cluster # 6343

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Oryza sativa
cluster # 6343 cluster # 6343 Sequences # 4 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

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consensus_6343#0 length = 830 sequences # 3

consensus_6343#1 length = 606 sequences # 1

consensusID : consensus_6343#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 830
fasta sequence

                              [TTCTCCTCCATCTCCCACCGCGAGTAGCAACAGCGGCGGTGGCGGCGGCGACCTGCGATCTCGCAGCCGAGGCAGGGCGGCGGCTACCTGCCCTACCATGAGCAGCAACGGCAATGGCGGCGCCCTCCCCCACCGCTAGCGGTGGCTGCGGTGGCTCCCTTCGCTACTTCCGCTGGGTGGATTCGGCGGCAGCGGTGTCCTACGGGTCGATGGAGCGGCCTCGGCGATGGCGTGTCTTGAGCCGCTGGCGCTCACCTCTCCTCCCCATCTTTCTCAGCGGTGGCCGGTGATCTCGCGACCAACGCAGGGCGGTGGCTCCTCCCCCCACCGCGAGCAATGGCGGTGCCCTCCCTGTCGTGAGCGGCCGTGGCGGTGCCCTCGCCCACCGCTAGCGGTGGCGGCCTTCCCCACCGCGAGCAGCCGCGATAGCACGCTCCTCTACTTCCGATGGGTAGGTCCGGCGGCAGCGGTGTCCAGCGGGTCGGCGGAACGGCCTCGATGATGGTGCGTCTTGAGCCGCTAGCGCTCGCCTCTCCTTCCTATCCTCCTCCGCCACCACC-GCCCATCCTCTCGTCGGACGACG-AGCTTGTCATCGCTGTCAAGACGATAAATCAAGGTTGCTTTGTGATTTGCTCGATTCCGTTGATTTCAAACTTTTAATCCCGTTGATCCTCCCAGCTGATTTTATTGAGTTCGATTCAGAGTCTGTTAGGTTCAATTTTTAGCTAATTTTGTATCAAACTCTTGTTTTTTTTGTTTGGCCATTGTACTGGATGTAATTGCGCTTGGTTGGATTGACGGACAAAAAAAAAAATACTGTGACGAAAAAA]

[+] EMBL AK109221             [TTCTCCTCCATCTCCCACCGCGAGTAGCAACAGCGGCGGTGGCGGCGGCGACCTGCGATCTCGCAGCCGAGGCAGGGCGGCGGCTACCTGCCCTACCATGAGCAGCAACGGCAATGGCGGCGCCCTCCCCCACCGCTAGCGGTGGCTGCGGTGGCTCCCTTCGCTACTTCCGCTGGGTGGATTCGGCGGCAGCGGTGTCCTACGGGTCGATGGAGCGGCCTCGGCGATGGCGTGTCTTGAGCCGCTGGCGCTCACCTCTCCTCCCCATCTTTCTCAGCGGTGGCCGGTGATCTCGCGACCAACGCAGGGCGGTGGCTCCTCCCCCCACCGCGAGCAATGGCGGTGCCCTCCCTGTCGTGAGCGGCCGTGGCGGTGCCCTCGCCCACCGCTAGCGGTGGCGGCCTTCCCCACCGCGAGCAGCCGCGATAGCACGCTCCTCTACTTCCGATGGGTAGGTCCGGCGGCAGCGGTGTCCAGCGGGTCGGCGGAACGGCCTCGATGATGGTGCGTCTTGAGCCGCTAGCGCTCGCCTCTCCTTCCTATCCTCCTCCGCCACCACC GCCCATCCTCTCGTCGGACGACG AGCTTGTCATCGCTGTCAAGACGATAAATCAAGGTTGCTTTGT                                                                                                                                                                                                            ]
[+] EMBL AU172421             [                      AGTAGCAACAGCGGCGGTGGCGGCGGCGACCTGCGATCTCGCAGCCGAGGCAGGGCGGCGGCTACCTGCCCTACCATGAGCAGCAACGGCAATGGCGGCGCCCTCCCCCACCGCTAGCGGTGGCTGCGGTGGCTCCCTTCGCTACTTCCGCTGGGTGGATTCGGCGGCAGCGGTGTCCTACGGGTCGATGGAGCGGCCTCGGCGATGGCGTGTCTTGAGCCGCTGGCGCTCACCTCTCCTCCCCATCTTTCTCAGCGGTGGCCGGTGATCTCGCGACCAACGCAGGGCGGTGGCTCCTTCCCCCACCGCGAGCAATGGCGGTGCCCTCCCTGTCGTGAGCGGCCGTGGCGGTGCCCTCGCCCACCGCTAGCGGTGGCGGCCTTCCCCACCGCGAGCAGCCGCGATAGCACGCTCCTNTACTTCCGATG                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ]
[+] EMBL AU172422             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 CCTCTCCTTCCTATCCTCCTCCGCCACCACCGGCCCATCCTCTNGTCGGACGACGAAGCTTGTCATCGCTGTCAAGACGATAAATCAAGGTTGCTTTGTGATTTGCTCGATTCCGTTGATTTCAAACTTTTAATCCCGTTGATCCTCCCAGCTGATTTTATTGAGTTCGATTCAGAGTCTGTTAGGTTCAATTTTTAGCTAATTTTGTATCAAACTCTTGTTTTTTTTGTTTGGCCATTGTACTGGATGTAATTGCGCTTGGTTGGATTGACGGACAAAAAAAAAAATACTGTGACGAAAAAA]




