Home
Who am I
Technology
EST Assembly
Contact

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Oryza sativa
cluster # 5848 cluster # 5848       Sequences # 3       consensus # 1

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_5848#0 length = 1316 sequences # 3  
consensusID : consensus_5848#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 1316
fasta sequence 
                              [ATCATTTGCCCAGATGATCAGTGAGCCACTCATCTGTGGACACGGGGGACATTGGATGGTGACTCTCACGAGCCCTGTGCAATTGCCACGTGCATGCTCCCGCCGTAAAGGACTACAGGTACATGGCTAGCGGTGATCTCCACCCCATGAGCAGCTGTTCTGGTATCCCGCTGCTTCCTTCCGCTGAATCCTCGCTCGCTCGCAGGTGAGCACCCATACAGTACGTGTTCACATGCACTTTTTCATCCCTCGTCCATGATTATTTTTGGGGAATAAACTGTGTTATTAGTACTGAGGAGAAAAACAACTTCTAGATCTAGAAGAGAAGGTTCACGCCATCCAAACCCAAAATCATAAACTAAATTAGCGCTTCTGCGCTGAAATACTCTTCTCCAAGAGTATTTGTTTTGAGCTCCAGCTGAGTTTTGACAGCCCTACTTCCAACCGGTCTCTGTGTCAGTTCTCACCTCCAGGGTGCCGCCTCTGCTGCTCCATTGCCTTGGATTCATAGCAGCAAAGGCTGGGAATCCACGGTGGAGTCTGGTGTGGCTTCCGTGTCAGGATTTAGCGGGTAGTTGCGAGATCTGATCTGATCTGATCTTAAAATCTGATGGATGGATTGGTATGGTGCTGATGGTTTTGATTTACTAGTTGCTACTCCTGCTGTCACCACTGTAATCTCCTCTTGCTCATCTCTACATATGGTGTGTTCTGCTGCCTGTGTTCCTTGTGGGATTCTGAAACCTCCAGAATGTTGGAAACATGGAATGGAATGTGGGAATGTGGATGAGGGGCAATGATGTTCAACCATCCACTAATGTTAGTGATTCTGTGCCTAGGATGGTCACTCTGATGACTGACGAGTGATAACCAGTGCAGCTACACTTACATTAGTATGAGTAGATTGTGCAGCAAGAGATGTGAAAATCGGGTTTTGTACGATGGAGGAAAGGTGAAACTGAGCTCACTCTGCCATGGTGATTTTTTGAATGGGAGCTCTGAATCATTTGTTCCCTTCTAGTTCTGATTGTATCTGTTGACCTGTGTGAAATTGAATTGTTTTGGATTTCTTGCTTTATTTCCTTTTAGCATTTACTGAAGGTTGGCTTCACATCTTTGTGTAATAGTGTTACAATTGCCCTACATCACATGTTTGATTTGTTTGCGTGCTATGGAAATCAGCATTTGGTCATGGATAAAGGGACCATATAATGCCTTGTTTGAACTTAGTTCATGTATTTTTGGTATATGCTGTGATAACCTGGGTGAACAAATGGCAACAGTTCCTTTTGTTGACACTAATGCAGTGCTTCAAA]

