These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Oryza sativa see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_4880#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 2 consensus length = 478 fasta sequence [CGTTCCCACTGCTGATCTGTGACTCCACCGGAAATCTACCACGTGAGGTTCTATGTCTCAACTGACGATAGGCACAACCCTCACACATTGGCTGGACTTCATTCCTCGAAGGA-CA-GGAATCGATGTGGGCACGACTTGTGTGTTTCAGTTGTACGATAGGGATGGTCAGCTCGAACTTTTGTGTTCACAACCTGTAGGTGCCTTCCTGTTATGTAGTATGGCATATGTGGCACGCATGTAGTGCCTTCCAGATATGTAGAATGGCATGTGTGGCACGCCAGTCCTGTTTTGT-CAGTGTCCCCTATGATGCCTCATGATACTGTAATGGTGCATGCTGAACTCGTAGAGC-ATAACCTATGCTCACTGCACCCTATTTTCCATGCAATGTGTTATCAATGCTGTTTTATCAATGCTGCAATGTGTATATAGCACATCTTCTAAGCTATTCAGTGCACCCTATTTTCCTTCAAAAAAAAAA] [+] EMBL BI812414 [CGTTCCCACTGCTGATCTGTGACTCCACCGGAAATCTACCACGTGAGGTTCTATGTCTCAACTGACGATAGGCACAACCCTCACACATTGGCTGGACTTCATTCCTCGAAGGA CA GGAATCGATGTGGGCACGACTTGTGTGTTTCAGTTGTACGATAGGGATGGTCAGCTCGAACTTTTGTGTTCACAACCTGTAGGTGCCTTCCTGTTATGTAGTATGGCATATGTGGCACGCATGTAGTGCCTTCCAGATATGTAGAATGGCATGTGTGGCACGCCAGTCCTGTTTTGT CAGTGTCCCCTATGATGCCTCATGATACTGTAATGGTGCATGCTGAACTCGTAGAGC ATAACCTATGCTCACTGCACCCTATTTTCCATGCAATGTGTTATCAATGCTGTTTTATCAATGCTGCAATGTGTATATAGCACATCTTCTAAGCTATTCAGTGCACCCTATTTTCCTTCAAAAAAAAAA] [+] EMBL BI812332 [ CTGTGACTCCA CGGAAATCTACAACGTGAGGTTCTATGTCTCAACTGACGATAGG GCAACCCTCAC CATTGGCTGGACTTCATTCCTCGAAGGAGCACGGAATCGATGTGGGCACGACTTGTGTGTTTCAGTTGTACGATAGGGATGGTCAGCTCGAAC TTTGTGTTCACAACCTGTA GTGCCTTCCTGTTATGTAGTATGGCATATGTGGCACGCATGTAGTGCCTTCCAGATATGTAGAATGGCATGTGTGGCACGCCAGTCCTGTTTTGTGCAGTGTCCCCTATGATGCCTCATGATA TGTAATGGTGCATGCTGAACTCGTAGAGCAATAACCTATGCTCACTGCACCCTATTTTCCATGCAATGTGTTATCAATGCTGTTTTATCAATGCTGC ATGTGTATATAGCACATCTTCTAAGCTATTCAGTGCACCCTATTTTCCTTCAAAAAAAAAA] consensusID : consensus_4880#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 223 fasta sequence [AGCAGGAATCGATGGTGGGCACGACTCTGTGTGATCTTCACGTCTGTACCGATATGGGATGGTCAGTCATCGAACTTTGTGTTCACAACCTGTATGTGCCTTCCTGTTATGTAGTATGGCATATGATGGCACGCATGTAGTGCCTTCCAGATATGTCAGATATGGCATGTGTGGCACCGCCAGTCCTGTTTTGTCCATGTCCCCCTATGATGCCTCATGATAT] [+] EMBL BI810371 [AGCAGGAATCGATGGTGGGCACGACTCTGTGTGATCTTCACGTCTGTACCGATATGGGATGGTCAGTCATCGAACTTTGTGTTCACAACCTGTATGTGCCTTCCTGTTATGTAGTATGGCATATGATGGCACGCATGTAGTGCCTTCCAGATATGTCAGATATGGCATGTGTGGCACCGCCAGTCCTGTTTTGTCCATGTCCCCCTATGATGCCTCATGATAT] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_4880#0 CGTTCCCACTGCTGATCTGTGACTCCACCGGAAATCTACCACGTGAGGTTCTATGTCTCA 60 consensus_4880#1 ------------------------------------------------------------ consensus_4880#0 ACTGACGATAGGCACAACCCTCACACATTGGCTGGACTTCATTCCTCGAAGGACAGGAAT 120 consensus_4880#1 ---------------------------------------------------AGCAGGAAT 9 ******* consensus_4880#0 CGATG-TGGGCACGACT-TGTGTGTTT----CAGTTGTAC-GATA-GGGATGGTCAGC-- 170 consensus_4880#1 CGATGGTGGGCACGACTCTGTGTGATCTTCACGTCTGTACCGATATGGGATGGTCAGTCA 69 ***** *********** ****** * * ***** **** *********** consensus_4880#0 TCGAACTTTTGTGTTCACAACCTGTAGGTGCCTTCCTGTTATGTAGTATGGCATATG-TG 229 consensus_4880#1 TCGAACTTT-GTGTTCACAACCTGTATGTGCCTTCCTGTTATGTAGTATGGCATATGATG 128 ********* **************** ****************************** ** consensus_4880#0 GCACGCATGTAGTGCCTTCCAGATATGT-AGA-ATGGCATGTGTGGCAC-GCCAGTCCTG 286 consensus_4880#1 GCACGCATGTAGTGCCTTCCAGATATGTCAGATATGGCATGTGTGGCACCGCCAGTCCTG 188 **************************** *** **************** ********** consensus_4880#0 TTTTGTCAGTGTCCCC-TATGATGCCTCATGATACTGTAATGGTGCATGCTGAACTCGTA 345 consensus_4880#1 TTTTGTCCATGTCCCCCTATGATGCCTCATGATAT------------------------- 223 ******* ******* ***************** consensus_4880#0 GAGCATAACCTATGCTCACTGCACCCTATTTTCCATGCAATGTGTTATCAATGCTGTTTT 405 consensus_4880#1 ------------------------------------------------------------ consensus_4880#0 ATCAATGCTGCAATGTGTATATAGCACATCTTCTAAGCTATTCAGTGCACCCTATTTTCC 465 consensus_4880#1 ------------------------------------------------------------ consensus_4880#0 TTCAAAAAAAAAA 478 consensus_4880#1 ------------- |
Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||