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Oryza sativa
cluster # 7837 cluster # 7837       Sequences # 5       consensus # 1


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_7837#0 length = 3502 sequences # 5  

consensusID : consensus_7837#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 5
consensus length = 3502
fasta sequence
                              [CTCGTCTCGTCTCCTCCGCCGCCGCGATTCATCCGACACCACCGGCGGCATCTCCGGCGAGCGGCAGCGCCGAACACCCCCAACCCCACCGAGTTCTTTACGGCTGGTGTCTCCCCTCCCATCCTCGCTACCGCGTCGCCGGCGCACGGGGAGGGTGGGGGCGTGGCGGCGAAGAGATTCCTGGGATCTCAGGGGATAGTGGACTATGGGGTCGGTGGATCTGATCGCCGCCTGCCTCGACTCCATCCGCCAGATTGGAGATGAGATTGCAGATGCACTAGTGTACCTTGATGCAGGCACTCTGGAGGCGTTTCAGTTTATTGGAGCTTTCCCCTTGCTTCTTGAGCTTGGTGCTCGTGCAATTTGCAGCTTGGAGAATGCATCTCCGCTTGATGCTGCTGCTGAATGGCACTCAAGTTTTGCACATCCAGCAAGGAAGATAGTAGTGATTACATCACGCCTGCTTAGTGATGCACATCGGTATATTTTGCGCTGCCTGGGAAACCATGGAACTATTTCACATTGTACTGTGTTGACAGCTATTTCCGAGGTTGGTCACTCAGCATATGTTGATTCCCCATTTGGACCAGATGCCTTCCGGGAGTATGAGACATTACTTACTCAGGACCATGAGGAACTTCTGAAGAAGTATGAAAAGTCAGATGAGCACAAAGATACCACTTTTTACACAGGAAAAGATTTCACATCGGATGGTGGTAGATACTCCAATTGGGAATCTGGGGTGCATTATGGCTCTAATTCTGAATCTAGCCCAACAAAAAAGGATTTGTTTGCTGATGAGTCAAGCCAGCTAGAAACTAAAGGAAAAAGATTATCTGTAACTGTGACTCACTTTCCGATGATTTTCTCTCCTATTTCCTCTAGGACTTTTGTTTTGCCATCTGAAGGCACAATGGCTGAATCATGTTTATCAAACCATCATGAAGATTCCCTTAGTCCAGGGCTACCTCCCATATCTACTGGTAGATCTTTTGATGGTGATGAGACTCCCCCCGGAGTGACATTGACTGCCCAGTTCCTTTACCATCTGGCCAGTAAGATGGACCTAAAGCTCGATATATTTTCACTTGGAGATACATCAAAGGTCATCGGGAAGCTGATGATGGATATGTCAAGTCTATATGATGTTGGTCGTAATAAGAGATCTGCTGGCCTGCTGATCGTAGATCGTACACTTGATCTCCTTACTCCTTGTTTCCACGGTGACTCATTTCTTGATAGGATGCTGTCCTCCTTGACACGCAAGGAAGGGACTTCATCCTATTTTGTGTCCAAAAATCCACAAACTCCAAGCAAGCATTCTGAAGCTACTGTTAAACGTATCCCACTAGATATAAAGGTCCCTTTTGAAAAGGTCTTCAGCAAGGAAGAACCTAAGAGTAGGGCCAGTATGTTACCCGAAAGTATCATGTCATTTGTGTCTGGATGGAACTCTGCTGAAGTTGAATCTGAAGTAACCTGGCTACCTGATTACGCGGATAAAGCTCATGATGACAAACTCAGCAGTCAACATGGTAGTTTAAATGGTTCATTCCTATCCAATTATGCTGGAGTGTGCTACTTGGAATCATTACTCGACAGAGGAGCAAAAGATGGGTTAATGTTGATTAAGAAATGGCTTATGGAAGCTTTACAACATGAGAAGTTATCCTTCCCATCCAAAGGTCGGCAAGGAGCTGCCTCTGTTTCAGAGCTTCATTCTATGGTTCAAATGCTCTCTCGAGACCAGTTATCCTTAGTAAGAAACAGAGGGGTTATCCAATTGGCACTGGGCTGCTGAAATGGCTCTCCAGGAGCCTCAAAGTTCTCGCTGGGATGCCTTTACAAGTGCAGAGAGAATATTAAGTGTAACATCTGCAGAGACAACTCAAAGTCTTGCCAGTGAGCTTCGTGATTTTATCAACACTAGCACTTCAGTTGAATCTCACAAGCAAGCTAATAAAACTGAGTCCTCTCAGGGCCTTCTAAGTTTCCAGGATGTTTTGCTTCTAACAATTATCGGGTATATCTTGGCTGGTGAAAATTTTCCTACATCGATTGCTGGTGGTCCATTCTCTTGGGAAGACGAGCGGTCTTTGAAAGATATTGTGGTGGACTCTATCCTTGACAGGCCATCATCTGTGAAGCTCAGATTTCTTGTTGGCTTGGAGAATGAGCTTGAAGCTAAAGCTAGACCTAAAGATGGTGACAAAAGTAATGACTCCATCGAAGCTTCTAAGAGTACTGATGATTTTGATGACCAATGGGATAGCTGGGGTGATGATGATGATAATACTGATGATCAGAAGGATGAAGCTTATGGGGACATGCAACTTAAGTTGGAAGTACGAGACAGAGTTGACCAGCTTTTTAAGTTCTTTCACAATTTGTCCAGTATGAGGTTAAGGAACCAAACTCTTGGAGAAGGCCTAGCAGCACTGAGCAGATTTGAGACTGACATATACTCAAGAAAAGGCTTGCTCTATAAGTTGCTATTAGCTGTCTTGGCAAGGTATGACATTCCTGGCCTTGAATATCACTCATCAGCTGTTGGACGTTTATTTAAAAGTGGACTGGGGAGGTTTGGGCTAGGACAGTCTAAACCAAGCTTTGGCGACCAAAGCATTCTCATCGTTTTTGTTGTGGGAGGCATCAATGCCCTTGAGGTCCGGGAAGTCATGAAGGCAATATCAGACAGCAGCAGACCTGATGTGGAGCTTATTCTTGGGGGAACAACCCTTCTTACCCCAGATGACATGTTTGAGTTGATGTTGGGCTCATCCAGCTTTAGTTAGTCTCAAGCTTAATTGTTGAGAAGCTCAGTCCAGTTAACACCAATGCATCTGCCTTGGACATCTTAAGAATGATCCAGATCATTTCTCCGGAAGTTCTTTCTCCAAACGTGGCAGTTCAGATACTGAAACTCTAAAGATTGTATCTTGGTGATGATACCAACAGCAAGCATAGGCAATTCAATTCATAAGCTCTTCAGATTTTTAATCGCAACTGAATGCAGCGATACAGTTCGTCTTTTGTAGGACAGCCATTGAAAACAATGACTTTTGAGAATCATCTTCTGGACATTCATTCATGCTTTGCTCAAAAGCTGGAGTCTACTGCTTTGGATCAGTCACTGTATTTGCAAGTGAAGTCAAATATGAAGTGACCCTGC-TGACTACACAGTAAACACTCAAAACAAGGTGTAATTCTGTCTTAAGTTCTCTTGCTCCTAGAAGTAGCTGCTCTTCCGTTCAGAAGCCATATGTAAATTTAATCTATGTAAATTGTTTGCTGTTGATTCGAAAATCTTTGGTGTTCACTGGTCAGGAGAACTGTCAAATTAGGTACAGCATTGTAACTGAAAGAACATCATTACTCAGTTCAGTGAACTGAAGTGTACATGCACTATGTTGTGACTTGTGAGTAATATCACAACCCCCAAAAAAAGGCAAATAAAATTA-GGAATAGTTT-GTTATGTTCCAGAAAAAAAATAAACATATCA]

