cluster # 1462

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Oryza sativa
cluster # 1462 cluster # 1462 Sequences # 2 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_1462#0 length = 467 sequences # 1

consensus_1462#1 length = 463 sequences # 1

consensusID : consensus_1462#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 467
fasta sequence

                              [TTNCCCCCCTTGGGGGGGCCCCCCCCCCCCGNAAAAAGGGGAAAAACCCAACCCCCCCCTTTTTGGGGGGGTTGGGGGGAAAAAAAAAGCCCAACCCTTGGNTTAAAAACCCGAAAACCTTTTTTTTAAAGGGGGTTTGGAAATTTTAAAAAAAATTTTTAATTCCCAACGGTTTTAAAGGGGGTTTTTTTAAATTTTTTTGGAAAAATTTTTGGGTTAAANNTTGGGGGAAACCTTAAAATTTTTTTTTCCCTTTTGGGGGGGGTTTGGAAAGTTTAAAAATTTTGGCCTTAAATGGGGGTTCCCTAAANNCCTTTTTTTCCTTTTTAAAATTTTCCCCCCCTCCCTTGGCCCCTTGGTTTGGTTTTTAAGGGGAAACAAAACCGCCCCCCGTTGGNTTTTTTAATTTTGGAAATAAAAAGCCCTGGAAATTCCTTGGAAAAANCCCCCGTTCCCATTTTAAACTT]

[+] EMBL AA752844             [TTNCCCCCCTTGGGGGGGCCCCCCCCCCCCGNAAAAAGGGGAAAAACCCAACCCCCCCCTTTTTGGGGGGGTTGGGGGGAAAAAAAAAGCCCAACCCTTGGNTTAAAAACCCGAAAACCTTTTTTTTAAAGGGGGTTTGGAAATTTTAAAAAAAATTTTTAATTCCCAACGGTTTTAAAGGGGGTTTTTTTAAATTTTTTTGGAAAAATTTTTGGGTTAAANNTTGGGGGAAACCTTAAAATTTTTTTTTCCCTTTTGGGGGGGGTTTGGAAAGTTTAAAAATTTTGGCCTTAAATGGGGGTTCCCTAAANNCCTTTTTTTCCTTTTTAAAATTTTCCCCCCCTCCCTTGGCCCCTTGGTTTGGTTTTTAAGGGGAAACAAAACCGCCCCCCGTTGGNTTTTTTAATTTTGGAAATAAAAAGCCCTGGAAATTCCTTGGAAAAANCCCCCGTTCCCATTTTAAACTT]




>consensus_1462#0
TTNCCCCCCTTGGGGGGGCCCCCCCCCCCCGNAAAAAGGGGAAAAACCCAACCCCCCCCT
TTTTGGGGGGGTTGGGGGGAAAAAAAAAGCCCAACCCTTGGNTTAAAAACCCGAAAACCT
TTTTTTTAAAGGGGGTTTGGAAATTTTAAAAAAAATTTTTAATTCCCAACGGTTTTAAAG
GGGGTTTTTTTAAATTTTTTTGGAAAAATTTTTGGGTTAAANNTTGGGGGAAACCTTAAA
ATTTTTTTTTCCCTTTTGGGGGGGGTTTGGAAAGTTTAAAAATTTTGGCCTTAAATGGGG
GTTCCCTAAANNCCTTTTTTTCCTTTTTAAAATTTTCCCCCCCTCCCTTGGCCCCTTGGT
TTGGTTTTTAAGGGGAAACAAAACCGCCCCCCGTTGGNTTTTTTAATTTTGGAAATAAAA
AGCCCTGGAAATTCCTTGGAAAAANCCCCCGTTCCCATTTTAAACTT

consensusID : consensus_1462#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 463
fasta sequence

                              [TTCCCCCCTTTGGGGGGCCCCCCCCCCCCGNAAAAAGGGGAAAAAACCAAACCCCCCCCTTTTTGGGGGGTTGGGGGGAAAAAAAAAGGCCCAACCTTGGGTTTAAAACCCGAAAACCTTTTTTTAAAGGGGGTTTGGAAATNTTAAAAAAAATTTTTAATTTCCCAANGTTTTTAAANGGGGTTTTTTTAATTTTTTTGGNAAAAATTTTGGGTTTAANNTTGGGGGAAACNTAAAAATTTTTTTTTNCCCTTTTGGGGGGGTTTGGAAAGTTTAAAATTTTGGGCCTTAAATGGGGGTTCCCTTAAANCCTTTTTTTCCCTTTTAAAATTTTCCCCCCCTCCCTTGGCCCCTTGGTTTGNTTTTAAAGGGAAACAAAACCGNCCCCCGTTGGNTTTTTTAATTTTGGAAATTAAAAAGCCCTTGGAATTCTTTGGAAAAANCCCCCGTTCCATTTTTAACT]

