cluster # 2504

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Oryza sativa
cluster # 2504 cluster # 2504 Sequences # 2 consensus # 2

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consensus_2504#0 length = 2788 sequences # 1

consensus_2504#1 length = 2138 sequences # 1

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>consensus_2504#0
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CCATCCATCTCCGCCCCGACCTCCGGATTCGTCACCCCCTGGTCCCCGTCGCACGGCGGG
CGCTCACGCCACCTCCAGCCTCCGCTGCGACCTAGACGCGGCCTCTGGCGACCCGGGCGC
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TTTTTTATGATGATTTGGCTTTTTTTGCACACTGTTGGTATTGTCAAAGCGGCCGTTCAT
CTCTTTCTTTGTCACTGTGAATTACAAGGGGAAGTCAAAGTATGTGTAACCAATCTGATT
GAGCAGTCAACAGGTTCCTTAATTTGCTCTTGCTCACTGTTGTTGTAAATGCACCTGTTT
ATTTCTTTGTTTGCACCTTGAATTATGAGGGGAAATCAAGGTATCTAACCAACCTGAATT
GGACATTAGCAGTTTCCCTGAATTTCTTTTACTTATTCTATATAAATGCGTAGAAAGATC
CAAGTAGGTAACAGCCTCATGGTACTGAAGAAAGAAGAAAATGCCTGGAAGTGTGGGTTT
TTTTTTTTGTGCAACATGCTGCCTGTGAATGCTTTTATGAAACATAATTAATTTTATTAT
ATAACTTCATTCAACAAAAATGCTATGGTTCCTGCTATTCGAATAATTGCCCAAATTTAG
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TACCAAGTTTCAATTTGAATCTCCATCAAATATTAGAGAGTCACAATCAAGCATAAAAGG
TCATTCGCTTGGTGAGTTTTTGATTTTATTATCTCTCTGATTCCTTGACCTGAATTAACA
TTATTTTTTTTACAAGAAAAGATCATTCTCTAGGTAACATATAAATATTCTCTATGAGTA
TCTCACATGATCTGAAGTTACAGCTGAAACTAACATTGTCACTGAAACAAAATTGCAGAG
TTTTTAAATTGTCATGGATGCTCATGTCTGAGTTTAAGTCGTGTGGTAACAGGTAACCAC
CTTTATCCCGTGGAATAGCATTTGGCATGGCCATGCTGGTGGGTGGTATAAAAATCACAA
ATGTCTAAAATTTGAAATAGCCTTTGAGGCTGAATGATTTGTCAAAAGGTTATGCTCAGG
TGACAAAATTCTTTCGCATGTCCGATTGGGAATCGGCTTATGAAACGAAGCCCATATGGG
TAAGGCAACACCTGATTTGTTTGTTACCTAGAATTGGTGTCTGCATTGCAATTATCACAT
GAAGCATGCCTTTGATTTTCTCAATCTTCAATAGCCGCATGAAAAAGATTTGTATTCTAT
TTTTAATCAATTTTTGTTACACAGGTATGCGTTCCTTTACTATTACTCCATGCACAGGTA
ATTTGCTTTCCAGTTAGCAGCACTAACTTTGGTTGTCCTAATGTCCTCTTTAATAACAAT
ATTCTTCTGTACAAATTGGTTCTTCATTTAGAAGGTTGTTAAACGGGTAAAATCCATGTA
