cluster # 281

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Oryza sativa
cluster # 281 cluster # 281 Sequences # 2 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_281#0 length = 625 sequences # 1

consensus_281#1 length = 615 sequences # 1

consensusID : consensus_281#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 625
fasta sequence

                              [TGTTTGGTAGAGTCGAGCTTGCGTAGTTCTCGTGGGCTCTCGTTTTTGCGTTGCGTGTGCCTCGCCATCCGCCGCGTCCCTATCCAACCCCCTCCCCGCATTCCCTCTCCCCCTCGTCGTCGTCGTCTTCCTCCTCCTGCGGCGGCGACGGCACAGATCAGATTTGGTTAGGAGCTGTTTTGTTTGCTGGGTTGAAATCGTCAAGTACCGTGAACGTGCGGGTGAGGCAAGGAACGTAGGCCATATGGGTTTTGGCTTCCTCCCGACTCCCCCCCCCTAGTGTGGTTGTGCCCCACCCCTCTCCTGTGTCGCGCCCGGGGGGGTTTCTTAGCGCTGTGTTTCCCGCCCGCGCCCCTCCCGTCCCCCGTCCTCGGCGCGATTTGTCCTCCCCCCCCCCGTGATCCTCGCGTACGACCCGGCTCCCCCCCTCGCCCTTGCCCCCCCATCGGTCCCGTTCGCGCCTCTCGCCCGCCCGCCGATTTCCCACCACTGCCCGCGCGTCCGCTATCCGCGTCGCGTGTCCATCGCGTCGTGCGGCCACTAGCGAGCGGCGCCGCGCGCGCACCCTCGCCCCCATCTCGCCGCCTCCACTGTTTGCCGGTCCCCGATGCCCCGAGCTATCCGC]

[+] EMBL CA755711             [TGTTTGGTAGAGTCGAGCTTGCGTAGTTCTCGTGGGCTCTCGTTTTTGCGTTGCGTGTGCCTCGCCATCCGCCGCGTCCCTATCCAACCCCCTCCCCGCATTCCCTCTCCCCCTCGTCGTCGTCGTCTTCCTCCTCCTGCGGCGGCGACGGCACAGATCAGATTTGGTTAGGAGCTGTTTTGTTTGCTGGGTTGAAATCGTCAAGTACCGTGAACGTGCGGGTGAGGCAAGGAACGTAGGCCATATGGGTTTTGGCTTCCTCCCGACTCCCCCCCCCTAGTGTGGTTGTGCCCCACCCCTCTCCTGTGTCGCGCCCGGGGGGGTTTCTTAGCGCTGTGTTTCCCGCCCGCGCCCCTCCCGTCCCCCGTCCTCGGCGCGATTTGTCCTCCCCCCCCCCGTGATCCTCGCGTACGACCCGGCTCCCCCCCTCGCCCTTGCCCCCCCATCGGTCCCGTTCGCGCCTCTCGCCCGCCCGCCGATTTCCCACCACTGCCCGCGCGTCCGCTATCCGCGTCGCGTGTCCATCGCGTCGTGCGGCCACTAGCGAGCGGCGCCGCGCGCGCACCCTCGCCCCCATCTCGCCGCCTCCACTGTTTGCCGGTCCCCGATGCCCCGAGCTATCCGC]




>consensus_281#0
TGTTTGGTAGAGTCGAGCTTGCGTAGTTCTCGTGGGCTCTCGTTTTTGCGTTGCGTGTGC
CTCGCCATCCGCCGCGTCCCTATCCAACCCCCTCCCCGCATTCCCTCTCCCCCTCGTCGT
CGTCGTCTTCCTCCTCCTGCGGCGGCGACGGCACAGATCAGATTTGGTTAGGAGCTGTTT
TGTTTGCTGGGTTGAAATCGTCAAGTACCGTGAACGTGCGGGTGAGGCAAGGAACGTAGG
CCATATGGGTTTTGGCTTCCTCCCGACTCCCCCCCCCTAGTGTGGTTGTGCCCCACCCCT
CTCCTGTGTCGCGCCCGGGGGGGTTTCTTAGCGCTGTGTTTCCCGCCCGCGCCCCTCCCG
TCCCCCGTCCTCGGCGCGATTTGTCCTCCCCCCCCCCGTGATCCTCGCGTACGACCCGGC
TCCCCCCCTCGCCCTTGCCCCCCCATCGGTCCCGTTCGCGCCTCTCGCCCGCCCGCCGAT
TTCCCACCACTGCCCGCGCGTCCGCTATCCGCGTCGCGTGTCCATCGCGTCGTGCGGCCA
CTAGCGAGCGGCGCCGCGCGCGCACCCTCGCCCCCATCTCGCCGCCTCCACTGTTTGCCG
GTCCCCGATGCCCCGAGCTATCCGC

consensusID : consensus_281#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 615
fasta sequence

