cluster # 144

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Oryza sativa
cluster # 144 cluster # 144 Sequences # 2 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_144#0 length = 993 sequences # 1

consensus_144#1 length = 395 sequences # 1

consensusID : consensus_144#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 993
fasta sequence

                              [CTCCGCCGCGCCCCGGAGGAAGCGGCCCAGGAATAACGGCGCCGGCGCCGGCGTCGGTCAGCAGCAGCTGCCGCACGCGGTGGCTGCGGTGCTCCAGTCCTGCGAGCTGGACCTCTGCCTCACGCCCGTCTCACCGNCGGCCGTGCAGNTGGTGGGTGGGGGCGGAGGCCCCGGCTTGCGCGTCGGACGAGCACTCAACGACGACTTGCGTGGAAGCCAGCGCAGGAGGATGGGGCGCGTCGAGCCACGTTACCTGGTCTAGGTCGGCGCGTCTCGGGCGTGGGTCCCCGACCTATACTTGTGTGGATCTGAGCTCGCTCACATCCACTGGCCCTGCCTCTCCTCCTCTGACAAGCCTCTCGTTTTACCTTCTAGGCCCTCCCCGCTCTTTATCTTCGTGGTTTCTAGCGCGCGCCTTTCCGCCGATCGGTGCGGCCCCCCCTTATCTCCCCCCCGCGCGCTCCCTTCCGTCGCTATCCCCGTCTGCTCTATTTTTTTTCCTCTGCCCCCCCCTCGCCCCCCGACGAGTGGGCGGTGGCGACACCCGTCCCCCTTATGCCTTCGCGTTACTTCTCCCCCCCTGCGCCGTGGAGCATTTTATTTTCTCCCGACTCCTCTTCTTTCTTTTTTCTCGTCCCGCTGTGGATGCTTTTGCCGCTGCACTCTCTGTCCGCTCGCCTCTCGTGCCCCCTTGCTCCGCGGGCCATGCCGGACACTCCTCCGTTCTCTGATCGGGCGGCTCATTTCGGGTCGTGCGTTGTCACCGTCTGTGGTGCGGCCGGCGCCTAACTGTTGTGTAACTCGGTACTTGCGGGTGAGGTTATAGAGAAGGAGATCGGTCGCTTAGGTTGTGTACTGGTGTGCGTTGTGGGTGAGCGGCGTGTTGCGTATTACGTTCGCGTGTCTAACGTAGCGCGGTGCGTATATGGTTGGGTGATGATGGTTTGGACATGGTGATCTGTGTGTCTGTCGTGGGTTGGCGGTATGCTTGTC]

[+] EMBL BE039782             [CTCCGCCGCGCCCCGGAGGAAGCGGCCCAGGAATAACGGCGCCGGCGCCGGCGTCGGTCAGCAGCAGCTGCCGCACGCGGTGGCTGCGGTGCTCCAGTCCTGCGAGCTGGACCTCTGCCTCACGCCCGTCTCACCGNCGGCCGTGCAGNTGGTGGGTGGGGGCGGAGGCCCCGGCTTGCGCGTCGGACGAGCACTCAACGACGACTTGCGTGGAAGCCAGCGCAGGAGGATGGGGCGCGTCGAGCCACGTTACCTGGTCTAGGTCGGCGCGTCTCGGGCGTGGGTCCCCGACCTATACTTGTGTGGATCTGAGCTCGCTCACATCCACTGGCCCTGCCTCTCCTCCTCTGACAAGCCTCTCGTTTTACCTTCTAGGCCCTCCCCGCTCTTTATCTTCGTGGTTTCTAGCGCGCGCCTTTCCGCCGATCGGTGCGGCCCCCCCTTATCTCCCCCCCGCGCGCTCCCTTCCGTCGCTATCCCCGTCTGCTCTATTTTTTTTCCTCTGCCCCCCCCTCGCCCCCCGACGAGTGGGCGGTGGCGACACCCGTCCCCCTTATGCCTTCGCGTTACTTCTCCCCCCCTGCGCCGTGGAGCATTTTATTTTCTCCCGACTCCTCTTCTTTCTTTTTTCTCGTCCCGCTGTGGATGCTTTTGCCGCTGCACTCTCTGTCCGCTCGCCTCTCGTGCCCCCTTGCTCCGCGGGCCATGCCGGACACTCCTCCGTTCTCTGATCGGGCGGCTCATTTCGGGTCGTGCGTTGTCACCGTCTGTGGTGCGGCCGGCGCCTAACTGTTGTGTAACTCGGTACTTGCGGGTGAGGTTATAGAGAAGGAGATCGGTCGCTTAGGTTGTGTACTGGTGTGCGTTGTGGGTGAGCGGCGTGTTGCGTATTACGTTCGCGTGTCTAACGTAGCGCGGTGCGTATATGGTTGGGTGATGATGGTTTGGACATGGTGATCTGTGTGTCTGTCGTGGGTTGGCGGTATGCTTGTC]




