cluster # 4313

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Oryza sativa
cluster # 4313 cluster # 4313 Sequences # 3 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_4313#0 length = 680 sequences # 2

consensus_4313#1 length = 634 sequences # 1

consensusID : consensus_4313#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 680
fasta sequence

                              [TTGAATTCCCCGACGAGAAATCCGCCACAGCCGCCGCGTTGCGCCGGCGGCGATGGATCGCGGCGGCCGCCCGGGGTGGCTGCCGTCGCTGGGGTTCGCGTTCCTGAGCTTCAACTGCGGCATGGCGATCTACCGCTCCAGCAGCGACCCCTCCGCGGTGGCCTTCGTCGTCGTCGCCTACCTCGCGCTCATCGCGCTCTTCCGCTGCCTCCACCTGCTGGAGCGCGCCCCCGCGGGGGGGCAGGCCCGGGCGTCGATGAAGGCGGCGGTGTGGGGGCTCTCCACGCTCCTCACGCTCATGTTCTCCTACAAGGTCGCCGCCATCATGCCGCTCTGGGGCGCCGCGGGCGTCTGGGTGATGGGGCTCGGCACCATCGTCGCCGGCTTCTACGCCTTCTTCGTGCACCGCG-AGGCCCCCTAGATGATGATGGCGATGGCGAACTTCTGTGAGATCGATGGGCCTGGAATGCGATGCACCCGTAGATGATGAAGCAAACTGTTCCTCTTGTTAAAATCCTTAGTAAACCTTATTGTGGTTTTTAAAGTTTGCCTTTCCATCCATGTAAATTTGGGCTTGAAAGTTTGATGATAACCACAACGATGTACTGCACCGGAGCACATTTGGTATGATGCATGATGGAGAAAAAAAAATCNAAGGGGGGCCNGTACCAATTCCCCTA]

[+] EMBL AK063106             [TTGAATTCCCCGACGAGAAATCCGCCACAGCCGCCGCGTTGCGCCGGCGGCGATGGATCGCGGCGGCCGCCCGGGGTGGCTGCCGTCGCTGGGGTTCGCGTTCCTGAGCTTCAACTGCGGCATGGCGATCTACCGCTCCAGCAGCGACCCCTCCGCGGTGGCCTTCGTCGTCGTCGCCTACCTCGCGCTCATCGCGCTCTTCCGCTGCCTCCACCTGCTGGAGCGCGCCCCCGCGGGGGGGCAGGCCCGGGCGTCGATGAAGGCGGCGGTGTGGGGGCTCTCCACGCTCCTCACGCTCATGTTCTCCTACAAGGTCGCCGCCATCATGCCGCTCTGGGGCGCCGCGGGCGTCTGGGTGATGGGGCTCGGCACCATCGTCGCCGGCTTCTACGCCTTCTTCGTGCACCGCG AGGCCCCCTAGATGATGATGGCGATGGCGAACTTCTGTGAGATCGATGGGCCTGGAATGCGATGCACCCGTAGATGATGAAGCAAACTGTTCCTCTTGTTAAAATCCTTAGTAAACCTTATTGTGGTTTTTAAAGTTTGCCTTTCCATCCATGTAAATTTGGGCTTGAAAGTTTGATGATAACCACAACGATGTACTGCACCGGAGCACATTTGGTATGATGCATGATGGAG                                      ]
[+] EMBL AF074735             [                                 CCGCGTTGCGCCGGCGGCGATGGATCGCGGCGGCCGCCCGGGGTGGCTGCCGTCGCTGGGGTTCGCGTTCCTGAGCTTCAACTGCGGCATGGCGATCTACCGCTCCAGCAGCGACCCCTCCGCGGTGGCCTTCGTCGTCGTCGCCTACCTCGCGCTCATCGCGCTCTTCCGCTGCCTCCACCTGCTGGAGCGCGCCCCCGCGGGGGGGCAGGCCCGGGCGTCNATGAANGCGGCGGTGTGGGGGCTCTCCACGCTCCTCACGCTCATGTTCTCCTACAAGGTCGCCGCCATCATGCCGCTCTGGGGCGCCGCGGGCGTCTGGGTGATGGGGCTCGGCACCATCGTCGCCGGCTTCTACGCCTTCTTCGTGCACCGCGAAGGCCCCCTAGATGATGATGGCGATGGCGAACTTCTGTGAGATCGATGGGCCTGGAATGCGATGCACCCGTAGATGATGAAGCAAACTGTTCCTCTTGTTAAAATCCTTAGTAAACTTTATTGTGGTTTTTAAAGTTTGCCTTTCCATCCATGTAAATTTGGGCTTGAAAGTTTGATGATAACCACAACGATNTNCTGCACCGGANCACATTTGGTATGATGCAAAAAAAAAAAAAAAAAATCNAAGGGGGGCCNGTACCAATTCCCCTA]




