cluster # 7784

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Oryza sativa
cluster # 7784 cluster # 7784 Sequences # 5 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_7784#0 length = 333 sequences # 1

consensus_7784#1 length = 318 sequences # 4

consensusID : consensus_7784#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 333
fasta sequence

                              [GGCAAAATCTCTCATCCTTGTTGGTGTCACTGCGTAGCCATGAAATTAGCACTGGTTTAGTTTAGTTTAGCTTAGTTTGGAAAGTGCCGAGATGGTACACGCTCGCTTGGTAGCTATGCGAAACAGGTGTGAGTTATTCCAATTACATTTCGTATCATCACAGATTTTTAGCTAGAGGCTTGACAACAGGTGGTTGTTGATAGCCGTATGCAATTTATTTGTTGCAGGGAGCACATATGGATATATTTAATAGTTGAATTCTATGAAGCGACTTGTAAAATGTGGTTTCGTAATTTTAATTTACTTTAACGATTTCTGCACTACCTTGGATGA]

[+] EMBL CA998376             [GGCAAAATCTCTCATCCTTGTTGGTGTCACTGCGTAGCCATGAAATTAGCACTGGTTTAGTTTAGTTTAGCTTAGTTTGGAAAGTGCCGAGATGGTACACGCTCGCTTGGTAGCTATGCGAAACAGGTGTGAGTTATTCCAATTACATTTCGTATCATCACAGATTTTTAGCTAGAGGCTTGACAACAGGTGGTTGTTGATAGCCGTATGCAATTTATTTGTTGCAGGGAGCACATATGGATATATTTAATAGTTGAATTCTATGAAGCGACTTGTAAAATGTGGTTTCGTAATTTTAATTTACTTTAACGATTTCTGCACTACCTTGGATGA]




>consensus_7784#0
GGCAAAATCTCTCATCCTTGTTGGTGTCACTGCGTAGCCATGAAATTAGCACTGGTTTAG
TTTAGTTTAGCTTAGTTTGGAAAGTGCCGAGATGGTACACGCTCGCTTGGTAGCTATGCG
AAACAGGTGTGAGTTATTCCAATTACATTTCGTATCATCACAGATTTTTAGCTAGAGGCT
TGACAACAGGTGGTTGTTGATAGCCGTATGCAATTTATTTGTTGCAGGGAGCACATATGG
ATATATTTAATAGTTGAATTCTATGAAGCGACTTGTAAAATGTGGTTTCGTAATTTTAAT
TTACTTTAACGATTTCTGCACTACCTTGGATGA

consensusID : consensus_7784#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 4
consensus length = 318
fasta sequence

                              [TCATCCTTGTTGGTGTCACTGTGTAGCCATGAAATTAGCACTGGTTTAGTTTAGTTTAGTTTAGTTTGGAAAGTGCCGAGATGGTACACGCTCGCTTGGTAGCTATGCGAAACAGCTGTGAGTTATTCCAATTACATTTCGTATCATCACAGATTTTTAGCTAGAGGCTTGACAACAGGTGGTTGTTGATAGCCGTATGCAATTTATTTGTTGCAGGGTGCACATATGGATATATTTAATAGTTGAATTCAATGAAGCGACTTGTAAAATGTGGTTTCGTAATTTTAATTTACTTTAAGGATTAAAAAAAAAAAAAAA]

