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Oryza sativa
cluster # 1718 cluster # 1718       Sequences # 2       consensus # 1


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_1718#0 length = 1668 sequences # 2  

consensusID : consensus_1718#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 1668
fasta sequence
                              [CCGAGCTCAGGCGACGACGCCCCCGCCTTTAATGGGCTTTCCCTCCCACCGACATGGCCGGCGATCCCCACACCCGCGCCGCCCCCGGTGACCTCTCCTCCTCCTCCTTCTCCTTCTCCCCCTCCCCTTCCGCCGCCGCGGTTGCGCTTGGAGTTGGGGGTGGCCTCGGCCTCGGCCCCTCTAGGCTCCTCCTCCACCTCCTCCTCCTCCACTCCCTCTTATAGCCCACCGCCACCGGCCGCCGCGCGCCCATGGCCGCCGTGTTCTTCCACCATGTTGTCGGCGACCTCACCGTCGGGAAGCCCGAGGTCGTGGAGCTGCACGACACCGACACGCCCCGGGCGGCGCCCGACGAGCCGCCGTCGGGCGCCAGGTTCCTCGGGATGATCTCCGCGCTCGACATCGCCACGTTCGTGGCCGCTTCCGGCGTCGGTGACCGGGCCATGGCCGCCGTGGTCGGGGAGGTCGTGCAGCCCAACCCTGGCCTGCTCCGGGAGGTCGATCCAGGCACGAGGTTGATCGACGCACTTGATTTGATGAAGCAAGGAGTGAAGCGCTTCCTTGTTCGAAAAAATGGCGCCTGGAGAGGCATCTCCAAGAGGTTTTCAGTGCTTTACAACGGGAAGTGGCTGAAGAATATGGAAGCAACATCTCCAACCTCAGCTAGCAGCAGTAGAGAGCTTTCCTCCTCTACCAGTTCCACCTACAAGTTCTGCTGCCTCTCAAGGGAAGACATTCTCCGGTTCCTTATTGGATGCCTCGGTGCCCTTGCGCCCATTCCACTGTCTCCAATCTCTTCCCTTGGAGCCATCAATCCACATTACTGTCATGTTGATGCATCTGTCCCAGCCATGGAAGCAATTCAGAAGGTCCCTCCAGATCCAAGTGCCGTAGCTGTAGTCGAGACTACACCAGATGGAACTCGCAAGATATTAGGAGATATCTCTGCCTACAAGCTGTGGAAATGTGACTATGTTGCGGCTGCATGGGCACTGATAAACCTATCGGCGGGGCAGTTTGTCATTGGTGCCGACGATAACGAATCAACACCGATCTCAGCCATCCCAGTGCCTCCCATCAGCTCATCACTAGTGGAAGAGATCGGACCTGGGCGCTCACCCAGGGCAAAGAAGTTCAGCAGCAGGAGCATCGGGTTCCTGAACAGCCAGGCGCACCAGATGGCGTTCGGTCGAATGAGGAGCATGTACCGCGGGAGGAGCGCGCCGCTGATGTGCAAGAGCACGAGCTCACTCGCAGCGGTCATGGCGCAGATGCTGTCCCACCGTGCCACGCATGTGTGGGTGACGGACGCGGAGTCGGAGGAGGATGGCGTGCTCGTCGGCGTCGTGGGGTACACCGACATCTTCAACGCGGTCACCAAGAGCGTTTATCCGGCAGCATCTTGAATCTCTGGATGCTTGATCCGTACCGTTTGCTCCGTTGGTGGTTCCTTGGTTGGCCCTAGTGCGTGCCGTGAACTGTACACTGCGCCTGGTTGGTTCTTTTTTGTCTTTCGAGAGTTGGGGAGTTTTTTGTCCGCATGAGACTGAAACTGAAGGGTATATTGTGAATTCCTTGTGGATCGGTGCTACTATGGCAGACTCAGGCTTGTGCTTTGGTACGGTGGAATGATAGTCTACTCATTCGTATATGTATAATGTATCGTTT]

