cluster # 2220

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Oryza sativa
cluster # 2220 cluster # 2220 Sequences # 2 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_2220#0 length = 897 sequences # 1

consensus_2220#1 length = 640 sequences # 1

consensusID : consensus_2220#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 897
fasta sequence

                              [ACTAGTCTCGAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTCAAGGAAATTGACCATTGCTTGCCGAGCGTTTATTTCTTTTCGAGTTTAACGCCGAGCCCCTAACGGTAGAGCACGAGCCATCAAGCGAACCCGTAATCTAAGGCTTCGTCCACATCTAAACTCCACTTCCCTCCCGAGATATTTTACAAGGATCTCCCCAGATTCCAAACTTTTAGGCTGGACCCATCTCGAATCGGCGGTGACGATTGACTGTGGGCCTTTTCAAGAACCTCTAAGACCACGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTNNNTNGNNNNNNNNNNNTTNNTNNANNTTTTNNNNNTNANTNTNTNNTNTTGGTTAANNTATTATTTTTTTTAAAAAATTTAAANNAANAATANTATTTTAAAATTTAANATAATAAATTTTTTNNTATAATATTTTAATAAANTTANTAATAATTTTNNATATTAAAAAAAATAATNATAAATTTNTTAAATAATATATTATATATTATAATTTTTATATTAATTATTATTATTTAAAATAATATATTAAATATTTTATAATATATTAATATTATAAAATTTATATTTTATATTAATAAATATATATAAAATTATTAATTATTAATATAATATATTTTATAAAATATTTATTAATATAAATAATTATATNTTATAAATAATATATTTTAATATAAATTATATAATTATTATATATATTAATATANAAATATAAATATATATATATATATATATTATAAATTATAATATTATAATTTAATATATATAATTATATATTATTTAATANNNNNNTNNNAATTTTNATTNNNNNTNTTTTTAAAATTTAATTATTAATTTTAAAAATAATATAANNANNNAATATANTNNNNNNNNNTNNNNNNTTT]

[+] EMBL AW155504             [ACTAGTCTCGAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTCAAGGAAATTGACCATTGCTTGCCGAGCGTTTATTTCTTTTCGAGTTTAACGCCGAGCCCCTAACGGTAGAGCACGAGCCATCAAGCGAACCCGTAATCTAAGGCTTCGTCCACATCTAAACTCCACTTCCCTCCCGAGATATTTTACAAGGATCTCCCCAGATTCCAAACTTTTAGGCTGGACCCATCTCGAATCGGCGGTGACGATTGACTGTGGGCCTTTTCAAGAACCTCTAAGACCACGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTNNNTNGNNNNNNNNNNNTTNNTNNANNTTTTNNNNNTNANTNTNTNNTNTTGGTTAANNTATTATTTTTTTTAAAAAATTTAAANNAANAATANTATTTTAAAATTTAANATAATAAATTTTTTNNTATAATATTTTAATAAANTTANTAATAATTTTNNATATTAAAAAAAATAATNATAAATTTNTTAAATAATATATTATATATTATAATTTTTATATTAATTATTATTATTTAAAATAATATATTAAATATTTTATAATATATTAATATTATAAAATTTATATTTTATATTAATAAATATATATAAAATTATTAATTATTAATATAATATATTTTATAAAATATTTATTAATATAAATAATTATATNTTATAAATAATATATTTTAATATAAATTATATAATTATTATATATATTAATATANAAATATAAATATATATATATATATATATTATAAATTATAATATTATAATTTAATATATATAATTATATATTATTTAATANNNNNNTNNNAATTTTNATTNNNNNTNTTTTTAAAATTTAATTATTAATTTTAAAAATAATATAANNANNNAATATANTNNNNNNNNNTNNNNNNTTT]




>consensus_2220#0
ACTAGTCTCGAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTCAAGGAAATTGACCATTGCTTGCCGAGCGT
TTATTTCTTTTCGAGTTTAACGCCGAGCCCCTAACGGTAGAGCACGAGCCATCAAGCGAA
CCCGTAATCTAAGGCTTCGTCCACATCTAAACTCCACTTCCCTCCCGAGATATTTTACAA
GGATCTCCCCAGATTCCAAACTTTTAGGCTGGACCCATCTCGAATCGGCGGTGACGATTG
ACTGTGGGCCTTTTCAAGAACCTCTAAGACCACGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTNNNTNG
NNNNNNNNNNNTTNNTNNANNTTTTNNNNNTNANTNTNTNNTNTTGGTTAANNTATTATT
TTTTTTAAAAAATTTAAANNAANAATANTATTTTAAAATTTAANATAATAAATTTTTTNN
TATAATATTTTAATAAANTTANTAATAATTTTNNATATTAAAAAAAATAATNATAAATTT
NTTAAATAATATATTATATATTATAATTTTTATATTAATTATTATTATTTAAAATAATAT
ATTAAATATTTTATAATATATTAATATTATAAAATTTATATTTTATATTAATAAATATAT
ATAAAATTATTAATTATTAATATAATATATTTTATAAAATATTTATTAATATAAATAATT
ATATNTTATAAATAATATATTTTAATATAAATTATATAATTATTATATATATTAATATAN
AAATATAAATATATATATATATATATATTATAAATTATAATATTATAATTTAATATATAT
AATTATATATTATTTAATANNNNNNTNNNAATTTTNATTNNNNNTNTTTTTAAAATTTAA
TTATTAATTTTAAAAATAATATAANNANNNAATATANTNNNNNNNNNTNNNNNNTTT