>consensus_4313#0
TTGAATTCCCCGACGAGAAATCCGCCACAGCCGCCGCGTTGCGCCGGCGGCGATGGATCG
CGGCGGCCGCCCGGGGTGGCTGCCGTCGCTGGGGTTCGCGTTCCTGAGCTTCAACTGCGG
CATGGCGATCTACCGCTCCAGCAGCGACCCCTCCGCGGTGGCCTTCGTCGTCGTCGCCTA
CCTCGCGCTCATCGCGCTCTTCCGCTGCCTCCACCTGCTGGAGCGCGCCCCCGCGGGGGG
GCAGGCCCGGGCGTCGATGAAGGCGGCGGTGTGGGGGCTCTCCACGCTCCTCACGCTCAT
GTTCTCCTACAAGGTCGCCGCCATCATGCCGCTCTGGGGCGCCGCGGGCGTCTGGGTGAT
GGGGCTCGGCACCATCGTCGCCGGCTTCTACGCCTTCTTCGTGCACCGCGAGGCCCCCTA
GATGATGATGGCGATGGCGAACTTCTGTGAGATCGATGGGCCTGGAATGCGATGCACCCG
TAGATGATGAAGCAAACTGTTCCTCTTGTTAAAATCCTTAGTAAACCTTATTGTGGTTTT
TAAAGTTTGCCTTTCCATCCATGTAAATTTGGGCTTGAAAGTTTGATGATAACCACAACG
ATGTACTGCACCGGAGCACATTTGGTATGATGCATGATGGAGAAAAAAAAATCNAAGGGG
GGCCNGTACCAATTCCCCTA

consensusID : consensus_4313#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 634
fasta sequence

                              [TTGAATTCCCCGACGAGAAATCCGCCACAGCCGCCGCGTTGCGCCGGCGGCGATGGATCGCGGCGGCCGCCCGGGGTGGCTGCCGTCGCTGGGGTTCGCGTTCCTGAGCTTCAACTGCGGCATGGCGATCTACCGCTCCAGCAGCGACCCCTCCGCGGTGGCCTTCGTCGTCGTCGCCTACCTCGCGCTCATCGCGCTCTTCCGCTGCCTCCACCTGCTGGAGCGCGCCCCCGCGGGGGGGCAGGCCCGGGCGTCGATGAAGGCGGCGGTGTGGGGGCTCTCCACGCTCCTCACGCTCATGTTCTCCTACAAGGTCGCCGCCATCATGCCGCTCTGGGGCGCCGCGGGCGTCTGGGTGATGGGGCTCGGCACCATCGTCGCCGGCTTCTACGCCTTCTTCGTGCACCGCGAGGCCCCCTAGATGATGATGGCGATGGCGAACTTCTGTGAGATCGATGGATTCCCTTTTTTAATTTCTAGCAGTCCCGCCAACCGCTGCTGGCTCCATACCACTGCACTCCTGTATGGTCTACCCGTTGTCTCCCCTGTTTATTTTCATTGAGATTTTAAAAATAAAACATGATTGTTATTGCGATTTATTTTTACTTTATAAAAGTCATGCCAATCTATGCTG]

[+] EMBL AK062403             [TTGAATTCCCCGACGAGAAATCCGCCACAGCCGCCGCGTTGCGCCGGCGGCGATGGATCGCGGCGGCCGCCCGGGGTGGCTGCCGTCGCTGGGGTTCGCGTTCCTGAGCTTCAACTGCGGCATGGCGATCTACCGCTCCAGCAGCGACCCCTCCGCGGTGGCCTTCGTCGTCGTCGCCTACCTCGCGCTCATCGCGCTCTTCCGCTGCCTCCACCTGCTGGAGCGCGCCCCCGCGGGGGGGCAGGCCCGGGCGTCGATGAAGGCGGCGGTGTGGGGGCTCTCCACGCTCCTCACGCTCATGTTCTCCTACAAGGTCGCCGCCATCATGCCGCTCTGGGGCGCCGCGGGCGTCTGGGTGATGGGGCTCGGCACCATCGTCGCCGGCTTCTACGCCTTCTTCGTGCACCGCGAGGCCCCCTAGATGATGATGGCGATGGCGAACTTCTGTGAGATCGATGGATTCCCTTTTTTAATTTCTAGCAGTCCCGCCAACCGCTGCTGGCTCCATACCACTGCACTCCTGTATGGTCTACCCGTTGTCTCCCCTGTTTATTTTCATTGAGATTTTAAAAATAAAACATGATTGTTATTGCGATTTATTTTTACTTTATAAAAGTCATGCCAATCTATGCTG]




