cluster # 279

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Oryza sativa
cluster # 279 cluster # 279 Sequences # 2 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_279#0 length = 697 sequences # 1

consensus_279#1 length = 665 sequences # 1

consensusID : consensus_279#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 697
fasta sequence

                              [TTTTTTTTTTTTTTAAATTTTAAATAAAATTTACTAATATTCATTATTATAAAATTATTTTTAATATTTGATCCTTTCGTACTAAAATATTATAAATTTTTAAAGATAGAAACCAACCTGGCTCACACCGGTTTGAACTCAGATCATGTAAGATTTTAATGATCGAACAGATCAAAATTTTAAACTTTTGCATTTAAATTTTATCTTAATCCAACATCGAAGTCGCAAACTTTCTTTTTTATTTGAACTAAAAAAAAAAATTACGCTGTTATCCCTAAGGTAATTTTTTCTTTCAATCAAAAATTTTGGATCTTTATTTCAATTATCTATGTTTTTTATTAAAAAAAGTTTATTAAATTTTTCTATCACCCCAACAAAATAAATTTTATAATTTAAATCAATTAATTATTAAAAAATTATTGTTTTATATAAATATTTTAAAACTTTTTTGGGGGGGCCTCTCCCGCCGTTTTTTTAAAACCCCCATTTTTTTAAACACCTTTTTTTTTCTTACACTAACAAAACACCGTATATATTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAAAACACACAAACACGGGGCGCCGCCGGGCGTNTGTTTTTTTTTTTTTTTTTCTCTTTCCTTCCCATTCCCATCACCCCGTATTAATATATCNTNTNTTTNNNNTNNNNCCCGNCCCATATCCCATCCCGTCCCCCTCCCCT]

[+] EMBL CA760558             [TTTTTTTTTTTTTTAAATTTTAAATAAAATTTACTAATATTCATTATTATAAAATTATTTTTAATATTTGATCCTTTCGTACTAAAATATTATAAATTTTTAAAGATAGAAACCAACCTGGCTCACACCGGTTTGAACTCAGATCATGTAAGATTTTAATGATCGAACAGATCAAAATTTTAAACTTTTGCATTTAAATTTTATCTTAATCCAACATCGAAGTCGCAAACTTTCTTTTTTATTTGAACTAAAAAAAAAAATTACGCTGTTATCCCTAAGGTAATTTTTTCTTTCAATCAAAAATTTTGGATCTTTATTTCAATTATCTATGTTTTTTATTAAAAAAAGTTTATTAAATTTTTCTATCACCCCAACAAAATAAATTTTATAATTTAAATCAATTAATTATTAAAAAATTATTGTTTTATATAAATATTTTAAAACTTTTTTGGGGGGGCCTCTCCCGCCGTTTTTTTAAAACCCCCATTTTTTTAAACACCTTTTTTTTTCTTACACTAACAAAACACCGTATATATTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAAAACACACAAACACGGGGCGCCGCCGGGCGTNTGTTTTTTTTTTTTTTTTTCTCTTTCCTTCCCATTCCCATCACCCCGTATTAATATATCNTNTNTTTNNNNTNNNNCCCGNCCCATATCCCATCCCGTCCCCCTCCCCT]




>consensus_279#0
TTTTTTTTTTTTTTAAATTTTAAATAAAATTTACTAATATTCATTATTATAAAATTATTT
TTAATATTTGATCCTTTCGTACTAAAATATTATAAATTTTTAAAGATAGAAACCAACCTG
GCTCACACCGGTTTGAACTCAGATCATGTAAGATTTTAATGATCGAACAGATCAAAATTT
TAAACTTTTGCATTTAAATTTTATCTTAATCCAACATCGAAGTCGCAAACTTTCTTTTTT
ATTTGAACTAAAAAAAAAAATTACGCTGTTATCCCTAAGGTAATTTTTTCTTTCAATCAA
AAATTTTGGATCTTTATTTCAATTATCTATGTTTTTTATTAAAAAAAGTTTATTAAATTT
TTCTATCACCCCAACAAAATAAATTTTATAATTTAAATCAATTAATTATTAAAAAATTAT
TGTTTTATATAAATATTTTAAAACTTTTTTGGGGGGGCCTCTCCCGCCGTTTTTTTAAAA
CCCCCATTTTTTTAAACACCTTTTTTTTTCTTACACTAACAAAACACCGTATATATTTTT
TTTTTTTTTTTTTTAAAAACACACAAACACGGGGCGCCGCCGGGCGTNTGTTTTTTTTTT
TTTTTTTCTCTTTCCTTCCCATTCCCATCACCCCGTATTAATATATCNTNTNTTTNNNNT
NNNNCCCGNCCCATATCCCATCCCGTCCCCCTCCCCT

consensusID : consensus_279#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 665
fasta sequence