consensusID : consensus_2220#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 640
fasta sequence

                              [ACTAGTCTCGAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTCAAGGAAATGGACCATTGCTTGCCGAGCGTTTATTTCTTTTCGAGTTTAACGCCGAGCCCCTAACGGTAGAGCACGAGCCATCAAGCGAACCCGTAATCTAAGGCTTCGTCCACATCTAAACTCCACTTCCCTCCCGAGATATTTTACAAGGATCTCCCCAGATTCCAAACTTTTAGGCTGGACCCATCTCGAATCGGCGGTGACGATTGACTGTGGGCCTTTTCAAGATCCTCGAGCATGACGNNNNNNNNNTNNNNNNAANGGNNNNGTNNNACGGNATTTAATACACNTGCATGAAATTAAGCATAAGCCATATGGGAACTAAAACTTGTTTTTTAAAGATAATCCTATTCCGGGAGGGATGAACATATGAGTTACCTCGATGAGTTTGTGTAGTGAAGGCTACTTTGTTATAAAATACTTAAAGGCGATGGGGTGCATTGTTTATTACGGTGTTTGAATATATGGCTGGTTAGGTGGCGGCGCGCAGTATTATGGTGTGGAGAAGTAAGGGATATTTTGTTTTGGGCTATAAGGCTTTTCAAAAAGTAAGCTTGGGATTTAGAATCCAGGCAAAACAGTTTGGCGGAGTGTAAACTGATATCTATG]

[+] EMBL AW155316             [ACTAGTCTCGAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTCAAGGAAATGGACCATTGCTTGCCGAGCGTTTATTTCTTTTCGAGTTTAACGCCGAGCCCCTAACGGTAGAGCACGAGCCATCAAGCGAACCCGTAATCTAAGGCTTCGTCCACATCTAAACTCCACTTCCCTCCCGAGATATTTTACAAGGATCTCCCCAGATTCCAAACTTTTAGGCTGGACCCATCTCGAATCGGCGGTGACGATTGACTGTGGGCCTTTTCAAGATCCTCGAGCATGACGNNNNNNNNNTNNNNNNAANGGNNNNGTNNNACGGNATTTAATACACNTGCATGAAATTAAGCATAAGCCATATGGGAACTAAAACTTGTTTTTTAAAGATAATCCTATTCCGGGAGGGATGAACATATGAGTTACCTCGATGAGTTTGTGTAGTGAAGGCTACTTTGTTATAAAATACTTAAAGGCGATGGGGTGCATTGTTTATTACGGTGTTTGAATATATGGCTGGTTAGGTGGCGGCGCGCAGTATTATGGTGTGGAGAAGTAAGGGATATTTTGTTTTGGGCTATAAGGCTTTTCAAAAAGTAAGCTTGGGATTTAGAATCCAGGCAAAACAGTTTGGCGGAGTGTAAACTGATATCTATG]




>consensus_2220#1
ACTAGTCTCGAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTCAAGGAAATGGACCATTGCTTGCCGAGCGT
TTATTTCTTTTCGAGTTTAACGCCGAGCCCCTAACGGTAGAGCACGAGCCATCAAGCGAA
CCCGTAATCTAAGGCTTCGTCCACATCTAAACTCCACTTCCCTCCCGAGATATTTTACAA
GGATCTCCCCAGATTCCAAACTTTTAGGCTGGACCCATCTCGAATCGGCGGTGACGATTG
ACTGTGGGCCTTTTCAAGATCCTCGAGCATGACGNNNNNNNNNTNNNNNNAANGGNNNNG
TNNNACGGNATTTAATACACNTGCATGAAATTAAGCATAAGCCATATGGGAACTAAAACT
TGTTTTTTAAAGATAATCCTATTCCGGGAGGGATGAACATATGAGTTACCTCGATGAGTT
TGTGTAGTGAAGGCTACTTTGTTATAAAATACTTAAAGGCGATGGGGTGCATTGTTTATT
ACGGTGTTTGAATATATGGCTGGTTAGGTGGCGGCGCGCAGTATTATGGTGTGGAGAAGT
AAGGGATATTTTGTTTTGGGCTATAAGGCTTTTCAAAAAGTAAGCTTGGGATTTAGAATC
CAGGCAAAACAGTTTGGCGGAGTGTAAACTGATATCTATG