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[+] EMBL CB096618             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             CCAGCTTTAGTTAGTCTCAAGCTTAATAGTTGAGAAGCTCAGTCCAGTTAACACCAATGCATCTGCCTTGGACATCTTAAGAATGATCCAGATCATTTCTCCGGAAGTTCTTTCTCCAAACGTGGCAGTTCAGATATTGAAACTCTAAAGATTGTATCTTGGTGATGATACCAACAGCAAGCATAGGCAATTCAATTCATAAGCTCTTCAGATTTTTAATCGCAACTGAATGCAGCGATACAGTTCGTCTTTTGTAGGACAGCCATTGAAAACAATGGCTTTTGATAATCATCTTCTGGACATTCATTCATGCTTTGCTCAAAAGCTGGAGTCTACTGCTTTGGATCAGTCACTGTATTTGCAAGTGAAGTCAAATATGAAGTGACCCTGC TGACTACACAGTAAACACTCAAAACAAGGTGTAATTCTGTCTTAAGT  TCTTGCTCCTAGAAGTAGCTGCTCTTCCGTTCAGAAGCCATAAGTAAATTTAATCTATGTAAATTGTTTGCTGCTGATTCGAAAATCTT   TGTTCACTGGTCAGGAGAACTGTCAAATTAGGTACAGCACTGTAACTGAAAGAACATCATTACTCAGTTCAGTGAACTGAAGTGTACATGCACTATGTTGTGACTTGTGAGTAATATCACAACCCCCAAAATAAGGCAAATAAAATTAGGGAATAGTTTGGTTATGgtt                      ]
[+] EMBL AU082932             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ATCTGCCTTGGACATCTTAAGAATGATCCAGATCATTTCTCCGGAAGTTCTTTCTCCAAACGTGGCAGTTCAGATACTGAAACTCTAAAGATTGTATCTTGGTGATGATACCAACAGCAAGCATAGGCAATTCAATTCATAAGCTCTTCAGATTTTTAATCGCAACTGAATGCAGCGATACAGTTCGTCTTTTGTAGGACAGCCATTGAAAACAATGACTTTTGAGAATCATCTTCTGGACATTCATTCATGCTTTGCTCAAAAGCTGGAGTCTACTGCTTTGGATCAGTCACTGTATTTGCAAGTGAAGTCAAATATGAAGTGACCCTGC TGACTACACAGTAAACACTCAAAACAAGGTGTAATTCTGTCTTAAGTTCTCTTGCTCCTAGAAGTAGCTGCTCTTCCGTTCAGAAGCCATATGTAAATTTAATCTATGTAAATTGTTTGCTGTTGATTCGAAAATCTTTGGTGTTCACTGGTCAGGAGAACTGTCAAATTAGGTACAGCATTGTAACTGAAAGAACATCATTACTCAGTTCAGTGAACTGAAGTGTACATGCACTATGTTGTGACTTGTGAGTAAaaa                                                                          ]
[+] EMBL AU064892             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ATCTGCCTTGGACATCTTAAGAATGATCCAGATCATTTCTCCGGAAGTTCTTTCTCCAAACGTGGCAGTTCAGATACTGAAACTCTAAAGATTGTATCTTGGTGATGATACCAACAGCAAGCATAGGCAATTCAATTCATAAGCTCTTCAGATTTTTAATCGCAACTGAATGCAGCGATACAGTTCGTCTTTTGTAGGACAGCCATTGAAAACAATGACTTTTGAGAATCATCTTCTGGACATTCATTCATGCTTTGCTCAAAAGCTGGAGTCTACTGCTTTGGATCAGTCACTGTATTTGCAAGTGAAGTCAAATATGAAGTGACCCTGCTTGACTACACAGTAAACACTCAAAACAAGGTGTAATTCTGTCTTAAGGTCTCTTGCTCCTGGAAGTAGCTGCTCTTCCG TCAG AGGCNTATGT AATTTA                                                                                                                                                                                                                                       ]
