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consensusID : consensus_17567#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 114 consensus length = 442 fasta sequence
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[+] EMBL AU064882 [ CACTTGCTACTCGTTTCTGTAATTTCT GTCAAGTGCTGCATGGAGCATGGATAATATATCTTTGGGAAAGAAGTGGTAATTGGACAATTGCAAACTTTGAAGAAATTTGCAGGAAGCATGAAGCATGATGCACTGACTAAATAAGTTTCAGANAAAAATAAATATGGTTTTGCTATGACACCTATG TTTGATTTACCAT CAT GATAACATGATAGTTATG ]
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[+] EMBL AU064825 [ CACTTGCTACTCGTTTCTGTAATTTCT GTCAAGTGCTGCATGGAGCATGGATAATATATCTTTGGGAAAGAAGTGGTAATTGGACAATTGCAAACTTTGAAGAAATTTGCAGGAAGCATGAAGCATGATGCACTGACTAAATAAGTTTCAGAAAAAAATAAATATGGTTTTGCTATGACACCTATG TTTGATTTACCAT CAT GATAACATGATAGTTATG ]
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[+] EMBL AU094945 [ AAGCATGNAGCATGATGCACTGNCTAAATAAGTTTCAGAAAAAANTANATNTGGTNTTGCTNTGACACCTATG TTTGATTTACCAT CAT GATAACATGATAGTTCTGGTATATTT GGGCCCTTTATCCCATTA GATGG AGATATA TTT GGGCCAAATTTCTTACAA CCAAATTTATTTTGT AA CAA TTTTTTGTAAATA GACAA TTTTA CCAAGATATTAAC GCATTA GGGAAC AAG TTCT CTGTTGATAGCTAAAAAAAAAAA ]
[+] EMBL AU222607 [ AAATAAGTTTCAGAAAAAAATAAATATGGTTTTGCTATGACACCTATG TTTGATTTACCAT CAT GATAACATGATAGTTATGGTATATTT GGGCCCTTTATCCCATTA GATGG AGATATA TTT GGGCCAAATTTCTTACAA CCAAATTTATTTTGT AA CAA TTTTTTGTAAATA GACAA TTTTA CCAAGATATTAAC GCATTA GGGAAC AAG TTNT CTGTTGATAGCTAAAAAAAAAAA ]
consensusID : consensus_17567#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 3 consensus length = 366 fasta sequence
[CACTTGCTACTCGTTTCTGTAATTTCTGTCAAGTGCTGCATGGAGCATGGATAATATATCTTTGGGAAAGAAGTNGTAATTGGACAATTGCAAACTTTGAAGAAATTTGCAGGAAGCATGAAGCATGANGCACTGACTAAATAAGTTTCAG-AAAAAATAAATAT-GGTTTTGCTATTGACACCTATGTTTGATTTACCATCATGGATACCATGATAGTTATGGTATATTTGGGCCCTTTATCCCATTAGGATGGNGGAATATTTGGCCAATTTTCTTACANCCAANTTATTTTTGTAACAATTTTTGTAAATGGCAATTTACCAGGTTTTACCGGATTGGGGNCAAGTCTCTGTTGTAGCTAAAAAA]
[+] EMBL AU064663 [CACTTGCTACTCGTTTCTGTAATTTCTGTCAAGTGCTGCATGGAGCATGGATAATATATCTTTGGGAAAGAAGTGGTAATTGGACAATTGCAAACTTTGAAGAAATTTGCAGGAAGCATGAAGCATGATGCACTGACTAAATAAGTTTCAGAAAAAAATAAATAT GGTTTTGCTATTGACACCTATGTTTGATTTACCATCATGGATACCATGATAGTTATGGTATATTTGGGCCCTTTATCCCATTAGGATGGNGGAATATTTGGCCAATTTTCTTACANCCAANTTATTTTTGTAACAATTTTTGTAAATGGCAATTTACCAGGTTTTACCGGATTGGGGNCAAGTCTCTGTTGTAGCTAAAAAA]
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consensusID : consensus_17567#2 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 6 consensus length = 364 fasta sequence
[CACTTGCTACTCGTTTCTGTAATTTCTGTCAAGTGCTGCATGGAGCATGGATAATATATCTTTGGGAAAGAAGTGGTAATTGGACAATTGCAAACTTTGAAGAAATTTGCAGGAAGCATGAAGCATGATGCACTTGACTAAATAAGTTTCAGAAAAAAATAAATAT-GGTTTTGCTATGACACCTAT-G-TTTGATTTACCAT-CATGATAACATGATA-GTTATGGTATATTTTGGGCCCTTTATCCCATTAGGATGGGGATATATTTTGGGCCCAAATTTCTTT-CAACCCAATTTTATTTTTGTAACCAATTTTTTTGGTAAATNGGGC-AATTTTCCCCAGGTTTTTANCGGGTTTGGGGGGCCAGG]
[+] EMBL AU064721 [CACTTGCTACTCGTTTCTGTAATTTCTGTCAAGTGCTGCATGGAGCATGGATAATATATCTTTGGGAAAGAAGTGGTAATTGGACAATTGCAAACTTTGAAGAAATTTGCAGGAAGCATGAAGCATGATGCACTTGACTAAATAAGTTTCAGAAAAAAATAAATATGGGTTTTGCTATGACACCTAT G TTTGATTTACCAT CATGATAACATGATA GTTATGGTATATTTTGGGCCCTTTATCCCATTAGGATGGGGATATATTTNGGGCCCAATTTTCTTT CAACCCAATTTTATTTTTGTAACCAATTTTTTTGGTAAATNGGGC AATTTTCCCCAGGTTTTTANCGGGTTTGGGGGGCCAGG]
[+] EMBL AU064811 [CACTTGCTACTCGTTTCTGTAATTTCTGTCAAGTGCTGCATGGAGCATGGATAATATATCTTTGGGAAAGAAGTGGTAATTGGACAATTGCAAACTTTGAAGAAATTTGCAGGAAGCATGAAGCATGATGCAC TGACTAAATAAGTTTCAGAAAAAAATAAATAT GGTTTTGCTATGACACCTAT GTTTTGATTTACCAT CATGATAACATGATA GTTATGGTATATTTGGGCCCCTTAATCCCA TAGGATNGGGNTATATTTTGGGCCNAAATTTTTTA CAACCCAATTTT NTTTTGT ACCAATTTTTT GTAAAANGGGCAAATTTTCCCC GGGTTTTACCGGGTTTGGGGGc ]
