|
These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Oryza sativa see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_16085#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 12 consensus length = 989 fasta sequence
[TTGCGGTGGATACCTAGGTACCCAGAGACGAGGAAGGGCGTAGCAAGCGACGAAATGCTTCGGGGAGTTGAAAATACACAGCTGCACTACTTGCACTGAAGTAGCTAGAGCTTGCAAGTAAAGATGGCTACCACCAAGCATTTTGTGTTGCTAATAATCCTTGTCCTCCTTAGCATAGGAATGACCACTAGTGCTAGAACTCTCTTGGGTTATGGCATTGGAGGAGAAGGTGGCGGTGGTGGAGGAGGAGGTGGTAGCGGCGGAGGAGGTGGTTATGGTGGATCAGGGTACGGCTCTGGATCGGGGTATGGCGAGGGAGGTGGTGCTGGCGCTGGTGGGTATGGCCATGGTGGTGGTGGAGGCGGCGGCGGTGGTGAAGGTGGTGGTTCTGGCTCCGGGTATGGTTCTGGACAAGGTTCTGGATCAGGATATGGCTCTGGTGCTTTTGGAGCTGGTGGTTATGGAAGCGGTGGAGGTGG-CGGAGGTGGTGGTGCAGGATCT-GGGTATGGCTCAGGTGAGGGTTATGGCTCTGGATATGGATCAGGTGCAGGTGGTGCTAGTGGTGGTGGAGGTGGACATGGTGGTGGTGGCGGCGGCGGTCAAGGTGGTGGGTATGGTAGCGGCTCAGGCTATGGATCTGGCAGCGGATATGGTCAAGGTGGCGGTGCTTATGGTGGAGGATATGGAAGCGGTGGTGGTGGTGNA-GCGGCGGCGGCCAAGGCGGAGG-ATCTGGCTATGGTTCTGGCTCTGGCTACGGGTATGGATCCGGAGGAGGTGGTGGGCACTACTAGTCCTATACTCGGCAATGGAGCAATTCTACCGTGGGACTTGTGCACTCATATATGATGATTGTGTAACATTGGTATATACACAAGCTTGTTTTCGTGATTATATGTAATGCTTCTTGATTGGGCTTGCTGCTGCCCAATATATGCGCTTCCCAAGTATAAATAAATCAAAAATAAGGTTGAAATACAAAAAAAAAAAAA]
[+] EMBL AK061298 [TTGCGGTGGATACCTAGGTACCCAGAGACGAGGAAGGGCGTAGCAAGCGACGAAATGCTTCGGGGAGTTGAAAATACACAGCTGCACTACTTGCACTGAAGTAGCTAGAGCTTGCAAGTAAAGATGGCTACCACCAAGCATTTTGTGTTGCTAATAATCCTTGTCCTCCTTAGCATAGGAATGACCACTAGTGCTAGAACTCTCTTGGGTTATGGCATTGGAGGAGAAGGTGGCGGTGGTGGAGGAGGAGGTGGTAGCAGCGGAGGAGGTGGTTATGGTGGATCAGGGTACGGCTCTGGATCGGGGTATGGCGAGGGAGGTGGTGCTGGCGCTGGTGGGTATGGCCATGGTGGTGGTGGAGGCGGCGGCGGTGGTGAAGGTGGTGGTTCTGGCTCCGGGTATGGTTCTGGACAAGGTTCTGGATCAGGATATGGCTCTGGTGCTTTTGGAGCTGGTGGTTATGGAAGCGGTGGAGGTGG CGGAGGTGGTGGTGCAGGATCT GGGTATGGCTCAGGTGAGGGTTATGGCTCTGGATATGGATCAGGTGCAGGTGGTGCTAGTGGTGGTGGAGGTGGACATGGTGGTGGTGGCGGCGGCGGTCAAGGTGGTGGGTATGGTAGCGGCTCAGGCTATGGATCTGGCAGCGGATATGGTCAAGGTGGCGGTGCTTATGGTGGAGGA ]
[+] EMBL CF313353 [ GAGTAGAAAATACACAGCTGCACTACTTGCACTGAAGTAGCTAGAGCTTGCAAGTAAAGATGGCTACCACCAAGCATTTTGTGTTGCTAATAATCCTTGTCCTCCTTAGCATAGGAATGACCACTAGTGCTAGAACTCTCTTGGGTTATGGCATTGGAGGAGAAGGTGGCGGTGGTGGAGGAGGAGGTGGTAGCGGCGGAGGAGGTGGTTATGGTGGATCAGGGTACGGCTCTGGATCGGGGTATGGCGAGGGAGGTGGTGCTGGCGCTGGTGGGTATGGCCATGGTGGTGGTGGAGGCGGCGGCGGTGGTGAAGGTGGTGGTTCTGGCTCCGGGTATGG ]
[+] EMBL AU101265 [ TGTGTTGCTAATAATCCTTGTCCTCCTTAGCATAGGAATGACCACTAGTGCTAGAACTCTCTTGGGTTATGGCATTGGAGGAGAAGGTGGCGGTGGTGGAGGAGGAGGTGGTAGCGGCGGAGGAGGTGGTTATGGTGGATCAGGGTACGGCTCTGGATCGGGGTATGGCGAGGGAGGTGGTGCTGGCGCTGGTGGGTATGGCCATGGTGGTGGTGGAGGCGGCGGCGGTGGTGAAGGTGGTGGTTCTGGCTCCGGGTATGGTTCTGGACAAGGTTCTGGATCAGGATATGGCTCTGGTGCTTTTGGAGCTGGTGGTTATGGAAGCGGTGGAGGTGGCCGGAGGTGGTGGTGCAGGATCTNGGGTATGGCTCAGGTGAGGG TATGGC ]
[+] EMBL AU164190 [ CGGCGGCGGTCAAGGTGGTGGGTATGGTAGCGGCTCAGGCTATGGATCTGGCAGCGGATATGGTCAAGGTGGCGGTGCTTATGGTGGAGGATATGGAAGCGGTGGTGGTGGTGNAGGCGGCGGCGGCCAAGGCGGAGG ATCTGGCTATGGTTCTGGCTCTGGCTACGGGTATGGATCCGGAGGAGGTGGTGGGCACTACTAGTCCTATACTCGGCAATGGAGCAATTCTACCGTGGGACTTGTGCACTCATATATGATGATTGTGTAACATTGGTATATACACAAGCTTGTTTTCGTGATTATATGTAATGCTTCTTGATTGGGCTTGCTGCTGCCCAATATATGCGCTTCCCAAGTATAAATAAATCAAAAATAAGGTTGAAATACAAAAAAAAAAAAA]