[+] EMBL CA998377             [TCATCCTTGTTGGTGTCACTGTGTAGCCATGAAATTAGCACTGGTTTAGTTTAGTTTAGTTTAGTTTGGAAAGTGCCGAGATGGTACACGCTCGCTTGGTAGCTATGCGAAACAGCTGTGAGTTATTCCAATTACATTTCGTATCATCACAGATTTTTAGCTAGAGGCTTGACAACAGGTGGTTGTTGATAGCCGTATGCAATTTATTTGTTGCAGGGTGCACATATGGATATATTTAATAGTTGAATTCAATGAAGCGACTTGTAAAATGTGGTTTCGTAATTTTAATTTACTTTAAGGATTAAAAAAAAAAAAAAA]
[+] EMBL CA998395             [TCATCCTTGTTGGTGTCACTGTGTAGCCATGAAATTAGCACTGGTTTAGTTTAGTTTAGTTTAGTTTGGAAAGTGCCGAGATGGTACACGCTCGCTTGGTAGCTATGCGAAACAGCTGTGAGTTATTCCAATTACATTTCGTATCATCACAGATTTTTAGCTAGAGGCTTGACAACAGGTGGTTGTTGATAGCCGTATGCAATTTATTTGTTGCAGGGTGCACATATGGATATATTTAATAGTTGAATTCAATGAAGCGACTTGTAAAATGTGGTTTCGTAATTTTAATTTACTTTAAGGATTAAAAAAAAAAAAAca]
[+] EMBL CA999277             [TCATCCTTGTTGGTGTCACTGTGTAGCCATGAAATTAGCACTGGTTTAGTTTAGTTTAGTTTAGTTTGGAAAGTGCCGAGATGGTACACGCTCGCTTGGTAGCTATGCGAAACAGCTGTGAGTTATTCCAATTACATTTCGTATCATCACAGATTTTTAGCTAGAGGCTTGACAACAGGTGGTTGTTGATAGCCGTATGCAATTTATTTGTTGCAGGGTGCACATATGGATATATTTAATAGTTGAATTCAATGAAGCGACTTGTAAAATGTGGTTTCGTAATTTTAATTTACTTTAAGGATTAAAAAAAAAAAAAAA]
[+] EMBL CA999718             [TCATCCTTGTTGGTGTCACTGTGTAGCCATGAAATTAGCACTGGTTTAGTTTAGTTTAGTTTAGTTTGGAAAGTGCCGAGATGGTACACGCTCGCTTGGTAGCTATGCGAAACAGCTGTGAGTTATTCCAATTACATTTCGTATCATCACAGATTTTTAGCTAGAGGCTTGACAACAGGTGGTTGTTGATAGCCGTATGCAATTTATTTGTTGCAGGGTGCACATATGGATATATTTAATAGTTGAATTCAATGAAG                                                             ]




>consensus_7784#1
TCATCCTTGTTGGTGTCACTGTGTAGCCATGAAATTAGCACTGGTTTAGTTTAGTTTAGT
TTAGTTTGGAAAGTGCCGAGATGGTACACGCTCGCTTGGTAGCTATGCGAAACAGCTGTG
AGTTATTCCAATTACATTTCGTATCATCACAGATTTTTAGCTAGAGGCTTGACAACAGGT
GGTTGTTGATAGCCGTATGCAATTTATTTGTTGCAGGGTGCACATATGGATATATTTAAT
AGTTGAATTCAATGAAGCGACTTGTAAAATGTGGTTTCGTAATTTTAATTTACTTTAAGG
ATTAAAAAAAAAAAAAAA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_7784#0      GGCAAAATCTCTCATCCTTGTTGGTGTCACTGCGTAGCCATGAAATTAGCACTGGTTTAG 60
consensus_7784#1      -----------TCATCCTTGTTGGTGTCACTGTGTAGCCATGAAATTAGCACTGGTTTAG 49
                                 ********************* ***************************

consensus_7784#0      TTTAGTTTAGCTTAGTTTGGAAAGTGCCGAGATGGTACACGCTCGCTTGGTAGCTATGCG 120
consensus_7784#1      TTTAGTTTAGTTTAGTTTGGAAAGTGCCGAGATGGTACACGCTCGCTTGGTAGCTATGCG 109
                      ********** *************************************************

consensus_7784#0      AAACAGGTGTGAGTTATTCCAATTACATTTCGTATCATCACAGATTTTTAGCTAGAGGCT 180
consensus_7784#1      AAACAGCTGTGAGTTATTCCAATTACATTTCGTATCATCACAGATTTTTAGCTAGAGGCT 169
                      ****** *****************************************************

consensus_7784#0      TGACAACAGGTGGTTGTTGATAGCCGTATGCAATTTATTTGTTGCAGGGAGCACATATGG 240
consensus_7784#1      TGACAACAGGTGGTTGTTGATAGCCGTATGCAATTTATTTGTTGCAGGGTGCACATATGG 229
                      ************************************************* **********

consensus_7784#0      ATATATTTAATAGTTGAATTCTATGAAGCGACTTGTAAAATGTGGTTTCGTAATTTTAAT 300
consensus_7784#1      ATATATTTAATAGTTGAATTCAATGAAGCGACTTGTAAAATGTGGTTTCGTAATTTTAAT 289
                      ********************* **************************************

consensus_7784#0      TTACTTTAACGATTTCTGCACTACCTTGGATGA 333
consensus_7784#1      TTACTTTAAGGATTAAAAAAAAAAAAAAA---- 318
                      ********* ****     *  *