Home
Who am I
Technology
EST Assembly
Contact

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Oryza sativa
cluster # 7376 cluster # 7376       Sequences # 4       consensus # 1


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_7376#0 length = 2318 sequences # 4  

consensusID : consensus_7376#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 4
consensus length = 2318
fasta sequence
                              [TAACTTAAGCAAAGACGAGATTTTAAGCTCATTGCAGACACAGGAAGAATCAATTTGGAAACTGGCTGCCCGCTTCCTTGGAAACTTTGCATTCATATTCTCTCTCTGTATAGCACTGTATGCCACTGCACATCTTCGTCTAGTTAAGCCAAATATGGTGCATGGGCTCGAATATTTTGGTATTGATCTCCCAGATTCAATTTGGGAGGTTGTATTTTGTGCCATTTTGATAATTCAGGGGCAGAATATCTTCAAATCAGGACGGCGGTTTTTGTATGCATGGAAACAAAGAGGTAGTGATCATGGGGTGAAAGCTCATGGTGATGGTTGGTTGCTGACTGTTGCACTTATTGAGGGAAGCGGTGTAGTAGGTTCAGGTACACCTGGCTTGCCTGATCCTTATGTTGTTTTTACCTGTAATGGAAAGAGGAAAACAAGCTCAGTTAAATTCCAGACATCCGAACCGAAATGGAACGAGATATTTGAATTCAATGCAATGGATGATCCTCCATCAAGGTTGGAAGTAGTTGTGCATGATTCAGAGGGACCACATAATAAAATTCCTATTGGTCAAACAGAAGTGAACTTTTTGAAAAACAATTTGTCAGATTTGGGTGACATGTGGCTTCCTCTTGATGGAAGGTTTCCCCAGGGATGTGAGCCTAAGTTACACTTGCGAATCTTTTTGAACAACTCGCGTGGGACTGAAATTGTTATGAATTATCTGGCAAAGATGGGGAAAGAAGTAGGTAAGAAGATACACCTGCGGTCTGCTCAGACAAATTCAGCGTTCCGTAAGCTCTTTAGTCTTCCTCCAGAAGAATTTCTTATCGATGATTTCACTTGTTATCTAAAGCGGAAAATGCCACTTCAGGGGCGCATTTTTCTCTCCTCAAGAATACTTGGATTCTATTCCAATATATTAGGCCGAAAAACCAAATTTTTCTTTCTTTGGGACGACATTGATGATATCCAGGTTGCTCCACCAACCCTAGCAAAAGTTGGAAGTCCATCCTTGATGATCATTCTCCGCAAGGACAGAGGTCTAGAAGCCAGACATGGAGCCAAAACACTGGATCCTCAAGGAAAACTGAAATACCATTTCCAGACATTTGTTTCATTCAATGATGCTCACAGAATTATTATGGCACTTTGGAAAATGAGGTCAGTGGATCCAGAACAGAAGGGAGAGATGATTGACAAAAATTCTGAACTGAAACAGCTCCCTTGTGAAGAAGGTTCTCTATTAGCCAATGAAGATGTGAAAATGTCAGAAGTCTACTCGGCGGTTCTTTCTGTTGATATCAATTCCTTGATGGATATGTTCTCCGGAGGTCCATTGGAGCACAAGGTGATGCAGAAAGCTGGTTGCGTCGATTACTCGCCTACAGAATGGGAGCTACTAAACCAAAACATATACCAGAGGCAAATCAGCTTTAAGTTTGACAAAATCTTGTCGCGCTTTGGAGAGGCATCAACCACTCAACGAAAATATAACTTAGCGAATCGAGATGGGTGGGTCATTGAGGAGGTGATGACCCTCCAAGGAGTCCAACATGAAGACTACTCCAGTATCCAGCTCAAGTATCAGATGACTAGCACGTCCTTAAAACCAAGCACCTGCAGCATTCAGGTATTGTTAGGGATTGCCTGGTTGAAGGGAGCTAAGCAGCAGAAGAAGGTTGTGAAGAATGTTATGTCGAATTCTGCCAACAGGTTGAGGGAGATATTTTCAGAAGTTGAGAAGGAGCTTGCATCAAAAAAAGGTGTGAGCTGACATCCCGTGCAAGATGAGTAGTAGATTGATTCATGTGTTCTGAACAATTAGAAGACTAAACGAAGGCAGCAAAGCTCAGTAGCCAACACGATCTGTGTTAGCTCGACGGTATCACTGCTTCCTTTAGCTCTGTTCACTCTTCTGCTGCCAACCTATCGCCTATGTAAAATTGTGAATACCTTGATAGGAATCCAACAAATTTGCATATACATATTTAAAACTGTAAACACGTGATTACAGAATGGAACGAAAAGAATGAACTTATTTCTGGTGGCAGTAATTTTCTATAAAGATATTTGACCCAAATAAAAGAGATAAACGTGTGCCCTTTATGTTCTCATATGTGATTCACCTTGCTAAATAATTACCGGAATTTCGAGTTGTAAGTAAGTGAGATTTTTTTTATTTTCAAAAGATCTTAAAAGGACTTCCATAGGAGTCACGAATTACAGAACATTTACGGTAACAAGCAAACAAATTAGTAATGCCTTTTCTTCACATTCCAATCTATCATTGTTAGCACATAATGGGAAAAAAAAAA]

[+] EMBL AK072970             [TAACTTAAGCAAAGACGAGATTTTAAGCTCATTGCAGACACAGGAAGAATCAATTTGGAAACTGGCTGCCCGCTTCCTTGGAAACTTTGCATTCATATTCTCTCTCTGTATAGCACTGTATGCCACTGCACATCTTCGTCTAGTTAAGCCAAATATGGTGCATGGGCTCGAATATTTTGGTATTGATCTCCCAGATTCAATTTGGGAGGTTGTATTTTGTGCCATTTTGATAATTCAGGGGCAGAATATCTTCAAATCAGGACGGCGGTTTTTGTATGCATGGAAACAAAGAGGTAGTGATCATGGGGTGAAAGCTCATGGTGATGGTTGGTTGCTGACTGTTGCACTTATTGAGGGAAGCGGTGTAGTAGGTTCAGGTACACCTGGCTTGCCTGATCCTTATGTTGTTTTTACCTGTAATGGAAAGAGGAAAACAAGCTCAGTTAAATTCCAGACATCCGAACCGAAATGGAACGAGATATTTGAATTCAATGCAATGGATGATCCTCCATCAAGGTTGGAAGTAGTTGTGCATGATTCAGAGGGACCACATAATAAAATTCCTATTGGTCAAACAGAAGTGAACTTTTTGAAAAACAATTTGTCAGATTTGGGTGACATGTGGCTTCCTCTTGATGGAAGGTTTCCCCAGGGATGTGAGCCTAAGTTACACTTGCGAATCTTTTTGAACAACTCGCGTGGGACTGAAATTGTTATGAATTATCTGGCAAAGATGGGGAAAGAAGTAGGTAAGAAGATACACCTGCGGTCTGCTCAGACAAATTCAGCGTTCCGTAAGCTCTTTAGTCTTCCTCCAGAAGAATTTCTTATCGATGATTTCACTTGTTATCTAAAGCGGAAAATGCCACTTCAGGGGCGCATTTTTCTCTCCTCAAGAATACTTGGATTCTATTCCAATATATTAGGCCGAAAAACCAAATTTTTCTTTCTTTGGGACGACATTGATGATATCCAGGTTGCTCCACCAACCCTAGCAAAAGTTGGAAGTCCATCCTTGATGATCATTCTCCGCAAGGACAGAGGTCTAGAAGCCAGACATGGAGCCAAAACACTGGATCCTCAAGGAAAACTGAAATACCATTTCCAGACATTTGTTTCATTCAATGATGCTCACAGAATTATTATGGCACTTTGGAAAATGAGGTCAGTGGATCCAGAACAGAAGGGAGAGATGATTGACAAAAATTCTGAACTGAAACAGCTCCCTTGTGAAGAAGGTTCTCTATTAGCCAATGAAGATGTGAAAATGTCAGAAGTCTACTCGGCGGTTCTTTCTGTTGATATCAATTCCTTGATGGATATGTTCTCCGGAGGTCCATTGGAGCACAAGGTGATGCAGAAAGCTGGTTGCGTCGATTACTCGCCTACAGAATGGGAGCTACTAAACCAAAACATATACCAGAGGCAAATCAGCTTTAAGTTTGACAAAATCTTGTCGCGCTTTGGAGAGGCATCAACCACTCAACGAAAATATAACTTAGCGAATCGAGATGGGTGGGTCATTGAGGAGGTGATGACCCTCCAAGGAGTCCAACATGAAGACTACTCCAGTATCCAGCTCAAGTATCAGATGACTAGCACGTCCTTAAAACCAAGCACCTGCAGCATTCAGGTATTGTTAGGGATTGCCTGGTTGAAGGGAGCTAAGCAGCAGAAGAAGGTTGTGAAGAATGTTATGTCGAATTCTGCCAACAGGTTGAGGGAGATATTTTCAGAAGTTGAGAAGGAGCTTGCATCAAAAAAAGGTGTGAGCTGACATCCCGTGCAAGATGAGTAGTAGATTGATTCATGTGTTCTGAACAATTAGAAGACTAAACGAAGGCAGCAAAGCTCAGTAGCCAACACGATCTGTGTTAGCTCGACGGTATCACTGCTTCCTTTAGCTCTGTTCACTCTTCTGCTGCCAACCTATCGCCTATGTAAAATTGTGAATACCTTGATAGGAATCCAACAAATTTGCATATACATATTTAAAACTGTAAACACGTGATTACAGAATGGAACGAAAAGAATGAACTTATTTCTGGTGGCAGTAATTTTCTATAAAGA                                                                                                                                                                                                                                                        ]
[+] EMBL CB645505             [TAACTTAAGCAAAGACGAGATTTTAAGCTCATTGCAGACACAGGAAGAATCAATTTGGAAACTGGCTGCCCGCTTCCTTGGAAACTTTGCATTCATATTCTCTCTCTGTATAGCACTGTATGCCACTGCACATCTTCGTCTAGTTAAGCCAAATATGGTGCATGGGCTCGAATATTTTGGTATTGATCTCCCAGATTCAATTTGGGAGGTTGTATTTTGTGCCATTTTGATAATTCAGGGGCAGAATATCTTCAAATCAGGACGGCGGTTTTTGTATGCATGGAAACAAAGAGGTAGTGATCATGGGGTGAAAGCTCATGGTGATGGTTGGTTGCTGACTGTTGCACTTATTGAGGGAAGCGGTGTAGTAGGTTCAGGTACACCTGGCTTGCCTGATCCTTATGTTGTTTTTACCTGTAATGGAAAGAGGAAAACAAGCTCAGTTAAATTCCAGACATCCGAACCGAAATGGAACGAGATATTTGAATTCAATGCAATGGATGATCCTCCATCAAGGTTGGAAGTAGTTGTGCATGATTCAGAGGGACCACATAATAAAATTCCTATTGGTCAAACAGAAGTGAACTTTTTGAAAAACAATTTGTCAGATTTGGGTGACATGTGGCTTCCTCTTGATGGAAGGTTTCCCCAGGGATGTGAGCCTAAGTTACACTTGCGAATCTTTTTGAACAACTCGCGTGGGACTGAAA TGTTATGAATTATCTGGg                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ]