[+] EMBL AU182092 [ nCGGTGGTGGTGGTGGA GCGGCGGCGGCCAAGGCGGAGG ATCTGGCTATGGTTCTGGCTCTGGCTACGGGTATGGATCCGGAGGAGGTGGTGGGCACTACTAGTCCTATACTCGGCAATGGAGCAATTCTACCGTGGGACTTGTGCACTCATATATGATGATTGTGTAACATTGGTATATACACAAGCTTGTTTTCGTGATTATATGTAATGCTTCTTGATTGGGCTTGCTGCTGCCCAATATATGCGCTTCCCAAGTATAAATAAATCAAAAATAAGGTTGAAATACAAAAAAA ]
[-] EMBL D42550 [ tggacGGTGGTCG GCA GCTGCGGCGGCGCGGGCGGTGGTCGCTGGCTATGGTTCTGGCTCTGGCTACGGGTATGGATCCGGAGGAGGTGGTGGGCACTACTAGTCCTATACTCGGCAATGGAGCAATTCTACCGTGGGACTTGTGCACTCATATATGATGATTGTGTAACATTGGTATATACACAAGCTTGTTTTCGTGNTTATATGTAATGCTTCTTGATTGGGCTTGCTGCTGCCCAATATATGCGCTTCCCAAGTATAAATAAATCAAAA ]
[+] EMBL AU161899 [ CAAGGCGGAGG ATCTGGCTATGGTTCTGGCTCTGGCTACGGGTATGGATCCGGAGGAGGTGGTGGGCACTACTAGTCCTATACTCGGCAATGGAGCAATTCTACCGTGGGACTTGTGCACTCATATATGATGATTGTGTAACATTGGTATATACACAAGCTTGTTTTCGTGATTATATGTAATGCTTCTTGATTGGGCTTGCTGCTGCCCAATATATGCGCTTCCCAAGTATAAATAAATCAAAAATAAGGTTGAAATACAAAAAAA ]
[+] EMBL AU161806 [ CAAGGCGGAGG ATCTGGCTATGGTTCTGGCTCTGGCTACGGGTATGGATCCGGAGGAGGTGGTGGGCACTACTAGTCCTATACTCGGCAATGGAGCAATTCTACCGTGGGACTTGTGCACTCATATATNATGATTGTNT ACATTGGTATATACACAAGCTTGTTTTCGTGATTATATGTAATGCTTCTTGATTGGGCTTGCTGCTGCCCAATATATGCNCTTCCCAAGTATAAATAAATCAAAAATAAGGTTGAANTACAAAAAAA ]
[-] EMBL CF313354 [ AAGGCGGAGG ATCTGGCTATGGTTCTGGCTCTGGCTACGGGTATGGATCCGGAGGAGGTGGTGGGCACTACTAGTCCTATACTCGGCAATGGAGCAATTCTACCGTGGGACTTGTGCACTCATATATGATGATTGTGTAACATTGGTATATACACAAGCTTGTTTTCGTGATTATATGTAATGCTTCTTGATTGGGCTTGCTGCTGCCCAATATATGCGCTTCCCAAGTATAAATAAATCAAAAATAAGGTTGAAATACAAAAAA ]
[+] EMBL AU097587 [ AGGCGGAGG ATCTGGCTATGGTTCTGGCTCTGGCTACGGGTATGGATCCGGAGGAGGTGGTGGGCACTACTAGTCCTATACTCGGCAATGGAGCAATTCTACCGTGGGACTTGTGCACTCATATATGATGATTGTGTAACATTGGTATATACACAAGCTTGTTTTCGTGATTATATGTAATGCTTCTTGATTGGGCTTGCTGCTGCCCAATATATGCGCTTCCCAAGTATAAATAAATCAAAAATAAGGTTGAAATACAAAAA ]
[+] EMBL AU223400 [ GG ATCTGGCTATGGTTCTGGCTCTGGCTACGGGTATGGATCCGGAGGAGGTGGTGGGCACTACTAGTCCTATACTCGGCAATGGAGCAATTCTACCGTGGGACTTGTGCACTCATATATGATGATTGTGTAACATTGGTATATACACAAGCTTGTTTTCGTGATTATATGTAATGCTTCTTGATTGGGCTTGCTGCTGCCCAATATATGCGCTTCCCAAGTATAAATAAATCAAAAATAAGGTTGAAATACAAAAAAAA ]
[+] EMBL AU223310 [ GG ATCTGGCTATGGTTCTGGCTCTGGCTACGGGTATGGATCCGGAGGAGGTGGTGGGCACTACTAGTCCTATACTCGGCAATGGAGCAATTCTACCGTGGGACTTGTGCACTCATATATGATGATTGTGTAACATTGGTATATACACAAGCTTGTTTTCGTGATTATATGTAATGCTTCTTGATTGGGCTTGCTGCTGCCCAATATATGCGCTTCCCAAGTATAAATAAATCAAAAATAAGGTTGAAATACAAAAAA ]
consensusID : consensus_16085#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 980 fasta sequence