>consensus_6343#0
TTCTCCTCCATCTCCCACCGCGAGTAGCAACAGCGGCGGTGGCGGCGGCGACCTGCGATC
TCGCAGCCGAGGCAGGGCGGCGGCTACCTGCCCTACCATGAGCAGCAACGGCAATGGCGG
CGCCCTCCCCCACCGCTAGCGGTGGCTGCGGTGGCTCCCTTCGCTACTTCCGCTGGGTGG
ATTCGGCGGCAGCGGTGTCCTACGGGTCGATGGAGCGGCCTCGGCGATGGCGTGTCTTGA
GCCGCTGGCGCTCACCTCTCCTCCCCATCTTTCTCAGCGGTGGCCGGTGATCTCGCGACC
AACGCAGGGCGGTGGCTCCTCCCCCCACCGCGAGCAATGGCGGTGCCCTCCCTGTCGTGA
GCGGCCGTGGCGGTGCCCTCGCCCACCGCTAGCGGTGGCGGCCTTCCCCACCGCGAGCAG
CCGCGATAGCACGCTCCTCTACTTCCGATGGGTAGGTCCGGCGGCAGCGGTGTCCAGCGG
GTCGGCGGAACGGCCTCGATGATGGTGCGTCTTGAGCCGCTAGCGCTCGCCTCTCCTTCC
TATCCTCCTCCGCCACCACCGCCCATCCTCTCGTCGGACGACGAGCTTGTCATCGCTGTC
AAGACGATAAATCAAGGTTGCTTTGTGATTTGCTCGATTCCGTTGATTTCAAACTTTTAA
TCCCGTTGATCCTCCCAGCTGATTTTATTGAGTTCGATTCAGAGTCTGTTAGGTTCAATT
TTTAGCTAATTTTGTATCAAACTCTTGTTTTTTTTGTTTGGCCATTGTACTGGATGTAAT
TGCGCTTGGTTGGATTGACGGACAAAAAAAAAAATACTGTGACGAAAAAA

consensusID : consensus_6343#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 606
fasta sequence

