTTAGACTTTCGTGGGGTCGAAGCCTTTCAAACAAACAGCCTCAGCACGACTCGAATCAGTGGGGTGCTGGTGCTGGTGCTGGTGGTTACTATGGTGGCTATGGACAAGGTTATGAGGCTTATGGTGGGTATGCACAACCTCAGGATCCTAACATGTATGGTTATGGAGCCTATGCTGGTTATCCCAATTACCAACAGCAACAAGTAGCACAGCAGCAGCCGCCGCAGCAGTGAGCCCTGTTTGATCGATCGCGTCTTTGGGCTGTGAGGCACACAACCCATTTCAAGCTACAGCTTTAGCTATGTTATTGCTATTCTCAATAGAGAGACGGTTTCTGAAGACTCCAGATTTCGATTGAGGTTTTAATGTATGAACTGTATTATGATTATGAACAACGGATGCTGCCAT]




>consensus_13998#2
TTTGTTGTGAGCTNCAGATATTCGTTGGTGGTCTTGACCCCAACGTCACTGAAGATGTCT
TGAAACAAGTTTTCGCTCCTTATGGAGAAGTTGTCCATGTTAAGATTCCTGTTGGGAAAA
GATGTGGTTTTGTTCAATATGTTAACAGGCCTTCTGCTGAGCAAGCACTGGCAGTGCTAC
AAGGGACCTTGATTGGTGGGCAGAATGTTAGACTTTCGTGGGGTCGAAGCCTTTCAAACA
AACAGCCTCAGCACGACTCGAATCAGTGGGGTGCTGGTGCTGGTGCTGGTGGTTACTATG
GTGGCTATGGACAAGGTTATGAGGCTTATGGTGGGTATGCACAACCTCAGGATCCTAACA
TGTATGGTTATGGAGCCTATGCTGGTTATCCCAATTACCAACAGCAACAAGTAGCACAGC
AGCAGCCGCCGCAGCAGTGAGCCCTGTTTGATCGATCGCGTCTTTGGGCTGTGAGGCACA
CAACCCATTTCAAGCTACAGCTTTAGCTATGTTATTGCTATTCTCAATAGAGAGACGGTT
TCTGAAGACTCCAGATTTCGATTGAGGTTTTAATGTATGAACTGTATTATGATTATGAAC
AACGGATGCTGCCAT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_13998#0      TCTCTCTCTCTCTCCCGTTCGTGCGTGCTAGCTAGGGCATCTCGTCGCATTGATGCAGCA 60
consensus_13998#2      ------------------------------------------------------------
consensus_13998#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_13998#0      GCCGCCGTCGCAGCCGCAGCCCGGCATGGGCGGCCCGCCTCCGCCGCCACAGGGCGCGGC 120
consensus_13998#2      ------------------------------------------------------------
consensus_13998#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_13998#0      GGGGCAGCCGCCGCAGTGGGGCGCGATCCCGCCGCCGATGCCGCCGCACCAGTACGGCGC 180
consensus_13998#2      ------------------------------------------------------------
consensus_13998#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_13998#0      GCCGCCGCCCCAGCAGCCGCCGGCGATGTGGGGCCAGCCCCCGCCGCAGGCGCACTACGG 240
consensus_13998#2      ------------------------------------------------------------
consensus_13998#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_13998#0      GCAGGTGCCCCCGCCCCAGCCGTACTACGCCGCGCCACCGCCGCAGGCGATGCCCGCCCC 300
consensus_13998#2      ------------------------------------------------------------
consensus_13998#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_13998#0      CGCGGCCGCGGACGAGGTGAAGACGCTCTGGATCGGCGACCTGCAGCCCTGGATGGACGA 360
consensus_13998#2      ------------------------------------------------------------
consensus_13998#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_13998#0      GAGCTACATCTACAACTGCTTCGCGGCCACCGGGGAGGTTCAATCTGTGAAGCTTATCCG 420
consensus_13998#2      ------------------------------------------------------------
consensus_13998#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_13998#0      GGACAAACAAAGTGGACAGCTTCAGGGTTATGGCTTTGTTGAGTTTACAAGTCGTGCAGC 480
consensus_13998#2      ------------------------------------------------------------
consensus_13998#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_13998#0      TGCTGATCGAATTCTTCAGACTTATAATGGACAGATGATGCCGAATGTTGAGATGGTCTT 540
consensus_13998#2      ------------------------------------------------------------
consensus_13998#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_13998#0      CCGATTGAATTGGGCCAGTGCTGGCGAGAAGCGTGATGATACCCCTGACTACACCATTTT 600
consensus_13998#2      ------------------------------------------------------------
consensus_13998#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_13998#0      TGTCGGGGATTTGGCTGCAGATGTTACAGACTACCTACTACAAGAGACATTCAGGGTCCA 660
consensus_13998#2      ------------------------------------------------------------
consensus_13998#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_13998#0      TTACCCTTCGGTTAAGGGTGCAAAAGTTGTAACTGACAAAATGACAATGCGTTCAAAGGG 720
consensus_13998#2      ------------------------------------------------------------
consensus_13998#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_13998#0      TTATGGGTTTGTGAAATTTGGTGATCCTACAGAGCAAGCTCGTGCGATGACTGAAATGAA 780
consensus_13998#2      ------------------------------------------------------------
consensus_13998#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_13998#0      TGGAATGCTTTGCTCTTCCAGACCGATGCGTATTGGTCCAGCGGCAAATAAGAAAACAAC 840
consensus_13998#2      ------------------------------------------------------------
consensus_13998#1      --------------------------------TCACTGAAGATGTCTTGAAACAAGTTTT 28
                                                                                   