[-] EMBL CB645506             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ATGTGAAAATGTCAGAAGTCTACTCGGCGGTTCTTTCTGTTGATATCAATTCCTTGATGGATATGTTCTCCGGAGGTCCATTGGAGCACAAGGTGATGCAGAAAGCTGGTTGCGTCGATTACTCGCCTACAGAATGGGAGCTACTAAACCAAAACATATACCAGAGGCAAATCAGCTTTAAGTTTGACAAAATCTTGTCGCGCTTTGGAGAGGCATCAACCACTCAACGAAAATATAACTTAGCGAATCGAGATGGGTGGGTCATTGAGGAGGTGATGACCCTCCAAGGAGTCCAACATGAAGACTACTCCAGTATCCAGCTCAAGTATCAGATGACTAGCACGTCCTTAAAACCAAGCACCTGCAGCATTCAGGTATTGTTAGGGATTGCCTGGTTGAAGGGAGCTAAGCAGCAGAAGAAGGTTGTGAAGAATGTTATGTCGAATTCTGCCAACAGGTTGAGGGAGATATTTTCAGAAGTTGAGAAGGAGCTTGCATCAAAAAAAGGTGTGAGCTGACATCCCGTGCAAGATGAGTAGTAGATTGATTCATGTGTTCTGAACAATTAGAAGACTAAACGAAGGCAGCAAAGCTCAGTAGCCAACACGATCTGTGTTAGCTCGACGGTATCACTGCTTCCTTTAGCTCTGTTCACTCTTCTGCTGCCAACCTATCGCCTATGTAAAATTGTGAATACCTTGATAGGAATCCAACAAATTTGCATATACATATTTAAAACTGTAAACACGTGATTACAGAATGGAACGAAAAGAATGAACTTATTTAAGGTGGCAGTAATTTTCTATAAAGATATTTGACCCAAATAAAAGA                                                                                                                                                                                                                                    ]
[+] EMBL BI801860             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     GCAAAGCTCAGTAGCC ACACGATCTGTGTTAGCTCGACGGTATCACTGCTTCCTTTAGCTCTGTTCACTCTTCTGCTGCCAACCTATCGCCTATGTAAAATTGTGAATACCTTGATAGGAATCCAACAAATTTGCATATACATATTTAAAACTGTAAACACGTGATTACAGAATGGAACGAAAAGAATGAACTTATTTCTGGT GCAGTAATTTTCTATAAAGATATTTGACCCAAAGTCGTGTGATAAACGTGTGCCCTTTATGTTCTCATATGTGATTCACCTTGCTAAATAATTACCGGAATTTCGAGTTGTAAGTAAGTGAGATTTTTTTTATTTTCAAAAGATCTTAAAAGGACTTCCATAGGAGTCACGAATTACAGAACATTTACGGTAACAAGCAAACAAATTAGTAATGCCTTTTCTTCACATTCCAATCTATCATTGTTAGCACATAATGGGAAAAAAAAAA]


>consensus_7376#0 TAACTTAAGCAAAGACGAGATTTTAAGCTCATTGCAGACACAGGAAGAATCAATTTGGAA ACTGGCTGCCCGCTTCCTTGGAAACTTTGCATTCATATTCTCTCTCTGTATAGCACTGTA TGCCACTGCACATCTTCGTCTAGTTAAGCCAAATATGGTGCATGGGCTCGAATATTTTGG TATTGATCTCCCAGATTCAATTTGGGAGGTTGTATTTTGTGCCATTTTGATAATTCAGGG GCAGAATATCTTCAAATCAGGACGGCGGTTTTTGTATGCATGGAAACAAAGAGGTAGTGA TCATGGGGTGAAAGCTCATGGTGATGGTTGGTTGCTGACTGTTGCACTTATTGAGGGAAG CGGTGTAGTAGGTTCAGGTACACCTGGCTTGCCTGATCCTTATGTTGTTTTTACCTGTAA