|
These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Oryza sativa see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_6627#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 3 consensus length = 1508 fasta sequence
[CCAAACTCTCTCTCGCCATGGCCGCATCCGACTCCGACTCCGACGCCGACGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCTCGCTGCTGCCGGCGCCCATCCACCTCCTGCCGCCGGACGCGCTCCACAACGTGCTCCTCCGCCTCCCCCTCCGCGACGCCGTCGTCTGCCGCCCGGTATCGCGCCTCTTCCACGAAACCCTCTCCCACAACTTCCTCGCCCTCCTCCCCTCCCTCCGCCTCCTCCTCCTCCGCCACCCGCGCCCCGAAGGCGGCGGCTGCCTCCACGCCTTCGACCCCGACCGCCGCCACTGGCTCCGCCTCCCCTTCTCCGCCTTCCTCCCCAACCAGTCCTTCCCCCCCGTCGCCTCCTCCCCCTCTCTCCTCTACCTCTGGCTCGAGTCCCCTTCGCCTTCCCCGCCATCCCTCCCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCACCGCCTCCACCGCCCACCCGCCCAAATCGCTCGCTGTCTGCAACCCCTTCGCGGGGACCTACAGCTTCCTGCCCCCTCTCGGATCTGCCTGGGCGCGCCACGGCACCGTCCTCGCTGGCCCCGGCGGCGTCGTCCTCGTGCTCACCGGGCTCGCCGCCCTCTCCTACACCCCATCCGGATCCGGCAAGTGGATGAAGCATCCCCTCTCGCTCCCCTCCAAGCCGCGGAGCCCTATACTCGCCTCCGGCGCTGCCGCCGTCTTCGCGCTTTGCGATGTCGGCACCCCGTGGCGCAGCCAGTGGAAGCTCTTCTCCTGCCCGCTCTCCATGCTCACAGGCGGCTGGGCCCCCGTCGAGCGCTCCGCGTGGGGCGATGTCTTCGAGATCCTCAAGCGCCCGCGCCTCCTCGCTGGTGCCGGCGGCCGCCGTGTCCTGATGATCGGCGGCCTCAGGTCCTCGTTCGCCATAGACGCGCCATGCTCCACGGTGCTCATCCTACGCCTAGATCTGGCCACCATGGAGTGGGACGAAGCTGGCCGCATGCCTCCCAATATGTACCGTTGCTTCACCGGCCTCTGTGAGGCTGCTGCACAGGGTAATGCCATGCCTACTGCTGTTGCTGGTGGCAACAACAAGGTCAAGGTGTTTGGCGGTGATGGCAAGGTGTGGTTTGCTGGAAAGCGGGTGCGAGGGAAGCTGGCAATGTGGGAGGAGGATGAGCTAGGCAACAGCGGTGGCAAGTGGGACTGGGTTGATGGTGTTCCTGGGTACAGTGATGGCGTATACCGTGGCTTTGTGTTCGATGGTGGGTTCACTGCTATGCCCTGAAGTCTATGGAGAACACATACCAGTCCGGTGCGTGACTAAATGCGCTCAGGTTAAGATTTTAATTGATTCGGGACATCTATCCATTGCATGCAGGGGGAATTGACATGTCAAAGAATTTTATTTGCATTGTACTTGGTTCGTAGCATCATGAGATACTTTCAATTGCTGTACTTGTTAAAAGTGAAATGTTTTAAATATCTTTTCAGGGTTTGTTGCTTCAGACAATAAAATCAGGTT]
[+] EMBL AK105746 [CCAAACTCTCTCTCGCCATGGCCGCATCCGACTCCGACTCCGACGCCGACGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCTCGCTGCTGCCGGCGCCCATCCACCTCCTGCCGCCGGACGCGCTCCACAACGTGCTCCTCCGCCTCCCCCTCCGCGACGCCGTCGTCTGCCGCCCGGTATCGCGCCTCTTCCACGAAACCCTCTCCCACAACTTCCTCGCCCTCCTCCCCTCCCTCCGCCTCCTCCTCCTCCGCCACCCGCGCCCCGAAGGCGGCGGCTGCCTCCACGCCTTCGACCCCGACCGCCGCCACTGGCTCCGCCTCCCCTTCTCCGCCTTCCTCCCCAACCAGTCCTTCCCCCCCGTCGCCTCCTCCCCCTCTCTCCTCTACCTCTGGCTCGAGTCCCCTTCGCCTTCCCCGCCATCCCTCCCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCACCGCCTCCACCGCCCACCCGCCCAAATCGCTCGCTGTCTGCAACCCCTTCGCGGGGACCTACAGCTTCCTGCCCCCTCTCGGATCTGCCTGGGCGCGCCACGGCACCGTCCTCGCTGGCCCCGGCGGCGTCGTCCTCGTGCTCACCGGGCTCGCCGCCCTCTCCTACACCCCATCCGGATCCGGCAAGTGGATGAAGCATCCCCTCTCGCTCCCCTCCAAGCCGCGGAGCCCTATACTCGCCTCCGGCGCTGCCGCCGTCTTCGCGCTTTGCGATGTCGGCACCCCGTGGCGCAGCCAGTGGAAGCTCTTCTCCTGCCCGCTCTCCATGCTCACAGGCGGCTGGGCCCCCGTCGAGCGCTCCGCGTGGGGCGATGTCTTCGAGATCCTCAAGCGCCCGCGCCTCCTCGCTGGTGCCGGCGGCCGCCGTGTCCTGATGATCGGCGGCCTCAGGTCCTCGTTCGCCATAGACGCGCCATGCTCCACGGTGCTCATCCTACGCCTAGATCTGGCCACCATGGAGTGGGACGAAGCTGGCCGCATGCCTCCCAATATGTACCGTTGCTTCACCGGCCTCTGTGAGGCTGCTGCACAGGGTAATGCCATGCCTACTGCTGTTGCTGGTGGCAACAACAAGGTCAAGGTGTTTGGCGGTGATGGCAAGGTGTGGTTTGCTGGAAAGCGGGTGCGAGGGAAGCTGGCAATGTGGGAGGAGGATGAGCTAGGCAACAGCGGTGGCAAGTGGGACTGGGTTGATGGTGTTCCTGGGTACAGTGATGGCGTATACCGTGGCTTTGTGTTCGATGGTGGGTTCACTGCTATGCCCTGAAGTCTATGGAGAACACATACCAGTCCGGTGCGTGACTAAATGCGCTCAGGTTAAGATTTTAATTGATTCGGGACATCTATCCATTGCATGCAGGGGGAATTGACATGTCAAAGAATTTTATTTGCATTGTACTTGGTTCGTAGCATCATGAGATACTTTCAATTGCTGTACTTGTTAAAAGTGAAATGTTTTAAATATCTTTTCAGGGTTTGTTGCTTCAGACAATAAAATCAGGTT]
[+] EMBL AU102208 [ ACGGCACCGTCCTCGCTGGCCCCGGCGGCGTCGTCCTCGTGCTCACCGAGCTCGCCGCCCTCTCCTACACCCCATCCGGATCCGGCAAGTGGATGAAGCATCCCCTCTCGCTCCCCTCCAAGCCGCGGAGCCCTATACTCGCCTCCGGCGCTGCCGCCGTCTTCGCGCTTTGCGATGTCGGCACCCCGTGGCGCAGCCAGTGGAAGCTCTTCTCCTGCCCGCTCTCCATGCTCACAGGCGGCTGGGCCCCCGTCGAGCGCTCCGCGTGGGGCGATGTCTTCGAGATCCTCAAGCGCCCGCGCCTCCTC ]
[+] EMBL AA749864 [ GTGC AGGGAAGCTGGCAAAGTGGGAGGAGGATGAGCTAGGCAACAGCGGTGGCAAGTGGGACTGGGTTGATGGTGTTCCTGGGTACAGTGATGGCGTATACCGTGGCTTTGTGTTCGATGGTGGGTTCACTGCTATGCCCTGAAGTCTATGGAGAACACATACCAGTCCGGTGCGTGACTAAAT GCTCA GTTAAGATaa ]
consensusID : consensus_6627#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 467 fasta sequence
[ACTCTCTCTCGCCATGGCCGCATCCGACTCCGACTCCGACGCCGACGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCTCGCTGCTGCCGGCGCCCATCCACCTCCTGCCGCCGGACGCGCTCCACAACGTGCTCCTCCGCCTCCCCCTCCGCGACGCCGTCGTCTGCCGCCGGTATCGCGCCTCTTCCACGAAACCCTCTCCCACAACTTCCTCGCCTCCTCCCCTCCCTCCGGCTNCTCTCCTCCGCACCGCGCCCCGAAGGCGGCGGCTGCTCACGCCTTCGACCCCGACGCGCACTGGCTCCGCTCCCTTCTNCGCTTCTCCCAACAGTCTTCTCCCCGTCGCTTCTCCCCTCTCTCCTCTACCTCTGGCTCGAGTCCCTTCGCTTTCCCGCATCCTCCCTTCTCTTCTTCTTCTTCTTCAACCGGCTTCACGGCAACCGGCCAAATGGTTGGTGGCTGNAACCCTTTGNGGGG]
[+] EMBL AU102207 [ACTCTCTCTCGCCATGGCCGCATCCGACTCCGACTCCGACGCCGACGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCTCGCTGCTGCCGGCGCCCATCCACCTCCTGCCGCCGGACGCGCTCCACAACGTGCTCCTCCGCCTCCCCCTCCGCGACGCCGTCGTCTGCCGCCGGTATCGCGCCTCTTCCACGAAACCCTCTCCCACAACTTCCTCGCCTCCTCCCCTCCCTCCGGCTNCTCTCCTCCGCACCGCGCCCCGAAGGCGGCGGCTGCTCACGCCTTCGACCCCGACGCGCACTGGCTCCGCTCCCTTCTNCGCTTCTCCCAACAGTCTTCTCCCCGTCGCTTCTCCCCTCTCTCCTCTACCTCTGGCTCGAGTCCCTTCGCTTTCCCGCATCCTCCCTTCTCTTCTTCTTCTTCTTCAACCGGCTTCACGGCAACCGGCCAAATGGTTGGTGGCTGNAACCCTTTGNGGGG]
consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment
consensus_6627#0 CCAAACTCTCTCTCGCCATGGCCGCATCCGACTCCGACTCCGACGCCGACGCCGCCGCCG 60
consensus_6627#1 ----ACTCTCTCTCGCCATGGCCGCATCCGACTCCGACTCCGACGCCGACGCCGCCGCCG 56
********************************************************
consensus_6627#0 CCGCCGCCGCCTCGCTGCTGCCGGCGCCCATCCACCTCCTGCCGCCGGACGCGCTCCACA 120
consensus_6627#1 CCGCCGCCGCCTCGCTGCTGCCGGCGCCCATCCACCTCCTGCCGCCGGACGCGCTCCACA 116
************************************************************
consensus_6627#0 ACGTGCTCCTCCGCCTCCCCCTCCGCGACGCCGTCGTCTGCCGCCCGGTATCGCGCCTCT 180
consensus_6627#1 ACGTGCTCCTCCGCCTCCCCCTCCGCGACGCCGTCGTCTGCCGCC-GGTATCGCGCCTCT 175
********************************************* **************
consensus_6627#0 TCCACGAAACCCTCTCCCACAACTTCCTCGCCCTCCTCCCCTCCCTCCGCCTCCTCCTCC 240
consensus_6627#1 TCCACGAAACCCTCTCCCACAACTTCCTCGCC-TCCTCCCCTCCCTCCGGCTNCTC-TCC 233
******************************** **************** ** *** ***
consensus_6627#0 TCCGCCACCCGCGCCCCGAAGGCGGCGGCTGCCTCCACGCCTTCGACCCCGACCGCCGCC 300
consensus_6627#1 TCCGCA--CCGCGCCCCGAAGGCGGCGGCTGCT--CACGCCTTCGACCCCGACG--CGC- 286
***** ************************ ****************** ***
consensus_6627#0 ACTGGCTCCGCCTCCCCTTCTCCGCCTTCCTCCCCAACCAGTCCTTCCCCCCCGTCGCCT 360
consensus_6627#1 ACTGGCTCCGCT--CCCTTCTNCGC----TTCTCCCAACAGTCTT--CTCCCCGTCGCTT 338
*********** ******* *** ** ** * ***** * * ********* *
consensus_6627#0 CCTCCCCCTCTCTCCTCTACCTCTGGCTCGAGTCCCCTTCGCCTTCCCCGCCATCCCTCC 420
consensus_6627#1 CT--CCCCTCTCTCCTCTACCTCTGGCTCGAGTCCC-TTCGCTTTCCCG--CATCC--TC 391
* ******************************** ***** ***** ***** *
consensus_6627#0 CCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCACCGCCTCCACCGCCCACCCGCCCAAATCGCTCGCTG 480
consensus_6627#1 CCTTCTCTTCTTCTTCTTCTTCAACCGGCTTCACGGC--AACCGGCCAAATGG-TTGGTG 448
*** *** ** ** ** ** ** **** ** *** ** * *** ****** * * * **
consensus_6627#0 TCTGCAACCCCTTCGCGGGGACCTACAGCTTCCTGCCCCCTCTCGGATCTGCCTGGGCGC 540
consensus_6627#1 GCTGNAACCC-TTTGNGGGG---------------------------------------- 467
*** ***** ** * ****
consensus_6627#0 GCCACGGCACCGTCCTCGCTGGCCCCGGCGGCGTCGTCCTCGTGCTCACCGGGCTCGCCG 600
consensus_6627#1 ------------------------------------------------------------
consensus_6627#0 CCCTCTCCTACACCCCATCCGGATCCGGCAAGTGGATGAAGCATCCCCTCTCGCTCCCCT 660