[TTCTCTCCCTCACTCACTCTCTCCCCCTCATCTTCCTTCTCTCCCTCCTCACTCTCTCCCTCACAGATCGGGCCATGGCGTCCTCCCGAGCGCCGGCCGCTGTTGCCTCCCCACCTCCCGACCGGCGGCCGGCGCCGCCTCCCCTCTTCCCGACCGCCGGCCGCCGGATCTAGCCTACGAGGTGCGGACCCGACCACCACGGCCTCTTCCCCGACCGTCGGTCACCGCCGCCTCCCCGCTTCCCGAGCGCTGGCCGCTGACGCGTCCCCGCGTCCCGACCGTCGGCCGCCGCCGCCTCCCCACCTCCCAACCGTCGGTCGCCGGATCTGGCCGCCGCGCGGCCTCTCCCCCGACCGTCAGTCGCCGCCGCCTCCCTGCCTCCCGAGCGCCGGCCACTGACTCGTCCCCGCCTCCCGACCATCGGCTGTCGCTGCCTCCCCGCCACCCGACCGCCGGCCGCCGGATCTGGCCTATGAGGCGTGGATCCGACCACCGCGGCCACGACCCCAACTGTCGGCCACTTCCTCCTCCGCCACCACATCGCCAACCGCCGGATCCGGCCACCGCAGCCTCTCCCCCGAGTGCCGGCCGCTTCCTCCTCCGCCACTGCACCGCCAACCGCCGGATCCGGCCTCGACAAGTTTGTGGGGCGCGGATCCGACCACCGCGGCCTCTCCCCCGACCGTCGGCCGCTTCCTCCTCTGCCACCGTACCACCAACCGCTGGATCCGGGCGAGGATCCGGCCACCGCCTCCTCCACCACTGCACCACCGCCAGATGAATATGATTGTTATGATTTTTGTGATTTTGTTTTGTGCCCAAATCATTGTGAATGTGAAGTGATTTTGTTCTTTGGCCAGATGAATGTGATTGCGATGATTTTTGTGATTCTGTCTTGTGTCAAAATGACTGTGAATGTGATTATTTTTGTGATTTGTGATGCCTAATGGTCTACGACTAGCTAGGCTTATAATATTATT]
[+] EMBL AK062819 [TTCTCTCCCTCACTCACTCTCTCCCCCTCATCTTCCTTCTCTCCCTCCTCACTCTCTCCCTCACAGATCGGGCCATGGCGTCCTCCCGAGCGCCGGCCGCTGTTGCCTCCCCACCTCCCGACCGGCGGCCGGCGCCGCCTCCCCTCTTCCCGACCGCCGGCCGCCGGATCTAGCCTACGAGGTGCGGACCCGACCACCACGGCCTCTTCCCCGACCGTCGGTCACCGCCGCCTCCCCGCTTCCCGAGCGCTGGCCGCTGACGCGTCCCCGCGTCCCGACCGTCGGCCGCCGCCGCCTCCCCACCTCCCAACCGTCGGTCGCCGGATCTGGCCGCCGCGCGGCCTCTCCCCCGACCGTCAGTCGCCGCCGCCTCCCTGCCTCCCGAGCGCCGGCCACTGACTCGTCCCCGCCTCCCGACCATCGGCTGTCGCTGCCTCCCCGCCACCCGACCGCCGGCCGCCGGATCTGGCCTATGAGGCGTGGATCCGACCACCGCGGCCACGACCCCAACTGTCGGCCACTTCCTCCTCCGCCACCACATCGCCAACCGCCGGATCCGGCCACCGCAGCCTCTCCCCCGAGTGCCGGCCGCTTCCTCCTCCGCCACTGCACCGCCAACCGCCGGATCCGGCCTCGACAAGTTTGTGGGGCGCGGATCCGACCACCGCGGCCTCTCCCCCGACCGTCGGCCGCTTCCTCCTCTGCCACCGTACCACCAACCGCTGGATCCGGGCGAGGATCCGGCCACCGCCTCCTCCACCACTGCACCACCGCCAGATGAATATGATTGTTATGATTTTTGTGATTTTGTTTTGTGCCCAAATCATTGTGAATGTGAAGTGATTTTGTTCTTTGGCCAGATGAATGTGATTGCGATGATTTTTGTGATTCTGTCTTGTGTCAAAATGACTGTGAATGTGATTATTTTTGTGATTTGTGATGCCTAATGGTCTACGACTAGCTAGGCTTATAATATTATT]
consensusID : consensus_16085#2 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 4 consensus length = 796 fasta sequence
[GCTACCACCAAGCATTTTGTGTTGCTAATAATCCTTGTCCTCCTTAGCATAGGAATGACCACTAGTGCTAGAACTCTCTTGGGTTATGGCATTGGAGGAGAAGGTGGCGGTGGTGGAGGAGGAGGTGGTAGCGGCGGAGGAGGTGGTTATGGTGGATCAGGGTACGGCTCTGGNTCGGGGTATGGCGAGGGAGGTGGTGCTGGCGCTGGTGGGTATGGCCATGGTGGTGGTGGAGGCGGCGGCGGTGGTGAAGGTGGTGGTTCTGGCTCCGGGTATGGTTCTGGACAAGGTTCTGGATCAGGATATGGCTCTGGTGCTTTTGGAGCTGGTGGTTA-TGGAAGCGGCCACGA-CCCCAACTNTC-GGCCACTTCCTCCTCCGCCACCACATCG-CAACCGCCGGATCC-GGCCACCG--ANCCCTCT--CCCCCG--AGTGCCGGCCGCTTCCTCCTCCGCCACTGCA-CCGCC-AACCG-CCGGATCC-GGCCTCGACAAGTTTGTGGGGCGC-GGATCCGA-CCA-CCGC-GGCCTCT--CCCCCGACC-GTCGGCCGCTTCCTCCTCTGCCACCGTACCACCAACCGCTGGATCCGGGCGAGGATCCGGCCACCGCCTCCTCCACCACTGCACCACCGCCAGATGAATATGATTGTTATGATTTTTGTGATTTTGTTTTGTGCCCAAATCATTGTGAATGTGAAGTGATTTTGTTCTTTGGCCAGATGAATGTGATTGCGATGATTTTTGTGATTCTGTCTTGTGTCAAAATGACTGTGAATGTGATTATTTTTGTGATTTGTGATGCCTAAAAAA]
[+] EMBL AU094241 [GCTACCACCAAGCATTTTGTGTTGCTAATAATCCTTGTCCTCCTTAGCATAGGAATGACCACTAGTGCTAGAACTCTCTTGGGTTATGGCATTGGAGGAGAAGGTGGCGGTGGTGGAGGAGGAGGTGGTAGCGGCGGAGGAGGTGGTTATGGTGGATCAGGGTACGGCTCTGGNTCGGGGTATGGCGAGGGAGGTGGTGCTGGCGCTGGTGGGTATGGCCATGGTGGTGGTGGAGGCGGCGGCGGTGGTGAAGGTGGTGGTTCTGGCTCCGGGTATGGTTCTGGACAAGGTTCTGGNTCAGGATATGGCTCTGGTGCTTTTGGAGCTGGTGGTTA TGGAAGCGGCCACGA CCCAACTNTC GGCCACTTCCTCCTCCGCCACCACATCG CAACCGCCGGATCC GCCACCG ANCC ]
