cluster # 8087

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Oryza sativa
cluster # 8087 cluster # 8087 Sequences # 5 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_8087#0 length = 406 sequences # 3

consensus_8087#1 length = 312 sequences # 2

consensusID : consensus_8087#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 406
fasta sequence

                              [TGNGNACGGTGGGGATAGCGGATTTGGAGGCGGTGCTGGTGTTGGTGGAGGTGCCGGTGGAGGTGTTGGTGGTGGAGGAGGATTTGGTGGTGGTGGCGGCGGAGGCCTTGGTGGTGGTCACGGCGGCGGGTTTGGAGCTGGTGCCGGCGTAGGTGGAGGTGCTGGTGGAGGTGTTGGTGGTGGTGGCGGCTTTGGAGGAGGTGGCGGCGGGGGCTTCTAATCACCTTCACCTAATTAGTATTAATACCTTTCAAAATGTGAAAAAACAAACATTCGATCTTAATTTGGTCCAATTGTCTTTTTG-TTGTTTATGTTCGTGGTGTTCATGCAGCAATAGCACGTGGGAATAAATTTTCAGTGATAACTTGTAAAATGTAGGTTTTCGGCTCCTAGTGTTATNCTAAGT]

[+] EMBL OSC10281             [TGNGNACGGTGGGGATAGCGGATTTGGAGGCGGTGCTGGTGTTGGTGGAGGTGCCGGTGGAGGTGTTGGTGGTGGAGGAGGATTTGGTGGTGGTGGCGGCGGAGGCCTTGGTGGTGGTCACGGCGGCGGGTTTGGAGCTGGTGCCGGCGTAGGTGGAGGTGCTGGTGGAGGTGTTGGTGGTGGTGGCGGCTTTGGAGGAGGTGGCGGCGGGGGCTTCTAATCACCTTCACCTAATTAGTATTAATACCTTTCAAAATGTGAAAAAACAAACATTCGATCTTAATTTGGTCCAATNGTCTTTTTGTTTGTTTATGTTCGTGGTGTTCATGCAGCAATAGCACGTGGGAATAAATTTTCAGTGATAACTTGTAAAATGTAGGTTTTCGGCTCCTAGTGTTATNCTAAGT]
[+] EMBL OS19922A             [                          GAGGCGGTGCTGGTGTTGGTGGAGGTGCCGGTGGAGGTGTTGGTGGTGGAGGAGGATTTGGTGGTGGTGGCGGCGGAGGCCTTGGTGGTGGTCACGGCGGCGGGTTTGGAGCTGGTGCCGGCGTAGGTGGAGGTGCTGGTGGAGGTGTTGGTGGTGGTGGCGGCTTTGGAGGAGGTGGCGGCGGGGGCTTCTAATCACCTTCACCTAATTAGTATTAATACCTTTCAAAATGTGAAAAAACAAACATTCGATCTTAATTTGGTCCAATTGTCTTTTTG TTGTTTATGTTCGTGGTGTTCATGCAGCAATAG                                                                     ]
[+] EMBL D42343               [                                                                                                                                                                                                  GAGGAGGTGGCGGCGGGGGCTTCTAATCACCTTCACCTAATTATGATTAATACCTTTCAAAATGTGAAAAAACAAACATTCGATCTTAATTTGGTCCAATTGTCTTTTTG TTGTTTATGTTCGTGGTGTTCATGCAGCAATAGCACGTGGGAATAA                                                        ]




>consensus_8087#0
TGNGNACGGTGGGGATAGCGGATTTGGAGGCGGTGCTGGTGTTGGTGGAGGTGCCGGTGG
AGGTGTTGGTGGTGGAGGAGGATTTGGTGGTGGTGGCGGCGGAGGCCTTGGTGGTGGTCA
CGGCGGCGGGTTTGGAGCTGGTGCCGGCGTAGGTGGAGGTGCTGGTGGAGGTGTTGGTGG
TGGTGGCGGCTTTGGAGGAGGTGGCGGCGGGGGCTTCTAATCACCTTCACCTAATTAGTA
TTAATACCTTTCAAAATGTGAAAAAACAAACATTCGATCTTAATTTGGTCCAATTGTCTT
TTTGTTGTTTATGTTCGTGGTGTTCATGCAGCAATAGCACGTGGGAATAAATTTTCAGTG
ATAACTTGTAAAATGTAGGTTTTCGGCTCCTAGTGTTATNCTAAGT

consensusID : consensus_8087#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 312
fasta sequence

