cluster # 4810

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Oryza sativa
cluster # 4810 cluster # 4810 Sequences # 3 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_4810#0 length = 779 sequences # 1

consensus_4810#1 length = 668 sequences # 2

consensusID : consensus_4810#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 779
fasta sequence

                              [GGGATTACTGATTAAAATACTATCTTTGTAGACGACGCTTGGCTAGACTTGGTTGCTTAATTTGCGCCATAGATAATGGTGTTAGGATCATGATTAGCGGTCCACTCTATGGAACTGTCCATGTCATCTATTAAAATTGTCAATGTCAAAGTAACAATTCGACGTAAACATAACCAATGCGTGATACAATTGTAAAAGTGATTTTAATCAATATGAATAAAAAATGTCTTTAATAGTACTTAAAATCAGTGAGAAAAACAGTGTTACAGTATCCCCCGAACCGCGATAGAATTCACGCAGGGAATTCGTATGACGTCCTCGTCAGCCTCTACCAAAGAAAGTAAGCCAAGAGAATCGTTAAGGAAATAAATTCAAGAATCGAGCTTGTATTAAGTTAAAAAGAATAAACATAACAACGGTAATATCCTCGTTACTATATTTTAAATTGGCAAATTAAAAGAAAGTATAGGTTTAGTTTTGTTTGGTGCACCAAAGTAACTACTAAAAAAAAATATAAAATTATGTTAACAATAAAATTAAGTTCTCGGTAATAAAAAAAATAAAATAACGGTTTATGCAAATTCATTGGTAATTAGGTTAAAAAAATGGCAACATTTCGGAACAAACAGTTTACTTTAATCATTGTCAGTGGTCACCTACCGGACTGAGCCTAGCAATAAGGCTTTTTGGTACCAGGTACTAAAATCCGCTGGGGGNGATATGGCTTATTTNAAATGTAAAGNACACTGGAATGAACCCCTAAATATGACATNTAAAAC]

[+] EMBL CA766423             [GGGATTACTGATTAAAATACTATCTTTGTAGACGACGCTTGGCTAGACTTGGTTGCTTAATTTGCGCCATAGATAATGGTGTTAGGATCATGATTAGCGGTCCACTCTATGGAACTGTCCATGTCATCTATTAAAATTGTCAATGTCAAAGTAACAATTCGACGTAAACATAACCAATGCGTGATACAATTGTAAAAGTGATTTTAATCAATATGAATAAAAAATGTCTTTAATAGTACTTAAAATCAGTGAGAAAAACAGTGTTACAGTATCCCCCGAACCGCGATAGAATTCACGCAGGGAATTCGTATGACGTCCTCGTCAGCCTCTACCAAAGAAAGTAAGCCAAGAGAATCGTTAAGGAAATAAATTCAAGAATCGAGCTTGTATTAAGTTAAAAAGAATAAACATAACAACGGTAATATCCTCGTTACTATATTTTAAATTGGCAAATTAAAAGAAAGTATAGGTTTAGTTTTGTTTGGTGCACCAAAGTAACTACTAAAAAAAAATATAAAATTATGTTAACAATAAAATTAAGTTCTCGGTAATAAAAAAAATAAAATAACGGTTTATGCAAATTCATTGGTAATTAGGTTAAAAAAATGGCAACATTTCGGAACAAACAGTTTACTTTAATCATTGTCAGTGGTCACCTACCGGACTGAGCCTAGCAATAAGGCTTTTTGGTACCAGGTACTAAAATCCGCTGGGGGNGATATGGCTTATTTNAAATGTAAAGNACACTGGAATGAACCCCTAAATATGACATNTAAAAC]




