cluster # 6327

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Oryza sativa
cluster # 6327 cluster # 6327 Sequences # 4 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

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consensus_6327#0 length = 744 sequences # 1

consensus_6327#1 length = 666 sequences # 3

consensusID : consensus_6327#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 744
fasta sequence

                              [AGGGATGGAGACGAGCGCGATAGCGAGGATAGGGCCCCACCTGCTGCGCCGCGTCATCGCCGCCGCCGGACCTCCGCCACCGCCGTCGACGGCGCCGGTGCCGGAGGAGATGCCCGGCGCCGCCGCCGCCGCCGCTCCGATGACGCTCTTCTACAACGGTTCAGTCGCCGTCTTCGACGTCTCCCACGATAAGGCAGAGGCTATAATGAGGATGGCAACCGAGGCAACTAAAGCAAAAGGACTCGCTCGTGGCAATGCAATTGTAGGCAATTTTGCCAAAGAGCCACTCACAAGAACTAAATCTCTGCAACGATTCCTCTCCAAGAGAAAAGAGAGGTTGACCAGCTTGGGTCCGTACCAGGTGGGTGGGCCCGCTGCCGTCGGTGCGACGACGTCGACCACCACCAAGTCTTTTCTTGCGAAGGAAGAGGAGCACACGGCGTCCTAGCTAGCCTCCTAGCTAGCTAATTACTGTTGATTTGGTCCCCTTGATTAATCGTTTATTATTAATAATTATTTCATTGATTCCATCATTAGTAGAGGGTACAGACCAGGCAGGGGCCAGTTAATAATCCTGTTTAGTGTTGATCGATCGATAGATTAACCATACTCCATATGTAGGTCTGTGTGTAATATTGATTTATATATATAGTAGTATCTATAGTTGATTACAAGGTCATGGATTTTATGGATGTGTAAAGCAAGCTTAGAGTGAATATTGGATGCATTTATGATTTATACTAT]

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>consensus_6327#0
AGGGATGGAGACGAGCGCGATAGCGAGGATAGGGCCCCACCTGCTGCGCCGCGTCATCGC
CGCCGCCGGACCTCCGCCACCGCCGTCGACGGCGCCGGTGCCGGAGGAGATGCCCGGCGC
CGCCGCCGCCGCCGCTCCGATGACGCTCTTCTACAACGGTTCAGTCGCCGTCTTCGACGT
CTCCCACGATAAGGCAGAGGCTATAATGAGGATGGCAACCGAGGCAACTAAAGCAAAAGG
ACTCGCTCGTGGCAATGCAATTGTAGGCAATTTTGCCAAAGAGCCACTCACAAGAACTAA
ATCTCTGCAACGATTCCTCTCCAAGAGAAAAGAGAGGTTGACCAGCTTGGGTCCGTACCA
GGTGGGTGGGCCCGCTGCCGTCGGTGCGACGACGTCGACCACCACCAAGTCTTTTCTTGC
GAAGGAAGAGGAGCACACGGCGTCCTAGCTAGCCTCCTAGCTAGCTAATTACTGTTGATT
TGGTCCCCTTGATTAATCGTTTATTATTAATAATTATTTCATTGATTCCATCATTAGTAG
AGGGTACAGACCAGGCAGGGGCCAGTTAATAATCCTGTTTAGTGTTGATCGATCGATAGA
TTAACCATACTCCATATGTAGGTCTGTGTGTAATATTGATTTATATATATAGTAGTATCT
ATAGTTGATTACAAGGTCATGGATTTTATGGATGTGTAAAGCAAGCTTAGAGTGAATATT
GGATGCATTTATGATTTATACTAT

consensusID : consensus_6327#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 666
fasta sequence

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[+] EMBL CF324975             [ AAAAAATGTGTATTTAGGTGACAAACAAAATATATGAAAATTGCATTGTCTATACCTCTCTTTTCTCTTGGAGAGGAATCGTTGCAGAGATTTAGTTCTTGTGAGTGGCTCTGCAAACAAGAAGAGTTGAAGAACAATACTATAAGCCACAGGAAAAAAAAACAGATTAAAAAAGAACATATTTTTGTTGTTCTGCTGATTACTTTTCGCAACAATTCTACTAACATTAACAAACCTTTGGCAAAATTGCCTACAATTGCATTGCCACGAGCGAGTCCTTTTGCTTTAGTTGCCTCGGTTGCCATCCTCATTATAGCCTCTGCCTAGGGATGGAATATGGAAAGGGAAAGCATTGAGAAGATTGTATCTCTATGAAATTGTACTATCTACCACTATCAAGCTAATTTAAGGGAGATAGTATATCATTGTGCGCATCCCTTCCAGCCATC                                                                                                                                                                                                                        ]




>consensus_6327#1
GAAAAAATGTGTATTTAGGTGACAAACAAAATATATGAAAATTGCATTGTCTATACCTCT
CTTTTCTCTTGGAGAGGAATCGTTGCAGAGATTTAGTTCTTGTGAGTGGCTCTGCAAACA
AGAAGAGTTGAAGAACAATACTATAAGCCACAGGAAAAAAAAACAGATTAAAAAAGAACA
TATTTTTGTTGTTCTGCTGATTACTTTTCGCAACAATTCTACTAACATTAACAAACCTTT
GGCAAAATTGCCTACAATTGCATTGCCACGAGCGAGTCCTTTTGCTTTAGTTGCCTCGGT
TGCCATCCTCATTATAGCCTCTGCCTAGGGATGGAATATGGAAAGGGAAAGCATTGAGAA
GATTGTATCTCTATGAAATTGTACTATCTACCACTATCAAGCTAATTTAAGGGAGATAGT
ATATCATTGTGCGCATCCCTTCCAGCCATCATGCATGAAAAACAAGAACTCTTTTAATTT
AGACTTGGTGCAGTTCGATCCTACACCATGATTTTGATTGTAAATTAATTCTATGTTAAC
GCTGTATGATTTTTAATGGACAGACTTTTCTTCTCCTAGGAAAGGGTCATATCATCGTAG
TTTTGTCTTTGGGTAATTAATCTATATTATCCCCCTTTATTTTGTTTTGCTATTAAGTCA
CATCAC