                              [TGTTTGGTAGAGTCGAGCTTGCGTAGTTCTCGTGGGCTCTCGTTTTTGCGTTGCGTGTGCCTCGCCATCCGCCGCGTCCCTATCCAACCCCCCTCCCCGCATTCCCTCTCCCCCTCGTCGTCGTCGTCTTCCTCCTCCTGCGGCGGCGACGGCACAGATAAGATTTGGTTAGGAGCTGTTTTGTTTGTTGGGTTGAAATCGTCAAGTAACGTGGACGTGGGGGTGAAGCAAAGGAAGGGAGGGGAGATTGGGCTTGGCGTGCCTGCTCCCTCTTGTTTCTTTGTTCTATTGGGAGCTCAACCCGTTGGTTGGATGTGCCGCCGCCCCGCCTCGCCCTCCCTTACCCGCCGCCCCCCCCTTCCCCCCGCCCGCCGTCACCCCGGCATCTTTTTGTCCGGCCTTCCCCCATGTCTTTCCACGCCCCGCCGAGTCTACCTCCCCTCATTTATGGACTCGGCCACGCTTTACCGCTCCCGGCCTCGTGCTCCCCGCCCTCCCGTCGCTCTCCATCCCCACCTCTGTCGCTCCGTCGCTCCTATCCCGACTTAGTGCACTTCCTTCCTTGATGTGTCCGCGCACGTCTCCCCGCCGCTGCTCTGCCCGCCGCCCCTCTGC]

[+] EMBL CA755683             [TGTTTGGTAGAGTCGAGCTTGCGTAGTTCTCGTGGGCTCTCGTTTTTGCGTTGCGTGTGCCTCGCCATCCGCCGCGTCCCTATCCAACCCCCCTCCCCGCATTCCCTCTCCCCCTCGTCGTCGTCGTCTTCCTCCTCCTGCGGCGGCGACGGCACAGATAAGATTTGGTTAGGAGCTGTTTTGTTTGTTGGGTTGAAATCGTCAAGTAACGTGGACGTGGGGGTGAAGCAAAGGAAGGGAGGGGAGATTGGGCTTGGCGTGCCTGCTCCCTCTTGTTTCTTTGTTCTATTGGGAGCTCAACCCGTTGGTTGGATGTGCCGCCGCCCCGCCTCGCCCTCCCTTACCCGCCGCCCCCCCCTTCCCCCCGCCCGCCGTCACCCCGGCATCTTTTTGTCCGGCCTTCCCCCATGTCTTTCCACGCCCCGCCGAGTCTACCTCCCCTCATTTATGGACTCGGCCACGCTTTACCGCTCCCGGCCTCGTGCTCCCCGCCCTCCCGTCGCTCTCCATCCCCACCTCTGTCGCTCCGTCGCTCCTATCCCGACTTAGTGCACTTCCTTCCTTGATGTGTCCGCGCACGTCTCCCCGCCGCTGCTCTGCCCGCCGCCCCTCTGC]




>consensus_281#1
TGTTTGGTAGAGTCGAGCTTGCGTAGTTCTCGTGGGCTCTCGTTTTTGCGTTGCGTGTGC
CTCGCCATCCGCCGCGTCCCTATCCAACCCCCCTCCCCGCATTCCCTCTCCCCCTCGTCG
TCGTCGTCTTCCTCCTCCTGCGGCGGCGACGGCACAGATAAGATTTGGTTAGGAGCTGTT
TTGTTTGTTGGGTTGAAATCGTCAAGTAACGTGGACGTGGGGGTGAAGCAAAGGAAGGGA
GGGGAGATTGGGCTTGGCGTGCCTGCTCCCTCTTGTTTCTTTGTTCTATTGGGAGCTCAA
CCCGTTGGTTGGATGTGCCGCCGCCCCGCCTCGCCCTCCCTTACCCGCCGCCCCCCCCTT
CCCCCCGCCCGCCGTCACCCCGGCATCTTTTTGTCCGGCCTTCCCCCATGTCTTTCCACG
CCCCGCCGAGTCTACCTCCCCTCATTTATGGACTCGGCCACGCTTTACCGCTCCCGGCCT
CGTGCTCCCCGCCCTCCCGTCGCTCTCCATCCCCACCTCTGTCGCTCCGTCGCTCCTATC
CCGACTTAGTGCACTTCCTTCCTTGATGTGTCCGCGCACGTCTCCCCGCCGCTGCTCTGC
CCGCCGCCCCTCTGC