>consensus_4810#0
GGGATTACTGATTAAAATACTATCTTTGTAGACGACGCTTGGCTAGACTTGGTTGCTTAA
TTTGCGCCATAGATAATGGTGTTAGGATCATGATTAGCGGTCCACTCTATGGAACTGTCC
ATGTCATCTATTAAAATTGTCAATGTCAAAGTAACAATTCGACGTAAACATAACCAATGC
GTGATACAATTGTAAAAGTGATTTTAATCAATATGAATAAAAAATGTCTTTAATAGTACT
TAAAATCAGTGAGAAAAACAGTGTTACAGTATCCCCCGAACCGCGATAGAATTCACGCAG
GGAATTCGTATGACGTCCTCGTCAGCCTCTACCAAAGAAAGTAAGCCAAGAGAATCGTTA
AGGAAATAAATTCAAGAATCGAGCTTGTATTAAGTTAAAAAGAATAAACATAACAACGGT
AATATCCTCGTTACTATATTTTAAATTGGCAAATTAAAAGAAAGTATAGGTTTAGTTTTG
TTTGGTGCACCAAAGTAACTACTAAAAAAAAATATAAAATTATGTTAACAATAAAATTAA
GTTCTCGGTAATAAAAAAAATAAAATAACGGTTTATGCAAATTCATTGGTAATTAGGTTA
AAAAAATGGCAACATTTCGGAACAAACAGTTTACTTTAATCATTGTCAGTGGTCACCTAC
CGGACTGAGCCTAGCAATAAGGCTTTTTGGTACCAGGTACTAAAATCCGCTGGGGGNGAT
ATGGCTTATTTNAAATGTAAAGNACACTGGAATGAACCCCTAAATATGACATNTAAAAC

consensusID : consensus_4810#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 668
fasta sequence

                              [GAATAAAATCGTCAAAGTCAAAGAAGCAATGGAACGTAGCCATAGCCATTGGCGTGATCCGTTTGTAATAGTCATCTTATCAGTAGTCAGTAAACATCGTCACTAATAGTGCTTACACTCAGGCAGAAAACCGGTGCTCAGTATCCATCGAGCCTGCGATACAATTCGCACAGGCAATTGGTATGGGGTTCTTGTCAGCCTCTCCCAAAGAAAGTAAGCCGAGATGATCGTTAAGGAAATAAATTCAAGAATCGAGGGTTGTATTAAGTTAAAAAGAATAAACATACCAACGGTAATATCCTCGTTACTATATTTTAAAAGGGCAAATTAAAAGACAGTATAGGCTTAGTTTTGTATGGGGCACCAAAGTAAGTTCTAAAAAAAATATAAAGTTATGTTAGCAATAAACCTTAAGTTGTCGGTAATAAAAAAAATAAAATAACGGTTTACGCAAATTCATTGGTAATTAGGTTAAAAAAATGGCATCATTTCGGACCTTCCAGTCTACTTTAATCATCGTCAGTGTTCACCTACCGCACTGAGCCTAGCAATAAGGCCTTTGGTACCAGTTACTAAATCCGTTGGGGTGATATGGCCTATTTAAATGTAAAGTACTGTGGAATGAGACCCTAAAATATGACATCTTTTTCTCCTATAAAAAAAAAAAA]