AATTCGTGAGAGTAATAATGTTACTCATGTTGGCAGCTGAGCACTCTGCTATATATATTA
AATTTGGTACTGCTCAATCTAATCCCATGACAATATCCTGGCCAAGATGATGTTGTTGCA
AGAATGGGAGAAGGATGATCGGTTTATATATGTCTGGCTTCTTAGTTTTTTTAACTAAGA
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CATAAAGGTTAAGAGAAAAAAAAAGTATTTTAAGGCAGGTAGAGCCATAGAGCATTCTTT
TCAGTAAAAAGAATTATAACAAAAATTCAGCATATTTGGTACAGAACAAGCATGGCTCCT
TTGGATCGGATTCACTACAGGTTCCTTTAGCACAGGTGTAGATTTAGCAAGACAATATTT
GAAATTTTTGTATAGATGATGGACACCAATTGATCTGACAAGTTTGGTTCTAGGTGATGA
TTAATCTCTTCTACAGTTTAATTTGCTGCGTTGATTATTTAGTTGATATTTTGTTACTTT
GTCATATCCTTGTATGGACAACTGGAAGGGGGCTAGGAGCTGCAGACAATGGCATCTATG
GCAGCACATGCATTACTCTAACCATAATAACAGGAAAATGGTTCGAATGGTCATAATGCT
TGTGGCTAGCGGCAGCTCAATTGTGACCAGCAACAGTCAGGTATTATTGGAAGGGTCTAG
CCACCATGATTACTTAACAATATCACATTTTCTTTTTCACCGTTGCATCGCATGGGCACT
CAACTAGTAAAGGGAAAAATACCAATAATAAATAATGTAGTTGTATTAGGATTAGAGAAT
TAACTTGGATGCAGGAGTTATACATCAAAGTGAAGAAGAAATGAAGCCGACATACAATGA
AACATACATCCGACGAATCACGTGCGAGCACACGGATTGAAAAGCCCACAAGTTAGTTCA
AACCGGCTCAAAGTAGGGCCAACCACTTGGGAACCGACTGAGAGGCGCACCTTGCAGCCT
CTCACCAAAGGCGGTGGAGAGAGACAGTTTGCCTGGTTCGGCCAAACCAGAGGTTCGGTA
GAACCCTAGCTGGCACTGACTTCAGGAAAATTAGATGGGTACCTCGTGTGTTACCGTGGG
ATATTTGTATCCTACCAAAGTGGTATTCTTGCTTTGAGGAAATAATATGGAAAAGAGACA
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>consensus_2504#1
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CGCTCACGCCACCTCCAGCCTCCGCTGCGACCTAGACGCGGCCTCTGGCGACCCGGGCGC
CCTCTCTGCCCCCTCCATCGTGCTCCTGGAGCCTTTTCTACTGCAGCCCCATCGGCCCCC
TTTTTTATGATGATTTGGCTTTTTTTGCACACTGTTGGTATTGTCAAAGCGGCCGTTCAT
CTCTTTCTTTGTCACTGTGAATTACAAGGGGAAGTCAAAGTATGTGTAACCAATCTGATT
GAGCAGTCAACAGGTTCCTTAATTTGCTCTTGCTCACTGTTGTTGTAAATGCACCTGTTT
ATTTCTTTGTTTGCACCTTGAATTATGAGGGGAAATCAAGGTATCTAACCAACCTGAATT
GGACATTAGCAGTTTCCCTGAATTTCTTTTACTTATTCTATATAAATGCGTAGAAAGATC
CAAGTAGGTAACAGCCTCATGGTACTGAAGAAAGAAGAAAATGCCTGGAAGTGTGGGTTT
TTTTTTTTGTGCAACATGCTGCCTGTGAATGCTTTTATGAAACATAATTAATTTTATTAT
ATAACTTCATTCAACAAAAATGCTATGGTTCCTGCTATTCGAATAATTGCCCAAATTTAG