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_281#0      TGTTTGGTAGAGTCGAGCTTGCGTAGTTCTCGTGGGCTCTCGTTTTTGCGTTGCGTGTGC 60
consensus_281#1      TGTTTGGTAGAGTCGAGCTTGCGTAGTTCTCGTGGGCTCTCGTTTTTGCGTTGCGTGTGC 60
                     ************************************************************

consensus_281#0      CTCGCCATCCGCCGCGTCCCTATCCAACCCCC-TCCCCGCATTCCCTCTCCCCCTCGTCG 119
consensus_281#1      CTCGCCATCCGCCGCGTCCCTATCCAACCCCCCTCCCCGCATTCCCTCTCCCCCTCGTCG 120
                     ******************************** ***************************

consensus_281#0      TCGTCGTCTTCCTCCTCCTGCGGCGGCGACGGCACAGATCAGATTTGGTTAGGAGCTGTT 179
consensus_281#1      TCGTCGTCTTCCTCCTCCTGCGGCGGCGACGGCACAGATAAGATTTGGTTAGGAGCTGTT 180
                     *************************************** ********************

consensus_281#0      TTGTTTGCTGGGTTGAAATCGTCAAGTACCGTGAACGTGCGGGTGAGGCAA-GGAACGTA 238
consensus_281#1      TTGTTTGTTGGGTTGAAATCGTCAAGTAACGTGGACGTGGGGGTGAAGCAAAGGAAGGGA 240
                     ******* ******************** **** ***** ****** **** **** * *

consensus_281#0      GGCCATATGGGTTTTGGCTT-CCTCCCGACTCCCCCCCCCTAGTGTGGTTGTGC-CCCAC 296
consensus_281#1      GGGGAGATTGGGCTTGGCGTGCCTGCTCCCTCTTGTTTCTTTGTTCTATTGGGAGCTCAA 300
                     **  * ** **  ***** * *** *   ***      * * **    *** *  * ** 

consensus_281#0      CCCTCTCCTGTGTCGCGCCCGGGGGGGTTTCTTAGCGCTGTGTTTCCCGCCCGCGCCCCT 356
consensus_281#1      CCCGTTGGTTGGATGTGCC--GCCGCCCCGCCTCGCCCTCCCTTACCCGCC-GC-CCCCC 356
                     ***  *  *  *  * ***  *  *     * * ** **   ** ****** ** **** 

consensus_281#0      CCCGTCCCCCGTCCTCGGCGCGATTTGTCCTCCCCCCCCCCGTGATCCTCGCGTACGACC 416
consensus_281#1      CCTTCCCCCCGCCCGCCGT-CACCCCGGCATCTTTTTGTCCGGCCTTCCCCCATGTCTTT 415
                     **   ****** ** * *  *     * * **       ***   * * * * *      

consensus_281#0      CGGCTCCCCCCCTCGCCCTTGCCCCCCCATCGGTCCCGTTCGCGCCTCTCGCCCGCCCGC 476
consensus_281#1      CCACGCCCCGCCGAGTCTACCTCCCCTCATTTATGGACTCGGCCACGCTTTACCGCTCCC 475
                     *  * **** **  * *     **** ***   *    *  **  * **   **** * *

consensus_281#0      CGATTTCCCACCACTGCCCGCGCGTCCGCTATCCGCGTCGCGTGTCCATCGCGTCGTGCG 536
consensus_281#1      GGCCTCGTGCTCCCCGCCCTCCCGTC-GCTCTCCAT-CCCCACCTCTGTCGCTCCGTC-- 531
                      *  *      * * **** * **** *** ***    * *   **  ****  ***   

consensus_281#0      GCCACTAGCGAGCGGCGCCGCGCGCGCACCCTCGCCCCCATCTCGCCGCCTCCA-CTGTT 595
consensus_281#1      GCTCCTATCC--CGACTTAGTGCAC---TTCCTTCCTTGATGTGTCCGCGCACGTCTCCC 586
                     **  *** *   ** *   * ** *     *   **   ** *  ****   *  **   

consensus_281#0      TGCCGGTCCCCGATGCCCCGAGCTATCCGC 625
consensus_281#1      CGCCGCTGCTCTGCCCGCCGC-CCCTCTGC 615
                      **** * * *    * ***  *  ** **