[+] EMBL AU064585 [CACTTGCTACTCGTTTCTGTAATTTCTGTCAAGTGCTGCATGGAGCATGGATAATATATCTTTGGGAAAGAAGTGGTAATTGGACAATTGCAAACTTTGAAGAAATTTGCAGGAAGCATGAAGCATGATGCAC TGACTAAATAAGTTTCAGAAAAAANTAAATAT GGTTTTGCTATGACACCTAT G TTTGATTTACCAT CATGNTAACATGATA GTTATGGTATA TTTNGGCCCTTTATCCCATTAGGNTGGGGATATATTTTGGGCCCAAATTTCTTTCCAACCNAAATTTAT ]
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consensusID : consensus_17567#3 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 2 consensus length = 363 fasta sequence
[ACTTGCTACTCGTTTCTGTAATTTCTGTCAAGTGCTGCATGGAGAATGGATAATATATCTTTGGGAAAGAAGTGGTAATTGGACAATTGCAGACTTTGAAGAAATTTGCAGGAAGCATGAAGCATGATGCACTGACTAAATAAGTTTCAGAAAAAAATAAATATGGTTTTGCTATGACACCTATGTTTGATTTACCATCATGATAACATGATAGTTATGGTATATTTGGGCCCTTTATCCCATTAGATGGAGATATATTTGGGCCAAATTTCTTACAACCAAATTTATTTTGTAACAATTTTTGTAAATAGACAATTTTACCAAGATATTAACGCATTAGGGACCAAAAAAAAAAAAAAAAAA]
[-] EMBL CA761174 [ACTTGCTACTCGTTTCTGTAATTTCTGTCAAGTGCTGCATGGAGAATGGATAATATATCTTTGGGAAAGAAGTGGTAATTGGACAATTGCAGACTTTGAAGAAATTTGCAGGAAGCATGAAGCATGATGCACTGACTAAATAAGTTTCAGAAAAAAATAAATATGGTTTTGCTATGACACCTATGTTTGATTTACCATCATGATAACATGATAGTTATGGTATATTTGGGCCCTTTATCCCATTAGATGGAGATATATTTGGGCCAAATTTCTTACAACCAAATTTATTTTGTAACAATTTTTGTAAATAGACAATTTTACCAAGATATTAACGCATTAGGGACCAAAAAAAAAAAAAAAAAA]
[-] EMBL CB627697 [ACTTGCTACTCGTTTCTGTAATTTCTGTCAAGTGCTGCATGGAGAATGGATAATATATCTTTGGGAAAGAAGTGGTAATTGGACAATTGCAAACTTTGAAGAAATTTGCAGGAAGCATGAAGCATGATGCACTGACTAAATAAGTTTCAGAAAAAAATAAATATGGTTTTGCTATGACACCTATGTTTGATTTACCATCATGATAACATGATAGTTATGGTATATTTGGGCCCTTTATCCCATTAGATGGAGATATATTTGGGCCAAATTTCTTACAACCAAATTTATTTTGTAACAATTTTTGTAAATAGACAATTTTACCAAGATATTAACGCATTAGGGA ]
consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment
consensus_17567#2 ------------------------------------------------------------
consensus_17567#3 ------------------------------------------------------------
consensus_17567#0 AGCATAGAATTCAGGGCACCCAGGTATATNTAACAAGCAATGCCATCATTGAGCNCAACA 60
consensus_17567#1 ------------------------------------------------------------
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consensus_17567#0 TTTCACTTGCTACTCGTTTCTGTAATTTCTGTCAAGTGCTGCATGGAGCATGGATAATAT 120
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******************************************** ***********
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***************** ***************** ************************
consensus_17567#2 ATGAAGCATGATGCACTTGACTAAATAAGTTTCAGAAAAAAATAAATATGGTTTTGCTAT 177
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*********** ***** *********************** ******************
consensus_17567#2 -GACACCTATGTTTGATTTACCATCATG-ATAACATGATAGTTATGGTATATTTTGGGCC 235
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*************************** *** ********************* *****
consensus_17567#2 CTTTATCCCATTAGGATGGGGATATATTTTGGGCCCAAATTTCTTTCAACCCAATTTTAT 295
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************** **** * ****** * **** ****** ** ** * **
consensus_17567#2 TTTTGTAACCAATTTTTTTGGTAAATNGGGCAATTTTCCCCAGGTTTTTANCGGGTTTGG 355
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********* ******* ****** * ****** * ** * ** * ** **
consensus_17567#2 GGGGCCAGG----------------------------- 364
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*** *
|
| Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||