GCTAGATTTCCCATGCTTCCATATACTACTGTTAGGCTGATGCTTGATTGTTTCCGGATT
TACCAAGTTTCAATTTAAATCTCCATCAAATATTAGAGAGTCACAATCAAGCATAAAAGG
TCATTCGCTTGGTGAGTTTTTGATTTTATTATCTCTCTGATTCCTTGACCTGAATTAACA
TTATTTTTTTTTACAAGAAAAGATCATTCTCTAGGTAACATATAAATATTCTCTATGAGT
ATCTCACATGATCTGAAGTTACAGCTGAAACTAACATTGTCACTGAAACAAAATTGCAGA
GTTTTTAAATTGTCATGGATGCTCATGTCTGAGTTTAAGTCGTGTGGTAACAGGTAACCA
CCTTTATCCCGTGGAATAGCATTTGGCATGGCCATGCTGGTGGGTGGTATAAAAATCACA
AATGTCTAAAATTTGAAATAGCCTTTGAGGCTGAATGATTTGTCAAAAGGTTATGCTCAG
GTGACAAAATTCTTTCGCATGTCCGATTGGGAATCGGCTTATGAAACGAAGCCCATATGG
GTAAGGCAACACCTGATTTGTTTGTTACCTAGAATTGGTGTCTGCATTGCAATTATCACA
TGAAGCATGCCTTTGATTTTCTCAATCTTCAATAGCCGCATGAAAAAGATTTGTATTCTA
TTTTTAATCAATTTTTGTTACACAGGTATGCGTTCCTTTACTATTACTCCATGCACAGGT
AATTTGCTTTCCAGTTAGCAGCACTAACTTTGGTTGTCCTAATGTCCTCTTTAATAACAA
TATTCTTCTGTACAAATTGGTTCTTCATTTAGAAGGTTGTTAAACGGGTAAAATCCATGT
AAATTCGTGAGAGTAATAATGTTACTCATGTTGGCAGCTGAGCACTCTGCTATATATATT
AAATTTGGTACTGCTCAATCTAATCCCATGGTAAGTAGTGAGCACCTGTTTATGAAATTT
TTAAGATCCCATGCTCATTTTATTCCAAATTATAAAGCCTGTATATATAATGTGCAAGAC
AATATCCTGGCCAAGATGATGTTGTTGCAAGAATGGGAGAAGGATGATCGGTTTATATAT
GTCTGGCTTCTTAGTTTTTTTAACTAAGAGATTCAACAACAGTCTCATCTTATTTTTGGA
TCACAGTTAGCTGAAACTCTGGTAATGAACATAAAGGTTAAGAGAAAAAAAAAGTATTTT
AAGGCAGGTAGAGCCATAGAGCATTCTTTTCAGTAAAAAGAATTATAACAAAAATTCAGC
ATATTTGGTACAGAACAAGCATGGCTCCTTTGGATCGGATTCACTACAGGTTCCTTTAGC
ACAGGTGTAGATTTAGCAAGACAATATTTGAAATTTTTGTATAGATGATGGACACCAATT
GATCTGACAAGTTTGGTTCTAGGTGATGATTAATCTCT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_2504#0      GCTCTCTCCCGTCGCAGCCCCGTCCGCGCCGCCACCCCGCTGCCGCCGCCCTCGACGCCT 60
consensus_2504#1      GCTCTCTCCCGTCGCAGCCCCGTCCGCGCCGCCACCCCGCTGCCGCCGCCCTCGACGCCT 60
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consensus_2504#0      CCATCCATCTCCGCCCCGACCTCCGGATTCGTCACCCCCTGGTCCCCGTCGCACGGCGGG 120
consensus_2504#1      CCATCCATCTCCGCCCCGACCTCCGGATTCGTCACCCCCTGGTCCCCGTCGCACGGCGGG 120
                      ************************************************************