                              [TTTTTTTTTTTTTTTAAATTTTAAATAAAATTTACTAATATTCATTATTATAAAATTATTTTTAATATTTGATCCTTTCGTACTAAAATATTATAAATTTTTAAAGATAGAAACCAACCTGGCTCACACCGGTTTGAACTCAGATCATGTAAGATTTTAATGATCGAACAGATCAAAATTTTAAACTTTTGCATTTAAATTTTATCTTAATCCAACATCGGGGTCGCAAACTTTCTTTTTTATTTGAACTAAAAAAAAAAATTACGCTGTTATCCCTAAGGTAATTTTTTCTTTCAATCAAAAATTTTGGATCTTTATTTCAATTATCTATGTTTTTTATTAAAAAAAGTTTATTAAATTTTTTTATCACCCCAACAAAATAAATTTTATAATTTAAATCAATTATTTATAAAAAATTATGTATTATAAAATATATAAAACTCTATAGGGTCTTCTCGCCTTTTAAACCTATTTTAACTTTTTAATTAAAAACTTAAATTTTATTAAATAGAAAGGAGACCGCTTATATCTCATCCAATCTTTCATACCGGCCACCAATTAGGAGATTAACGATTATGCTACCTTTGGACAGGCAACATACTGGAGGCCTCTAATTTTCATCAGGGGTGCGGATTAGACTTTAAATTAAACCAGAAGGACATGCT]

[+] EMBL CA761627             [TTTTTTTTTTTTTTTAAATTTTAAATAAAATTTACTAATATTCATTATTATAAAATTATTTTTAATATTTGATCCTTTCGTACTAAAATATTATAAATTTTTAAAGATAGAAACCAACCTGGCTCACACCGGTTTGAACTCAGATCATGTAAGATTTTAATGATCGAACAGATCAAAATTTTAAACTTTTGCATTTAAATTTTATCTTAATCCAACATCGGGGTCGCAAACTTTCTTTTTTATTTGAACTAAAAAAAAAAATTACGCTGTTATCCCTAAGGTAATTTTTTCTTTCAATCAAAAATTTTGGATCTTTATTTCAATTATCTATGTTTTTTATTAAAAAAAGTTTATTAAATTTTTTTATCACCCCAACAAAATAAATTTTATAATTTAAATCAATTATTTATAAAAAATTATGTATTATAAAATATATAAAACTCTATAGGGTCTTCTCGCCTTTTAAACCTATTTTAACTTTTTAATTAAAAACTTAAATTTTATTAAATAGAAAGGAGACCGCTTATATCTCATCCAATCTTTCATACCGGCCACCAATTAGGAGATTAACGATTATGCTACCTTTGGACAGGCAACATACTGGAGGCCTCTAATTTTCATCAGGGGTGCGGATTAGACTTTAAATTAAACCAGAAGGACATGCT]




>consensus_279#1
TTTTTTTTTTTTTTTAAATTTTAAATAAAATTTACTAATATTCATTATTATAAAATTATT
TTTAATATTTGATCCTTTCGTACTAAAATATTATAAATTTTTAAAGATAGAAACCAACCT
GGCTCACACCGGTTTGAACTCAGATCATGTAAGATTTTAATGATCGAACAGATCAAAATT
TTAAACTTTTGCATTTAAATTTTATCTTAATCCAACATCGGGGTCGCAAACTTTCTTTTT
TATTTGAACTAAAAAAAAAAATTACGCTGTTATCCCTAAGGTAATTTTTTCTTTCAATCA
AAAATTTTGGATCTTTATTTCAATTATCTATGTTTTTTATTAAAAAAAGTTTATTAAATT
TTTTTATCACCCCAACAAAATAAATTTTATAATTTAAATCAATTATTTATAAAAAATTAT
GTATTATAAAATATATAAAACTCTATAGGGTCTTCTCGCCTTTTAAACCTATTTTAACTT
TTTAATTAAAAACTTAAATTTTATTAAATAGAAAGGAGACCGCTTATATCTCATCCAATC
TTTCATACCGGCCACCAATTAGGAGATTAACGATTATGCTACCTTTGGACAGGCAACATA
CTGGAGGCCTCTAATTTTCATCAGGGGTGCGGATTAGACTTTAAATTAAACCAGAAGGAC
ATGCT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_279#0      -TTTTTTTTTTTTTTAAATTTTAAATAAAATTTACTAATATTCATTATTATAAAATTATT 59
consensus_279#1      TTTTTTTTTTTTTTTAAATTTTAAATAAAATTTACTAATATTCATTATTATAAAATTATT 60
                      ***********************************************************

