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consensusID : consensus_6722#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 2 consensus length = 1461 fasta sequence
[GGGCGGGACAGATGTAGGGATTTTCTTGACAAGTGCAGCTTTCATGGGTTTGCAGACCACAGTGCTATTCTTGGATTGGTTCTTCCATATGCGCGGCTCATATTTTAAATCTTAGCTATCGTGCATGGCAGCTAATGCTTACTTTTAAACTTATTATTGCATGATTATTGTGGAGATTGTCTAATCTAGAATGTTTTGACAATTTCTGTAGCTACTATTAACAGTGGTGGTAGCTTGCTGTTAACACAGGATGTGTTCCAGGCAGTCTGTTGTGAACACTGTTATGTGAACATAGCTCTCAAGCTATGTTACATTGTTCACCCCGAGCACTAATGGGGCATGCTAAATGCAAGAGAAGGTGCTGAGCTTTCTAGTGCAATTTTGGAAGTGCTTGTTGGCTTTTGATGCTATAAACCTAATAACTTGTCTTATATTCTTGCTTTGAATAAATCGGTGCGGTGGCACCATTTCAGTGACATAATGGAATAAGTGTTTGATCGGCATTTAAATAATGCAGGTTTATGCTTTTCGTTTGCTCACTTGGATGCTATAAACAGGAATTGGTAGTTCACATGGGGTATTAACGTTTTTTTCTGACTGCTACTTGTATGATCTGATTCAAGCCTTTCATGTGTTTAAAAAGGTGCCGTGATGGTTCTTGTTTTGGTCTTCAGATACACTTTACTGATCCAGGTGCGGTGGACGATGGTGCAGCTGCTGTTGAAGGATGAGGCTGCCTCCGCGTATTATCTTCCCTTTACATAAGAGTTCTTTATCTGTGTCTCCTCTTTGCTTGGAGTGAGATGCAGTTATTATAAGCTTATATAACTAATATCATCATCGTCATGTAGATTGCTGCTGCTCCTGTTGAGTTACATTTGTGAAAATGGTAGTGATGCTAGAATGTGACCTAGCACAGGATACAGAGTTTGCTCTTCTTACCTTTTTCCTCTTGAGCCCATGCTGATACTTTCT-GCTGCCCACTTTTCCCTCTTCATTTTGGTAGAGAGCCTCCTGCATAATATAATATACTACTAATCTATTGCATTGCATTGTGCAGAAGATAGCACAACAGGTAGCAGGTATGTGCAGGTAAAGAAACTAGAGGGCTTCTTGATTTGTTTTCCCTTTTTTCTCCCCCTGCATGCCTAGGTGGTACCCTATGCAGAGTCTGACTCTGGCTTTAAGCAGTTGTGCAATCAGAGCCATGGCATTGCCGCATCGTAATCTGCAGCTCTGGGAAGCTGGTGTTGCCTGGAGAGTGGGCTGGCTATGGCGATGTATTTACATTGTGTAATTATCACCTTTGTACTGGAATTATCAGAGACGTGGGTGAG-CAGGAGAGATGTGTTAACGATCCATTAGGAAAGCCAATGCTCTTCAGACATTTTTTTCCCAGTTCCGCTCCTACAGCAACCTCTATAGTCATATCCTGCTCATTGCCAGATTATAATGAAAAAA]
[+] EMBL AK071070 [GGGCGGGACAGATGTAGGGATTTTCTTGACAAGTGCAGCTTTCATGGGTTTGCAGACCACAGTGCTATTCTTGGATTGGTTCTTCCATATGCGCGGCTCATATTTTAAATCTTAGCTATCGTGCATGGCAGCTAATGCTTACTTTTAAACTTATTATTGCATGATTATTGTGGAGATTGTCTAATCTAGAATGTTTTGACAATTTCTGTAGCTACTATTAACAGTGGTGGTAGCTTGCTGTTAACACAGGATGTGTTCCAGGCAGTCTGTTGTGAACACTGTTATGTGAACATAGCTCTCAAGCTATGTTACATTGTTCACCCCGAGCACTAATGGGGCATGCTAAATGCAAGAGAAGGTGCTGAGCTTTCTAGTGCAATTTTGGAAGTGCTTGTTGGCTTTTGATGCTATAAACCTAATAACTTGTCTTATATTCTTGCTTTGAATAAATCGGTGCGGTGGCACCATTTCAGTGACATAATGGAATAAGTGTTTGATCGGCATTTAAATAATGCAGGTTTATGCTTTTCGTTTGCTCACTTGGATGCTATAAACAGGAATTGGTAGTTCACATGGGGTATTAACGTTTTTTTCTGACTGCTACTTGTATGATCTGATTCAAGCCTTTCATGTGTTTAAAAAGGTGCCGTGATGGTTCTTGTTTTGGTCTTCAGATACACTTTACTGATCCAGGTGCGGTGGACGATGGTGCAGCTGCTGTTGAAGGATGAGGCTGCCTCCGCGTATTATCTTCCCTTTACATAAGAGTTCTTTATCTGTGTCTCCTCTTTGCTTGGAGTGAGATGCAGTTATTATAAGCTTATATAACTAATATCATCATCGTCATGTAGATTGCTGCTGCTCCTGTTGAGTTACATTTGTGAAAATGGTAGTGATGCTAGAATGTGACCTAGCACAGGATACAGAGTTTGCTCTTCTTACCTTTTTCCTCTTGAGCCCATGCTGATACTTTCT GCTGCCCACTTTTCCCTCTTCATTTTGGTAGAGAGCCTCCTGCATAATATAATATACTACTAATCTATTGCATTGCATTGTGCAGAAGATAGCACAACAGGTAGCAGGTATGTGCAGGTAAAGAAACTAGAGGGCTTCTTGATTTGTTTTCCCTTTTTTCTCCCCCTGCATGCCTAGGTGGTACCCTATGCAGAGTCTGACTCTGGCTTTAAGCAGTTGTGCAATCAGAGCCATGGCATTGCCGCATCGTAATCTGCAGCTCTGGGAAGCTGGTGTTGCCTGGAGAGTGGGCTGGCTATGGCGATGTATTTACATTGTGTAATTATCACCTTTGTACTGGAATTATCAGAGACGTGGGTGAG CAGGAGAGATGTGTTAACG ]
[+] EMBL BI813694 [ ATGCTGATACTTTCTGGCTGCCCACTTTTCCCTCTTCATTTTGGTAGAGAGCCTCCTGCATAATATAATATACTACTAATCTATTGCATTGCATTGTGCAGAAGATAGCACAACAGGTAGCAGGTATGTGCAGGTAAAGAAACTAGAGGGCTTCTTGATTTGTTTTCCCTTTTTTCTCCCCCTGCATGTCTAGGTGGTACCCTATGCAGAGTCTGACTCTGGCTTTAAGCAGTTGTGCAATCAGAGCCATGGCATTGCCGCATCGTAATCTGCAGCTCTGGGAAGCTGGTGTTGCCTGGAGAGTGGGCTGGCTATGGCGATGTATTTACATTGTGTAATTATCACCTTTGTACTGGAATTATCAGAGACGTGGGTGAGCCAGGAGAGATGTGTTAACGATCCATTAGGAAAGCCAATGCTCTTCAGACATTTTTTTCCCAGTTCCGCTCCTACAGCAACCTCTATAGTCATATCCTGCTCATTGCCAGATTATAATGAAAAAA]
consensusID : consensus_6722#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 2 consensus length = 924 fasta sequence
[ATGCAAGAGAAGGTTTATGCTTTTCGTTTGCTCACTTGGATGCTATAAACAGGAATTGGTAGTTCACATGGGGTATTAACGTTTTTTTCTGACTGCTACTTGTATGATCTGATTCAAGCCTTTCATGTGTTTAAAAAGGTGCCGTGATGGTTCTTGTTTTGGTCTTCAGATACACTTTACTGATCCAGGTGCGGTGGACGATGGTGCAGCTGCTGTTGAAGGATGAGGTTGCCTCCGCGTATTATCTTCCCTTTACATAAGAGTTCTTTATCTGTGTCTCCTCTTTGCTTGGAGTGAGATGCAGTTATTATAAGCTTATATAACTAATATCATCATCGTCATGTAGATTGCTGCTGCTCCTGTTGAGTTACATTTGTGAAAATGGTAGTGATGCTAGAATGTGACCTAGCACAGGATACAGAGTTTGCTCTTCTTACCTTTTTCCTCTTGAGCCCATGCTGACACTTTCTGCTGCCCACTTTTCCCTCTTCATTTTGGTAGAGAGCCTCCTGCATAATATAATATACTACTAATCTATTGCATTGCATTGTGCAGAAGATAGCACAACAGGTAGCAGGTATGTGCAGTTGTGCAATCAGAGCCATGGCATTGCCGCATCGTAATCTGCAGCTCTGGGAAGCTGGTGTTGCCTGGAGAGTGGGCTGGCTATGGCGATGTATTTACATTGNGTAATTATCACCTTTGTACTGGAATTATCAANAGACGTGGGTGAGCANGANAGATGTGTTAACGATCCATAAGGNAAGCCAAAGGCTCTTCAGACATTTTTTTCCCAGTTCCGCTCCTACAGCAACCTCTATAGTCATATCCTGCTCATTGCCAGATTATAATGTGTTGATGAAACATCTTGTTTATCTGGGTGAAACTGAGGGAACGTGGTCCCTAAATTCTCATCTAGTATTA]