[+] EMBL AU063793             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ATCTGCCTTGGACATCTTAAGAATGATCCAGATCATTTCTCCGGAAGTTCTTTCTCCAAACGTGGCAGTTCAGATACTGAAACTCTAAAGATTGTATCTTGGTGATGATACCAACAGCAAGCATAGGCAATTCAATTCATAAGCTCTTCAGATTTTTAATCGCAACTGAATGCAGCGATACAGTTCGTCTTTTGTAGGACAGCCATTGAAAACAATGACTTTTGAGAATCATCTTCTGGACATTCATTCATGCTTTGCTCAAAAGCTGGAGTCTACTGCTTTGGATCAGTCACTGTATTTGCAAGTGAAGTCAAATATGAAGTGACCCTGC TGACTACACAGTAAACACTCAAAACAAGGTGTAATTCTGTC                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ]


>consensus_7837#0 CTCGTCTCGTCTCCTCCGCCGCCGCGATTCATCCGACACCACCGGCGGCATCTCCGGCGA GCGGCAGCGCCGAACACCCCCAACCCCACCGAGTTCTTTACGGCTGGTGTCTCCCCTCCC ATCCTCGCTACCGCGTCGCCGGCGCACGGGGAGGGTGGGGGCGTGGCGGCGAAGAGATTC CTGGGATCTCAGGGGATAGTGGACTATGGGGTCGGTGGATCTGATCGCCGCCTGCCTCGA CTCCATCCGCCAGATTGGAGATGAGATTGCAGATGCACTAGTGTACCTTGATGCAGGCAC TCTGGAGGCGTTTCAGTTTATTGGAGCTTTCCCCTTGCTTCTTGAGCTTGGTGCTCGTGC AATTTGCAGCTTGGAGAATGCATCTCCGCTTGATGCTGCTGCTGAATGGCACTCAAGTTT TGCACATCCAGCAAGGAAGATAGTAGTGATTACATCACGCCTGCTTAGTGATGCACATCG GTATATTTTGCGCTGCCTGGGAAACCATGGAACTATTTCACATTGTACTGTGTTGACAGC TATTTCCGAGGTTGGTCACTCAGCATATGTTGATTCCCCATTTGGACCAGATGCCTTCCG GGAGTATGAGACATTACTTACTCAGGACCATGAGGAACTTCTGAAGAAGTATGAAAAGTC AGATGAGCACAAAGATACCACTTTTTACACAGGAAAAGATTTCACATCGGATGGTGGTAG ATACTCCAATTGGGAATCTGGGGTGCATTATGGCTCTAATTCTGAATCTAGCCCAACAAA AAAGGATTTGTTTGCTGATGAGTCAAGCCAGCTAGAAACTAAAGGAAAAAGATTATCTGT AACTGTGACTCACTTTCCGATGATTTTCTCTCCTATTTCCTCTAGGACTTTTGTTTTGCC ATCTGAAGGCACAATGGCTGAATCATGTTTATCAAACCATCATGAAGATTCCCTTAGTCC AGGGCTACCTCCCATATCTACTGGTAGATCTTTTGATGGTGATGAGACTCCCCCCGGAGT GACATTGACTGCCCAGTTCCTTTACCATCTGGCCAGTAAGATGGACCTAAAGCTCGATAT ATTTTCACTTGGAGATACATCAAAGGTCATCGGGAAGCTGATGATGGATATGTCAAGTCT ATATGATGTTGGTCGTAATAAGAGATCTGCTGGCCTGCTGATCGTAGATCGTACACTTGA TCTCCTTACTCCTTGTTTCCACGGTGACTCATTTCTTGATAGGATGCTGTCCTCCTTGAC ACGCAAGGAAGGGACTTCATCCTATTTTGTGTCCAAAAATCCACAAACTCCAAGCAAGCA TTCTGAAGCTACTGTTAAACGTATCCCACTAGATATAAAGGTCCCTTTTGAAAAGGTCTT CAGCAAGGAAGAACCTAAGAGTAGGGCCAGTATGTTACCCGAAAGTATCATGTCATTTGT GTCTGGATGGAACTCTGCTGAAGTTGAATCTGAAGTAACCTGGCTACCTGATTACGCGGA TAAAGCTCATGATGACAAACTCAGCAGTCAACATGGTAGTTTAAATGGTTCATTCCTATC