[+] EMBL AA752845             [TTCCCCCCTTTGGGGGGCCCCCCCCCCCCGNAAAAAGGGGAAAAAACCAAACCCCCCCCTTTTTGGGGGGTTGGGGGGAAAAAAAAAGGCCCAACCTTGGGTTTAAAACCCGAAAACCTTTTTTTAAAGGGGGTTTGGAAATNTTAAAAAAAATTTTTAATTTCCCAANGTTTTTAAANGGGGTTTTTTTAATTTTTTTGGNAAAAATTTTGGGTTTAANNTTGGGGGAAACNTAAAAATTTTTTTTTNCCCTTTTGGGGGGGTTTGGAAAGTTTAAAATTTTGGGCCTTAAATGGGGGTTCCCTTAAANCCTTTTTTTCCCTTTTAAAATTTTCCCCCCCTCCCTTGGCCCCTTGGTTTGNTTTTAAAGGGAAACAAAACCGNCCCCCGTTGGNTTTTTTAATTTTGGAAATTAAAAAGCCCTTGGAATTCTTTGGAAAAANCCCCCGTTCCATTTTTAACT]




>consensus_1462#1
TTCCCCCCTTTGGGGGGCCCCCCCCCCCCGNAAAAAGGGGAAAAAACCAAACCCCCCCCT
TTTTGGGGGGTTGGGGGGAAAAAAAAAGGCCCAACCTTGGGTTTAAAACCCGAAAACCTT
TTTTTAAAGGGGGTTTGGAAATNTTAAAAAAAATTTTTAATTTCCCAANGTTTTTAAANG
GGGTTTTTTTAATTTTTTTGGNAAAAATTTTGGGTTTAANNTTGGGGGAAACNTAAAAAT
TTTTTTTTNCCCTTTTGGGGGGGTTTGGAAAGTTTAAAATTTTGGGCCTTAAATGGGGGT
TCCCTTAAANCCTTTTTTTCCCTTTTAAAATTTTCCCCCCCTCCCTTGGCCCCTTGGTTT
GNTTTTAAAGGGAAACAAAACCGNCCCCCGTTGGNTTTTTTAATTTTGGAAATTAAAAAG
CCCTTGGAATTCTTTGGAAAAANCCCCCGTTCCATTTTTAACT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_1462#0      TTNCCCCCCTTGGGGGGGCCCCCCCCCCCCGNAAAAAGGGGAAAAACCCAACCCCCCCCT 60
consensus_1462#1      -TTCCCCCCTTTGGGGGGCCCCCCCCCCCCGNAAAAAGGGGAAAAAACCAAACCCCCCCC 59
                       * ******** ********************************** **** ******* 

consensus_1462#0      TTTTGGGGGGGTTGGGGGGAAAAAAAAAGCCCAACCCTTGGNTTAAAAACCCGAAAACCT 120
consensus_1462#1      TTTTTGGGGGGTTGGGGGGAAAAAAAAAGGCCCAACCTTGGGTTTAAAACCCGAAAACCT 119
                      **** ************************ ** * ****** ** ***************

consensus_1462#0      TTTTTTTAAAGGGGGTTTGGAAATTTTAAAAAAAATTTTTAATT-CCCAACGGTTTTAAA 179
consensus_1462#1      TTTTTT-AAAGGGGGTTTGGAAATNTTAAAAAAAATTTTTAATTTCCCAANGTTTTTAAA 178
                      ****** ***************** ******************* ***** * *******

consensus_1462#0      GGGGGTTTTTTTAAATTTTTTTGGAAAAATTTTTGGGTTAAANNTTGGGGGAAACCTTAA 239
consensus_1462#1      NGGGGTTTTTTTAA-TTTTTTTGGNAAAAATTTTGGGTTTAANNTTGGGGGAAACNTAAA 237
                       ************* ********* **** ********* *************** * **

consensus_1462#0      AATTTTTTTTTCCCTTTTGGGGGGGGTTTGGAAAGTTTAAAAATTTTGGCCTTAAATGGG 299
consensus_1462#1      AATTTTTTTTTNCCCTTTTGGGGGGGTTTGGAAAGTTTAAAATTTTGGGCCTTAAATGGG 297
                      *********** ** *** *********************** *** *************

consensus_1462#0      GGTTCCCTAAANNCCTTTTTTTCCTTTTTAAAATTTTCCCCCCCTCCCTTGGCCCCTTGG 359
consensus_1462#1      GGTTCCCTTAAANCCTTTTTTTCCCTTTTAAAATTTTCCCCCCCTCCCTTGGCCCCTTGG 357
                      ******** ** ************ ***********************************

consensus_1462#0      TTTGGTTTTTAAGGGGAAACAAAACCGCCCCCCGTTGGNTTTTTTAATTTTGGAAAT-AA 418
consensus_1462#1      TTTGNTTTT-AAAGGGAAACAAAACCGNCCCCCGTTGGNTTTTTTAATTTTGGAAATTAA 416
                      **** **** ** ************** ***************************** **

consensus_1462#0      AAAGCCCTGGAAATTCCTTGGAAAAANCCCCCGTTCCCATTTTAAACTT 467
consensus_1462#1      AAAGCCCTTGGAATTCTTTGGAAAAANCCCCCGTTCC-ATTTTTAACT- 463
                      ******** * ***** ******************** ***** ****