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_2220#0      ACTAGTCTCGAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTCAAGGAAATTGACCATTGCTTGCCGAGCGT 60
consensus_2220#1      ACTAGTCTCGAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTCAAGGAAATGGACCATTGCTTGCCGAGCGT 60
                      *************************************** ********************

consensus_2220#0      TTATTTCTTTTCGAGTTTAACGCCGAGCCCCTAACGGTAGAGCACGAGCCATCAAGCGAA 120
consensus_2220#1      TTATTTCTTTTCGAGTTTAACGCCGAGCCCCTAACGGTAGAGCACGAGCCATCAAGCGAA 120
                      ************************************************************

consensus_2220#0      CCCGTAATCTAAGGCTTCGTCCACATCTAAACTCCACTTCCCTCCCGAGATATTTTACAA 180
consensus_2220#1      CCCGTAATCTAAGGCTTCGTCCACATCTAAACTCCACTTCCCTCCCGAGATATTTTACAA 180
                      ************************************************************

consensus_2220#0      GGATCTCCCCAGATTCCAAACTTTTAGGCTGGACCCATCTCGAATCGGCGGTGACGATTG 240
consensus_2220#1      GGATCTCCCCAGATTCCAAACTTTTAGGCTGGACCCATCTCGAATCGGCGGTGACGATTG 240
                      ************************************************************

consensus_2220#0      ACTGTGGGCCTTTTCAAGAACCTCTAAGACCACGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTNNNTNG 300
consensus_2220#1      ACTGTGGGCCTTTTCAAGATCCTCGAGCATGACGNNNNNNNNNTNNNNNNAANGGNNNNG 300
                      ******************* **** *  *  ************ ******  *  ** **

consensus_2220#0      NNNNNNNNNNNTTNNTNNANNTTTTNNNNNTNANTNTNTNNTNTTGGTTAANNTATTATT 360
consensus_2220#1      TNNNACGGNATTTAATACACNTGCATGAAATTAAGCATAAGCCATATGGGAACTAAAACT 360
                       ***    *  **  *  * **        * *           *     *  **  * *

consensus_2220#0      TTTTTTAAAAAATTTAAANNAANAATANTATTTTAAAATTTAANATAATAAATTTTTTNN 420
consensus_2220#1      TGTTTT-------TTAAAG--ATAATCCTATTCCGGGAG--GGATGAACATATGAGTTAC 409
                      * ****       *****   * ***  ****     *        ** * **   **  

consensus_2220#0      TATAATATTTTAATAAANTTANTAATAATTTTNNATATTAAAAAAAATAATNATAAATTT 480
consensus_2220#1      CTCGATGAGTTTGTGTAGTGAAGGCTACTTTGTTATA-------AAATACTTAAAG---- 458
                          **   **  *  * * *    ** ***   ***       ***** * * *     

consensus_2220#0      NTTAAATAATATATTATATATTATAATTTTTATATTAATTATTATTATTTAAAATAATAT 540
consensus_2220#1      GCGATGGGGTGCATTGTTTATTACGGTGTTTGAAT---ATATGGCTGGTTAGGTGGCGGC 515
                         *     *  *** * *****   * ***  **    ***   *  ***         

consensus_2220#0      ATTAAATATTTTATAATATATTAATATTATAAAATTTATATTTTATATTAATAAATATAT 600
consensus_2220#1      GCGCAGTAT--TATGGTGTGGAGAAGTAAGGGATATTTTGTTTTGGGCTATAAGGCTTTT 573
                          * ***  ***  * *    *  * *   *  ** * ****    **  *    * *

consensus_2220#0      ATAAAATTATTAATTATTAATATAATATATTTTATAAAATATTTATTAATATAAATAATT 660
consensus_2220#1      CAAAAAGTA--AGCTTGGGATTTAGAATCCAGGCAAAACAGTTTGGCGGAGTGTAAACTG 631
                        **** **  *  *    ** **  **       ***   ***       *  * * * 

consensus_2220#0      ATATNTTATAAATAATATATTTTAATATAAATTATATAATTATTATATATATTAATATAN 720
consensus_2220#1      ATATCT-ATG-------------------------------------------------- 640
                      **** * **                                                   

consensus_2220#0      AAATATAAATATATATATATATATATATTATAAATTATAATATTATAATTTAATATATAT 780
consensus_2220#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_2220#0      AATTATATATTATTTAATANNNNNNTNNNAATTTTNATTNNNNNTNTTTTTAAAATTTAA 840
consensus_2220#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_2220#0      TTATTAATTTTAAAAATAATATAANNANNNAATATANTNNNNNNNNNTNNNNNNTTT 897
consensus_2220#1      ---------------------------------------------------------