cluster # 6920

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Oryza sativa
cluster # 6920 cluster # 6920 Sequences # 4 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_6920#0 length = 270 sequences # 3

consensus_6920#1 length = 201 sequences # 1

consensusID : consensus_6920#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 270
fasta sequence

                              [TATGTAATGGAACTTGTTTTGCTGTAGTAGGCTGGGATATGATGTGGCAATGGCCTCTAACTATTGCTGTTGTGTACATAAGCATATGAATGCATGATTTGTAATGGTCGGGTGAGCCCTTAATTTCATGTAAGCAACTTAAATTGCAGTGTTAAAGAGTTTGGTAATGGAATGACATGATTAGAACTTGAACTGGAAGTATAAGTTGTCAAGAATTTGGAAATGTCATTTGGAAATGGAATGACATGATTAGAAGTTGATCTGGAAAAA]

[+] EMBL AU165045             [TATGTAATGGAACTTGTTTTGCTGTAGTAGGCTGGGATATGATGTGGCAATGGCCTCTAACTATTGCTGTTGTGTACATAAGCATATGAATGCATGATTTGTAATGGTCGGGTGAGCCCTTAATTTCATGTAAGCAACTTAAATTGCAGTGTTAAAGAGTTTGGTAATGGAATGACATGATTAGAACTTGAACTGGAAGTATAAGTTGTCAAGAATTTGGAAATGTCATTTGGAAATGGAATGACATGATTAGAAGTTGATCTGGAAAAA]
[+] EMBL AU165080             [TATGTAATGGAACTTGTTTTGCTGTAGTAGGCTGGGATATGATGTGGCAATGGCCTCTAACTATTGCTGTTGTGTACATAAGCATATGAATGCATGATTTGTAATGGTCGGGTGAGCCCTTAATTTCATGTAAGCAACTTAAATTGCAGTGTTAAAGAGTTTGGTAATGGAATGACATGATTAGAACTTGAACTGGAAaaa                                                                     ]
[-] EMBL AU078011             [                             GGCTGGGATATGATGTGGCAATGGCCTCTAACTATTGCTGTTGTGTACATAAGCATATGAATGCATGATTTGTAATGGTCGGGTGAGCCCTTAATTTCATGTAAGCTTCTTACATTGCAGTGTTAAAGAGTTTGGTAATGGAATGACATGATTAGAACTTGAACTGGAA                                                                        ]




>consensus_6920#0
TATGTAATGGAACTTGTTTTGCTGTAGTAGGCTGGGATATGATGTGGCAATGGCCTCTAA
CTATTGCTGTTGTGTACATAAGCATATGAATGCATGATTTGTAATGGTCGGGTGAGCCCT
TAATTTCATGTAAGCAACTTAAATTGCAGTGTTAAAGAGTTTGGTAATGGAATGACATGA
TTAGAACTTGAACTGGAAGTATAAGTTGTCAAGAATTTGGAAATGTCATTTGGAAATGGA
ATGACATGATTAGAAGTTGATCTGGAAAAA

consensusID : consensus_6920#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 201
fasta sequence

                              [TATGTTAATGGAAACTTGTTTCGCCGGTATAAGGCTGGGGAAATGAAGTTGGCAATGGGCCTCTAACTATTGCTGTTGTGTACATAAGCCTATGAATGCATGATTTGTAATGGTCGGGTGAACCCTTAATTTCCTGTTAGCCACTTAAATTGCAGTGTTAAAGAGTTTGGTAATGGAATGACATGATTAGAACTTGAAAAA]

[+] EMBL AU089653             [TATGTTAATGGAAACTTGTTTCGCCGGTATAAGGCTGGGGAAATGAAGTTGGCAATGGGCCTCTAACTATTGCTGTTGTGTACATAAGCCTATGAATGCATGATTTGTAATGGTCGGGTGAACCCTTAATTTCCTGTTAGCCACTTAAATTGCAGTGTTAAAGAGTTTGGTAATGGAATGACATGATTAGAACTTGAAAAA]




>consensus_6920#1
TATGTTAATGGAAACTTGTTTCGCCGGTATAAGGCTGGGGAAATGAAGTTGGCAATGGGC
CTCTAACTATTGCTGTTGTGTACATAAGCCTATGAATGCATGATTTGTAATGGTCGGGTG
AACCCTTAATTTCCTGTTAGCCACTTAAATTGCAGTGTTAAAGAGTTTGGTAATGGAATG
ACATGATTAGAACTTGAAAAA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_6920#0      TATGT-AATGGAA-CTTGTTTTGCTG-TAGTAGGCTGGG-ATATGATGT-GGCAATGG-C 54
consensus_6920#1      TATGTTAATGGAAACTTGTTTCGCCGGTATAAGGCTGGGGAAATGAAGTTGGCAATGGGC 60
                      ***** ******* ******* ** * **  ******** * **** ** ******** *

consensus_6920#0      CTCTAACTATTGCTGTTGTGTACATAAGCATATGAATGCATGATTTGTAATGGTCGGGTG 114
consensus_6920#1      CTCTAACTATTGCTGTTGTGTACATAAGCCTATGAATGCATGATTTGTAATGGTCGGGTG 120
                      ***************************** ******************************

consensus_6920#0      AGCCCTTAATTTCATGTAAGCAACTTAAATTGCAGTGTTAAAGAGTTTGGTAATGGAATG 174
consensus_6920#1      AACCCTTAATTTCCTGTTAGCCACTTAAATTGCAGTGTTAAAGAGTTTGGTAATGGAATG 180
                      * *********** *** *** **************************************

consensus_6920#0      ACATGATTAGAACTTGAACTGGAAGTATAAGTTGTCAAGAATTTGGAAATGTCATTTGGA 234
consensus_6920#1      ACATGATTAGAACTTGAAAAA--------------------------------------- 201
                      ******************                                          

consensus_6920#0      AATGGAATGACATGATTAGAAGTTGATCTGGAAAAA 270
consensus_6920#1      ------------------------------------