cluster # 5207

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Oryza sativa
cluster # 5207 cluster # 5207 Sequences # 3 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_5207#0 length = 762 sequences # 2

consensus_5207#1 length = 669 sequences # 1

consensusID : consensus_5207#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 762
fasta sequence

                              [TCGGCCTCGACCGTCAAGCCTGAGTGGAAGAGCTAGCCCTACAAGGAATTGGAGCAGGCAAGTGACGTAATAATATAAATGATTGTTATATTTGTAATGCAATTAATTAAGATTATTAGACCTGTAATTATACTTATCATATAAGATTGTGTAGTGTTCTAATATTATTTGAGTTTTAATATAAGATTATTTTATTTCAAATTAGACTTAGTATGACATTATTGACTACGGAATTGGTGTGACTCCTAGCAATTGACTATTGTAGTCTTAATTACACTTGAGCATATACGCACGAAACACTTAGCATACATGACTATTTTAGTCTTAGCATGTAATATTATTTGAGTTTTAATATAAGATTACTTTATTTGTAATTAGACTTAGTATGTAATTATTGACTACGGAATTGGTGCGACAAGTAGCAATTGACTATTGTAGTCTTAATTAGACTTAGCATATACGCACGAAACACTTAGCATATACATGACTATTTTAGTCTTAGCATGTAATATTATTTGAGTTTTAATATAAGATTACTTTATTTGTAATTAGACTTATTATGTAATTATTGACTACGGAATTGGTGCGACAAGTAGCAATTGACTATTGTAGTCTTAATTAGACTTAGCATATACGCACGAAACACTTAGCATATACATGACTATTTTAGTCTTAGCATGTAATATTATTTGAGTTTTAATATATGATTATTTTATTTGTAATTAGACTTAGTATATAATTATTTACTAGCTAGGGTTGTAT]

[+] EMBL CB632287             [TCGGCCTCGACCGTCAAGCCTGAGTGGAAGAGCTAGCCCTACAAGGAATTGGAGCAGGCAAGTGACGTAATAATATAAATGATTGTTATATTTGTAATGCAATTAATTAAGATTATTAGACCTGTAATTATACTTATCATATAAGATTGTGTAGTGTTCTAATATTATTTGAGTTTTAATATAAGATTATTTTATTTCAAATTAGACTTAGTATGACATTATTGACTACGGAATTGGTGTGACTCCTAGCAATTGACTATTGTAGTCTTAATTACACTTGAGCATATACGCACGAAACACTTAGCATACATGACTATTTTAGTCTTAGCATGTAATATTATTTGAGTTTTAATATAAGATTACTTTATTTGTAATTAGACTTAGTATGTAATTATTGACTACGGAATTGGTGCGACAAGTAGCAATTGACTATTGTAGTCTTAATTAGACTTAGCATATACGCACGAAACACTTAGCATATACATGACTATTTTAGTCTTAGCATGTAATATTATTTGAGTTTTAATATAAGATTACTTTATTTGTAATTAGACTTATTATGTAATTATTGACTACGGAATTGGTGCGACAAGTAGCAATTGACTATTGTAGTCTTAATTAGACTTAGCATATACGCACGAAACACTTAGCATATACATGACTATTTTAGTCTTAGCATGTAATATTATTTGAGTTTTAATATATGATTATTTTATTTGTAATTAGACTTAGTATATAATTATTTACTAGCTAGGGTTGTAT]
[+] EMBL CB632285             [                             GAGCTAACCCTACAAGGAATTGGAGCATGCAAGAGACCTAATAATATAAATGATTGTAATATTTGTAATGCAATTAATTAAGATTATTACACCTGTAATTATACTTATCATATAACATTGTGTAGTGTTCTAATATTATTTGAGTTTTAATATAAGATTATTTTATTTCAAATTAGACTTAGTATGACATTATTGACTACGGAATTGGTGTGACTCCTAGCAATTGACTATTGTATGCTTAATTACACTTGAACATATACGCACGAAACACTTAGCATACATGACTATTTTAATCTTACCATGTAATATTATTTGAGTTTTAATATAAGATTACTTTATTTGTAATTAGACTTACTATGTAATTATTGACTACGGAATTGGTGCGACAAGTAGCAATTGACTATTGTAGTCTTAATTAGACTTAGCATATACGCACGAAACACTTAGCATATACATGACTATTTTAGTCTTAGCATGTAATATTATTTGAGTTTTAATATAAGATTACTTTATTTGTAATTAGACTTATTATGTAATTATTGACTACGGAATTGGTGCGACAAGTAGCAATTGACTATTGTAGTCTTAATTAGACTTAGCATATACGCACGAAACACTTAGCATATACATGACTATTTTAGTCTTAGCATGTAATATTATTTGAGTTTTAATATATGATTATTTTATTTGCAATTACACTTAGTATAT                         ]