[+] EMBL AK059377             [ATCATTTGCCCAGATGATCAGTGAGCCACTCATCTGTGGACACGGGGGACATTGGATGGTGACTCTCACGAGCCCTGTGCAATTGCCACGTGCATGCTCCCGCCGTAAAGGACTACAGGTACATGGCTAGCGGTGATCTCCACCCCATGAGCAGCTGTTCTGGTATCCCGCTGCTTCCTTCCGCTGAATCCTCGCTCGCTCGCAGGTGAGCACCCATACAGTACGTGTTCACATGCACTTTTTCATCCCTCGTCCATGATTATTTTTGGGGAATAAACTGTGTTATTAGTACTGAGGAGAAAAACAACTTCTAGATCTAGAAGAGAAGGTTCACGCCATCCAAACCCAAAATCATAAACTAAATTAGCGCTTCTGCGCTGAAATACTCTTCTCCAAGAGTATTTGTTTTGAGCTCCAGCTGAGTTTTGACAGCCCTACTTCCAACCGGTCTCTGTGTCAGTTCTCACCTCCAGGGTGCCGCCTCTGCTGCTCCATTGCCTTGGATTCATAGCAGCAAAGGCTGGGAATCCACGGTGGAGTCTGGTGTGGCTTCCGTGTCAGGATTTAGCGGGTAGTTGCGAGATCTGATCTGATCTGATCTTAAAATCTGATGGATGGATTGGTATGGTGCTGATGGTTTTGATTTACTAGTTGCTACTCCTGCTGTCACCACTGTAATCTCCTCTTGCTCATCTCTACATATGGTGTGTTCTGCTGCCTGTGTTCCTTGTGGGATTCTGAAACCTCCAGAATGTTGGAAACATGGAATGGAATGTGGGAATGTGGATGAGGGGCAATGATGTTCAACCATCCACTAATGTTAGTGATTCTGTGCCTAGGATGGTCACTCTGATGACTGACGAGTGATAACCAGTGCAGCTACACTTACATTAGTATGAGTAGATTGTGCAGCAAGAGATGTGAAAATCGGGTTTTGTACGATGGAGGAAAGGTGAAACTGAGCTCACTCTGCCATGGTGATTTTTTGAATGGGAGCTCTGAATCATTTGTTCCCTTCTAGTTCTGATTGTATCTGTTGACCTGTGTGAAATTGAATTGTTTTGGATTTCTTGCTTTATTTCCTTTTAGCATTTACTGAAGGTTGGCTTCACATCTTTGTGTAATAGTGTTACAATTGCCCTACATCACATGTTTGATTTGTTTGCGTGCTATGGAAATCAGCATTTGGTCATGGATAAAGGGACCATATAATGCCTTGTTTGAACTTAGTTCATGTATTTTTGGTATATGCTGTGATAACCTGGGTGAACAAATGGCAACAGTTCCTTTTGTTGACACTAATGCAGTGCTTCAAA]
[-] EMBL CB631472             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TTCACGCCATCCAAACCCAAAATCATAAACTAAATTAGCGCTTCTGCGCTGAAATACTCTTCTCCAAGAGTATTTGTTTTGAGCTCCAGCTGAGTTTTGACAGCCCTACTTCCAACCGGTCTCTGTGTCAGTTCTCACCTCCAGGGTGCCGCCTCTGCTGCTCCATTGCCTTGGATTCATAGCAGCAAAGGCTGGGAATCCACGGTGGAGTCTGGTGTGGCTTCCGTGTCAGGATTTAGCGGGTAGTTGCGAGATCTGATCTGATCTGATCTTAAAATCTGATGGATGGATTGGTATGGTGCTGATGGTTTTGATTTACCAGTTGCTACTCCTGCTGTCACCACTGTAATCTCCTCTTGCTCATCTCTACATATGGTGTGTTCTGCTGCCTGTGTTCCTTGTGGGATTCTGAAACCTCCAGAATGTTGGAAACATGGAATGGAATGTGGGAATGTGGATGAGGGGCAATGATGTTCAACCATCCACTAATGTTAGTGATTCTGTGCCTAGGATGGTCACTCTGATGACTGACGAGTGATAACCAGTGCAGCTACACTTACATTAGTATGAGTAGATTGTGCAGCGAGAGATGTGAAAATCGGGTTTTGTACGATGGAGGAAAGGTGAAACTGATCTCACTCTGCCATGGTGATTTTTTGAATGGTAGCTCTGAATCATTTGTTCCCTTCTAGTTCTGATTGTATCTGTTGACCTGTGTGAAATTGAATTGTTTTGGATT                                                                                                                                                                                                                                                        ]
[-] EMBL CB664060             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TCACGCCATCCAAACCCAAAATCATAAACTAAATTAGCGCTTCTGCGCTGAAATACTCTTCTCCAAGAGTATTTGTTTTGAGCTCCAGCTGAGTTTTGACAGCCCTACTTCCAACCGGTCTCTGTGTCAGTTCTCACCTCCAGGGTGCCGCCTCTGCTGCTCCATTGCCTTGGATTCATAGCAGCAAAGGCTGGGAATCCACGGTGGAGTCTGGTGTGGCTTCCGTGTCAGGATTTAGCGGGTAGTTGCGAGATCTGATCTGATCTGATCTTAAAATCTGATGGATGGATTGGTATGGTGCTGATGGTTTTGATTTACTAGTTGCTACTCCTGCTGTCACCACTGTAATCTCCTCTTGCTCATCTCTACATATGGTGTGTTCTGCTGCCTGTGTTCCTTGTGGGATTCTGAAACCTCCAGAATGTTGGAAACATGGAATGGAATGTGGGAATGTGGATGAGGGGCAATGATGTTCAACCATCCACTAATGTTAGTGATTCTGTGCCTAGGATGGTCACTCTGATGACTGACGAGTGATAACCAGTGCAGCTACACTTACATTAGTATGAGTAGATTGTGCAGCAAGAGATGTGAAAATCGGGTTTTGTACGATGGAGGAAAGGTGAAACTGAGCTCACTCTGCCATGGTGATTTTTTGAATGGGAGCTCTGAATCATTTGTTCCCTTCTAGTTCTGATTGTATCTGTTGACCTGTGTGAAATTGAATTGTTTTGGATT                                                                                                                                                                                                                                                        ]