CAATTATGCTGGAGTGTGCTACTTGGAATCATTACTCGACAGAGGAGCAAAAGATGGGTT AATGTTGATTAAGAAATGGCTTATGGAAGCTTTACAACATGAGAAGTTATCCTTCCCATC CAAAGGTCGGCAAGGAGCTGCCTCTGTTTCAGAGCTTCATTCTATGGTTCAAATGCTCTC TCGAGACCAGTTATCCTTAGTAAGAAACAGAGGGGTTATCCAATTGGCACTGGGCTGCTG AAATGGCTCTCCAGGAGCCTCAAAGTTCTCGCTGGGATGCCTTTACAAGTGCAGAGAGAA TATTAAGTGTAACATCTGCAGAGACAACTCAAAGTCTTGCCAGTGAGCTTCGTGATTTTA TCAACACTAGCACTTCAGTTGAATCTCACAAGCAAGCTAATAAAACTGAGTCCTCTCAGG GCCTTCTAAGTTTCCAGGATGTTTTGCTTCTAACAATTATCGGGTATATCTTGGCTGGTG AAAATTTTCCTACATCGATTGCTGGTGGTCCATTCTCTTGGGAAGACGAGCGGTCTTTGA AAGATATTGTGGTGGACTCTATCCTTGACAGGCCATCATCTGTGAAGCTCAGATTTCTTG TTGGCTTGGAGAATGAGCTTGAAGCTAAAGCTAGACCTAAAGATGGTGACAAAAGTAATG ACTCCATCGAAGCTTCTAAGAGTACTGATGATTTTGATGACCAATGGGATAGCTGGGGTG ATGATGATGATAATACTGATGATCAGAAGGATGAAGCTTATGGGGACATGCAACTTAAGT TGGAAGTACGAGACAGAGTTGACCAGCTTTTTAAGTTCTTTCACAATTTGTCCAGTATGA GGTTAAGGAACCAAACTCTTGGAGAAGGCCTAGCAGCACTGAGCAGATTTGAGACTGACA TATACTCAAGAAAAGGCTTGCTCTATAAGTTGCTATTAGCTGTCTTGGCAAGGTATGACA TTCCTGGCCTTGAATATCACTCATCAGCTGTTGGACGTTTATTTAAAAGTGGACTGGGGA GGTTTGGGCTAGGACAGTCTAAACCAAGCTTTGGCGACCAAAGCATTCTCATCGTTTTTG TTGTGGGAGGCATCAATGCCCTTGAGGTCCGGGAAGTCATGAAGGCAATATCAGACAGCA GCAGACCTGATGTGGAGCTTATTCTTGGGGGAACAACCCTTCTTACCCCAGATGACATGT TTGAGTTGATGTTGGGCTCATCCAGCTTTAGTTAGTCTCAAGCTTAATTGTTGAGAAGCT CAGTCCAGTTAACACCAATGCATCTGCCTTGGACATCTTAAGAATGATCCAGATCATTTC TCCGGAAGTTCTTTCTCCAAACGTGGCAGTTCAGATACTGAAACTCTAAAGATTGTATCT TGGTGATGATACCAACAGCAAGCATAGGCAATTCAATTCATAAGCTCTTCAGATTTTTAA TCGCAACTGAATGCAGCGATACAGTTCGTCTTTTGTAGGACAGCCATTGAAAACAATGAC TTTTGAGAATCATCTTCTGGACATTCATTCATGCTTTGCTCAAAAGCTGGAGTCTACTGC TTTGGATCAGTCACTGTATTTGCAAGTGAAGTCAAATATGAAGTGACCCTGCTGACTACA CAGTAAACACTCAAAACAAGGTGTAATTCTGTCTTAAGTTCTCTTGCTCCTAGAAGTAGC TGCTCTTCCGTTCAGAAGCCATATGTAAATTTAATCTATGTAAATTGTTTGCTGTTGATT CGAAAATCTTTGGTGTTCACTGGTCAGGAGAACTGTCAAATTAGGTACAGCATTGTAACT GAAAGAACATCATTACTCAGTTCAGTGAACTGAAGTGTACATGCACTATGTTGTGACTTG TGAGTAATATCACAACCCCCAAAAAAAGGCAAATAAAATTAGGAATAGTTTGTTATGTTC CAGAAAAAAAATAAACATATCA



clustalw multiple alignements is not computed in this case


Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)