[-] EMBL CA761339             [GAATAAAATCGTCAAAGTCAAAGAAGCAATGGAACGTAGCCATAGCCATTGGCGTGATCCGTTTGTAATAGTCATCTTATCAGTAGTCAGTAAACATCGTCACTAATAGTGCTTACACTCAGGCAGAAAACCGGTGCTCAGTATCCATCGAGCCTGCGATACAATTCGCACAGGCAATTGGTATGGGGTTCTTGTCAGCCTCTCCCAAAGAAAGTAAGCCGAGATGATCGTTAAGGAAATAAATTCAAGAATCGAGGGTTGTATTAAGTTAAAAAGAATAAACATACCAACGGTAATATCCTCGTTACTATATTTTAAAAGGGCAAATTAAAAGACAGTATAGGCTTAGTTTTGTATGGGGCACCAAAGTAAGTTCTAAAAAAAATATAAAGTTATGTTAGCAATAAACCTTAAGTTGTCGGTAATAAAAAAAATAAAATAACGGTTTACGCAAATTCATTGGTAATTAGGTTAAAAAAATGGCATCATTTCGGACCTTCCAGTCTACTTTAATCATCGTCAGTGTTCACCTACCGCACTGAGCCTAGCAATAAGGCCTTTGGTACCAGTTACTAAATCCGTTGGGGTGATATGGCCTATTTAAATGTAAAGTACTGTGGAATGAGACCCTAAAATATGACATCTTTTTCTCCTATAAAAAAAAAAAA]
[-] EMBL CA761335             [GAATAAAATCGTCAAAGTCAAAGAAGCAATGGAACGTAGCCATAGCCATTGGCGTGATCCGTTTGTAATAGTCATCTTATCAGTAGTCAGTAAACATCGTCACTAATAGTGCTTACACTCAGGCAGAAAACCGGTGCTCAGTATCCATCGAGCCTGCGATACAATTCGCACAGGCAATTGGTATGGGGTTCTTGTCAGCCTCTCCCAAAGAAAGTAAGCCGAGATGATCGTTAAGGAAATAAATTCAAGAATCGAGGGTTGTATTAAGTTAAAAAGAATAAACATACCAACGGTAATATCCTCGTTACTATATTTTAAAAGGGCAAATTAAAAGACAGTATAGGCTTAGTTTTGTATGGGGCACCAAAGTAAGTTCTAAAAAAAATATAAAGTTATGTTAGCAATAAACCTTAAGTTGTCGGTAATAAAAAAAATAAAATAACGGTTTACGCAAATTCATTGGTAATTAGGTTAAAAAAATGGCATCATTTCGGACCTTCCAGTCTACTTTAATCATCGTCAGTGTTCACCTACCGCACTGAGCCTAGCAATAAGGCCTTTGGTACCAGTTACTAAATCCGTTGGGGTGATATGGCCTATTTAAATGTAAAGTACTGTGGAATGAGACCCTAAAATATGACATCTTTTTCTCCTATAAAAAAAAAAAA]




>consensus_4810#1
GAATAAAATCGTCAAAGTCAAAGAAGCAATGGAACGTAGCCATAGCCATTGGCGTGATCC
GTTTGTAATAGTCATCTTATCAGTAGTCAGTAAACATCGTCACTAATAGTGCTTACACTC
AGGCAGAAAACCGGTGCTCAGTATCCATCGAGCCTGCGATACAATTCGCACAGGCAATTG
GTATGGGGTTCTTGTCAGCCTCTCCCAAAGAAAGTAAGCCGAGATGATCGTTAAGGAAAT
AAATTCAAGAATCGAGGGTTGTATTAAGTTAAAAAGAATAAACATACCAACGGTAATATC
CTCGTTACTATATTTTAAAAGGGCAAATTAAAAGACAGTATAGGCTTAGTTTTGTATGGG
GCACCAAAGTAAGTTCTAAAAAAAATATAAAGTTATGTTAGCAATAAACCTTAAGTTGTC
GGTAATAAAAAAAATAAAATAACGGTTTACGCAAATTCATTGGTAATTAGGTTAAAAAAA
TGGCATCATTTCGGACCTTCCAGTCTACTTTAATCATCGTCAGTGTTCACCTACCGCACT
GAGCCTAGCAATAAGGCCTTTGGTACCAGTTACTAAATCCGTTGGGGTGATATGGCCTAT
TTAAATGTAAAGTACTGTGGAATGAGACCCTAAAATATGACATCTTTTTCTCCTATAAAA
AAAAAAAA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_4810#0      GGGATTACTGATTAAAATACTATCTTTGTAGACGACGCTTGGCTAGACTTGGTTGCTTAA 60
consensus_4810#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4810#0      TTTGCGCCATAGATAATGGTGTTAGGATCATGATTAGCGGTCCACTCTATGGAACTGTCC 120
consensus_4810#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4810#0      ATGTCATCTATTAAAATTGTCAATGTCAAAGTAACAATTCGACGTAAACATAACCAATG- 179
consensus_4810#1      --------GAATAAAATCGTCAAAGTCAAAGAAGCAATGGAACGTAGCCATAGCCATTGG 52
                               * ****** ***** ******* * ****   *****  **** *** ** 