consensus_2504#0      CGCTCACGCCACCTCCAGCCTCCGCTGCGACCTAGACGCGGCCTCTGGCGACCCGGGCGC 180
consensus_2504#1      CGCTCACGCCACCTCCAGCCTCCGCTGCGACCTAGACGCGGCCTCTGGCGACCCGGGCGC 180
                      ************************************************************

consensus_2504#0      CCTCTCTGCCCCCTCCATCGTGCTCCTGGAGCCTTTTCTACTGCAGCCCCATCGGCCCCC 240
consensus_2504#1      CCTCTCTGCCCCCTCCATCGTGCTCCTGGAGCCTTTTCTACTGCAGCCCCATCGGCCCCC 240
                      ************************************************************

consensus_2504#0      TTTTTTATGATGATTTGGCTTTTTTTGCACACTGTTGGTATTGTCAAAGCGGCCGTTCAT 300
consensus_2504#1      TTTTTTATGATGATTTGGCTTTTTTTGCACACTGTTGGTATTGTCAAAGCGGCCGTTCAT 300
                      ************************************************************

consensus_2504#0      CTCTTTCTTTGTCACTGTGAATTACAAGGGGAAGTCAAAGTATGTGTAACCAATCTGATT 360
consensus_2504#1      CTCTTTCTTTGTCACTGTGAATTACAAGGGGAAGTCAAAGTATGTGTAACCAATCTGATT 360
                      ************************************************************

consensus_2504#0      GAGCAGTCAACAGGTTCCTTAATTTGCTCTTGCTCACTGTTGTTGTAAATGCACCTGTTT 420
consensus_2504#1      GAGCAGTCAACAGGTTCCTTAATTTGCTCTTGCTCACTGTTGTTGTAAATGCACCTGTTT 420
                      ************************************************************

consensus_2504#0      ATTTCTTTGTTTGCACCTTGAATTATGAGGGGAAATCAAGGTATCTAACCAACCTGAATT 480
consensus_2504#1      ATTTCTTTGTTTGCACCTTGAATTATGAGGGGAAATCAAGGTATCTAACCAACCTGAATT 480
                      ************************************************************

consensus_2504#0      GGACATTAGCAGTTTCCCTGAATTTCTTTTACTTATTCTATATAAATGCGTAGAAAGATC 540
consensus_2504#1      GGACATTAGCAGTTTCCCTGAATTTCTTTTACTTATTCTATATAAATGCGTAGAAAGATC 540
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consensus_2504#0      TTTTTTTTGTGCAACATGCTGCCTGTGAATGCTTTTATGAAACATAATTAATTTTATTAT 660
consensus_2504#1      TTTTTTTTGTGCAACATGCTGCCTGTGAATGCTTTTATGAAACATAATTAATTTTATTAT 660
                      ************************************************************

consensus_2504#0      ATAACTTCATTCAACAAAAATGCTATGGTTCCTGCTATTCGAATAATTGCCCAAATTTAG 720
consensus_2504#1      ATAACTTCATTCAACAAAAATGCTATGGTTCCTGCTATTCGAATAATTGCCCAAATTTAG 720
                      ************************************************************

consensus_2504#0      GCTAGATTTCCCATGCTTCCATATACTACTGTTAGGCTGATGCTTGATTGTTTCCGGATT 780
consensus_2504#1      GCTAGATTTCCCATGCTTCCATATACTACTGTTAGGCTGATGCTTGATTGTTTCCGGATT 780
                      ************************************************************

consensus_2504#0      TACCAAGTTTCAATTTGAATCTCCATCAAATATTAGAGAGTCACAATCAAGCATAAAAGG 840
consensus_2504#1      TACCAAGTTTCAATTTAAATCTCCATCAAATATTAGAGAGTCACAATCAAGCATAAAAGG 840
                      **************** *******************************************

consensus_2504#0      TCATTCGCTTGGTGAGTTTTTGATTTTATTATCTCTCTGATTCCTTGACCTGAATTAACA 900
consensus_2504#1      TCATTCGCTTGGTGAGTTTTTGATTTTATTATCTCTCTGATTCCTTGACCTGAATTAACA 900
                      ************************************************************

consensus_2504#0      TTATTTTTTTT-ACAAGAAAAGATCATTCTCTAGGTAACATATAAATATTCTCTATGAGT 959
consensus_2504#1      TTATTTTTTTTTACAAGAAAAGATCATTCTCTAGGTAACATATAAATATTCTCTATGAGT 960
                      *********** ************************************************

consensus_2504#0      ATCTCACATGATCTGAAGTTACAGCTGAAACTAACATTGTCACTGAAACAAAATTGCAGA 1019
consensus_2504#1      ATCTCACATGATCTGAAGTTACAGCTGAAACTAACATTGTCACTGAAACAAAATTGCAGA 1020
                      ************************************************************

consensus_2504#0      GTTTTTAAATTGTCATGGATGCTCATGTCTGAGTTTAAGTCGTGTGGTAACAGGTAACCA 1079
consensus_2504#1      GTTTTTAAATTGTCATGGATGCTCATGTCTGAGTTTAAGTCGTGTGGTAACAGGTAACCA 1080
                      ************************************************************