[+] EMBL AK069967             [CCGAGCTCAGGCGACGACGCCCCCGCCTTTAATGGGCTTTCCCTCCCACCGACATGGCCGGCGATCCCCACACCCGCGCCGCCCCCGGTGACCTCTCCTCCTCCTCCTTCTCCTTCTCCCCCTCCCCTTCCGCCGCCGCGGTTGCGCTTGGAGTTGGGGGTGGCCTCGGCCTCGGCCCCTCTAGGCTCCTCCTCCACCTCCTCCTCCTCCACTCCCTCTTATAGCCCACCGCCACCGGCCGCCGCGCGCCCATGGCCGCCGTGTTCTTCCACCATGTTGTCGGCGACCTCACCGTCGGGAAGCCCGAGGTCGTGGAGCTGCACGACACCGACACGCCCCGGGCGGCGCCCGACGAGCCGCCGTCGGGCGCCAGGTTCCTCGGGATGATCTCCGCGCTCGACATCGCCACGTTCGTGGCCGCTTCCGGCGTCGGTGACCGGGCCATGGCCGCCGTGGTCGGGGAGGTCGTGCAGCCCAACCCTGGCCTGCTCCGGGAGGTCGATCCAGGCACGAGGTTGATCGACGCACTTGATTTGATGAAGCAAGGAGTGAAGCGCTTCCTTGTTCGAAAAAATGGCGCCTGGAGAGGCATCTCCAAGAGGTTTTCAGTGCTTTACAACGGGAAGTGGCTGAAGAATATGGAAGCAACATCTCCAACCTCAGCTAGCAGCAGTAGAGAGCTTTCCTCCTCTACCAGTTCCACCTACAAGTTCTGCTGCCTCTCAAGGGAAGACATTCTCCGGTTCCTTATTGGATGCCTCGGTGCCCTTGCGCCCATTCCACTGTCTCCAATCTCTTCCCTTGGAGCCATCAATCCACATTACTGTCATGTTGATGCATCTGTCCCAGCCATGGAAGCAATTCAGAAGGTCCCTCCAGATCCAAGTGCCGTAGCTGTAGTCGAGACTACACCAGATGGAACTCGCAAGATATTAGGAGATATCTCTGCCTACAAGCTGTGGAAATGTGACTATGTTGCGGCTGCATGGGCACTGATAAACCTATCGGCGGGGCAGTTTGTCATTGGTGCCGACGATAACGAATCAACACCGATCTCAGCCATCCCAGTGCCTCCCATCAGCTCATCACTAGTGGAAGAGATCGGACCTGGGCGCTCACCCAGGGCAAAGAAGTTCAGCAGCAGGAGCATCGGGTTCCTGAACAGCCAGGCGCACCAGATGGCGTTCGGTCGAATGAGGAGCATGTACCGCGGGAGGAGCGCGCCGCTGATGTGCAAGAGCACGAGCTCACTCGCAGCGGTCATGGCGCAGATGCTGTCCCACCGTGCCACGCATGTGTGGGTGACGGACGCGGAGTCGGAGGAGGATGGCGTGCTCGTCGGCGTCGTGGGGTACACCGACATCTTCAACGCGGTCACCAAGAGCGTTTATCCGGCAGCATCTTGAATCTCTGGATGCTTGATCCGTACCGTTTGCTCCGTTGGTGGTTCCTTGGTTGGCCCTAGTGCGTGCCGTGAACTGTACACTGCGCCTGGTTGGTTCTTTTTTGTCTTTCGAGAGTTGGGGAGTTTTTTGTCCGCATGAGACTGAAACTGAAGGGTATATTGTGAATTCCTTGTG                                                                                        ]
[+] EMBL AK060073             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TCCACTGTCTCCAATCTCTTCCCTTGGAGCCATCAATCCACATTACTGTCATGTTGATGCATCTGTCCCAGCCATGGAAGCAATTCAGAAGGTCCCTCCAGATCCAAGTGCCGTAGCTGTAGTCGAGACTACACCAGATGGAACTCGCAAGATATTAGGAGATATCTCTGCCTACAAGCTGTGGAAATGTGACTATGTTGCGGCTGCATGGGCACTGATAAACCTATCGGCGGGGCAGTTTGTCATTGGTGCCGACGATAACGAATCAACACCGATCTCAGCCATCCCAGTGCCTCCCATCAGCTCATCACTAGTGGAAGAGATCGGACCTGGGCGCTCACCCAGGGCAAAGAAGTTCAGCAGCAGGAGCATCGGGTTCCTGAACAGCCAGGCGCACCAGATGGCGTTCGGTCGAATGAGGAGCATGTACCGCGGGAGGAGCGCGCCGCTGATGTGCAAGAGCACGAGCTCACTCGCAGCGGTCATGGCGCAGATGCTGTCCCACCGTGCCACGCATGTGTGGGTGACGGACGCGGAGTCGGAGGAGGATGGCGTGCTCGTCGGCGTCGTGGGGTACACCGACATCTTCAACGCGGTCACCAAGAGCGTTTATCCGGCAGCATCTTGAATCTCTGGATGCTTGATCCGTACCGTTTGCTCCGTTGGTGGTTCCTTGGTTGGCCCTAGTGCGTGCCGTGAACTGTACACTGCGCCTGGTTGGTTCTTTTTTGTCTTTCGAGAGTTGGGGAGTTTTTTGTCCGCATGAGACTGAAACTGAAGGGTATATTGTGAATTCCTTGTGGATCGGTGCTACTATGGCAGACTCAGGCTTGTGCTTTGGTACGGTGGAATGATAGTCTACTCATTCGTATATGTATAATGTATCGTTT]


