These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Oryza sativa see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_281#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 625 fasta sequence [TGTTTGGTAGAGTCGAGCTTGCGTAGTTCTCGTGGGCTCTCGTTTTTGCGTTGCGTGTGCCTCGCCATCCGCCGCGTCCCTATCCAACCCCCTCCCCGCATTCCCTCTCCCCCTCGTCGTCGTCGTCTTCCTCCTCCTGCGGCGGCGACGGCACAGATCAGATTTGGTTAGGAGCTGTTTTGTTTGCTGGGTTGAAATCGTCAAGTACCGTGAACGTGCGGGTGAGGCAAGGAACGTAGGCCATATGGGTTTTGGCTTCCTCCCGACTCCCCCCCCCTAGTGTGGTTGTGCCCCACCCCTCTCCTGTGTCGCGCCCGGGGGGGTTTCTTAGCGCTGTGTTTCCCGCCCGCGCCCCTCCCGTCCCCCGTCCTCGGCGCGATTTGTCCTCCCCCCCCCCGTGATCCTCGCGTACGACCCGGCTCCCCCCCTCGCCCTTGCCCCCCCATCGGTCCCGTTCGCGCCTCTCGCCCGCCCGCCGATTTCCCACCACTGCCCGCGCGTCCGCTATCCGCGTCGCGTGTCCATCGCGTCGTGCGGCCACTAGCGAGCGGCGCCGCGCGCGCACCCTCGCCCCCATCTCGCCGCCTCCACTGTTTGCCGGTCCCCGATGCCCCGAGCTATCCGC] [+] EMBL CA755711 [TGTTTGGTAGAGTCGAGCTTGCGTAGTTCTCGTGGGCTCTCGTTTTTGCGTTGCGTGTGCCTCGCCATCCGCCGCGTCCCTATCCAACCCCCTCCCCGCATTCCCTCTCCCCCTCGTCGTCGTCGTCTTCCTCCTCCTGCGGCGGCGACGGCACAGATCAGATTTGGTTAGGAGCTGTTTTGTTTGCTGGGTTGAAATCGTCAAGTACCGTGAACGTGCGGGTGAGGCAAGGAACGTAGGCCATATGGGTTTTGGCTTCCTCCCGACTCCCCCCCCCTAGTGTGGTTGTGCCCCACCCCTCTCCTGTGTCGCGCCCGGGGGGGTTTCTTAGCGCTGTGTTTCCCGCCCGCGCCCCTCCCGTCCCCCGTCCTCGGCGCGATTTGTCCTCCCCCCCCCCGTGATCCTCGCGTACGACCCGGCTCCCCCCCTCGCCCTTGCCCCCCCATCGGTCCCGTTCGCGCCTCTCGCCCGCCCGCCGATTTCCCACCACTGCCCGCGCGTCCGCTATCCGCGTCGCGTGTCCATCGCGTCGTGCGGCCACTAGCGAGCGGCGCCGCGCGCGCACCCTCGCCCCCATCTCGCCGCCTCCACTGTTTGCCGGTCCCCGATGCCCCGAGCTATCCGC] consensusID : consensus_281#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 615 fasta sequence [TGTTTGGTAGAGTCGAGCTTGCGTAGTTCTCGTGGGCTCTCGTTTTTGCGTTGCGTGTGCCTCGCCATCCGCCGCGTCCCTATCCAACCCCCCTCCCCGCATTCCCTCTCCCCCTCGTCGTCGTCGTCTTCCTCCTCCTGCGGCGGCGACGGCACAGATAAGATTTGGTTAGGAGCTGTTTTGTTTGTTGGGTTGAAATCGTCAAGTAACGTGGACGTGGGGGTGAAGCAAAGGAAGGGAGGGGAGATTGGGCTTGGCGTGCCTGCTCCCTCTTGTTTCTTTGTTCTATTGGGAGCTCAACCCGTTGGTTGGATGTGCCGCCGCCCCGCCTCGCCCTCCCTTACCCGCCGCCCCCCCCTTCCCCCCGCCCGCCGTCACCCCGGCATCTTTTTGTCCGGCCTTCCCCCATGTCTTTCCACGCCCCGCCGAGTCTACCTCCCCTCATTTATGGACTCGGCCACGCTTTACCGCTCCCGGCCTCGTGCTCCCCGCCCTCCCGTCGCTCTCCATCCCCACCTCTGTCGCTCCGTCGCTCCTATCCCGACTTAGTGCACTTCCTTCCTTGATGTGTCCGCGCACGTCTCCCCGCCGCTGCTCTGCCCGCCGCCCCTCTGC] [+] EMBL CA755683 [TGTTTGGTAGAGTCGAGCTTGCGTAGTTCTCGTGGGCTCTCGTTTTTGCGTTGCGTGTGCCTCGCCATCCGCCGCGTCCCTATCCAACCCCCCTCCCCGCATTCCCTCTCCCCCTCGTCGTCGTCGTCTTCCTCCTCCTGCGGCGGCGACGGCACAGATAAGATTTGGTTAGGAGCTGTTTTGTTTGTTGGGTTGAAATCGTCAAGTAACGTGGACGTGGGGGTGAAGCAAAGGAAGGGAGGGGAGATTGGGCTTGGCGTGCCTGCTCCCTCTTGTTTCTTTGTTCTATTGGGAGCTCAACCCGTTGGTTGGATGTGCCGCCGCCCCGCCTCGCCCTCCCTTACCCGCCGCCCCCCCCTTCCCCCCGCCCGCCGTCACCCCGGCATCTTTTTGTCCGGCCTTCCCCCATGTCTTTCCACGCCCCGCCGAGTCTACCTCCCCTCATTTATGGACTCGGCCACGCTTTACCGCTCCCGGCCTCGTGCTCCCCGCCCTCCCGTCGCTCTCCATCCCCACCTCTGTCGCTCCGTCGCTCCTATCCCGACTTAGTGCACTTCCTTCCTTGATGTGTCCGCGCACGTCTCCCCGCCGCTGCTCTGCCCGCCGCCCCTCTGC] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_281#0 