[+] EMBL AU090492 [GCTACCACCAAGCATTTTGTGTTGCTAATAATCCTTGTCCTCCTTAGCATAGGAATGACCACTAGTGCTAGAACTCTCTTGGGTTATGGCATTGGAGGAGAAGGTGGCGGTGGTGGAGGAGGAGGTGGTAGCGGCGGAGGAGGTGGTTATGGTGGATCAGGGTACGGCTCTGGATCGGGGTATGGCGAGGGAGGTGGTGCTGGCGCTGGTGGGTATGGCCATGGTGGTGGTGGAGGCGGCGGCGGTGGTGAAGGTGGTGGTTCTGGCTCCGGGTATGGTTCTTGACAAGGTTCTTGATCAGGATATGGCTCTGGTGCTTTTTGAGCTNGTTGTTATTGGAAGCGGCCAGGACCCCCAACTTTC GGCCAC ]
[+] EMBL AU094242 [ AGGTGGTGG TCTGGCTCCGGGTATGGTTCTGGACAAGGTTCTGGATCAGGATATGGCTCTGGTGCTTTTGAAGCTGGTGGTTA TGGAAGCGGCCACGA CCCCAACTGTCGGGCCACTTCCTCCTCCGCCACCACATCGCCAACCGCCGGATCC GGCCACCG CAGCCTCT CCCCCG AGTGCCGGCCGCTTCCTCCTCCGCCACTGCA CCGCC AACCG CCGGATCC GGCCTCGACAAGTTTGTGGGGCGC GGATCCGA CCA CCGC GGCCTCT CCCCCGACC GTCGGCCGCTTCCTCCTCTGCCACCGTACCACCAACCGCTGGATCCGGGCGAGGATCCGGCCACCGCCTCCTCCACCACTGCACCACCGCCAGATGAATATGATTGTTATGATTTTTGTGATTTTGTTTTGTGCCCAAATCATTGTGAATGTGAAGTGATTTTGTTCTTTGGCCAGATGAATGTGATTGCGATGATTTTTGTGATTCTGTCTTGTGTCAAAATGACTGTGAATGTGATTATTTTTGTGATTTGTGATGCCTAAAAAA]
[+] EMBL AU182859 [ gGGATCCGGGCCACCGCAAGCCNTTTTCCCCCCGNAAGTGGCCGCCGCTTCCTCCTCCGCCACTGCACCCGCCAAACCGCCCGGATCCGGGCCTCGACAAGTTTGTGGGGNGCGGGATCCGACCCACCCGCGGGCCTCTCCCCCCCGACCGGTC GCCGCTTCCTCCTCTGCCACCGTACCACCAACCGCTGGATCCGGGCGAGGATCCGGCCACCGCCTCCTCCACCACTGCACCACCGCCAGATGAATATGATTGTTATGATTTTTGTGATTTTGTTTTGTGCCCAAATCATTGTGAATGTGAAGTGATTTTGTTCTTTGGCCAGATGAATGTGATTGCGATGATTTTTGTGATTCTGTCTTGTGTCAAAATGACTGTGAATGTGATTATTTTTGTGATTTGTGATGCCTAAAAAA]
consensusID : consensus_16085#3 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 9 consensus length = 505 fasta sequence
[GGTTATGGCTCTGGATATGGATCAGGTGCAGGTGGTGCTAGTGGTGGTGNAGGTGGACATGGTGGTGGTGGCGGCGGCGGTCAAGGTGGTGGGTATGGTAGCGGCTCAGGCTATGGATCTGGCAGCGGATATGGTCAAGGTGNCGGTGCTTATGGTGGAGGATATGGAAGCGGTGGTGGTGGTGNAGGCGGCGGCGGCCAAGGCGGAGGATCTGGCTATGGTTCTGGCTCTGGCTACGGGTATGGATCCGGAGGAGG-TGGTGGGCACTACTAGTCCTATACTCGGCAATGGAGCAATTCTA-CCGTGGGACTTGTGCACTCATATATGATGATTGTGTAACATTGGTATATACACAAGCTTGTTTTCGTGATTATATGTAATGCTTCTTGATTGGGCTTGCTGCTGCCCAATATATGCGCTTCCCAAGTATAAATAAATCAAAAATAA-GGTTGAAATACAAATACTTATGCATTTGTTCTCTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA]
[+] EMBL AU165702 [GGTTATGGCTCTGGATATGGATCAGGTGCAGGTGGTGCTAGTGGTGGTGNAGGTGGACATGGTGGTGGTGGCGGCGGCGGTCAAGGTGGTGGGTATGGTAGCGGCTCAGGCTATGGATCTGGCAGCGGATATGGTCAAGGTGNCGGTGCTTATGGTGGAGGATATGGAAGCGGTGGTGGTGGTGNAGGCGGCGGCGGCCAAGGCGGAGGATCTGGCTATGGTTCTGGCTCTGGCTACGGGTATGGATCCGGAGGAGG TGGTGGGCACTACTAGTCCTATACTCGGCAATGGAGCAATTCTA CCGTGGGACTTGTGCACTCATATATGATGATTGTGTAACATTGGTATATACACAAGCTTGTTTTCGTGATTATATGTAATGCTTCTTGATTGGGCTTGCTGCTGCCCAATATATGCGCTTCCCAAGTATAAATAAATCAAAAATAA GGTTGAAATACAAATACTTATGCATTTGTTCTCTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA]
[+] EMBL AU069211 [ GGTGGTGCCGCCGNCGGTCAAGGTGGTGGGTATGGTAGCGGCTCAGGCTATGGATCTGGCAGCGGATATGGTCAAGGTGCCGGTGCTTATGGTGGAGGATAT GAAGCGGTGGTGGTGGTGNAGGCGNCGGCGGCCAAGGCGGAGGATCTGGCTATGGTTCTGGCTCTGGCTACGGGTATGGATCCGGAGGAGG TGGTGGGCACTACTAGTCCTATACTCGGCAATGGAGCAATTCTA CCGTGGGACTTGTGCACTCATATATGATGATTGTGTAACATTGGTATATACACAAGCTTGTTTTCGTGATTATATGTAATGCTTCTTGATTGGGCTTGCTGCTGCCCAATATATGCGCTTCCCAAGTATAAATAAATCAAAAATAA GGTTGAAATACAAATACTTATGCATTTGTTCTCTTAAAAA ]
