cluster # 679

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Oryza sativa
cluster # 679 cluster # 679 Sequences # 2 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_679#0 length = 378 sequences # 1

consensus_679#1 length = 369 sequences # 1

consensusID : consensus_679#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 378
fasta sequence

                              [TTGTAGAAGCCCGGGAGGTACACACGGTCTGACGACGACCGTACAGGTTGCGCCATCGCCGAACACAAGTACACCGGTCGCACAAGACTTCTGCCGAGCCGCGTTTGATTCTTGATAGTTGCATAATCGGTGAAGAAGTGGATTAGGTGCTAACAATTCTCTGATCAAGGTTTAGTCTTAGTCTTTGAGTGATGCAGGGTTCACGATTGCTTCTTCTAGGATGAGAACTTAATGGGGTATACCCCTAGTCGGTGTGCTTTGATTGGGTAGTCAAGCTTCCGCTGTTCTCTAATAAGTCTATTTGCCGGTCGGCCATGTAATTATTAAGTTGTTGTAAGTCTTAAGTTTCTTTCATCTTAGTTGTGTTTGCTAAAAAAA]

[+] EMBL BI811831             [TTGTAGAAGCCCGGGAGGTACACACGGTCTGACGACGACCGTACAGGTTGCGCCATCGCCGAACACAAGTACACCGGTCGCACAAGACTTCTGCCGAGCCGCGTTTGATTCTTGATAGTTGCATAATCGGTGAAGAAGTGGATTAGGTGCTAACAATTCTCTGATCAAGGTTTAGTCTTAGTCTTTGAGTGATGCAGGGTTCACGATTGCTTCTTCTAGGATGAGAACTTAATGGGGTATACCCCTAGTCGGTGTGCTTTGATTGGGTAGTCAAGCTTCCGCTGTTCTCTAATAAGTCTATTTGCCGGTCGGCCATGTAATTATTAAGTTGTTGTAAGTCTTAAGTTTCTTTCATCTTAGTTGTGTTTGCTAAAAAAA]




>consensus_679#0
TTGTAGAAGCCCGGGAGGTACACACGGTCTGACGACGACCGTACAGGTTGCGCCATCGCC
GAACACAAGTACACCGGTCGCACAAGACTTCTGCCGAGCCGCGTTTGATTCTTGATAGTT
GCATAATCGGTGAAGAAGTGGATTAGGTGCTAACAATTCTCTGATCAAGGTTTAGTCTTA
GTCTTTGAGTGATGCAGGGTTCACGATTGCTTCTTCTAGGATGAGAACTTAATGGGGTAT
ACCCCTAGTCGGTGTGCTTTGATTGGGTAGTCAAGCTTCCGCTGTTCTCTAATAAGTCTA
TTTGCCGGTCGGCCATGTAATTATTAAGTTGTTGTAAGTCTTAAGTTTCTTTCATCTTAG
TTGTGTTTGCTAAAAAAA

consensusID : consensus_679#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 369
fasta sequence

                              [TTTTGAAACTTAAAATTTGTTTTGTTAATTGAAGCATCAACTCTTTTACAAAAGAATTGCGAAACAAAACTTGCTTTATGCTGAAAATGAACTACATATTGCCTTCCTTTGAATATATGCCTTACATGTAGTATGGTAGGATTGACTTGTGCTTGCCAGTACATTAACTTGTTTAATGTACTGACTCTTGCTGTTGATATAACCTTTTGTTTGCAGGTTTAGTCTTAGTCCTTGAGTGATGCGGGTTCCGATTGCTTCTTCTAGGATGAGAACTTAATGGGGTATACCCCTAGTCGGTGTGCTTGTGTTTGGGTAGTCAAGCTTCCGCTGTTCTCTAATAAGTCTATTTGGCCGGTCGGCCTATGTAAT]