TGTTTGGTAGAGTCGAGCTTGCGTAGTTCTCGTGGGCTCTCGTTTTTGCGTTGCGTGTGC 60 consensus_281#1 TGTTTGGTAGAGTCGAGCTTGCGTAGTTCTCGTGGGCTCTCGTTTTTGCGTTGCGTGTGC 60 ************************************************************ consensus_281#0 CTCGCCATCCGCCGCGTCCCTATCCAACCCCC-TCCCCGCATTCCCTCTCCCCCTCGTCG 119 consensus_281#1 CTCGCCATCCGCCGCGTCCCTATCCAACCCCCCTCCCCGCATTCCCTCTCCCCCTCGTCG 120 ******************************** *************************** consensus_281#0 TCGTCGTCTTCCTCCTCCTGCGGCGGCGACGGCACAGATCAGATTTGGTTAGGAGCTGTT 179 consensus_281#1 TCGTCGTCTTCCTCCTCCTGCGGCGGCGACGGCACAGATAAGATTTGGTTAGGAGCTGTT 180 *************************************** ******************** consensus_281#0 TTGTTTGCTGGGTTGAAATCGTCAAGTACCGTGAACGTGCGGGTGAGGCAA-GGAACGTA 238 consensus_281#1 TTGTTTGTTGGGTTGAAATCGTCAAGTAACGTGGACGTGGGGGTGAAGCAAAGGAAGGGA 240 ******* ******************** **** ***** ****** **** **** * * consensus_281#0 GGCCATATGGGTTTTGGCTT-CCTCCCGACTCCCCCCCCCTAGTGTGGTTGTGC-CCCAC 296 consensus_281#1 GGGGAGATTGGGCTTGGCGTGCCTGCTCCCTCTTGTTTCTTTGTTCTATTGGGAGCTCAA 300 ** * ** ** ***** * *** * *** * * ** *** * * ** consensus_281#0 CCCTCTCCTGTGTCGCGCCCGGGGGGGTTTCTTAGCGCTGTGTTTCCCGCCCGCGCCCCT 356 consensus_281#1 CCCGTTGGTTGGATGTGCC--GCCGCCCCGCCTCGCCCTCCCTTACCCGCC-GC-CCCCC 356 *** * * * * *** * * * * ** ** ** ****** ** **** consensus_281#0 CCCGTCCCCCGTCCTCGGCGCGATTTGTCCTCCCCCCCCCCGTGATCCTCGCGTACGACC 416 consensus_281#1 CCTTCCCCCCGCCCGCCGT-CACCCCGGCATCTTTTTGTCCGGCCTTCCCCCATGTCTTT 415 ** ****** ** * * * * * ** *** * * * * * consensus_281#0 CGGCTCCCCCCCTCGCCCTTGCCCCCCCATCGGTCCCGTTCGCGCCTCTCGCCCGCCCGC 476 consensus_281#1 CCACGCCCCGCCGAGTCTACCTCCCCTCATTTATGGACTCGGCCACGCTTTACCGCTCCC 475 * * **** ** * * **** *** * * ** * ** **** * * consensus_281#0 CGATTTCCCACCACTGCCCGCGCGTCCGCTATCCGCGTCGCGTGTCCATCGCGTCGTGCG 536 consensus_281#1 GGCCTCGTGCTCCCCGCCCTCCCGTC-GCTCTCCAT-CCCCACCTCTGTCGCTCCGTC-- 531 * * * * **** * **** *** *** * * ** **** *** consensus_281#0 GCCACTAGCGAGCGGCGCCGCGCGCGCACCCTCGCCCCCATCTCGCCGCCTCCA-CTGTT 595 consensus_281#1 GCTCCTATCC--CGACTTAGTGCAC---TTCCTTCCTTGATGTGTCCGCGCACGTCTCCC 586 ** *** * ** * * ** * * ** ** * **** * ** consensus_281#0 TGCCGGTCCCCGATGCCCCGAGCTATCCGC 625 consensus_281#1 CGCCGCTGCTCTGCCCGCCGC-CCCTCTGC 615 **** * * * * *** * ** ** |
Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||