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_6327#0      AGGGATGGAGACGAGCGCGATAGCGAGGATAGGGCCCCACCTGCTGCGCCGCGTCATCGC 60
consensus_6327#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6327#0      CGCCGCCGGACCTCCGCCACCGCCGTCGACGGCGCCGGTGCCGGAGGAGATGCCCGGCGC 120
consensus_6327#1      -------GAAAAAATGTGTATTTAGGTGACAAACAAAATATATGAAAATTGCATTGTCTA 53
                             * *     *        *  ***        *    **  *       * *  

consensus_6327#0      CGCCGCCGCCGCCGCTCCGATGACGCTCTTCTACAACGGTTCAGTCGCCGTCTTCGACGT 180
consensus_6327#1      TACCTCTCTTTTCTCTTGGAGAGGAATCGT-TGCAGAGATTTAGTTCTTGTGAGTGGCTC 112
                        ** *      * **  **      ** * * **  * ** ***    **    * *  

consensus_6327#0      CTCCCACGATAAGGC---AGAGGCTATAATGAGGATGGCAACCGAGGCAACTAAAGCAAA 237
consensus_6327#1      TGCAAACAAGAAGAGTTGAAGAACAATACTATAAGCCACAGGAAAAAAAAACAGATTAAA 172
                        *  ** * ***     *    * *** *        **    *   **  * *  ***

consensus_6327#0      AGGACTCGC-TCGTGGCAATGCAATTGTAGGCAATTTTGCCAAAGAGCCACTCACAAGAA 296
consensus_6327#1      AAAGAACATATTTTTGTTGTTCTGCTGATTACT-TTTCGCAACAATTCTACTAACATTAA 231
                      *     *   *  * *   * *   **    *  *** ** * *   * *** ***  **

consensus_6327#0      CTAAATCTCTGCAACGATTCCTCTCCAAGAGAAAAGAGAGGTTGACCAGCTTGGGTCCGT 356
consensus_6327#1      C-AAACCTTTGGCAAAATTGC-CTACAATTGCA--------TTGCCACGAGCGAGTCCTT 281
                      * *** ** **  *  *** * ** ***  * *        *** *  *   * **** *

consensus_6327#0      ACCAGGTGGGTGGGCCCGCTGCCGTCGGTGCGACGACGTCGACCACCACCAAGTCTTTTC 416
consensus_6327#1      TTGCTTTAGTTGCCTCGGTTGCCATCCTCATTATAGCCTCTGCCTAGGGATGGAATATGG 341
                            * * **   * * **** **      *   * **  **        *  * *  

consensus_6327#0      TTGCGAAGGAAGAGGAGCACACGGCGTCCTAGCTAGCCTCCTAGCTAGCTAATTACTGTT 476
consensus_6327#1      AAAGGGAAAGCATTGAGAAGATTGTATCTCTATGAAATTGT--ACTATCTA-CCACTATC 398
                          * *       *** * *  *  **      *   *     *** ***   *** * 

consensus_6327#0      GATTTGGTCCCCTTGATTAATCGTTTATTATTAATAATTATTTCATTGATTCCATCATTA 536
consensus_6327#1      AAGCTAATTTAAGGGA--GATAGTATATCATTG-TGCGCATCCCTTCCAG-CCATCATGC 454
                       *  *  *      **   ** ** *** ***  *    **  * *  *  *******  

consensus_6327#0      GTAGAGGGTACAGACCAGGCAGGGGCCAGTTAATAATCCTGTTTAGTGTTGATCGATCGA 596
consensus_6327#1      ATGAAAAACAAGAACTCTTTTAATTTAGACT--TGGTGCAGTTCGATCCTACACCATGAT 512
                       *  *    *   **               *  *  * * ***   *  *   * **   

consensus_6327#0      TA-GATTAACCAT--ACTCCATATGTAGGTCTGTGTGTAATATTGATTTATATATATAGT 653
consensus_6327#1      TTTGATTGTAAATTAATTCTATGT-TAACGCTGTATG-ATTTTTAATGGACAGACTTTTC 570
                      *  ****    **  * ** ** * **   **** ** * * ** **  * * *  *   

consensus_6327#0      AGTATCTAT-AGTTGATTACAAGGTCATGGATTT---TATGGATGTGTAAAGCAAGCTTA 709
consensus_6327#1      TTCTCCTAGGAAAGGGTCATATCATCGTAGTTTTGTCTTTGGGTAATTAATCTATATTAT 630
                           ***  *   * * * *   ** * * ***   * *** *   ***   *   *  

consensus_6327#0      GAGTGAATATTGGATGCATTTAT-GATTTATACTAT 744
consensus_6327#1      CCCCCTTTATTTTGTTTTGCTATTAAGTCACATCAC 666
                             ****   *     ***  * * * *  *