consensus_2504#0      CCTTTATCCCGTGGAATAGCATTTGGCATGGCCATGCTGGTGGGTGGTATAAAAATCACA 1139
consensus_2504#1      CCTTTATCCCGTGGAATAGCATTTGGCATGGCCATGCTGGTGGGTGGTATAAAAATCACA 1140
                      ************************************************************

consensus_2504#0      AATGTCTAAAATTTGAAATAGCCTTTGAGGCTGAATGATTTGTCAAAAGGTTATGCTCAG 1199
consensus_2504#1      AATGTCTAAAATTTGAAATAGCCTTTGAGGCTGAATGATTTGTCAAAAGGTTATGCTCAG 1200
                      ************************************************************

consensus_2504#0      GTGACAAAATTCTTTCGCATGTCCGATTGGGAATCGGCTTATGAAACGAAGCCCATATGG 1259
consensus_2504#1      GTGACAAAATTCTTTCGCATGTCCGATTGGGAATCGGCTTATGAAACGAAGCCCATATGG 1260
                      ************************************************************

consensus_2504#0      GTAAGGCAACACCTGATTTGTTTGTTACCTAGAATTGGTGTCTGCATTGCAATTATCACA 1319
consensus_2504#1      GTAAGGCAACACCTGATTTGTTTGTTACCTAGAATTGGTGTCTGCATTGCAATTATCACA 1320
                      ************************************************************

consensus_2504#0      TGAAGCATGCCTTTGATTTTCTCAATCTTCAATAGCCGCATGAAAAAGATTTGTATTCTA 1379
consensus_2504#1      TGAAGCATGCCTTTGATTTTCTCAATCTTCAATAGCCGCATGAAAAAGATTTGTATTCTA 1380
                      ************************************************************

consensus_2504#0      TTTTTAATCAATTTTTGTTACACAGGTATGCGTTCCTTTACTATTACTCCATGCACAGGT 1439
consensus_2504#1      TTTTTAATCAATTTTTGTTACACAGGTATGCGTTCCTTTACTATTACTCCATGCACAGGT 1440
                      ************************************************************

consensus_2504#0      AATTTGCTTTCCAGTTAGCAGCACTAACTTTGGTTGTCCTAATGTCCTCTTTAATAACAA 1499
consensus_2504#1      AATTTGCTTTCCAGTTAGCAGCACTAACTTTGGTTGTCCTAATGTCCTCTTTAATAACAA 1500
                      ************************************************************

consensus_2504#0      TATTCTTCTGTACAAATTGGTTCTTCATTTAGAAGGTTGTTAAACGGGTAAAATCCATGT 1559
consensus_2504#1      TATTCTTCTGTACAAATTGGTTCTTCATTTAGAAGGTTGTTAAACGGGTAAAATCCATGT 1560
                      ************************************************************

consensus_2504#0      AAATTCGTGAGAGTAATAATGTTACTCATGTTGGCAGCTGAGCACTCTGCTATATATATT 1619
consensus_2504#1      AAATTCGTGAGAGTAATAATGTTACTCATGTTGGCAGCTGAGCACTCTGCTATATATATT 1620
                      ************************************************************

consensus_2504#0      AAATTTGGTACTGCTCAATCTAATCCCATG------------------------------ 1649
consensus_2504#1      AAATTTGGTACTGCTCAATCTAATCCCATGGTAAGTAGTGAGCACCTGTTTATGAAATTT 1680
                      ******************************                              

consensus_2504#0      ----------------------------------------------------------AC 1651
consensus_2504#1      TTAAGATCCCATGCTCATTTTATTCCAAATTATAAAGCCTGTATATATAATGTGCAAGAC 1740
                                                                                **

consensus_2504#0      AATATCCTGGCCAAGATGATGTTGTTGCAAGAATGGGAGAAGGATGATCGGTTTATATAT 1711
consensus_2504#1      AATATCCTGGCCAAGATGATGTTGTTGCAAGAATGGGAGAAGGATGATCGGTTTATATAT 1800
                      ************************************************************