>consensus_5848#0
ATCATTTGCCCAGATGATCAGTGAGCCACTCATCTGTGGACACGGGGGACATTGGATGGT
GACTCTCACGAGCCCTGTGCAATTGCCACGTGCATGCTCCCGCCGTAAAGGACTACAGGT
ACATGGCTAGCGGTGATCTCCACCCCATGAGCAGCTGTTCTGGTATCCCGCTGCTTCCTT
CCGCTGAATCCTCGCTCGCTCGCAGGTGAGCACCCATACAGTACGTGTTCACATGCACTT
TTTCATCCCTCGTCCATGATTATTTTTGGGGAATAAACTGTGTTATTAGTACTGAGGAGA
AAAACAACTTCTAGATCTAGAAGAGAAGGTTCACGCCATCCAAACCCAAAATCATAAACT
AAATTAGCGCTTCTGCGCTGAAATACTCTTCTCCAAGAGTATTTGTTTTGAGCTCCAGCT
GAGTTTTGACAGCCCTACTTCCAACCGGTCTCTGTGTCAGTTCTCACCTCCAGGGTGCCG
CCTCTGCTGCTCCATTGCCTTGGATTCATAGCAGCAAAGGCTGGGAATCCACGGTGGAGT
CTGGTGTGGCTTCCGTGTCAGGATTTAGCGGGTAGTTGCGAGATCTGATCTGATCTGATC
TTAAAATCTGATGGATGGATTGGTATGGTGCTGATGGTTTTGATTTACTAGTTGCTACTC
CTGCTGTCACCACTGTAATCTCCTCTTGCTCATCTCTACATATGGTGTGTTCTGCTGCCT
GTGTTCCTTGTGGGATTCTGAAACCTCCAGAATGTTGGAAACATGGAATGGAATGTGGGA
ATGTGGATGAGGGGCAATGATGTTCAACCATCCACTAATGTTAGTGATTCTGTGCCTAGG
ATGGTCACTCTGATGACTGACGAGTGATAACCAGTGCAGCTACACTTACATTAGTATGAG
TAGATTGTGCAGCAAGAGATGTGAAAATCGGGTTTTGTACGATGGAGGAAAGGTGAAACT
GAGCTCACTCTGCCATGGTGATTTTTTGAATGGGAGCTCTGAATCATTTGTTCCCTTCTA
GTTCTGATTGTATCTGTTGACCTGTGTGAAATTGAATTGTTTTGGATTTCTTGCTTTATT
TCCTTTTAGCATTTACTGAAGGTTGGCTTCACATCTTTGTGTAATAGTGTTACAATTGCC
CTACATCACATGTTTGATTTGTTTGCGTGCTATGGAAATCAGCATTTGGTCATGGATAAA
GGGACCATATAATGCCTTGTTTGAACTTAGTTCATGTATTTTTGGTATATGCTGTGATAA
CCTGGGTGAACAAATGGCAACAGTTCCTTTTGTTGACACTAATGCAGTGCTTCAAA

clustalw multiple alignements is not computed in this case
Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)