consensus_13998#0      AGGGGTTCAGGAGAGAGTACCAAATGCTCAAGGAGCTCAGTCTGAGAATGATCCTAACAA 900
consensus_13998#2      --------------------------------------------------TTTGTTGTGA 10
consensus_13998#1      CGCTCCTTATGGAGAAGTTGTCCATGTT--AAGATTCCTGTTGGGAAAAGAT----GTGG 82
                                                                          *        

consensus_13998#0      TACCACCATATTCGTTGGTGGTCTTGACCCCAACGTCACTGAAGATGTCTTGAAACAAGT 960
consensus_13998#2      GCTNCAGATATTCGTTGGTGGTCTTGACCCCAACGTCACTGAAGATGTCTTGAAACAAGT 70
consensus_13998#1      TTTTGTTCAATATGTTAACAGG-TTGACTCTTTGTTCGTTTGTTCTATTTCCACAGATGT 141
                                **  ***    *  ***** *     **  *     * * *  * * * **

consensus_13998#0      TTTCGCTCCTTATGGAGAAGTTGTCCATGTTAAGATTCCTGTTGGGAAAAGATGTGGTTT 1020
consensus_13998#2      TTTCGCTCCTTATGGAGAAGTTGTCCATGTTAAGATTCCTGTTGGGAAAAGATGTGGTTT 130
consensus_13998#1      CTTACTGCCTTGTATTTTT-TTTTTTTTGATGAGGTACTTGC-------AAAT-TACTCT 192
                        **    **** *       ** *   ** * ** * * **        * ** *  * *

consensus_13998#0      TGTTCAATATGTTAACAGGCCTTCTGCTGAGCAAGCACTGGCAGTGCTACAAGGGACCTT 1080
consensus_13998#2      TGTTCAATATGTTAACAGGCCTTCTGCTGAGCAAGCACTGGCAGTGCTACAAGGGACCTT 190
consensus_13998#1      TGT-CATTGCATATTCAGGCCTTCTGCTGAGCAAGCACTGGCAGTGCTACAAGGGACCTT 251
                       *** ** *   *   *********************************************