consensus_6627#1 ------------------------------------------------------------
consensus_6627#0 CCAAGCCGCGGAGCCCTATACTCGCCTCCGGCGCTGCCGCCGTCTTCGCGCTTTGCGATG 720
consensus_6627#1 ------------------------------------------------------------
consensus_6627#0 TCGGCACCCCGTGGCGCAGCCAGTGGAAGCTCTTCTCCTGCCCGCTCTCCATGCTCACAG 780
consensus_6627#1 ------------------------------------------------------------
consensus_6627#0 GCGGCTGGGCCCCCGTCGAGCGCTCCGCGTGGGGCGATGTCTTCGAGATCCTCAAGCGCC 840
consensus_6627#1 ------------------------------------------------------------
consensus_6627#0 CGCGCCTCCTCGCTGGTGCCGGCGGCCGCCGTGTCCTGATGATCGGCGGCCTCAGGTCCT 900
consensus_6627#1 ------------------------------------------------------------
consensus_6627#0 CGTTCGCCATAGACGCGCCATGCTCCACGGTGCTCATCCTACGCCTAGATCTGGCCACCA 960
consensus_6627#1 ------------------------------------------------------------
consensus_6627#0 TGGAGTGGGACGAAGCTGGCCGCATGCCTCCCAATATGTACCGTTGCTTCACCGGCCTCT 1020
consensus_6627#1 ------------------------------------------------------------
consensus_6627#0 GTGAGGCTGCTGCACAGGGTAATGCCATGCCTACTGCTGTTGCTGGTGGCAACAACAAGG 1080
consensus_6627#1 ------------------------------------------------------------
consensus_6627#0 TCAAGGTGTTTGGCGGTGATGGCAAGGTGTGGTTTGCTGGAAAGCGGGTGCGAGGGAAGC 1140
consensus_6627#1 ------------------------------------------------------------
consensus_6627#0 TGGCAATGTGGGAGGAGGATGAGCTAGGCAACAGCGGTGGCAAGTGGGACTGGGTTGATG 1200
consensus_6627#1 ------------------------------------------------------------
consensus_6627#0 GTGTTCCTGGGTACAGTGATGGCGTATACCGTGGCTTTGTGTTCGATGGTGGGTTCACTG 1260
consensus_6627#1 ------------------------------------------------------------
consensus_6627#0 CTATGCCCTGAAGTCTATGGAGAACACATACCAGTCCGGTGCGTGACTAAATGCGCTCAG 1320
consensus_6627#1 ------------------------------------------------------------
consensus_6627#0 GTTAAGATTTTAATTGATTCGGGACATCTATCCATTGCATGCAGGGGGAATTGACATGTC 1380
consensus_6627#1 ------------------------------------------------------------
consensus_6627#0 AAAGAATTTTATTTGCATTGTACTTGGTTCGTAGCATCATGAGATACTTTCAATTGCTGT 1440
consensus_6627#1 ------------------------------------------------------------
consensus_6627#0 ACTTGTTAAAAGTGAAATGTTTTAAATATCTTTTCAGGGTTTGTTGCTTCAGACAATAAA 1500
consensus_6627#1 ------------------------------------------------------------
consensus_6627#0 ATCAGGTT 1508
consensus_6627#1 --------
|
| Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||