consensus_279#0      TTTAATATTTGATCCTTTCGTACTAAAATATTATAAATTTTTAAAGATAGAAACCAACCT 119
consensus_279#1      TTTAATATTTGATCCTTTCGTACTAAAATATTATAAATTTTTAAAGATAGAAACCAACCT 120
                     ************************************************************

consensus_279#0      GGCTCACACCGGTTTGAACTCAGATCATGTAAGATTTTAATGATCGAACAGATCAAAATT 179
consensus_279#1      GGCTCACACCGGTTTGAACTCAGATCATGTAAGATTTTAATGATCGAACAGATCAAAATT 180
                     ************************************************************

consensus_279#0      TTAAACTTTTGCATTTAAATTTTATCTTAATCCAACATCGAAGTCGCAAACTTTCTTTTT 239
consensus_279#1      TTAAACTTTTGCATTTAAATTTTATCTTAATCCAACATCGGGGTCGCAAACTTTCTTTTT 240
                     ****************************************  ******************

consensus_279#0      TATTTGAACTAAAAAAAAAAATTACGCTGTTATCCCTAAGGTAATTTTTTCTTTCAATCA 299
consensus_279#1      TATTTGAACTAAAAAAAAAAATTACGCTGTTATCCCTAAGGTAATTTTTTCTTTCAATCA 300
                     ************************************************************

consensus_279#0      AAAATTTTGGATCTTTATTTCAATTATCTATGTTTTTTATTAAAAAAAGTTTATTAAATT 359
consensus_279#1      AAAATTTTGGATCTTTATTTCAATTATCTATGTTTTTTATTAAAAAAAGTTTATTAAATT 360
                     ************************************************************

consensus_279#0      TTTCTATCACCCCAACAAAATAAATTTTATAATTTAAATCAATTAATTATTAAAAAATTA 419
consensus_279#1      TTTTTATCACCCCAACAAAATAAATTTTATAATTTAAATCAATTATTTAT-AAAAAATTA 419
                     *** ***************************************** **** *********

consensus_279#0      TTGTTTTATATAAATATTTTAAAACTTTTTTGGGGGGGCCTCTCCCGCCGTTTTTTTAAA 479
consensus_279#1      T-GTATTATA-AAATATAT-AAAACTCTAT---AGGGTCTTCTCGCCTTTTAAACCTATT 473
                     * ** ***** ****** * ****** * *    *** * **** *    *     **  

consensus_279#0      ACCCCCATTTTTTTAAACACCTTTTTTTTTCTTACACTAACAAAACACCGTATATATTTT 539
consensus_279#1      TTAACTTTTTAATTAAA-AACTTAAATTTTATTAAATAGAAAGGAGACCGCTTATATCTC 532
                         *  ***  ***** * ***   **** *** *   * *  * ****  ***** * 

consensus_279#0      TTTTTTTTTTTTTTTAAAAACACACAAACACGGGGCGCCGCCGGGCGTNTGTTTTTTTTT 599
consensus_279#1      ATCCAATCTTTCATACCGGCCAC-CAATTAGGAGATT------AACGATTATGCTACCTT 585
                      *    * ***  *      *** ***  * * *           **  * *  *   **

consensus_279#0      TTTTTTTTCTCTTTCCTTCCCATTCCCATCACCCCGTATTAATATATCNTNTNTTTNNNN 659
consensus_279#1      TGGACAGGCAACATACTGGAGGCCTCTAATTTTCATCAGGGGTGCGGATTAGACTTTAAA 645
                     *       *    * **        * *     *   *    *      *    **    

consensus_279#0      TNNNNCCCGNCCCATATCCCATCCCGTCCCCCTCCCCT 697
consensus_279#1      TTAAACCAGAAGGACATGCT------------------ 665
                     *    ** *    * ** *