consensus_2504#0      GTCTGGCTTCTTAGTTTTTTTAACTAAGAGATTCAACAACAGTCTCATCTTATTTTTGGA 1771
consensus_2504#1      GTCTGGCTTCTTAGTTTTTTTAACTAAGAGATTCAACAACAGTCTCATCTTATTTTTGGA 1860
                      ************************************************************

consensus_2504#0      TCACAGTTAGCTGAAACTCTGGTAATGAACATAAAGGTTAAGAGAAAAAAAAAGTATTTT 1831
consensus_2504#1      TCACAGTTAGCTGAAACTCTGGTAATGAACATAAAGGTTAAGAGAAAAAAAAAGTATTTT 1920
                      ************************************************************

consensus_2504#0      AAGGCAGGTAGAGCCATAGAGCATTCTTTTCAGTAAAAAGAATTATAACAAAAATTCAGC 1891
consensus_2504#1      AAGGCAGGTAGAGCCATAGAGCATTCTTTTCAGTAAAAAGAATTATAACAAAAATTCAGC 1980
                      ************************************************************

consensus_2504#0      ATATTTGGTACAGAACAAGCATGGCTCCTTTGGATCGGATTCACTACAGGTTCCTTTAGC 1951
consensus_2504#1      ATATTTGGTACAGAACAAGCATGGCTCCTTTGGATCGGATTCACTACAGGTTCCTTTAGC 2040
                      ************************************************************

consensus_2504#0      ACAGGTGTAGATTTAGCAAGACAATATTTGAAATTTTTGTATAGATGATGGACACCAATT 2011
consensus_2504#1      ACAGGTGTAGATTTAGCAAGACAATATTTGAAATTTTTGTATAGATGATGGACACCAATT 2100
                      ************************************************************

consensus_2504#0      GATCTGACAAGTTTGGTTCTAGGTGATGATTAATCTCTTCTACAGTTTAATTTGCTGCGT 2071
consensus_2504#1      GATCTGACAAGTTTGGTTCTAGGTGATGATTAATCTCT---------------------- 2138
                      **************************************                      

consensus_2504#0      TGATTATTTAGTTGATATTTTGTTACTTTGTCATATCCTTGTATGGACAACTGGAAGGGG 2131
consensus_2504#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_2504#0      GCTAGGAGCTGCAGACAATGGCATCTATGGCAGCACATGCATTACTCTAACCATAATAAC 2191
consensus_2504#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_2504#0      AGGAAAATGGTTCGAATGGTCATAATGCTTGTGGCTAGCGGCAGCTCAATTGTGACCAGC 2251
consensus_2504#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_2504#0      AACAGTCAGGTATTATTGGAAGGGTCTAGCCACCATGATTACTTAACAATATCACATTTT 2311
consensus_2504#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_2504#0      CTTTTTCACCGTTGCATCGCATGGGCACTCAACTAGTAAAGGGAAAAATACCAATAATAA 2371
consensus_2504#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_2504#0      ATAATGTAGTTGTATTAGGATTAGAGAATTAACTTGGATGCAGGAGTTATACATCAAAGT 2431
consensus_2504#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_2504#0      GAAGAAGAAATGAAGCCGACATACAATGAAACATACATCCGACGAATCACGTGCGAGCAC 2491
consensus_2504#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_2504#0      ACGGATTGAAAAGCCCACAAGTTAGTTCAAACCGGCTCAAAGTAGGGCCAACCACTTGGG 2551
consensus_2504#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_2504#0      AACCGACTGAGAGGCGCACCTTGCAGCCTCTCACCAAAGGCGGTGGAGAGAGACAGTTTG 2611
consensus_2504#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_2504#0      CCTGGTTCGGCCAAACCAGAGGTTCGGTAGAACCCTAGCTGGCACTGACTTCAGGAAAAT 2671
consensus_2504#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_2504#0      TAGATGGGTACCTCGTGTGTTACCGTGGGATATTTGTATCCTACCAAAGTGGTATTCTTG 2731
consensus_2504#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_2504#0      CTTTGAGGAAATAATATGGAAAAGAGACATGAATGATTAGTCCAAATGGACTACATG 2788
consensus_2504#1      ---------------------------------------------------------