TGGAAAGAGGAAAACAAGCTCAGTTAAATTCCAGACATCCGAACCGAAATGGAACGAGAT ATTTGAATTCAATGCAATGGATGATCCTCCATCAAGGTTGGAAGTAGTTGTGCATGATTC AGAGGGACCACATAATAAAATTCCTATTGGTCAAACAGAAGTGAACTTTTTGAAAAACAA TTTGTCAGATTTGGGTGACATGTGGCTTCCTCTTGATGGAAGGTTTCCCCAGGGATGTGA GCCTAAGTTACACTTGCGAATCTTTTTGAACAACTCGCGTGGGACTGAAATTGTTATGAA TTATCTGGCAAAGATGGGGAAAGAAGTAGGTAAGAAGATACACCTGCGGTCTGCTCAGAC AAATTCAGCGTTCCGTAAGCTCTTTAGTCTTCCTCCAGAAGAATTTCTTATCGATGATTT CACTTGTTATCTAAAGCGGAAAATGCCACTTCAGGGGCGCATTTTTCTCTCCTCAAGAAT ACTTGGATTCTATTCCAATATATTAGGCCGAAAAACCAAATTTTTCTTTCTTTGGGACGA CATTGATGATATCCAGGTTGCTCCACCAACCCTAGCAAAAGTTGGAAGTCCATCCTTGAT GATCATTCTCCGCAAGGACAGAGGTCTAGAAGCCAGACATGGAGCCAAAACACTGGATCC TCAAGGAAAACTGAAATACCATTTCCAGACATTTGTTTCATTCAATGATGCTCACAGAAT TATTATGGCACTTTGGAAAATGAGGTCAGTGGATCCAGAACAGAAGGGAGAGATGATTGA CAAAAATTCTGAACTGAAACAGCTCCCTTGTGAAGAAGGTTCTCTATTAGCCAATGAAGA TGTGAAAATGTCAGAAGTCTACTCGGCGGTTCTTTCTGTTGATATCAATTCCTTGATGGA TATGTTCTCCGGAGGTCCATTGGAGCACAAGGTGATGCAGAAAGCTGGTTGCGTCGATTA CTCGCCTACAGAATGGGAGCTACTAAACCAAAACATATACCAGAGGCAAATCAGCTTTAA GTTTGACAAAATCTTGTCGCGCTTTGGAGAGGCATCAACCACTCAACGAAAATATAACTT AGCGAATCGAGATGGGTGGGTCATTGAGGAGGTGATGACCCTCCAAGGAGTCCAACATGA AGACTACTCCAGTATCCAGCTCAAGTATCAGATGACTAGCACGTCCTTAAAACCAAGCAC CTGCAGCATTCAGGTATTGTTAGGGATTGCCTGGTTGAAGGGAGCTAAGCAGCAGAAGAA GGTTGTGAAGAATGTTATGTCGAATTCTGCCAACAGGTTGAGGGAGATATTTTCAGAAGT TGAGAAGGAGCTTGCATCAAAAAAAGGTGTGAGCTGACATCCCGTGCAAGATGAGTAGTA GATTGATTCATGTGTTCTGAACAATTAGAAGACTAAACGAAGGCAGCAAAGCTCAGTAGC CAACACGATCTGTGTTAGCTCGACGGTATCACTGCTTCCTTTAGCTCTGTTCACTCTTCT GCTGCCAACCTATCGCCTATGTAAAATTGTGAATACCTTGATAGGAATCCAACAAATTTG CATATACATATTTAAAACTGTAAACACGTGATTACAGAATGGAACGAAAAGAATGAACTT ATTTCTGGTGGCAGTAATTTTCTATAAAGATATTTGACCCAAATAAAAGAGATAAACGTG TGCCCTTTATGTTCTCATATGTGATTCACCTTGCTAAATAATTACCGGAATTTCGAGTTG TAAGTAAGTGAGATTTTTTTTATTTTCAAAAGATCTTAAAAGGACTTCCATAGGAGTCAC GAATTACAGAACATTTACGGTAACAAGCAAACAAATTAGTAATGCCTTTTCTTCACATTC CAATCTATCATTGTTAGCACATAATGGGAAAAAAAAAA



clustalw multiple alignements is not computed in this case


Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)