[+] EMBL CF294357             [TTTTGAAACTTAAAATTTGTTTTGTTAATTGAAGCATCAACTCTTTTACAAAAGAATTGCGAAACAAAACTTGCTTTATGCTGAAAATGAACTACATATTGCCTTCCTTTGAATATATGCCTTACATGTAGTATGGTAGGATTGACTTGTGCTTGCCAGTACATTAACTTGTTTAATGTACTGACTCTTGCTGTTGATATAACCTTTTGTTTGCAGGTTTAGTCTTAGTCCTTGAGTGATGCGGGTTCCGATTGCTTCTTCTAGGATGAGAACTTAATGGGGTATACCCCTAGTCGGTGTGCTTGTGTTTGGGTAGTCAAGCTTCCGCTGTTCTCTAATAAGTCTATTTGGCCGGTCGGCCTATGTAAT]




>consensus_679#1
TTTTGAAACTTAAAATTTGTTTTGTTAATTGAAGCATCAACTCTTTTACAAAAGAATTGC
GAAACAAAACTTGCTTTATGCTGAAAATGAACTACATATTGCCTTCCTTTGAATATATGC
CTTACATGTAGTATGGTAGGATTGACTTGTGCTTGCCAGTACATTAACTTGTTTAATGTA
CTGACTCTTGCTGTTGATATAACCTTTTGTTTGCAGGTTTAGTCTTAGTCCTTGAGTGAT
GCGGGTTCCGATTGCTTCTTCTAGGATGAGAACTTAATGGGGTATACCCCTAGTCGGTGT
GCTTGTGTTTGGGTAGTCAAGCTTCCGCTGTTCTCTAATAAGTCTATTTGGCCGGTCGGC
CTATGTAAT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_679#0      ---------------------------------------------TTGTAGAAGC-CCGG 14
consensus_679#1      TTTTGAAACTTAAAATTTGTTTTGTTAATTGAAGCATCAACTCTTTTACAAAAGAATTGC 60
                                                                  **  * ***    * 

consensus_679#0      GAGGTACACACGGTCTGACGACGACCGTACAGGTTGCGCCATCGCCGAACACAAGTACAC 74
consensus_679#1      GAAACAAAACTTGCTTTATGCTGA--AAATGAACTACATATTGCCTTCCTTTGAATATAT 118
                     **   * *    *  * * *  **    *     * *    *  *        * ** * 

consensus_679#0      CGGTCGCACAAGACTTCTGCCGAGCCGCGTTTGATTCTTGATAGTTGCATAATCGGT--G 132
consensus_679#1      --GCCTTACATGTAGTATGGTAGGATTGACTTG-TGCTTGCCAGTACATTAACTTGTTTA 175
                       * *  *** *   * **    *      *** * ****  ***    ***   **   

consensus_679#0      AAGAAGTGGAT-TAGGTGCTAACA--ATTCTCTGATCA-AGGTTTAGTCTTAGTCTTTGA 188
consensus_679#1      ATGTACTGACTCTTGCTGTTGATATAACCTTTTGTTTGCAGGTTTAGTCTTAGTCCTTGA 235
                     * * * **  * * * ** * * *  *   * ** *   **************** ****

consensus_679#0      GTGATGCAGGGTTCACGATTGCTTCTTCTAGGATGAGAACTTAATGGGGTATACCCCTAG 248
consensus_679#1      GTGATGC-GGGTTC-CGATTGCTTCTTCTAGGATGAGAACTTAATGGGGTATACCCCTAG 293
                     ******* ****** *********************************************

consensus_679#0      TCGGTGTGCTT-TGATTGGGTAGTCAAGCTTCCGCTGTTCTCTAATAAGTCTATTTG-CC 306
consensus_679#1      TCGGTGTGCTTGTGTTTGGGTAGTCAAGCTTCCGCTGTTCTCTAATAAGTCTATTTGGCC 353
                     *********** ** ****************************************** **

consensus_679#0      GGTCGGCC-ATGTAATTATTAAGTTGTTGTAAGTCTTAAGTTTCTTTCATCTTAGTTGTG 365
consensus_679#1      GGTCGGCCTATGTAAT-------------------------------------------- 369
                     ******** *******                                            

consensus_679#0      TTTGCTAAAAAAA 378
consensus_679#1      -------------