>consensus_5207#0
TCGGCCTCGACCGTCAAGCCTGAGTGGAAGAGCTAGCCCTACAAGGAATTGGAGCAGGCA
AGTGACGTAATAATATAAATGATTGTTATATTTGTAATGCAATTAATTAAGATTATTAGA
CCTGTAATTATACTTATCATATAAGATTGTGTAGTGTTCTAATATTATTTGAGTTTTAAT
ATAAGATTATTTTATTTCAAATTAGACTTAGTATGACATTATTGACTACGGAATTGGTGT
GACTCCTAGCAATTGACTATTGTAGTCTTAATTACACTTGAGCATATACGCACGAAACAC
TTAGCATACATGACTATTTTAGTCTTAGCATGTAATATTATTTGAGTTTTAATATAAGAT
TACTTTATTTGTAATTAGACTTAGTATGTAATTATTGACTACGGAATTGGTGCGACAAGT
AGCAATTGACTATTGTAGTCTTAATTAGACTTAGCATATACGCACGAAACACTTAGCATA
TACATGACTATTTTAGTCTTAGCATGTAATATTATTTGAGTTTTAATATAAGATTACTTT
ATTTGTAATTAGACTTATTATGTAATTATTGACTACGGAATTGGTGCGACAAGTAGCAAT
TGACTATTGTAGTCTTAATTAGACTTAGCATATACGCACGAAACACTTAGCATATACATG
ACTATTTTAGTCTTAGCATGTAATATTATTTGAGTTTTAATATATGATTATTTTATTTGT
AATTAGACTTAGTATATAATTATTTACTAGCTAGGGTTGTAT

consensusID : consensus_5207#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 669
fasta sequence

                              [TGAACGAGAACGAGCGAACGAACGTGAATGAGAACGAGCGAACGAACGTGAACGAGCGAACGAACGTGAACGAACGTGAACGTGAAATGCAATATAGGCAGGTGAATGCACGTGAACGAACAAACGTAGGTGAATGAAACGTGACCTTAACGAGAACGCGAACGTGAACGATATCATGAACGAAATGTGAACGTCAAATGCAATATATGTTACTTCGCGTTTATCCTAATACATCTTCTTGTATCTTGCAGAAAAGACGTTGTCGGAGTCGTCCCTCAAGCCGAAGAGGTAGAGCTAGCCCTCGAAGGAATTCGCGCAGGCAAGTGATGTAATTATATATATGATTGTTATATTTGTAATGCAATTAAGATTATTAGATTTGTAATTAGACTTAGCATATAAGATTGTGTAGTGTTCTAATATACGACAGTTACACTTAGCATACATGACTATTTTAGTTTTAGTATAAGATTATTTGAGTTTTAATATAAGATTATTATATTTGTAATTAGACTTAGTATATAATTATTAACTAGCTAGGGTCCTATAATATACGTCACCTAGACTTAGCATATATCACTATTTGAGTTTTAGTATAAGATTATTAGATTTGTAATTAGACTTAGCATGTAAGATTGTGTAAGGNTCTAATATACGACAGNTACACTT]

