cluster # 4880

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Oryza sativa
cluster # 4880 cluster # 4880 Sequences # 3 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_4880#0 length = 478 sequences # 2

consensus_4880#1 length = 223 sequences # 1

consensusID : consensus_4880#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 478
fasta sequence

                              [CGTTCCCACTGCTGATCTGTGACTCCACCGGAAATCTACCACGTGAGGTTCTATGTCTCAACTGACGATAGGCACAACCCTCACACATTGGCTGGACTTCATTCCTCGAAGGA-CA-GGAATCGATGTGGGCACGACTTGTGTGTTTCAGTTGTACGATAGGGATGGTCAGCTCGAACTTTTGTGTTCACAACCTGTAGGTGCCTTCCTGTTATGTAGTATGGCATATGTGGCACGCATGTAGTGCCTTCCAGATATGTAGAATGGCATGTGTGGCACGCCAGTCCTGTTTTGT-CAGTGTCCCCTATGATGCCTCATGATACTGTAATGGTGCATGCTGAACTCGTAGAGC-ATAACCTATGCTCACTGCACCCTATTTTCCATGCAATGTGTTATCAATGCTGTTTTATCAATGCTGCAATGTGTATATAGCACATCTTCTAAGCTATTCAGTGCACCCTATTTTCCTTCAAAAAAAAAA]

[+] EMBL BI812414             [CGTTCCCACTGCTGATCTGTGACTCCACCGGAAATCTACCACGTGAGGTTCTATGTCTCAACTGACGATAGGCACAACCCTCACACATTGGCTGGACTTCATTCCTCGAAGGA CA GGAATCGATGTGGGCACGACTTGTGTGTTTCAGTTGTACGATAGGGATGGTCAGCTCGAACTTTTGTGTTCACAACCTGTAGGTGCCTTCCTGTTATGTAGTATGGCATATGTGGCACGCATGTAGTGCCTTCCAGATATGTAGAATGGCATGTGTGGCACGCCAGTCCTGTTTTGT CAGTGTCCCCTATGATGCCTCATGATACTGTAATGGTGCATGCTGAACTCGTAGAGC ATAACCTATGCTCACTGCACCCTATTTTCCATGCAATGTGTTATCAATGCTGTTTTATCAATGCTGCAATGTGTATATAGCACATCTTCTAAGCTATTCAGTGCACCCTATTTTCCTTCAAAAAAAAAA]
[+] EMBL BI812332             [                CTGTGACTCCA CGGAAATCTACAACGTGAGGTTCTATGTCTCAACTGACGATAGG GCAACCCTCAC CATTGGCTGGACTTCATTCCTCGAAGGAGCACGGAATCGATGTGGGCACGACTTGTGTGTTTCAGTTGTACGATAGGGATGGTCAGCTCGAAC TTTGTGTTCACAACCTGTA GTGCCTTCCTGTTATGTAGTATGGCATATGTGGCACGCATGTAGTGCCTTCCAGATATGTAGAATGGCATGTGTGGCACGCCAGTCCTGTTTTGTGCAGTGTCCCCTATGATGCCTCATGATA TGTAATGGTGCATGCTGAACTCGTAGAGCAATAACCTATGCTCACTGCACCCTATTTTCCATGCAATGTGTTATCAATGCTGTTTTATCAATGCTGC ATGTGTATATAGCACATCTTCTAAGCTATTCAGTGCACCCTATTTTCCTTCAAAAAAAAAA]




>consensus_4880#0
CGTTCCCACTGCTGATCTGTGACTCCACCGGAAATCTACCACGTGAGGTTCTATGTCTCA
ACTGACGATAGGCACAACCCTCACACATTGGCTGGACTTCATTCCTCGAAGGACAGGAAT
CGATGTGGGCACGACTTGTGTGTTTCAGTTGTACGATAGGGATGGTCAGCTCGAACTTTT
GTGTTCACAACCTGTAGGTGCCTTCCTGTTATGTAGTATGGCATATGTGGCACGCATGTA
GTGCCTTCCAGATATGTAGAATGGCATGTGTGGCACGCCAGTCCTGTTTTGTCAGTGTCC
CCTATGATGCCTCATGATACTGTAATGGTGCATGCTGAACTCGTAGAGCATAACCTATGC
TCACTGCACCCTATTTTCCATGCAATGTGTTATCAATGCTGTTTTATCAATGCTGCAATG
TGTATATAGCACATCTTCTAAGCTATTCAGTGCACCCTATTTTCCTTCAAAAAAAAAA

consensusID : consensus_4880#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 223
fasta sequence