>consensus_4313#1
TTGAATTCCCCGACGAGAAATCCGCCACAGCCGCCGCGTTGCGCCGGCGGCGATGGATCG
CGGCGGCCGCCCGGGGTGGCTGCCGTCGCTGGGGTTCGCGTTCCTGAGCTTCAACTGCGG
CATGGCGATCTACCGCTCCAGCAGCGACCCCTCCGCGGTGGCCTTCGTCGTCGTCGCCTA
CCTCGCGCTCATCGCGCTCTTCCGCTGCCTCCACCTGCTGGAGCGCGCCCCCGCGGGGGG
GCAGGCCCGGGCGTCGATGAAGGCGGCGGTGTGGGGGCTCTCCACGCTCCTCACGCTCAT
GTTCTCCTACAAGGTCGCCGCCATCATGCCGCTCTGGGGCGCCGCGGGCGTCTGGGTGAT
GGGGCTCGGCACCATCGTCGCCGGCTTCTACGCCTTCTTCGTGCACCGCGAGGCCCCCTA
GATGATGATGGCGATGGCGAACTTCTGTGAGATCGATGGATTCCCTTTTTTAATTTCTAG
CAGTCCCGCCAACCGCTGCTGGCTCCATACCACTGCACTCCTGTATGGTCTACCCGTTGT
CTCCCCTGTTTATTTTCATTGAGATTTTAAAAATAAAACATGATTGTTATTGCGATTTAT
TTTTACTTTATAAAAGTCATGCCAATCTATGCTG

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_4313#0      TTGAATTCCCCGACGAGAAATCCGCCACAGCCGCCGCGTTGCGCCGGCGGCGATGGATCG 60
consensus_4313#1      TTGAATTCCCCGACGAGAAATCCGCCACAGCCGCCGCGTTGCGCCGGCGGCGATGGATCG 60
                      ************************************************************

consensus_4313#0      CGGCGGCCGCCCGGGGTGGCTGCCGTCGCTGGGGTTCGCGTTCCTGAGCTTCAACTGCGG 120
consensus_4313#1      CGGCGGCCGCCCGGGGTGGCTGCCGTCGCTGGGGTTCGCGTTCCTGAGCTTCAACTGCGG 120
                      ************************************************************

consensus_4313#0      CATGGCGATCTACCGCTCCAGCAGCGACCCCTCCGCGGTGGCCTTCGTCGTCGTCGCCTA 180
consensus_4313#1      CATGGCGATCTACCGCTCCAGCAGCGACCCCTCCGCGGTGGCCTTCGTCGTCGTCGCCTA 180
                      ************************************************************

consensus_4313#0      CCTCGCGCTCATCGCGCTCTTCCGCTGCCTCCACCTGCTGGAGCGCGCCCCCGCGGGGGG 240
consensus_4313#1      CCTCGCGCTCATCGCGCTCTTCCGCTGCCTCCACCTGCTGGAGCGCGCCCCCGCGGGGGG 240
                      ************************************************************

consensus_4313#0      GCAGGCCCGGGCGTCGATGAAGGCGGCGGTGTGGGGGCTCTCCACGCTCCTCACGCTCAT 300
consensus_4313#1      GCAGGCCCGGGCGTCGATGAAGGCGGCGGTGTGGGGGCTCTCCACGCTCCTCACGCTCAT 300
                      ************************************************************

consensus_4313#0      GTTCTCCTACAAGGTCGCCGCCATCATGCCGCTCTGGGGCGCCGCGGGCGTCTGGGTGAT 360
consensus_4313#1      GTTCTCCTACAAGGTCGCCGCCATCATGCCGCTCTGGGGCGCCGCGGGCGTCTGGGTGAT 360
                      ************************************************************

consensus_4313#0      GGGGCTCGGCACCATCGTCGCCGGCTTCTACGCCTTCTTCGTGCACCGCGAGGCCCCCTA 420
consensus_4313#1      GGGGCTCGGCACCATCGTCGCCGGCTTCTACGCCTTCTTCGTGCACCGCGAGGCCCCCTA 420
                      ************************************************************

consensus_4313#0      GATGATGATGGCGATGGCGAACTTCTGTGAGATCGATGGGCCTGGAATGCGATGCACCCG 480
consensus_4313#1      GATGATGATGGCGATGGCGAACTTCTGTGAGATCGATGGATTCCCTTTTTTAATTTCTAG 480
                      ***************************************        *   *    *  *

consensus_4313#0      TAGATGATGAAGCAAACTGTTCCTCTTGTTAAAATCCTTAGTAAACCTTATTGTGGTTTT 540
consensus_4313#1      CAG----TCCCGCCAACCGCTGCTGGCTCCATA----CCACTGCACTCCTGTATGGTCTA 532
                       **    *   ** *** * * **      * *      * *  **     * **** * 

consensus_4313#0      TAAAGTTTGCCTTTCCATCCATGTAAATTTGGGCTTGAAAGTTTGA---TGATAACCACA 597
consensus_4313#1      CCC-GTTGTCTCCCCTGTTTATTTTCATTGAGATTTTAAAAATAAAACATGATTGTTATT 591
                          ***  *    *  *  ** *  ***  *  ** ***  *  *   ****    *  

consensus_4313#0      ACGATGTACTGC-ACCGGAGCACATTTGGTATGATGCATGATGGAGAAAAAAAAATCNAA 656
consensus_4313#1      GCGATTTATTTTTACTTTATAAAAGTCATGCCAATCTATGCTG----------------- 634
                       **** ** *   **   *  * * *       **  *** **                 

consensus_4313#0      GGGGGGCCNGTACCAATTCCCCTA 680
consensus_4313#1      ------------------------