[+] EMBL CA766801 [ATGCAAGAGAAGGTTTATGCTTTTCGTTTGCTCACTTGGATGCTATAAACAGGAATTGGTAGTTCACATGGGGTATTAACGTTTTTTTCTGACTGCTACTTGTATGATCTGATTCAAGCCTTTCATGTGTTTAAAAAGGTGCCGTGATGGTTCTTGTTTTGGTCTTCAGATACACTTTACTGATCCAGGTGCGGTGGACGATGGTGCAGCTGCTGTTGAAGGATGAGGTTGCCTCCGCGTATTATCTTCCCTTTACATAAGAGTTCTTTATCTGTGTCTCCTCTTTGCTTGGAGTGAGATGCAGTTATTATAAGCTTATATAACTAATATCATCATCGTCATGTAGATTGCTGCTGCTCCTGTTGAGTTACATTTGTGAAAATGGTAGTGATGCTAGAATGTGACCTAGCACAGGATACAGAGTTTGCTCTTCTTACCTTTTTCCTCTTGAGCCCATGCTGACACTTTCTGCTGCCCACTTTTCCCTCTTCATTTTGGTAGAGAGCCTCCTGCATAATATAATATACTACTAATCTATTGCATTGCATTGTGCAGAAGATAGCACAACAGGTAGCAGGTATGTGCAGTTGTGCAATCAGAGCCATGGCATTGCCGCATCGTAATCTGCAGCTCTGGGAAGCTGGTGTTGCCTGGAGAGTGGGCTGGCTATGGCGATGTATTTACATTGNGTAATTATCACCTTTGTACTGGAATTATCAANAGACGTGGGTGAGCANGANAGATGTGTTAACGATCCATAAGGNAAGCCAAAGGCTCTTCA ]
[-] EMBL CB673917 [ TGGTCTTCAGATACACTTTACTGATCCAGGTGCGGTGGACGATGGTGCAGCTGCTGTTGAAGGATGAGGCTGCCTCCGCGTATTATCTTCCCTTTACATAAGAGTTCTTTATCTGTGTCTCCTCTTTGCTTGGAGTGAGATGCAGTTATTATAAGCTTATATAACTAATATCATCATCGTCATGTAGATTGCTGCTGCTCCTGTTGAGTTACATTTGTGAAAATGGTAGTGATGCTAGAATGTGACCTAGCACAGGATACAGAGTTTGCTCTTCTTACCTTTTTCCTCTTGAGCCCATGCTGATACTTTCTGCTGCCCACTTTTCCCTCTTCATTTTGGTAGAGAGCCTCCTGCATAATATAATATACTACTAATCTATTGCATTGCATTGTGCAGAAGATAGCACAACAGGTAGCAGGTATGTGCAGTTGTGCAATCAGAGCCATGGCATTGCCGCATCGTAATCTGCAGCTCTGGGAAGCTGGTGTTGCCTGGAGAGTGGGCTGGCTATGGCGATGTATTTACATTGTGTAATTATCACCTTTGTACTGGAATTATC AGAGACGTGGGTGAGCAGGAGAGATGTGTTAACGATCCATTAGGAAAGCCAAATGCTCTTCAGACATTTTTTTCCCAGTTCCGCTCCTACAGCAACCTCTATAGTCATATCCTGCTCATTGCCAGATTATAATGTGTTGATGAAACATCTTGTTTATCTGGGTGAAACTGAGGGAACGTGGTCCCTAAATTCTCATCTAGTATTA]
consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment
consensus_6722#0 GGGCGGGACAGATGTAGGGATTTTCTTGACAAGTGCAGCTTTCATGGGTTTGCAGACCAC 60
consensus_6722#1 ------------------------------------------------------------
consensus_6722#0 AGTGCTATTCTTGGATTGGTTCTTCCATATGCGCGGCTCATATTTTAAATCTTAGCTATC 120
consensus_6722#1 ------------------------------------------------------------
consensus_6722#0 GTGCATGGCAGCTAATGCTTACTTTTAAACTTATTATTGCATGATTATTGTGGAGATTGT 180
consensus_6722#1 ------------------------------------------------------------