[+] EMBL CA766967             [TGAACGAGAACGAGCGAACGAACGTGAATGAGAACGAGCGAACGAACGTGAACGAGCGAACGAACGTGAACGAACGTGAACGTGAAATGCAATATAGGCAGGTGAATGCACGTGAACGAACAAACGTAGGTGAATGAAACGTGACCTTAACGAGAACGCGAACGTGAACGATATCATGAACGAAATGTGAACGTCAAATGCAATATATGTTACTTCGCGTTTATCCTAATACATCTTCTTGTATCTTGCAGAAAAGACGTTGTCGGAGTCGTCCCTCAAGCCGAAGAGGTAGAGCTAGCCCTCGAAGGAATTCGCGCAGGCAAGTGATGTAATTATATATATGATTGTTATATTTGTAATGCAATTAAGATTATTAGATTTGTAATTAGACTTAGCATATAAGATTGTGTAGTGTTCTAATATACGACAGTTACACTTAGCATACATGACTATTTTAGTTTTAGTATAAGATTATTTGAGTTTTAATATAAGATTATTATATTTGTAATTAGACTTAGTATATAATTATTAACTAGCTAGGGTCCTATAATATACGTCACCTAGACTTAGCATATATCACTATTTGAGTTTTAGTATAAGATTATTAGATTTGTAATTAGACTTAGCATGTAAGATTGTGTAAGGNTCTAATATACGACAGNTACACTT]




>consensus_5207#1
TGAACGAGAACGAGCGAACGAACGTGAATGAGAACGAGCGAACGAACGTGAACGAGCGAA
CGAACGTGAACGAACGTGAACGTGAAATGCAATATAGGCAGGTGAATGCACGTGAACGAA
CAAACGTAGGTGAATGAAACGTGACCTTAACGAGAACGCGAACGTGAACGATATCATGAA
CGAAATGTGAACGTCAAATGCAATATATGTTACTTCGCGTTTATCCTAATACATCTTCTT
GTATCTTGCAGAAAAGACGTTGTCGGAGTCGTCCCTCAAGCCGAAGAGGTAGAGCTAGCC
CTCGAAGGAATTCGCGCAGGCAAGTGATGTAATTATATATATGATTGTTATATTTGTAAT
GCAATTAAGATTATTAGATTTGTAATTAGACTTAGCATATAAGATTGTGTAGTGTTCTAA
TATACGACAGTTACACTTAGCATACATGACTATTTTAGTTTTAGTATAAGATTATTTGAG
TTTTAATATAAGATTATTATATTTGTAATTAGACTTAGTATATAATTATTAACTAGCTAG
GGTCCTATAATATACGTCACCTAGACTTAGCATATATCACTATTTGAGTTTTAGTATAAG
ATTATTAGATTTGTAATTAGACTTAGCATGTAAGATTGTGTAAGGNTCTAATATACGACA
GNTACACTT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_5207#0      TCGGCCTCGACCGTCAAGCCTGAGTGGAAGAGCTAGCCCTACAAGGAATTGGAGCAGGCA 60
consensus_5207#1      ----------TGAACGAGAACGAGCGAACGAACGTGAATGAGAACGAGCGAACGAACGTG 50
                                    * **   *** * * ** *  *    * ** **      * * *  

consensus_5207#0      AGTGA-CGTAATAATATAAATGATTGTTATATTTGTAATGCAATTAATTAAGATTATTAG 119
consensus_5207#1      AACGAGCGAACGAACGTGAACGAACGTGA-ACGTGAAATGCAATATAGGCAGGTGAATGC 109
                      *  ** ** *  **  * ** **  ** * *  ** ********  *   ** * * *  

