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Oryza sativa
cluster # 7042 cluster # 7042       Sequences # 4       consensus # 1


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_7042#0 length = 1607 sequences # 4  

consensusID : consensus_7042#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 4
consensus length = 1607
fasta sequence
                              [AGTACGATCACAAGTCCGACCTAAACTGCTAAACAAATCTTGCGCACCGCTTATTGCCGCCGCGGCGCATCCCCCATCCCCCATCCCCTCTGCACTCTCCCCTCTCCCCACAGCGAGACGCCAAAACCCTAGTCCGTTCTTTCTCCACGGAGGCGAGGATGGCGTCGCTGCTGATCGCCAGCACGGGGGGCGCCCACCGCCTCGCGTGGAAGGACGCCGCCGCCCTGGGACCCGCTCCGCGGCTGGCGCGACCTTGGCCCGCCGCCGTGGCTGCACCGGCGCCGCTGCTCAGGATTAGCAGAGGAAAGTTTGCATTGCAGGCCATCACCCTTGATGATTATCTTCCAATGCGAAGTACTGAAGTGAAAAATCGGACATCAACAGCTGATATCACTAGTCTCAGAGTAATTACAGCGGTCAAAACCCCATATCTGCCTGATGGAAGATTTGATCTTGAAGCATATGATTCACTGATAAATATGCAGATAGATGGTGGTGCTGAAGGTGTAATAGTTGGAGGAACAACAGGAGAGGGCCACCTTATGAGCTGGGATGAACACATCATGCTTATTGGACATACTGTTAACTGCTTTGGTGCTAAAGTTAAAGTGGTAGGCAACACAGGTAGTAACTCAACAAGAGAGGCTATTCATGCAACAGAGCAGGGATTTGCTGTAGGTATGCATGCGGCTCTCCATATCAATCCTTACTATGGGAAGACCTCTATCGAAGGGTTGATATCTCATTTTGAGGCTGTCCTCCCAATGGGTCCAACCATTATTTACAATGTTCCATCTAGGACTGGCCAGGATATTCCTCCTGCAGTTATTGAGGCTGTTTCAAGTTTCACAAACTTGGCAGGTGTGAAAGAATGTGTTGGACATGAGAGGGTTAAGTGCTACACTGACAAAGGTATAACCATATGGAGTGGTAATGATGATGAATGCCATGATTCTAGGTGGAAATATGGTGCCACTGGAGTTATTTCTGTGGCTAGCAACCTTATTCCTGGTCTCATGCACGATCTCATGTATGAAGGGGAGAATAAGACGCTAAATGAGAAGCTCTTTCCCCTGATGAAATGGTTGTTTTGCCAGCCAAATCCAATTGCTCTCAACACTGCCCTGGCTCAGCTTGGAGTGGTAAGGCCTGTTTTCAGATTACCATATGTACCTCTTCCTCTTGAAAAGAGGGTAGAGTTTGTCCGAATCGTTGAATCTATTGGACGGGAAAACTTTGTGGGTGAGAACGAGGCACGGGTTCTTGACGACGATGATTTTGTGTTGGTCAGTAGGTACTAATAAGTGAATTATGCAAGTCCCATGTACGTTGATGAACATCGTTTAGTTACATTATGATAGTTTGCAGTCTTCCTTGTAGACATTTCAGCACTTTTTGATCACGCTTGATCGGTTATCAGTGTAATGGGAATCGTAATCGGGCTTATTTGTACCTTAAATGATA-GGTATATTGAGAATAAGCTAAGAGATCATGTACATTATCCTTATTCGGAAATGCCCTATACCCTTGTACCATTTGTATATGCACCCGTTTCTGGTTGTGATAAGGGTGTCGCCTACCGGCGGTTACTGCGTGGTAATTGAGTT]