>consensus_144#0
CTCCGCCGCGCCCCGGAGGAAGCGGCCCAGGAATAACGGCGCCGGCGCCGGCGTCGGTCA
GCAGCAGCTGCCGCACGCGGTGGCTGCGGTGCTCCAGTCCTGCGAGCTGGACCTCTGCCT
CACGCCCGTCTCACCGNCGGCCGTGCAGNTGGTGGGTGGGGGCGGAGGCCCCGGCTTGCG
CGTCGGACGAGCACTCAACGACGACTTGCGTGGAAGCCAGCGCAGGAGGATGGGGCGCGT
CGAGCCACGTTACCTGGTCTAGGTCGGCGCGTCTCGGGCGTGGGTCCCCGACCTATACTT
GTGTGGATCTGAGCTCGCTCACATCCACTGGCCCTGCCTCTCCTCCTCTGACAAGCCTCT
CGTTTTACCTTCTAGGCCCTCCCCGCTCTTTATCTTCGTGGTTTCTAGCGCGCGCCTTTC
CGCCGATCGGTGCGGCCCCCCCTTATCTCCCCCCCGCGCGCTCCCTTCCGTCGCTATCCC
CGTCTGCTCTATTTTTTTTCCTCTGCCCCCCCCTCGCCCCCCGACGAGTGGGCGGTGGCG
ACACCCGTCCCCCTTATGCCTTCGCGTTACTTCTCCCCCCCTGCGCCGTGGAGCATTTTA
TTTTCTCCCGACTCCTCTTCTTTCTTTTTTCTCGTCCCGCTGTGGATGCTTTTGCCGCTG
CACTCTCTGTCCGCTCGCCTCTCGTGCCCCCTTGCTCCGCGGGCCATGCCGGACACTCCT
CCGTTCTCTGATCGGGCGGCTCATTTCGGGTCGTGCGTTGTCACCGTCTGTGGTGCGGCC
GGCGCCTAACTGTTGTGTAACTCGGTACTTGCGGGTGAGGTTATAGAGAAGGAGATCGGT
CGCTTAGGTTGTGTACTGGTGTGCGTTGTGGGTGAGCGGCGTGTTGCGTATTACGTTCGC
GTGTCTAACGTAGCGCGGTGCGTATATGGTTGGGTGATGATGGTTTGGACATGGTGATCT
GTGTGTCTGTCGTGGGTTGGCGGTATGCTTGTC

consensusID : consensus_144#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 395
fasta sequence

                              [CGGCGCCGGCGCCGGCGTCGGTCAGCAGCAGCTGCCGCACGCGGTGGCTGCGGTGCTCCAGTCCTGCGAGCTGGACCTCTGCCTCACGCCCGTCTCACCGCCGCCGTGCAGCTGGTGGGTGGGGCGCGCGGCGGCGGCGCGTCGGACGAGCACTCGACGACGACGTGCGAGGAAGCCAGCGACGGGGATGGCGCCGGGGCGCCCACAGCTGCTGAACCTCTTCAGCTGATCCTGATCGATCGATCCAGAGCTGTACGTACGTAATTGTAAGCTAATTAATTAAGCTTAATTTGTAGTGGCAACTGTGCAGAGAGGGTGAGGGTTCAATCGATCGATCACCAGGTCGGCTGTGTGGTGATTAACTTATATTAGTTGCATCTGTGTTGATTAAAAAA]

[+] EMBL BM421201             [CGGCGCCGGCGCCGGCGTCGGTCAGCAGCAGCTGCCGCACGCGGTGGCTGCGGTGCTCCAGTCCTGCGAGCTGGACCTCTGCCTCACGCCCGTCTCACCGCCGCCGTGCAGCTGGTGGGTGGGGCGCGCGGCGGCGGCGCGTCGGACGAGCACTCGACGACGACGTGCGAGGAAGCCAGCGACGGGGATGGCGCCGGGGCGCCCACAGCTGCTGAACCTCTTCAGCTGATCCTGATCGATCGATCCAGAGCTGTACGTACGTAATTGTAAGCTAATTAATTAAGCTTAATTTGTAGTGGCAACTGTGCAGAGAGGGTGAGGGTTCAATCGATCGATCACCAGGTCGGCTGTGTGGTGATTAACTTATATTAGTTGCATCTGTGTTGATTAAAAAA]