                              [ACTCATTCGATCNTAAACTTGGACCCAAATGCCTTTTTGATGTTAATGTNCGTGGTGTTCATGCAGCAATAGCACGTGGGAATAANTTTGCAGTGATAACTTGTAANATGTAGGTTGTCGGCTCCTAGTGTTATNCTAGTTTGGTTGTCCGCAATATTGCCACTCCTTTATGTAATATTGGTGAATTGGTGACCTGATTGATGAATATATACGAAATAAATTTCCAAGTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCCTTGTAATGCCG]

[-] EMBL D42742               [ACTCATTCGATCNTAAACTTGGACCCAAATGCCTTTTTGATGTTAATGTNCGTGGTGTTCATGCAGCAATAGCACGTGGGAATAANTTTGCAGTGATAACTTGTAANATGTAGGTTGTCGGCTCCTAGTGTTATNCTAGTTTGGTTGTCCGCAATATTGCCACTCCTTTATGTAATATTGGTGAATTGGTGACCTGATTGATGAATATAT                                                                                                      ]
[+] EMBL CF316211             [                                                                                                                                              GGTTGTCCGCAATATTGCCACTCCTTTATGTAATATTGGTGAATTGGTGACCTGATTGATGAATATATACGAAATAAATTTCCAAGTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCCTTGTAATGCCG]




>consensus_8087#1
ACTCATTCGATCNTAAACTTGGACCCAAATGCCTTTTTGATGTTAATGTNCGTGGTGTTC
ATGCAGCAATAGCACGTGGGAATAANTTTGCAGTGATAACTTGTAANATGTAGGTTGTCG
GCTCCTAGTGTTATNCTAGTTTGGTTGTCCGCAATATTGCCACTCCTTTATGTAATATTG
GTGAATTGGTGACCTGATTGATGAATATATACGAAATAAATTTCCAAGTTTAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACC
CTTGTAATGCCG

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_8087#0      -TGNGNACGGTGGGGATAGCGGATTTGGAGGCGGTGCTGGTGTTGGTGGAGGTGCCGGTG 59
consensus_8087#1      ACTCATTCGATCNTAAACTTGGACCCAAATGCCTTTTTGATGTTAATGTNCGTGGTGTTC 60
                             ** *    *    ***     * **  *  ** ****  **   ***  * * 

consensus_8087#0      GAG--GTGTTGGTGGTGGAGGAGGATTTGGTGGTGGTGGCGGCGGAGGCCTTGGTGGT-G 116
consensus_8087#1      ATGCAGCAATAGCACGTGGGAATAANTTTGCAGTGATAACTTGTAANATGTAGGTTGTCG 120
                        *  *   * *     * * *  * ** *  *** *  *     *    * *** ** *

consensus_8087#0      GTCACGGCGGCGGGTTTGGAGCTGGTGCCGGCGTAGGTGGAGGTGCTGGTGGAGGTGTTG 176
consensus_8087#1      GCTCCTAGTGTTATNCTAGTTTGGTTGTCCGCAATATTGCCACTCCTTTATGTAATATTG 180
                      *   *    *      * *    * ** * **     **    * **    *   * ***

consensus_8087#0      GTGG--TGGTGGCGGCTTTGGAGGAGGTG-GCGGCGGGGGCTTCTAATCACCTTCACCTA 233
consensus_8087#1      GTGAATTGGTGACCTGATTGATGAATATATACGAAATAAATTTCCAA--GTTTAAAAAAA 238
                      ***   ***** *    ***  * *  *   **        *** **     *  *   *

consensus_8087#0      ATTAGTATTAATACCTTTCAAAATGTGAAAAAACAAACATTCGATCTTAATTTGGTCCAA 293
consensus_8087#1      AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 298
                      *  *  *  ** *      ****    ****** *** *    *    **        **

consensus_8087#0      TTGTCTTTTTGTTGTTTATGTTCGTGGTGTTCATGCAGCAATAGCACGTGGGAATAAATT 353
consensus_8087#1      CCCTTGTAATGCCG---------------------------------------------- 312
                         *  *  **  *                                              

consensus_8087#0      TTCAGTGATAACTTGTAAAATGTAGGTTTTCGGCTCCTAGTGTTATNCTAAGT 406
consensus_8087#1      -----------------------------------------------------