[+] EMBL AK071042             [AGTACGATCACAAGTCCGACCTAAACTGCTAAACAAATCTTGCGCACCGCTTATTGCCGCCGCGGCGCATCCCCCATCCCCCATCCCCTCTGCACTCTCCCCTCTCCCCACAGCGAGACGCCAAAACCCTAGTCCGTTCTTTCTCCACGGAGGCGAGGATGGCGTCGCTGCTGATCGCCAGCACGGGGGGCGCCCACCGCCTCGCGTGGAAGGACGCCGCCGCCCTGGGACCCGCTCCGCGGCTGGCGCGACCTTGGCCCGCCGCCGTGGCTGCACCGGCGCCGCTGCTCAGGATTAGCAGAGGAAAGTTTGCATTGCAGGCCATCACCCTTGATGATTATCTTCCAATGCGAAGTACTGAAGTGAAAAATCGGACATCAACAGCTGATATCACTAGTCTCAGAGTAATTACAGCGGTCAAAACCCCATATCTGCCTGATGGAAGATTTGATCTTGAAGCATATGATTCACTGATAAATATGCAGATAGATGGTGGTGCTGAAGGTGTAATAGTTGGAGGAACAACAGGAGAGGGCCACCTTATGAGCTGGGATGAACACATCATGCTTATTGGACATACTGTTAACTGCTTTGGTGCTAAAGTTAAAGTGGTAGGCAACACAGGTAGTAACTCAACAAGAGAGGCTATTCATGCAACAGAGCAGGGATTTGCTGTAGGTATGCATGCGGCTCTCCATATCAATCCTTACTATGGGAAGACCTCTATCGAAGGGTTGATATCTCATTTTGAGGCTGTCCTCCCAATGGGTCCAACCATTATTTACAATGTTCCATCTAGGACTGGCCAGGATATTCCTCCTGCAGTTATTGAGGCTGTTTCAAGTTTCACAAACTTGGCAGGTGTGAAAGAATGTGTTGGACATGAGAGGGTTAAGTGCTACACTGACAAAGGTATAACCATATGGAGTGGTAATGATGATGAATGCCATGATTCTAGGTGGAAATATGGTGCCACTGGAGTTATTTCTGTGGCTAGCAACCTTATTCCTGGTCTCATGCACGATCTCATGTATGAAGGGGAGAATAAGACGCTAAATGAGAAGCTCTTTCCCCTGATGAAATGGTTGTTTTGCCAGCCAAATCCAATTGCTCTCAACACTGCCCTGGCTCAGCTTGGAGTGGTAAGGCCTGTTTTCAGATTACCATATGTACCTCTTCCTCTTGAAAAGAGGGTAGAGTTTGTCCGAATCGTTGAATCTATTGGACGGGAAAACTTTGTGGGTGAGAACGAGGCACGGGTTCTTGACGACGATGATTTTGTGTTGGTCAGTAGGTACTAATAAGTGAATTATGCAAGTCCCATGTACGTTGATGAACATCGTTTAGTTACATTATGATAGTTTGCAGTCTTCCTTGTAGACATTTCAGCACTTTTTGATCACGCTTGATCGGTTATCAGTGTAATGGGAATCGTAATCGGGCTTATTTGTACCTTAAATGATA GGTATATTGAGAATAAGCTAAGAGATCATGTACATTATCCTTATTCGGAAATGCCCTATACCCTTGTACCATTTGTATATGCACCCGTTTCTGGTTGTGATAAGGGTGTCGCCTACCGGCGGTTACTGCGTGGTAATTGAGTT]
[+] EMBL OS0954A              [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       AATCGTTGAATCTATTGGACGGGAAAACTTTGTGGGTGAGAACGAGGCACGGGTTCTTGACGACGATGATTTTGTGTTGGTCAGTAGGTACTAATAAGTGAATTATGCAAGTCCCATGTACGTTGATGAACATCGTTTAGTTACATTATGATAGTTTGCAGTCTTCCTTGTAGACATTTCAGCACTTTTTGATCACGCTTGATCGGTTATCAGTGTAATGGGAATCGTAATCGGGCTTATTTGTACCTTAAATGATA GGTATATTGAGAATAAGCTAAGAGATCATGT                                                                                                                ]
[+] EMBL BI795466             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            gTTTGTGTTGGTCAGTAGGTACTAATAAGTGAATTATCCAAGTCCCATGTACGTTGATGAACATCGTTTAGTTACATTATGATAGTTT CAGTCTTCCTTGTAGACATTTCAGCACTTTTTGATCACGCTTGATCGGTTATCAGTGTAATGGGAATCGTAATTGGGCTTATTTGTACCTTAAATGATACGGTATATTGAGAATAAGCTAAaaa                                                                                                                       ]
[+] EMBL CA752619             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           agTCGGGCTTATCTGTACCTTAAATGATA GGTCTATTGAGAATAAGCTAAGAGATCATGTACATTATCCTTATTCGGAAATGTCCTATACCCTTGTACC                                                                         ]