>consensus_144#1
CGGCGCCGGCGCCGGCGTCGGTCAGCAGCAGCTGCCGCACGCGGTGGCTGCGGTGCTCCA
GTCCTGCGAGCTGGACCTCTGCCTCACGCCCGTCTCACCGCCGCCGTGCAGCTGGTGGGT
GGGGCGCGCGGCGGCGGCGCGTCGGACGAGCACTCGACGACGACGTGCGAGGAAGCCAGC
GACGGGGATGGCGCCGGGGCGCCCACAGCTGCTGAACCTCTTCAGCTGATCCTGATCGAT
CGATCCAGAGCTGTACGTACGTAATTGTAAGCTAATTAATTAAGCTTAATTTGTAGTGGC
AACTGTGCAGAGAGGGTGAGGGTTCAATCGATCGATCACCAGGTCGGCTGTGTGGTGATT
AACTTATATTAGTTGCATCTGTGTTGATTAAAAAA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_144#0      CTCCGCCGCGCCCCGGAGGAAGCGGCCCAGGAATAACGGCGCCGGCGCCGGCGTCGGTCA 60
consensus_144#1      ------------------------------------CGGCGCCGGCGCCGGCGTCGGTCA 24
                                                         ************************

consensus_144#0      GCAGCAGCTGCCGCACGCGGTGGCTGCGGTGCTCCAGTCCTGCGAGCTGGACCTCTGCCT 120
consensus_144#1      GCAGCAGCTGCCGCACGCGGTGGCTGCGGTGCTCCAGTCCTGCGAGCTGGACCTCTGCCT 84
                     ************************************************************

consensus_144#0      CACGCCCGTCTCACCGNCGGCCGTGCAGNTGGTGGGTGGGGGCGGAGGCCCCGGCTTGCG 180
consensus_144#1      CACGCCCGTCTCACCGCCG-CCGTGCAGCTGGTGGGTGGGGCGCGCGGCGGCGG----CG 139
                     **************** ** ******** ************   * ***  ***    **

consensus_144#0      CGTCGGACGAGCACTCAACGACGACTTGCGTGGAAGCCAGCGCAGGAGGATGGGGCGCGT 240
consensus_144#1      CGTCGGACGAGCACTCGACGACGACGTGCGAGGAAGCCAGCG-ACGGGGATGGCGCCGGG 198
                     **************** ******** **** *********** * * ****** **  * 

consensus_144#0      CGAGCCACGTTACCTGGTCTAGGTCGGCGCGTCTCGGGCGTGGGTCCCCGACCTATACTT 300
consensus_144#1      GCGCCCACAGCTGCTGAACCTCTTCAGCTGATCCTGATCGATCGATCCAGAGCTGTACGT 258
                         ****     ***  *    ** **   **  *  **   *  ** ** ** *** *

consensus_144#0      GTGTGGATCTGAGCTCGCTCACATCCACTGGCCCT--GCCTCTCCTCCTCTGACAAGCCT 358
consensus_144#1      ACGTAATTGTAAGCTAATTAATTAAGCTTAATTTGTAGTGGCAACTGTGCAGAGAGGGTG 318
                       **   * * ****   * *       *        *   *  **   * ** * *   

consensus_144#0      CTCGTTTTACCTTCTAGGCCCTCCCCGCTCTTTATCTTCGT-GGTTTCTAGCGCGCGCCT 417
consensus_144#1      AGGGTTCAATCGATCGATCACCAGGTCGGCTGTGTGGTGATTAACTTATATTAGTTGCAT 378
                        ***  * *       * *        ** * *  *  *    ** **      ** *

consensus_144#0      TTCCGCCGATCGGTGCGGCCCCCCCTTATCTCCCCCCCGCGCGCTCCCTTCCGTCGCTAT 477
consensus_144#1      CTGTGTTGATTAAAAAA------------------------------------------- 395
                      *  *  ***                                                  

consensus_144#0      CCCCGTCTGCTCTATTTTTTTTCCTCTGCCCCCCCCTCGCCCCCCGACGAGTGGGCGGTG 537
consensus_144#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_144#0      GCGACACCCGTCCCCCTTATGCCTTCGCGTTACTTCTCCCCCCCTGCGCCGTGGAGCATT 597
consensus_144#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_144#0      TTATTTTCTCCCGACTCCTCTTCTTTCTTTTTTCTCGTCCCGCTGTGGATGCTTTTGCCG 657
consensus_144#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_144#0      CTGCACTCTCTGTCCGCTCGCCTCTCGTGCCCCCTTGCTCCGCGGGCCATGCCGGACACT 717
consensus_144#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_144#0      CCTCCGTTCTCTGATCGGGCGGCTCATTTCGGGTCGTGCGTTGTCACCGTCTGTGGTGCG 777
consensus_144#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_144#0      GCCGGCGCCTAACTGTTGTGTAACTCGGTACTTGCGGGTGAGGTTATAGAGAAGGAGATC 837
consensus_144#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_144#0      GGTCGCTTAGGTTGTGTACTGGTGTGCGTTGTGGGTGAGCGGCGTGTTGCGTATTACGTT 897
consensus_144#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_144#0      CGCGTGTCTAACGTAGCGCGGTGCGTATATGGTTGGGTGATGATGGTTTGGACATGGTGA 957
consensus_144#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_144#0      TCTGTGTGTCTGTCGTGGGTTGGCGGTATGCTTGTC 993
consensus_144#1      ------------------------------------