cluster # 4782

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Oryza sativa
cluster # 4782 cluster # 4782 Sequences # 3 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_4782#0 length = 616 sequences # 2

consensus_4782#1 length = 449 sequences # 1

consensusID : consensus_4782#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 616
fasta sequence

                              [GTTCTGGATCAGGCCAAGGCTCGAGCTCGGGCTCGGTGAGCCAGGGTGGTGGGAGTGCGAGCGCCGGAGGAGGCGGTGGTGGTGTTGCCGGTGGACAAGCTGGAGGTGTTGATGGATCCGGCGGTTATGGGACTGGCACTGGCAGCGGAACCGGATCTGCTGAGGCAGACGGTGGTGCTTCCCCTACATCCTCCCCGCCATATGCAAATGCCAATGCAACTGGCGATGGTAACGGCAACGGTGGTGGCCAAAGCGGTGGGAGCGGAAGCGGTGGGGGTGGTGGATCTGGTTACGGTGATGCCAACCCTTAAAATTTTCATTTCTATGTGCCGACCAAAGTTACATTGGAGCCCACGTTATCATTAATAATTTCATTCACCTTGATATGGTAGTATTTGTTTTGTTTTGATTTTATCCTTTGATGTATTAGGGAGCAACTAATAAAGGGCTCCATCATTTCTAGTTTGTTGTACCCTTTTTTCTCTTTTGGAAGGAATTTTAATTAGTTAATGTATCACTTTTAGAGTTCAAGGGAATGCCAAAAGCTGTCACAGTGATCTTTGAGTGCTAAA----A--A-----AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA]

[+] EMBL CA756582             [GTTCTGGATCAGGCCAAGGCTCGAGCTCGGGCTCGGTGAGCCAGGGTGGTGGGAGTGCGAGCGCCGGAGGAGGCGGTGGTGGTGTTGCCGGTGGACAAGCTGGAGGTGTTGATGGATCCGGCGGTTATGGGACTGGCACTGGCAGCGGAACCGGATCTGCTGAGGCAGACGGTGGTGCTTCCCCTACATCCTCCCCGCCATATGCAAATGCCAATGCAACTGGCGATGGTAACGGCAACGGTGGTGGCCAAAGCGGTGGGAGCGGAAGCGGTGGGGGTGGTGGATCTGGTTACGGTGATGCCAACCCTTAAAATTTTCATTTCTATGTGCCGACCAAAGTTACATTGGAGCCCACGTTATCATTAATAATTTCATTCACCTTGATATGGTAGTATTTGTTTTGTTTTGATTTTATCCTTTGATGTATTAGGGAGCAACTAATAAAGGGCTCCATCATTTCTAGTTTGTTGTACCCTTTTTTCTCTTTTGGAAGGAATTTTAATTAGTTAATGTATCACTTTTAGAGTTCAAGGGAATGCCAAAAGCTGTCACAGTGATCTTTGAGTGCTAAA    A  A     AAAAAAAAAAAAAAAAA                         ]
[+] EMBL CA757605             [                                                                                                                                                                                                                                                                                    GTGGTGGATCTGGTTACGGTGATGCCAACCCTTAAAATTTTCATTTCTATGTGCCGACCAAAGTTACATTGGAGCCCACGTTATCATTAATAATTTCATTCACCTTGATATGGTAGTATTTGTTTTGTTTTGATTTTATCCTTTGATGTATTAGGGAGCAACTAATAAAGGGCTCCATCATTTCTAGTTTGTTGTACCCTTTTTTCTCTTTTGGAAGGAATTTTAATTAGTTAATGTATCACTTTTAGAGTTCAAGGGAATGCCAAAAGCTGTCACAGTGATCTTTGAGTGCTATATGTGATCAGGTTTATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA]




>consensus_4782#0
GTTCTGGATCAGGCCAAGGCTCGAGCTCGGGCTCGGTGAGCCAGGGTGGTGGGAGTGCGA
GCGCCGGAGGAGGCGGTGGTGGTGTTGCCGGTGGACAAGCTGGAGGTGTTGATGGATCCG
GCGGTTATGGGACTGGCACTGGCAGCGGAACCGGATCTGCTGAGGCAGACGGTGGTGCTT
CCCCTACATCCTCCCCGCCATATGCAAATGCCAATGCAACTGGCGATGGTAACGGCAACG
GTGGTGGCCAAAGCGGTGGGAGCGGAAGCGGTGGGGGTGGTGGATCTGGTTACGGTGATG
CCAACCCTTAAAATTTTCATTTCTATGTGCCGACCAAAGTTACATTGGAGCCCACGTTAT
CATTAATAATTTCATTCACCTTGATATGGTAGTATTTGTTTTGTTTTGATTTTATCCTTT
GATGTATTAGGGAGCAACTAATAAAGGGCTCCATCATTTCTAGTTTGTTGTACCCTTTTT
TCTCTTTTGGAAGGAATTTTAATTAGTTAATGTATCACTTTTAGAGTTCAAGGGAATGCC
AAAAGCTGTCACAGTGATCTTTGAGTGCTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAA

consensusID : consensus_4782#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 449
fasta sequence