>consensus_7042#0 AGTACGATCACAAGTCCGACCTAAACTGCTAAACAAATCTTGCGCACCGCTTATTGCCGC CGCGGCGCATCCCCCATCCCCCATCCCCTCTGCACTCTCCCCTCTCCCCACAGCGAGACG CCAAAACCCTAGTCCGTTCTTTCTCCACGGAGGCGAGGATGGCGTCGCTGCTGATCGCCA GCACGGGGGGCGCCCACCGCCTCGCGTGGAAGGACGCCGCCGCCCTGGGACCCGCTCCGC GGCTGGCGCGACCTTGGCCCGCCGCCGTGGCTGCACCGGCGCCGCTGCTCAGGATTAGCA GAGGAAAGTTTGCATTGCAGGCCATCACCCTTGATGATTATCTTCCAATGCGAAGTACTG AAGTGAAAAATCGGACATCAACAGCTGATATCACTAGTCTCAGAGTAATTACAGCGGTCA AAACCCCATATCTGCCTGATGGAAGATTTGATCTTGAAGCATATGATTCACTGATAAATA TGCAGATAGATGGTGGTGCTGAAGGTGTAATAGTTGGAGGAACAACAGGAGAGGGCCACC TTATGAGCTGGGATGAACACATCATGCTTATTGGACATACTGTTAACTGCTTTGGTGCTA AAGTTAAAGTGGTAGGCAACACAGGTAGTAACTCAACAAGAGAGGCTATTCATGCAACAG AGCAGGGATTTGCTGTAGGTATGCATGCGGCTCTCCATATCAATCCTTACTATGGGAAGA CCTCTATCGAAGGGTTGATATCTCATTTTGAGGCTGTCCTCCCAATGGGTCCAACCATTA TTTACAATGTTCCATCTAGGACTGGCCAGGATATTCCTCCTGCAGTTATTGAGGCTGTTT CAAGTTTCACAAACTTGGCAGGTGTGAAAGAATGTGTTGGACATGAGAGGGTTAAGTGCT ACACTGACAAAGGTATAACCATATGGAGTGGTAATGATGATGAATGCCATGATTCTAGGT GGAAATATGGTGCCACTGGAGTTATTTCTGTGGCTAGCAACCTTATTCCTGGTCTCATGC ACGATCTCATGTATGAAGGGGAGAATAAGACGCTAAATGAGAAGCTCTTTCCCCTGATGA AATGGTTGTTTTGCCAGCCAAATCCAATTGCTCTCAACACTGCCCTGGCTCAGCTTGGAG TGGTAAGGCCTGTTTTCAGATTACCATATGTACCTCTTCCTCTTGAAAAGAGGGTAGAGT TTGTCCGAATCGTTGAATCTATTGGACGGGAAAACTTTGTGGGTGAGAACGAGGCACGGG TTCTTGACGACGATGATTTTGTGTTGGTCAGTAGGTACTAATAAGTGAATTATGCAAGTC CCATGTACGTTGATGAACATCGTTTAGTTACATTATGATAGTTTGCAGTCTTCCTTGTAG ACATTTCAGCACTTTTTGATCACGCTTGATCGGTTATCAGTGTAATGGGAATCGTAATCG GGCTTATTTGTACCTTAAATGATAGGTATATTGAGAATAAGCTAAGAGATCATGTACATT ATCCTTATTCGGAAATGCCCTATACCCTTGTACCATTTGTATATGCACCCGTTTCTGGTT GTGATAAGGGTGTCGCCTACCGGCGGTTACTGCGTGGTAATTGAGTT



clustalw multiple alignements is not computed in this case


Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)