                              [AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGTCTCCCACCGCGAGTAGCAACAGCGGCGGTGGCGGCGGCGACCTGCGATCTCGCAGCCGAGGCAGGGCGGCGGCTACCTGCCCTACCATGAGCAGCAACGGCAATGGCGGCGCCCTCCCCCACCGCTAGCGGCGGCTGCGGTGGCTCCCTTCGCTACTTCCGCTGGGTGGATTCGGCGGCAGCGGTGTCCTACGGGTCGATGGAGCGGCCTCGGCGATGGCGTGTCTTGAGCCGCTGGCGCTCACCTCTCCTCCCCATCTTTCTCAGCGGTGGGCGGTGATCTCGCGACCAACGCAGGGCGGGGGCTCCTTCCCCCACCGCGAGCAATGGCGGTGCCCTCCCTGTCGTGAGCGGCCGTGGCGGTGCCCTCGCCCACCGCTAGCGGTGGGGGCCTTCCCCACCGCGAGCAGCCGCGATAGCACGCTCCTCTACTTCCGATGGGTACATCCCGGCGGCGCGGTGTCCAGCGGGTCGGCGGGAACGCGCTCGATGATGGTGCGTCTTGGAGCCGCTGGGCTCGCCTCTCTTCCTATCCTCCTCCGCCACCACGTCCATCCTCTGGTGGAAGAT]

[+] EMBL CA756456             [AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGTCTCCCACCGCGAGTAGCAACAGCGGCGGTGGCGGCGGCGACCTGCGATCTCGCAGCCGAGGCAGGGCGGCGGCTACCTGCCCTACCATGAGCAGCAACGGCAATGGCGGCGCCCTCCCCCACCGCTAGCGGCGGCTGCGGTGGCTCCCTTCGCTACTTCCGCTGGGTGGATTCGGCGGCAGCGGTGTCCTACGGGTCGATGGAGCGGCCTCGGCGATGGCGTGTCTTGAGCCGCTGGCGCTCACCTCTCCTCCCCATCTTTCTCAGCGGTGGGCGGTGATCTCGCGACCAACGCAGGGCGGGGGCTCCTTCCCCCACCGCGAGCAATGGCGGTGCCCTCCCTGTCGTGAGCGGCCGTGGCGGTGCCCTCGCCCACCGCTAGCGGTGGGGGCCTTCCCCACCGCGAGCAGCCGCGATAGCACGCTCCTCTACTTCCGATGGGTACATCCCGGCGGCGCGGTGTCCAGCGGGTCGGCGGGAACGCGCTCGATGATGGTGCGTCTTGGAGCCGCTGGGCTCGCCTCTCTTCCTATCCTCCTCCGCCACCACGTCCATCCTCTGGTGGAAGAT]




>consensus_6343#1
AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGTCTCCCACCGCGAGTAGCAACAGC
GGCGGTGGCGGCGGCGACCTGCGATCTCGCAGCCGAGGCAGGGCGGCGGCTACCTGCCCT
ACCATGAGCAGCAACGGCAATGGCGGCGCCCTCCCCCACCGCTAGCGGCGGCTGCGGTGG
CTCCCTTCGCTACTTCCGCTGGGTGGATTCGGCGGCAGCGGTGTCCTACGGGTCGATGGA
GCGGCCTCGGCGATGGCGTGTCTTGAGCCGCTGGCGCTCACCTCTCCTCCCCATCTTTCT
CAGCGGTGGGCGGTGATCTCGCGACCAACGCAGGGCGGGGGCTCCTTCCCCCACCGCGAG
CAATGGCGGTGCCCTCCCTGTCGTGAGCGGCCGTGGCGGTGCCCTCGCCCACCGCTAGCG
GTGGGGGCCTTCCCCACCGCGAGCAGCCGCGATAGCACGCTCCTCTACTTCCGATGGGTA
CATCCCGGCGGCGCGGTGTCCAGCGGGTCGGCGGGAACGCGCTCGATGATGGTGCGTCTT
GGAGCCGCTGGGCTCGCCTCTCTTCCTATCCTCCTCCGCCACCACGTCCATCCTCTGGTG
GAAGAT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_6343#0      --------------------------TTCTCCTCCATCTCCCACCGCGAGTAGCAACAGC 34
consensus_6343#1      AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGTCTCCCACCGCGAGTAGCAACAGC 60
                                                          ************************

consensus_6343#0      GGCGGTGGCGGCGGCGACCTGCGATCTCGCAGCCGAGGCAGGGCGGCGGCTACCTGCCCT 94
consensus_6343#1      GGCGGTGGCGGCGGCGACCTGCGATCTCGCAGCCGAGGCAGGGCGGCGGCTACCTGCCCT 120
                      ************************************************************