consensus_4810#0      CGTGATACAATTGTAAAAGTGATTTTAATCAATA-TGAATAAAAAATGTCTTTAATAGTA 238
consensus_4810#1      CGTGATCCGTTTGTAATAGTCATCTTA-TCAGTAGTCAGTAAACATCGTCACTAATAGTG 111
                      ****** *  ****** *** ** *** *** ** * * **** *  ***  ******* 

consensus_4810#0      CTTAAAATCAGTGAGAAAAACAGTGTTACAGTATCCCCCGAACC-GCGATAGAATTCACG 297
consensus_4810#1      CTTACACTCAGGCAGAAAACCGGTGCT-CAGTATCCATCGAGCCTGCGATACAATTCGCA 170
                      **** * ****  ****** * *** * ********  *** ** ****** ***** * 

consensus_4810#0      CAGGGAATTCGTATGACGTCCTCGTCAGCCTCTACCAAAGAAAGTAAGCCAAGAGAATCG 357
consensus_4810#1      CAGGCAATTGGTATGGGGTTCTTGTCAGCCTCTCCCAAAGAAAGTAAGCCGAGATGATCG 230
                      **** **** *****  ** ** ********** **************** ***  ****

consensus_4810#0      TTAAGGAAATAAATTCAAGAATCGAGC-TTGTATTAAGTTAAAAAGAATAAACATAACAA 416
consensus_4810#1      TTAAGGAAATAAATTCAAGAATCGAGGGTTGTATTAAGTTAAAAAGAATAAACATACCAA 290
                      **************************  **************************** ***

consensus_4810#0      CGGTAATATCCTCGTTACTATATTTTAAATTGGCAAATTAAAAGAAAGTATAGGTTTAGT 476
consensus_4810#1      CGGTAATATCCTCGTTACTATATTTTAAAAGGGCAAATTAAAAGACAGTATAGGCTTAGT 350
                      *****************************  ************** ******** *****

consensus_4810#0      TTTGTTTGGTGCACCAAAGTAACTACTAAAAAAAAATATAAAATTATGTTAACAATAAAA 536
consensus_4810#1      TTTGTATGGGGCACCAAAGTAAGTTCTAAAAAAAA-TATAAAGTTATGTTAGCAATAAAC 409
                      ***** *** ************ * ********** ****** ******** ******* 

consensus_4810#0      -TTAAGTTCTCGGTAATAAAAAAAATAAAATAACGGTTTATGCAAATTCATTGGTAATTA 595
consensus_4810#1      CTTAAGTTGTCGGTAATAAAAAAAATAAAATAACGGTTTACGCAAATTCATTGGTAATTA 469
                       ******* ******************************* *******************

consensus_4810#0      GGTTAAAAAAATGGCAACATTTCGGAACAAACAGTTTACTTTAATCATTGTCAGTGGTCA 655
consensus_4810#1      GGTTAAAAAAATGGCATCATTTCGGACCTTCCAGTCTACTTTAATCATCGTCAGTGTTCA 529
                      **************** ********* *   **** ************ ******* ***

consensus_4810#0      CCTACCGGACTGAGCCTAGCAATAAGGCTTTTTGGTACCAGGTACTAAAATCCGCTGGGG 715
consensus_4810#1      CCTACCGCACTGAGCCTAGCAATAAGGCCTTT-GGTACCAGTTACTAAA-TCCGTTGGGG 587
                      ******* ******************** *** ******** ******* **** *****

consensus_4810#0      GNGATATGGCTTATTTNAAATGTAAAGNACACTGGAATGAACCCCTAAA-TATGACATNT 774
consensus_4810#1      -TGATATGGCCTATTTAAA-TGTAAAGTACTGTGGAATGAGACCCTAAAATATGACATCT 645
                        ******** ***** ** ******* **  ********  ******* ******** *

consensus_4810#0      AAAAC------------------ 779
consensus_4810#1      TTTTCTCCTATAAAAAAAAAAAA 668
                          *