consensus_13998#0      GATTGGTGGGCAGAATGTTAGACTTTCGTGGGGTCGAAGCCTTTCAAACAAACAGCCTCA 1140
consensus_13998#2      GATTGGTGGGCAGAATGTTAGACTTTCGTGGGGTCGAAGCCTTTCAAACAAACAGCCTCA 250
consensus_13998#1      GATTGGTGGGCAGAATGTTAGACTTTCGTGGGGTCGAAGCCTTTCAAACAAACAGCCTCA 311
                       ************************************************************

consensus_13998#0      GCACGACTCGAATCAGTGGGGTGCTGGTGCTGGTGCTGGTGGTTACTATGGTGGCTATGG 1200
consensus_13998#2      GCACGACTCGAATCAGTGGGGTGCTGGTGCTGGTGCTGGTGGTTACTATGGTGGCTATGG 310
consensus_13998#1      GCACGACTCGAATCAGTGGGGTGCTGGTGCTGGTGCTGGTGGTTACTATGGTGGCTATGG 371
                       ************************************************************

consensus_13998#0      ACAAGGTTATGAGGCTTATGGTGGGTATGCACAACCTCAGGATCCTAACATGTATGGTTA 1260
consensus_13998#2      ACAAGGTTATGAGGCTTATGGTGGGTATGCACAACCTCAGGATCCTAACATGTATGGTTA 370
consensus_13998#1      ACAAGGTTATGAGGCTTATGGTGGGTATGCACAACCTCAGGATCCTAACATGTATGGTTA 431
                       ************************************************************

consensus_13998#0      TGGAGCCTATGCTGGTTATCCCAATTACCAACAGCAACAAGTAGCACAGCAGCAGCCGCC 1320
consensus_13998#2      TGGAGCCTATGCTGGTTATCCCAATTACCAACAGCAACAAGTAGCACAGCAGCAGCCGCC 430
consensus_13998#1      TGGAGCCTATGCTGGTTATCCCAATTACCAACAGCAACAAGTAGCACAGCAGCAGCCGCC 491
                       ************************************************************

consensus_13998#0      GCAGCAGTGAGCCCTGTTTGATCGATCGCGTCTTTGGGCTGTGAGGCACACAACCCATTT 1380
consensus_13998#2      GCAGCAGTGAGCCCTGTTTGATCGATCGCGTCTTTGGGCTGTGAGGCACACAACCCATTT 490
consensus_13998#1      GCAGCAGTGAGCCCTGTTTGATCGATCGCGTCTTTGGGCTGTGAGGCACACAACCCATTT 551
                       ************************************************************

consensus_13998#0      CAAGCTACAGCTTTAGCTATGTTATTGCTATTCTCAATAGAGAGACGGTTTCTGAAGACT 1440
consensus_13998#2      CAAGCTACAGCTTTAGCTATGTTATTGCTATTCTCAATAGAGAGACGGTTTCTGAAGACT 550
consensus_13998#1      CAAGCTACAGCTTTAGCTATGTTATTGCTATTCTCAATAGAGAGACGGTTTCTGAAGACT 611
                       ************************************************************

consensus_13998#0      CCAGATTTCGATTGAGGTTTTAATGTATGAACTGTATTATGATTATGAACAACGGATGCT 1500
consensus_13998#2      CCAGATTTCGATTGAGGTTTTAATGTATGAACTGTATTATGATTATGAACAACGGATGCT 610
consensus_13998#1      CCAGATTTCGATTGAGGTTTTAATGTATGAACTGTATTATGATTATGAACAACGGATGCT 671
                       ************************************************************

consensus_13998#0      GCCATATCGTGGTTCCTATATTGAGTCATGTATTTTGAAAACATATCCTCTGTTTCCATC 1560
consensus_13998#2      GCCAT------------------------------------------------------- 615
consensus_13998#1      GCCAT------------------------------------------------------- 676
                       *****                                                       

consensus_13998#0      TCACCCTTATCATCGATTATTATTATTGCTAAAAAAAAAAAAAAAAAANAAAAAA 1615
consensus_13998#2      -------------------------------------------------------
consensus_13998#1      -------------------------------------------------------