consensus_6343#0      ACCATGAGCAGCAACGGCAATGGCGGCGCCCTCCCCCACCGCTAGCGGTGGCTGCGGTGG 154
consensus_6343#1      ACCATGAGCAGCAACGGCAATGGCGGCGCCCTCCCCCACCGCTAGCGGCGGCTGCGGTGG 180
                      ************************************************ ***********

consensus_6343#0      CTCCCTTCGCTACTTCCGCTGGGTGGATTCGGCGGCAGCGGTGTCCTACGGGTCGATGGA 214
consensus_6343#1      CTCCCTTCGCTACTTCCGCTGGGTGGATTCGGCGGCAGCGGTGTCCTACGGGTCGATGGA 240
                      ************************************************************

consensus_6343#0      GCGGCCTCGGCGATGGCGTGTCTTGAGCCGCTGGCGCTCACCTCTCCTCCCCATCTTTCT 274
consensus_6343#1      GCGGCCTCGGCGATGGCGTGTCTTGAGCCGCTGGCGCTCACCTCTCCTCCCCATCTTTCT 300
                      ************************************************************

consensus_6343#0      CAGCGGTGGCCGGTGATCTCGCGACCAACGCAGGGCGGTGGCTCCTCCCCCCACCGCGAG 334
consensus_6343#1      CAGCGGTGGGCGGTGATCTCGCGACCAACGCAGGGCGGGGGCTCCTTCCCCCACCGCGAG 360
                      ********* **************************** ******* *************

consensus_6343#0      CAATGGCGGTGCCCTCCCTGTCGTGAGCGGCCGTGGCGGTGCCCTCGCCCACCGCTAGCG 394
consensus_6343#1      CAATGGCGGTGCCCTCCCTGTCGTGAGCGGCCGTGGCGGTGCCCTCGCCCACCGCTAGCG 420
                      ************************************************************

consensus_6343#0      GTGGCGGCCTTCCCCACCGCGAGCAGCCGCGATAGCACGCTCCTCTACTTCCGATGGGTA 454
consensus_6343#1      GTGGGGGCCTTCCCCACCGCGAGCAGCCGCGATAGCACGCTCCTCTACTTCCGATGGGTA 480
                      **** *******************************************************

consensus_6343#0      GGTCC-GGCGGCAGCGGTGTCCAGCGGGTCGGCGG-AACGGCCTCGATGATGGTGCGTCT 512
consensus_6343#1      CATCCCGGCGGC-GCGGTGTCCAGCGGGTCGGCGGGAACGCGCTCGATGATGGTGCGTCT 539
                        *** ****** ********************** ****  ******************

consensus_6343#0      TG-AGCCGCTAGCGCTCGCCTCTCCTTCCTATCCTCCTCCGCCACCACCGCCCATCCTCT 571
consensus_6343#1      TGGAGCCGCTGG-GCTCGCCTCTC-TTCCTATCCTCCTCCGCCACCAC-GTCCATCCTCT 596
                      ** ******* * *********** *********************** * *********

consensus_6343#0      CGTCGGACGACGAGCTTGTCATCGCTGTCAAGACGATAAATCAAGGTTGCTTTGTGATTT 631
consensus_6343#1      GGT-GGAAGAT------------------------------------------------- 606
                       ** *** **                                                  

consensus_6343#0      GCTCGATTCCGTTGATTTCAAACTTTTAATCCCGTTGATCCTCCCAGCTGATTTTATTGA 691
consensus_6343#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6343#0      GTTCGATTCAGAGTCTGTTAGGTTCAATTTTTAGCTAATTTTGTATCAAACTCTTGTTTT 751
consensus_6343#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6343#0      TTTTGTTTGGCCATTGTACTGGATGTAATTGCGCTTGGTTGGATTGACGGACAAAAAAAA 811
consensus_6343#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6343#0      AAATACTGTGACGAAAAAA 830
consensus_6343#1      -------------------