>consensus_1718#0 CCGAGCTCAGGCGACGACGCCCCCGCCTTTAATGGGCTTTCCCTCCCACCGACATGGCCG GCGATCCCCACACCCGCGCCGCCCCCGGTGACCTCTCCTCCTCCTCCTTCTCCTTCTCCC CCTCCCCTTCCGCCGCCGCGGTTGCGCTTGGAGTTGGGGGTGGCCTCGGCCTCGGCCCCT CTAGGCTCCTCCTCCACCTCCTCCTCCTCCACTCCCTCTTATAGCCCACCGCCACCGGCC GCCGCGCGCCCATGGCCGCCGTGTTCTTCCACCATGTTGTCGGCGACCTCACCGTCGGGA AGCCCGAGGTCGTGGAGCTGCACGACACCGACACGCCCCGGGCGGCGCCCGACGAGCCGC CGTCGGGCGCCAGGTTCCTCGGGATGATCTCCGCGCTCGACATCGCCACGTTCGTGGCCG CTTCCGGCGTCGGTGACCGGGCCATGGCCGCCGTGGTCGGGGAGGTCGTGCAGCCCAACC CTGGCCTGCTCCGGGAGGTCGATCCAGGCACGAGGTTGATCGACGCACTTGATTTGATGA AGCAAGGAGTGAAGCGCTTCCTTGTTCGAAAAAATGGCGCCTGGAGAGGCATCTCCAAGA GGTTTTCAGTGCTTTACAACGGGAAGTGGCTGAAGAATATGGAAGCAACATCTCCAACCT CAGCTAGCAGCAGTAGAGAGCTTTCCTCCTCTACCAGTTCCACCTACAAGTTCTGCTGCC TCTCAAGGGAAGACATTCTCCGGTTCCTTATTGGATGCCTCGGTGCCCTTGCGCCCATTC CACTGTCTCCAATCTCTTCCCTTGGAGCCATCAATCCACATTACTGTCATGTTGATGCAT CTGTCCCAGCCATGGAAGCAATTCAGAAGGTCCCTCCAGATCCAAGTGCCGTAGCTGTAG TCGAGACTACACCAGATGGAACTCGCAAGATATTAGGAGATATCTCTGCCTACAAGCTGT GGAAATGTGACTATGTTGCGGCTGCATGGGCACTGATAAACCTATCGGCGGGGCAGTTTG TCATTGGTGCCGACGATAACGAATCAACACCGATCTCAGCCATCCCAGTGCCTCCCATCA GCTCATCACTAGTGGAAGAGATCGGACCTGGGCGCTCACCCAGGGCAAAGAAGTTCAGCA GCAGGAGCATCGGGTTCCTGAACAGCCAGGCGCACCAGATGGCGTTCGGTCGAATGAGGA GCATGTACCGCGGGAGGAGCGCGCCGCTGATGTGCAAGAGCACGAGCTCACTCGCAGCGG TCATGGCGCAGATGCTGTCCCACCGTGCCACGCATGTGTGGGTGACGGACGCGGAGTCGG AGGAGGATGGCGTGCTCGTCGGCGTCGTGGGGTACACCGACATCTTCAACGCGGTCACCA AGAGCGTTTATCCGGCAGCATCTTGAATCTCTGGATGCTTGATCCGTACCGTTTGCTCCG TTGGTGGTTCCTTGGTTGGCCCTAGTGCGTGCCGTGAACTGTACACTGCGCCTGGTTGGT TCTTTTTTGTCTTTCGAGAGTTGGGGAGTTTTTTGTCCGCATGAGACTGAAACTGAAGGG TATATTGTGAATTCCTTGTGGATCGGTGCTACTATGGCAGACTCAGGCTTGTGCTTTGGT ACGGTGGAATGATAGTCTACTCATTCGTATATGTATAATGTATCGTTT



clustalw multiple alignements is not computed in this case


Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)