[+] EMBL AU182557 [ CAAGGCGGAGGATCTGGCTATGGTTCTGGCTCTGGCTACGGGTATGGATCCGGAGGAGG TGGTGGGCACTACTAGTCCTATACTCGGCAATGGAGCAATTCTA CCGTGGGACTTGTGCACTCATATATGATGATTGTGTAACATTGGTATATACACAAGCTTGTTTTCGTGATTATATGTAATGCTTCTTGATTGGGCTTGCTGCTGCCCAATATATGCGCTTCCCAAGTATAAATAAATCAAAAATAA GGTTGAAATACAAATACTTATGCATTTGTTCTCTTAAAAAAA ]
[+] EMBL AU161040 [ CAAGGCGGAGGATCTGGCTATGGTTCTGGCTCTGGCTACGGGTATGGATCCGGA GAGGTTGGTGGGCACTACTAGTCCTATACTCGGCAATGGAGCAATTCTA CCGTGGGACTTGTGCACTCATATATGATGATTGTGTAACATTGGTATATACACAAGCTTGTTTTCGTGATTATATGTAATGCTTCTTGATTGGGCTTGCTGCTTCCCAATATATGCGCTTCCCAAGTATAAATAAATCAAAAATAAGGGTTGAAATACAAATACTTATGCATTTTGTCCCTTAAAAA ]
[+] EMBL AU164847 [ CAAGGCGGAGGATCTGGCTATGGTTCTGGCTCTGGCTACGGGTATGGATCCGGAGGAGG TGGTGGGCACTACTAGTCCTATACTCGGCAATGGAGCAATTCTA CCGTGGGACTTGTGCACTCATATATGATGATTGTGTAACATTGGTATATACACAAGCTTGTTTTCGTGATTATATGTAATGCTTCTTGATTGGGCTTGCTGCTGCCCAATATATGCGCTTCCCAAGTATAAATAAATCAAAAATAA GGTTGAAAAAAAA ]
[+] EMBL AU069594 [ CAAGGCGGAGGATCTGGCTATGGTTCTGGCTCTGGCTACGGGTATGGATCCGGA GAGGNTGGTGGGCACTACTAGTCCTATACTCGGCAATGGAGCAATTCTA CCGTGGGACTTGTGCACTCATATATGATGATTGTGTAACATTGGTATATACACAAGCTTGTTTTCGTGATTATATGTAATGCTTCTTGATTGGGCTTGCTGCTGCCCAATATATGCGCTTCCCAAGTATAAATAAATCAAAAATAA GGTT ]
[+] EMBL AU069210 [ CAAGGCGGAGGATCTGGCTATGGTTCTGGCTCTGGCTACGGGTATGGATCCGGAGGAAG TGGT GGCACTACTAGTCCTATACTCGGCAATGGAGCAATTCTACCCGTGGGACTTGTGCACTCATATATGATGATTGTGTAACATTGGTATAT CACAA CTTGGTTTCGTGAATATATGTAATGCTTCTTGAATGGGCTTGCTGCTG CCAATAT ]
[+] EMBL AU165701 [ CAAGGCGGAGGATCTGGCTATGGTTCTGGCTCTGGCTACGGGTATGGATCCGGAGGAGG TGGTGGGCACTACTAGTCCTATACTCGGCAATGGAGCAATTCTA CCGTGGGACTTGTGCACTCATATATGATGATTGTGTAACATTGGTATATACACAAGCTTGTTTTCGTGATTATATGTAATGCTT ]
[+] EMBL AU070613 [ GCGGAGGNTCTGGNTATGGTNCTGGNTCTAGCTACGGGTATGGATCCGGAGGAGG NGGTGGGCACTACTAGTCCTNTACTCNGCAATNGAGCAATTCTA CCTNGGGACTTGTGCACTCATATATGATGATTGTGTAACATTGGTATATACACAAGCTTGTTTTCNTGATTATATGTAATGCTTCT ]
consensusID : consensus_16085#4 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 262 fasta sequence
[GCACTACTTGCACTGAAGTAGCTAGAGCTTGCAAGTAAAGATGGCTACCACCAAGCATTTTGTGTTGCTAATAATCCTTGTCCTCCTTAGCATAGGAATGACCACTAGTGCTAGAACTCTCTTGGGTTATGGCATTGGAGGAGAAGGTGGCGGTGGTGGAGGAGGAGGTGGTAGCGGCGGAGGAGGTGGTGGGTATGGTAGCGGCTCAGGCTATGGATCTGGCAGCGGATATGGTCAAGGTGGCGGTGCTTATGGTGGAGGA]
[+] EMBL AK070851 [GCACTACTTGCACTGAAGTAGCTAGAGCTTGCAAGTAAAGATGGCTACCACCAAGCATTTTGTGTTGCTAATAATCCTTGTCCTCCTTAGCATAGGAATGACCACTAGTGCTAGAACTCTCTTGGGTTATGGCATTGGAGGAGAAGGTGGCGGTGGTGGAGGAGGAGGTGGTAGCGGCGGAGGAGGTGGTGGGTATGGTAGCGGCTCAGGCTATGGATCTGGCAGCGGATATGGTCAAGGTGGCGGTGCTTATGGTGGAGGA]
consensusID : consensus_16085#5 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 257 fasta sequence
[CAAGGCGGAGGATCTGGCTATGGTTCTGGCTCTNGCTACGGGTATGGATCCGGAGGAGGTGGTGGGCACTACTAGTCCTATACTCGGCAATNGAGCCATTCTACCGTGGGACTTGTGCNCTCATATATGATGATTGTNTTACATTGGTATATACACAAGCCTGTTTTCGTGAANTATATGTTATGCTTCTTTGAATGGGCTTGCTGCTGCCCCAATATATGCGCCTTNCCCAAGGTTTTAAATTAAATCCANAAATA]