consensus_6722#0 CTAATCTAGAATGTTTTGACAATTTCTGTAGCTACTATTAACAGTGGTGGTAGCTTGCTG 240
consensus_6722#1 ------------------------------------------------------------
consensus_6722#0 TTAACACAGGATGTGTTCCAGGCAGTCTGTTGTGAACACTGTTATGTGAACATAGCTCTC 300
consensus_6722#1 ------------------------------------------------------------
consensus_6722#0 AAGCTATGTTACATTGTTCACCCCGAGCACTAATGGGGCATGCTAAATGCAAGAGAAGGT 360
consensus_6722#1 ------------------------------------------------------------
consensus_6722#0 GCTGAGCTTTCTAGTGCAATTTTGGAAGTGCTTGTTGGCTTTTGATGCTATAAACCTAAT 420
consensus_6722#1 ------------------------------------------------------------
consensus_6722#0 AACTTGTCTTATATTCTTGCTTTGAATAAATCGGTGCGGTGGCACCATTTCAGTGACATA 480
consensus_6722#1 ------------------------------------------------------------
consensus_6722#0 ATGGAATAAGTGTTTGATCGGCATTTAAATAATGCAGGTTTATGCTTTTCGTTTGCTCAC 540
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** ** * *************************
consensus_6722#0 TTGGATGCTATAAACAGGAATTGGTAGTTCACATGGGGTATTAACGTTTTTTTCTGACTG 600
consensus_6722#1 TTGGATGCTATAAACAGGAATTGGTAGTTCACATGGGGTATTAACGTTTTTTTCTGACTG 95
************************************************************
consensus_6722#0 CTACTTGTATGATCTGATTCAAGCCTTTCATGTGTTTAAAAAGGTGCCGTGATGGTTCTT 660
consensus_6722#1 CTACTTGTATGATCTGATTCAAGCCTTTCATGTGTTTAAAAAGGTGCCGTGATGGTTCTT 155
************************************************************
consensus_6722#0 GTTTTGGTCTTCAGATACACTTTACTGATCCAGGTGCGGTGGACGATGGTGCAGCTGCTG 720
consensus_6722#1 GTTTTGGTCTTCAGATACACTTTACTGATCCAGGTGCGGTGGACGATGGTGCAGCTGCTG 215
************************************************************
consensus_6722#0 TTGAAGGATGAGGCTGCCTCCGCGTATTATCTTCCCTTTACATAAGAGTTCTTTATCTGT 780
consensus_6722#1 TTGAAGGATGAGGTTGCCTCCGCGTATTATCTTCCCTTTACATAAGAGTTCTTTATCTGT 275
************* **********************************************
consensus_6722#0 GTCTCCTCTTTGCTTGGAGTGAGATGCAGTTATTATAAGCTTATATAACTAATATCATCA 840
consensus_6722#1 GTCTCCTCTTTGCTTGGAGTGAGATGCAGTTATTATAAGCTTATATAACTAATATCATCA 335
************************************************************
consensus_6722#0 TCGTCATGTAGATTGCTGCTGCTCCTGTTGAGTTACATTTGTGAAAATGGTAGTGATGCT 900
consensus_6722#1 TCGTCATGTAGATTGCTGCTGCTCCTGTTGAGTTACATTTGTGAAAATGGTAGTGATGCT 395