                              [GCGGTTATGGGACTGGCANTGGCAGCGGAACCGGNTCTGCTGCGGCAGACGGTGGTGCTTCCCCTACATCCTCCCCGCCATATGCAAATNCCAATGCAATTGGCGATGGTAACGGCAACGGTGGTGGCCAAAGCCGGTGGGAGCGGAAGCGGTGGGGGTGGTGGATCTGGTTACGGTGATGCCAACCCTTAAAATTTTCATTTCTATGTGCCGACCAAAGTTACATTGGAGCCCACGTTATCATTAATAATTTCATTCACCTTGATATGGTAGTATTTGTTTTGTTTTGATTTTATCCTTTGATGTATTAGGGAGCAACTAATAAAGGGCTCCATCATTTCTAGTTTGTTGTACCCTTTTTTCTCTTTTGGAAGGAATTTTAATTAGTTAAGTTAATGTATCACTTTTAGAGTTCAAGGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA]

[+] EMBL AU031841             [GCGGTTATGGGACTGGCANTGGCAGCGGAACCGGNTCTGCTGCGGCAGACGGTGGTGCTTCCCCTACATCCTCCCCGCCATATGCAAATNCCAATGCAATTGGCGATGGTAACGGCAACGGTGGTGGCCAAAGCCGGTGGGAGCGGAAGCGGTGGGGGTGGTGGATCTGGTTACGGTGATGCCAACCCTTAAAATTTTCATTTCTATGTGCCGACCAAAGTTACATTGGAGCCCACGTTATCATTAATAATTTCATTCACCTTGATATGGTAGTATTTGTTTTGTTTTGATTTTATCCTTTGATGTATTAGGGAGCAACTAATAAAGGGCTCCATCATTTCTAGTTTGTTGTACCCTTTTTTCTCTTTTGGAAGGAATTTTAATTAGTTAAGTTAATGTATCACTTTTAGAGTTCAAGGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA]




>consensus_4782#1
GCGGTTATGGGACTGGCANTGGCAGCGGAACCGGNTCTGCTGCGGCAGACGGTGGTGCTT
CCCCTACATCCTCCCCGCCATATGCAAATNCCAATGCAATTGGCGATGGTAACGGCAACG
GTGGTGGCCAAAGCCGGTGGGAGCGGAAGCGGTGGGGGTGGTGGATCTGGTTACGGTGAT
GCCAACCCTTAAAATTTTCATTTCTATGTGCCGACCAAAGTTACATTGGAGCCCACGTTA
TCATTAATAATTTCATTCACCTTGATATGGTAGTATTTGTTTTGTTTTGATTTTATCCTT
TGATGTATTAGGGAGCAACTAATAAAGGGCTCCATCATTTCTAGTTTGTTGTACCCTTTT
TTCTCTTTTGGAAGGAATTTTAATTAGTTAAGTTAATGTATCACTTTTAGAGTTCAAGGG
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_4782#0      GTTCTGGATCAGGCCAAGGCTCGAGCTCGGGCTCGGTGAGCCAGGGTGGTGGGAGTGCGA 60
consensus_4782#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4782#0      GCGCCGGAGGAGGCGGTGGTGGTGTTGCCGGTGGACAAGCTGGAGGTGTTGATGGATCCG 120
consensus_4782#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4782#0      GCGGTTATGGGACTGGCACTGGCAGCGGAACCGGATCTGCTGAGGCAGACGGTGGTGCTT 180
consensus_4782#1      GCGGTTATGGGACTGGCANTGGCAGCGGAACCGGNTCTGCTGCGGCAGACGGTGGTGCTT 60
                      ****************** *************** ******* *****************

consensus_4782#0      CCCCTACATCCTCCCCGCCATATGCAAATGCCAATGCAACTGGCGATGGTAACGGCAACG 240
consensus_4782#1      CCCCTACATCCTCCCCGCCATATGCAAATNCCAATGCAATTGGCGATGGTAACGGCAACG 120
                      ***************************** ********* ********************

consensus_4782#0      GTGGTGGCCAAAGC-GGTGGGAGCGGAAGCGGTGGGGGTGGTGGATCTGGTTACGGTGAT 299
consensus_4782#1      GTGGTGGCCAAAGCCGGTGGGAGCGGAAGCGGTGGGGGTGGTGGATCTGGTTACGGTGAT 180
                      ************** *********************************************

consensus_4782#0      GCCAACCCTTAAAATTTTCATTTCTATGTGCCGACCAAAGTTACATTGGAGCCCACGTTA 359
consensus_4782#1      GCCAACCCTTAAAATTTTCATTTCTATGTGCCGACCAAAGTTACATTGGAGCCCACGTTA 240
                      ************************************************************

consensus_4782#0      TCATTAATAATTTCATTCACCTTGATATGGTAGTATTTGTTTTGTTTTGATTTTATCCTT 419
consensus_4782#1      TCATTAATAATTTCATTCACCTTGATATGGTAGTATTTGTTTTGTTTTGATTTTATCCTT 300
                      ************************************************************

consensus_4782#0      TGATGTATTAGGGAGCAACTAATAAAGGGCTCCATCATTTCTAGTTTGTTGTACCCTTTT 479
consensus_4782#1      TGATGTATTAGGGAGCAACTAATAAAGGGCTCCATCATTTCTAGTTTGTTGTACCCTTTT 360
                      ************************************************************

consensus_4782#0      TTCTCTTTTGGAAGGAATTTTAATTAGTTAA-----TGTATCACTTTTAGAGTTCAAGGG 534
consensus_4782#1      TTCTCTTTTGGAAGGAATTTTAATTAGTTAAGTTAATGTATCACTTTTAGAGTTCAAGGG 420
                      *******************************     ************************

consensus_4782#0      AATGCCAAAAGCTGTCACAGTGATCTTTGAGTGCTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 594
consensus_4782#1      AA---------------------------------AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 447
                      **                                 *************************

consensus_4782#0      AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 616
consensus_4782#1      AA-------------------- 449
                      **