[+] EMBL AU164189 [CAAGGCGGAGGATCTGGCTATGGTTCTGGCTCTNGCTACGGGTATGGATCCGGAGGAGGTGGTGGGCACTACTAGTCCTATACTCGGCAATNGAGCCATTCTACCGTGGGACTTGTGCNCTCATATATGATGATTGTNTTACATTGGTATATACACAAGCCTGTTTTCGTGAANTATATGTTATGCTTCTTTGAATGGGCTTGCTGCTGCCCCAATATATGCGCCTTNCCCAAGGTTTTAAATTAAATCCANAAATA]
consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment
consensus_16085#3 ------------------------------------------------------------
consensus_16085#5 ------------------------------------------------------------
consensus_16085#0 TTGCGGTGGATACCTAGGTACCCAGAGACGAGGAAGGGCGTAGCAAGCGACGAAATGCTT 60
consensus_16085#4 ------------------------------------------------------------
consensus_16085#1 -----------------------------------------------------TTCTCTC 7
consensus_16085#2 ------------------------------------------------------------
consensus_16085#3 ------------------------------------------------------------
consensus_16085#5 ------------------------------------------------------------
consensus_16085#0 CGGGGAGTTGAAAATACACAGCTGCACTACTTGCACTGAAGTAGCTAGAGCTTGCAAGTA 120
consensus_16085#4 ------------------------------------------------------------
consensus_16085#1 CCTCACTCACTCTCTCCCCCTCATCTTCCTTCTCTCCCTCCTCACTCTCTCCCTCACAGA 67
consensus_16085#2 ------------------------------------------------------------
consensus_16085#3 ------------------------------------------------------------
consensus_16085#5 ------------------------------------------------------------
consensus_16085#0 AAGATGGCTACCACCAAGCATTTTGTGTTGCTAATAATCCTTGTCCTCCTTAGCATAGGA 180
consensus_16085#4 ------------------------------------------------------------
consensus_16085#1 TCGGGCCATGGCGTCCTCCCGAGCGCCGGCCGCTGTTGCCTCCCCACCTCCCGACCGGCG 127
consensus_16085#2 ------------------------------------------------------------
consensus_16085#3 ------------------------------------------------------------
consensus_16085#5 ------------------------------------------------------------
consensus_16085#0 ATGACCACTAGTGCTAGAACTCTCTTGGGTTATGGCATTGGAGGAGAAGGTGGCGGTGGT 240
consensus_16085#4 ------------------------------------------------------------
consensus_16085#1 GCCGGCGCCGCCTCCCCTCTTCCCGACCGCCGGCCGCCGGATCTAGCCTACGAGGTGCGG 187
consensus_16085#2 ----------------------GCTACCACCAAGCATTTTGTGTTGCTAATAATCCTTGT 38
consensus_16085#3 ------------------------------------------------------------
consensus_16085#5 ------------------------------------------------------------
consensus_16085#0 GGAGGAGGAGGTGGTAGCGGCGGAGGAGGTGGTTATGGTGGATCAGGGTACGGCTCTGGA 300
consensus_16085#4 ------------------------------------------------------------
consensus_16085#1 ACCCGACCACCACGGCCTCTTCCCCGACCGTCGGTCACCGCCGCCTCCCCGCTTCCCGAG 247
consensus_16085#2 CCTCCTTAGCATAGGAATGACCACTAGTGCTAGAACTCTCTTGGGTTATGGCATTGGAGG 98
consensus_16085#3 ------------------------------------------------------------
consensus_16085#5 ------------------------------------------------------------
consensus_16085#0 TCGGGGTATGGCGAGGGAGGTGGTGCTGGCGCTGGTGGGTATGGCCATGGTGGTGGTGGA 360