                              [AGCAGGAATCGATGGTGGGCACGACTCTGTGTGATCTTCACGTCTGTACCGATATGGGATGGTCAGTCATCGAACTTTGTGTTCACAACCTGTATGTGCCTTCCTGTTATGTAGTATGGCATATGATGGCACGCATGTAGTGCCTTCCAGATATGTCAGATATGGCATGTGTGGCACCGCCAGTCCTGTTTTGTCCATGTCCCCCTATGATGCCTCATGATAT]

[+] EMBL BI810371             [AGCAGGAATCGATGGTGGGCACGACTCTGTGTGATCTTCACGTCTGTACCGATATGGGATGGTCAGTCATCGAACTTTGTGTTCACAACCTGTATGTGCCTTCCTGTTATGTAGTATGGCATATGATGGCACGCATGTAGTGCCTTCCAGATATGTCAGATATGGCATGTGTGGCACCGCCAGTCCTGTTTTGTCCATGTCCCCCTATGATGCCTCATGATAT]




>consensus_4880#1
AGCAGGAATCGATGGTGGGCACGACTCTGTGTGATCTTCACGTCTGTACCGATATGGGAT
GGTCAGTCATCGAACTTTGTGTTCACAACCTGTATGTGCCTTCCTGTTATGTAGTATGGC
ATATGATGGCACGCATGTAGTGCCTTCCAGATATGTCAGATATGGCATGTGTGGCACCGC
CAGTCCTGTTTTGTCCATGTCCCCCTATGATGCCTCATGATAT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_4880#0      CGTTCCCACTGCTGATCTGTGACTCCACCGGAAATCTACCACGTGAGGTTCTATGTCTCA 60
consensus_4880#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4880#0      ACTGACGATAGGCACAACCCTCACACATTGGCTGGACTTCATTCCTCGAAGGACAGGAAT 120
consensus_4880#1      ---------------------------------------------------AGCAGGAAT 9
                                                                           *******

consensus_4880#0      CGATG-TGGGCACGACT-TGTGTGTTT----CAGTTGTAC-GATA-GGGATGGTCAGC-- 170
consensus_4880#1      CGATGGTGGGCACGACTCTGTGTGATCTTCACGTCTGTACCGATATGGGATGGTCAGTCA 69
                      ***** *********** ****** *     *   ***** **** ***********   

consensus_4880#0      TCGAACTTTTGTGTTCACAACCTGTAGGTGCCTTCCTGTTATGTAGTATGGCATATG-TG 229
consensus_4880#1      TCGAACTTT-GTGTTCACAACCTGTATGTGCCTTCCTGTTATGTAGTATGGCATATGATG 128
                      ********* **************** ****************************** **

consensus_4880#0      GCACGCATGTAGTGCCTTCCAGATATGT-AGA-ATGGCATGTGTGGCAC-GCCAGTCCTG 286
consensus_4880#1      GCACGCATGTAGTGCCTTCCAGATATGTCAGATATGGCATGTGTGGCACCGCCAGTCCTG 188
                      **************************** *** **************** **********

consensus_4880#0      TTTTGTCAGTGTCCCC-TATGATGCCTCATGATACTGTAATGGTGCATGCTGAACTCGTA 345
consensus_4880#1      TTTTGTCCATGTCCCCCTATGATGCCTCATGATAT------------------------- 223
                      *******  ******* *****************                          

consensus_4880#0      GAGCATAACCTATGCTCACTGCACCCTATTTTCCATGCAATGTGTTATCAATGCTGTTTT 405
consensus_4880#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4880#0      ATCAATGCTGCAATGTGTATATAGCACATCTTCTAAGCTATTCAGTGCACCCTATTTTCC 465
consensus_4880#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4880#0      TTCAAAAAAAAAA 478
consensus_4880#1      -------------