************************************************************
consensus_6722#0 AGAATGTGACCTAGCACAGGATACAGAGTTTGCTCTTCTTACCTTTTTCCTCTTGAGCCC 960
consensus_6722#1 AGAATGTGACCTAGCACAGGATACAGAGTTTGCTCTTCTTACCTTTTTCCTCTTGAGCCC 455
************************************************************
consensus_6722#0 ATGCTGATACTTTCTGCTGCCCACTTTTCCCTCTTCATTTTGGTAGAGAGCCTCCTGCAT 1020
consensus_6722#1 ATGCTGACACTTTCTGCTGCCCACTTTTCCCTCTTCATTTTGGTAGAGAGCCTCCTGCAT 515
******* ****************************************************
consensus_6722#0 AATATAATATACTACTAATCTATTGCATTGCATTGTGCAGAAGATAGCACAACAGGTAGC 1080
consensus_6722#1 AATATAATATACTACTAATCTATTGCATTGCATTGTGCAGAAGATAGCACAACAGGTAGC 575
************************************************************
consensus_6722#0 AGGTATGTGCAGGTAAAGAAACTAGAGGGCTTCTTGATTTGTTTTCCCTTTTTTCTCCCC 1140
consensus_6722#1 AGGTATGTGCAG------------------------------------------------ 587
************
consensus_6722#0 CTGCATGCCTAGGTGGTACCCTATGCAGAGTCTGACTCTGGCTTTAAGCAGTTGTGCAAT 1200
consensus_6722#1 ---------------------------------------------------TTGTGCAAT 596
*********
consensus_6722#0 CAGAGCCATGGCATTGCCGCATCGTAATCTGCAGCTCTGGGAAGCTGGTGTTGCCTGGAG 1260
consensus_6722#1 CAGAGCCATGGCATTGCCGCATCGTAATCTGCAGCTCTGGGAAGCTGGTGTTGCCTGGAG 656
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consensus_6722#0 AGTGGGCTGGCTATGGCGATGTATTTACATTGTGTAATTATCACCTTTGTACTGGAATTA 1320
consensus_6722#1 AGTGGGCTGGCTATGGCGATGTATTTACATTGNGTAATTATCACCTTTGTACTGGAATTA 716
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consensus_6722#0 TCA-GAGACGTGGGTGAGCAGGAGAGATGTGTTAACGATCCATTAGGAAAGCCAATG-CT 1378
consensus_6722#1 TCAANAGACGTGGGTGAGCANGANAGATGTGTTAACGATCCATAAGGNAAGCCAAAGGCT 776
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consensus_6722#0 CTTCAGACATTTTTTTCCCAGTTCCGCTCCTACAGCAACCTCTATAGTCATATCCTGCTC 1438
consensus_6722#1 CTTCAGACATTTTTTTCCCAGTTCCGCTCCTACAGCAACCTCTATAGTCATATCCTGCTC 836
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consensus_6722#1 ATTGCCAGATTATAATGTGTTGATGAAACATCTTGTTTATCTGGGTGAAACTGAGGGAAC 896
***************** *
consensus_6722#0 ----------------------------
consensus_6722#1 GTGGTCCCTAAATTCTCATCTAGTATTA 924
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| Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||