consensus_16085#4 ------------------------------------------------------------
consensus_16085#1 CGCTGGCCGCTGACGCGTCCCCGCGTCCCG-ACCGTCGGCCGCCGCCGCCTCCCCACCTC 306
consensus_16085#2 AGAAGGTGGCGGTGGTGGAGGAGGAGGTGGTAGCGGCGGAGGAGGTGGTTATGGTGGATC 158
consensus_16085#3 ------------------------------------------------------------
consensus_16085#5 ------------------------------------------------------------
consensus_16085#0 GGCGGCGGCGGTGGTGAAGGTGGTGGTTCTGGCTCCGGGTATGGTTCTGGACAAGGTTCT 420
consensus_16085#4 ------------------------------------------------------------
consensus_16085#1 CCAACCGTCGGTCGCCGGATCTGGCCGCCGCGCGGCCTCTCCCCCGACCGTCAGTCGCCG 366
consensus_16085#2 ---AGGGTACGGCTCTGGNTCGGGGTATGGCGAGGGAGGTGGTGCTGGCGCTGGTGGGTA 215
consensus_16085#3 ------------------------------------------------------------
consensus_16085#5 ------------------------------------------------------------
consensus_16085#0 GGATCAGGATATGGCTCTGGTGCTTTTGGAGCTGGTGGTTATGGAAGCGGTGGAGGTGGC 480
consensus_16085#4 ------------------------------------------------------------
consensus_16085#1 CCGCCTCCCTGCCTCCCGAG-CGCCGGCCACTGACTCGTCCCCGCCTCCCGACCATCGGC 425
consensus_16085#2 TGGCCATGGTGGTGGTGGAGGCGGCGGCGGTGGTGAAGGTGGTGGTTCTGG--CTCCGGG 273
consensus_16085#3 ---------------------------------------GGTTATGGCTCTGGATATGGA 21
consensus_16085#5 ------------------------------------------------------------
consensus_16085#0 GGAGGTGGTGGTGCAGGATCTGGGTATGGCTCAGGTGAGGGTTATGGCTCTGGATATGGA 540
consensus_16085#4 ------------------------------------------------------------
consensus_16085#1 TGTCGCTGCCTCCCCGCCACCCGACCGCCGGCCGCCGGATCTGGC-CTATGAGGCGTGGA 484
consensus_16085#2 TATGGTTCTGGACAAGGTTCTGGATCA--GGATAT-GGCTCTGGTGCTTTTGGAGCTGGT 330
consensus_16085#3 TCAGGTGCAGGTGGTGCTAGTGGTGGTGNAGGTGGACATGGTGGTGGTGGCGGCGGCGGT 81
consensus_16085#5 ------------------------------------------------------------
consensus_16085#0 TCAGGTGCAGGTGGTGCTAGTGGTGGTGGAGGTGGACATGGTGGTGGTGGCGGCGGCGGT 600
consensus_16085#4 ------------------------------------------------------------
consensus_16085#1 TCCGACCACCGCGGCCACGACCCCAACTGTCGGCCACTTCCTCCTCCGCCACCACATCGC 544
consensus_16085#2 GGTTATGGAAGCGGCCACGACCCCAACTNTCGGCCACTTCCTCCTCCGCCACCACATCGC 390
consensus_16085#3 CAAGGTGGTGGGTATGGTAGCGGCTCAGGCTATGGATCTGGCAGCGGATATGGTCAAGGT 141
consensus_16085#5 ------------------------------------------------------------
consensus_16085#0 CAAGGTGGTGGGTATGGTAGCGGCTCAGGCTATGGATCTGGCAGCGGATATGGTCAAGGT 660
consensus_16085#4 ------------------------------------------------------------
consensus_16085#1 CAACCGCCGGATCCGGCCACCGCAGCCTCTCCCCCGAGTGCCGGCCGCTTCCTCCTCCGC 604
consensus_16085#2 -AACCGCCGGATCCGGCCACCGANCCCTCTCCCCCGAGTGCCGGCCGCTTCCTCCTCCGC 449
consensus_16085#3 GNCGGTGCTTATGGTGGA-GGATATGGAAGCGGTGGTGGTGGTGNAGGCGGCGGCGGCCA 200
consensus_16085#5 ----------------------------------------------------------CA 2
consensus_16085#0 GGCGGTGCTTATGGTGGA-GGATATGGAAGCGGTGGTGGTGGTGNAG-CGGCGGCGGCCA 718
consensus_16085#4 --------------------------------------------------GCACTACTTG 10