consensus_5207#0      ACCTGTAATTATACTTATCATATAAGATTGTGTAGTGTTCTAATATTATTTGAGTTTTAA 179
consensus_5207#1      ACGTGAACGAACA---AACGTAGGTGAATGAAACGTGACCTTA----ACGAGAACGCGAA 162
                      ** ** *   * *   * * **   ** **    ***  ** *    *   **     **

consensus_5207#0      TATAAG-ATTATTTTATTTCAAAT-TAGACTTAGTATGACATTATTGACTACGGAATTGG 237
consensus_5207#1      CGTGAACGATATCATGAACGAAATGTGAACGTCAAATG-CAATATATGTTAC----TTCG 217
                        * *    ***  *     **** *  ** *   *** ** ***    ***    ** *

consensus_5207#0      TGTGACTCCTAGCA-ATTGACTATTGTAGTCTTAATTACACTTGAGCATATACGCACGAA 296
consensus_5207#1      CGTTTATCCTAATACATCTTCTTGTATCTTGCAGAAAAGACGTTGTCGGAGTCGTCCCTC 277
                       **   *****  * **   **  * *  *    *  * ** *   *  *  **  *   

consensus_5207#0      ACACTTAGCATACATGACTATTTT-----AGTCTTAGCATGTAATATTATTTGAGTTTTA 351
consensus_5207#1      AAGCCGAAGAGGTAGAGCTAGCCCTCGAAGGAATTCGCGCAGGCAAGTGATGTAATTATA 337
                      *  *  *  *   *   ***          *  ** **       * *  *  * ** **

consensus_5207#0      ATATAAGATTACTTTATTTGTAATTAGACTTAGTATGTAATTATTGACTACGGAATTGGT 411
consensus_5207#1      -TATATGATTGTTATATTTGTAATGCAATTAAG------ATTATTAGATTTGTAATTAG- 389
                       **** ****  * **********   * * **      ******   *  * **** * 

consensus_5207#0      GCGACAAGTAGCAATTGACTATTGTAGTCTTAATTAGACTTAGCATATACGCACGAAACA 471
consensus_5207#1      -----ACTTAGCA---------TATAAGATTGTGTAGTGTTCTAATATACGACAGTTACA 435
                           *  *****         * **   **   ***  **   *******   *  ***

consensus_5207#0      CTTAGCATATACATGACTATTTTAGTCTTAGCATGTAATATTATTTGAGTTTTAATATAA 531
consensus_5207#1      CTTAGCAT--ACATGACTATTTTAGTTTTAGTAT--AAGATTATTTGAGTTTTAATATAA 491
                      ********  **************** **** **  ** *********************

consensus_5207#0      GATTACTTTATTTGTAATTAGACTTATTATGTAATTATTGACTA-CGGAATTGGTGCGAC 590
consensus_5207#1      GATTATTATATTTGTAATTAGACTTAGTATATAATTATTAACTAGCTAGGGTCCTATAAT 551
                      ***** * ****************** *** ******** **** *     *  *   * 

consensus_5207#0      AAGTAGCAATTGACTATTGTAGTCTTAATTAGACTTAGCATATACGCACGAAACACTTAG 650
consensus_5207#1      ATACGTCACCTAGACTTAGCATATATCACTA---TTTGAGTTTTAGTATAAGA---TTAT 605
                      *     **  *     * * *    * * **   ** *  * *  * *  * *   *** 

consensus_5207#0      CATATACATGACTATTTTAGTCTTAGCATGTAATATTATTTGAG-TTTTAATATATGATT 709
consensus_5207#1      TAGATTTGTAA-----TTAGACTTAGCATGTAAGATTGTGTAAGGNTCTAATATACGACA 660
                       * **   * *     **** ************ *** * * **  * ******* **  

consensus_5207#0      ATTTTATTTGTAATTAGACTTAGTATATAATTATTTACTAGCTAGGGTTGTAT 762
consensus_5207#1      GNTACACTT-------------------------------------------- 669
                        *  * **