consensus_16085#1 CACTGCACCGCCAACCGCCGGATCCGGCCTCGACAAGTTTGTGGGGCGCGGATCCGACCA 664
consensus_16085#2 CACTGCACCGCCAACCGCCGGATCCGGCCTCGACAAGTTTGTGGGGCGCGGATCCGACCA 509
consensus_16085#3 AGGCGGAGGATCTGGCTATGGTTC-TGGCTCTGGCTACGGGTAT-GGATCCGGAGGAGGT 258
consensus_16085#5 AGGCGGAGGATCTGGCTATGGTTC-TGGCTCTNGCTACGGGTAT-GGATCCGGAGGAGGT 60
consensus_16085#0 AGGCGGAGGATCTGGCTATGGTTC-TGGCTCTGGCTACGGGTAT-GGATCCGGAGGAGGT 776
consensus_16085#4 CACTGAAGTAGCTAGAGCTTGCAAGTAAAGATGGCTACCACCAA-GCATTTTGTGTTGCT 69
consensus_16085#1 CCGCGGCCTCTCCCCCGACCGTCGGCCGCTTCCTCCTCTGCCACCGTACCACCAACCGCT 724
consensus_16085#2 CCGCGGCCTCTCCCCCGACCGTCGGCCGCTTCCTCCTCTGCCACCGTACCACCAACCGCT 569
* * * * * * * * * *
consensus_16085#3 GG---TGGGCACTACTAGTCCTATACTCGGCAATGGAGCAATTCTACCGTGGGACTTGTG 315
consensus_16085#5 GG---TGGGCACTACTAGTCCTATACTCGGCAATNGAGCCATTCTACCGTGGGACTTGTG 117
consensus_16085#0 GG---TGGGCACTACTAGTCCTATACTCGGCAATGGAGCAATTCTACCGTGGGACTTGTG 833
consensus_16085#4 AA---TAATCCTTGTCCTCCTTAGCATAGGAATGACCACTAGTGCTAGAACTCTCTTGGG 126
consensus_16085#1 GGATCCGGGCGAGGATCCGGCCACCGCCTCCTCCACCACTGCACCACCGCCAGATGAATA 784
consensus_16085#2 GGATCCGGGCGAGGATCCGGCCACCGCCTCCTCCACCACTGCACCACCGCCAGATGAATA 629
* * *
consensus_16085#3 CACTCATATATGATGATTGTGTAACATTGGTATATACACAAGCTTGTTTTCGTGA-TTAT 374
consensus_16085#5 CNCTCATATATGATGATTGTNTTACATTGGTATATACACAAGCCTGTTTTCGTGAANTAT 177
consensus_16085#0 CACTCATATATGATGATTGTGTAACATTGGTATATACACAAGCTTGTTTTCGTGA-TTAT 892
consensus_16085#4 TTATGGCATTGGAGGAGAAGGTGGCGGTGGTGGAGG-AGGAGGTGGTAGCGGCGGAGGAG 185
consensus_16085#1 TGATTGT-TATGATTTTTGTGATTTTGTTTTGTGCCCAAATCATTGTGAATGTGAAGTGA 843
consensus_16085#2 TGATTGT-TATGATTTTTGTGATTTTGTTTTGTGCCCAAATCATTGTGAATGTGAAGTGA 688
* * ** * * * ** * *
consensus_16085#3 ATGTAATGCTTCTT-GATTGGGCTTGCTGCTGCCC-AATATATGCGCTTCCCAAGTATAA 432
consensus_16085#5 ATGTTATGCTTCTTTGAATGGGCTTGCTGCTGCCCCAATATATGCGCCTTNCCCAAGGTT 237
consensus_16085#0 ATGTAATGCTTCTT-GATTGGGCTTGCTGCTGCCC-AATATATGCGCTTCCCAAGTATAA 950
consensus_16085#4 GTGGTGGGTATGGT-AGCGGCTCAGGCTATGGATCTGGCA-GCGGATATGGTCAAGGTGG 243
consensus_16085#1 TTTTGTTCTTTGGCCAGATGAATGTGATTGCGATGATTTTTGTGATTCTGTCTTGTGTCA 903
consensus_16085#2 TTTTGTTCTTTGGCCAGATGAATGTGATTGCGATGATTTTTGTGATTCTGTCTTGTGTCA 748
* * * * * * * *
consensus_16085#3 ATA-AATCAAAAATAAGGTTGAAATACAAATACTTATGCATTTGTTCTCTTAAAAAAAAA 491
consensus_16085#5 TTA-AATTAAATCCANAAATA--------------------------------------- 257
consensus_16085#0 ATA-AATCAAAAATAAGGTTGAAATACAAAAAAAAAAAAA-------------------- 989
consensus_16085#4 CGG-TGCTTATGGTGGAGGA---------------------------------------- 262
consensus_16085#1 AAATGACTGTGAATGTGATTATTTTTGTGATTTGTGATGCCTAATGGTCTACGACTAGCT 963
consensus_16085#2 AAATGACTGTGAATGTGATTATTTTTGTGATTTGTGATGCCTAAAAAA------------ 796
consensus_16085#3 AAAAAAAAAAAAAA--- 505
consensus_16085#5 -----------------
consensus_16085#0 -----------------
consensus_16085#4 -----------------
consensus_16085#1 AGGCTTATAATATTATT 980
consensus_16085#2 -----------------
|
| Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||