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These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Oryza sativa see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_8195#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 4 consensus length = 678 fasta sequence
[CGCGAACGCGTGGGCGCGCGCCCCGCGTCGTCGNC-GGGCANCCGCTCCGCCTCCTCGGGATGGAGTTCGAGGACGGGCACCGTCCTCGCCGCGCTCACCGGGGTCACCGTCATCGCGCTGCTCTTCACCAACGTCGGCTGGAACGTCATCGGCTCGGTCATGATCGGCGCCGCCCTCGTCGCCGCGCACGCCACGCTCCGCTCCACCGACGACCTCTTCTTGACCGAGCAGGAGGCCGCCGGCGACGGCCTGGTGGCCGCCGGCATGAGCGCCGCCGGACCAATCTTGCCCACCTACGTTCGCATCGCTTGATCTACTCG-GCTTGGTATGATGATATCCCCCCAAGATGCATCAATCTCTTTATCCAACACTCGTAGCTAATTGATGTTCTTGCCTTGCAAATTAGCTATGAATGATTGTGTGTGTCTCCTGGCTGGAATTTATACTGTGTAATTATCAAACCTAGCAGTTGATTTGATCTTTGATGATATATATGGTACGGTGTTTGTTGATTCTTTTGTTAGCGTGTACAAATACTAGCTTTGCGTGTGATCATACTATGAACATATTGAGTCGCAACTGAATTGAGTAAAAAAATATGGTGGTGGTGTTAATTTGCNAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA]
[+] EMBL AU083462 [CGCGAACGCGTGGGCGCGCGCCCCGCGTCGTCGNC GGGCANCCGCTCCGCCTCCTCGGGATGGAGTTCGAGGACGGGCACCGTCCTCGCCGCGCTCACCGGGGTCACCGTCATCGCGCTGCTCTTCACCAACGTCGGCTGGAACGTCATCGGCTCGGTCATGATCGGCGCCGCCCTCGTCGCCGCGCACGCCACGCTCCGCTCCACCGACGACCTCTTCTTGACCGAGCAGGAGGCCGCCGGCGACGGCCTGGTGGCCGCCGGCATGAGCGCCGCCGGACCAATCTTGCCCACCTACGTTCGCATCGCTTGATCTACTCG GCTTGGTATGATGATATCCCCCCAAGATGCATCAATCTCTTTATCCAACACTCGTAGCTAATTGATGTTCTTGCCTTGCAAATTAGCTATGAATGATTGTGTGTGTCTCCTGGCTGGAATTTATACTGTGTAATTATCAAACCTAGCAGTTGATTTGATCTTTGATGATATATATGGTACGGTGTTTGTTGATTCTTTTGTTAGCGTGTACAAATACTAGCTTTGCGTGTGATCATACTATGAACATATTGAGTCGCAACTGAATTGAGTAAAAAAA ]
[+] EMBL OSC716 [ CCGCGTCGTCGGCGGGGCAGCCGNTCCGCCTCCTCGGGATGGAGTTCGAGGAC GGCACCNTNCTCGCCGCGCTCACCGGGGTCACCGTCATCGCGCTGCTCTTCACCAACGTCGGCTGGAACGTCATCGGCTCGGTCATGATCGGCGCCGCCCTCGTCGCCGCGCACGGCACGCTCCGNTCCACCGACGACCTTTTCTTGACCGAGCAGGAGGCCGCCGGCGACGG CTGGTGGCCGCCGGCATGAGCGCCGACGGACCAATCTTGCCCACCTACGTTCGCATCGCTTGATCTACTTGNGTTTGGTATGA ]
[+] EMBL CA757665 [ GCCTGGTGGCCGCGGGCATGAGCGCCGCCGGACCAATCTTGCCCACCTACGTTCGCATCGCTTGATCTACTCG GCTTGGTATGATGATATCCCCCCAAGATGCATCAATCTCTTTATCCAACACTCGTAGCTAATTGATGTTCTTGCCTTGCAAATTAGCTATGAGTGATTATGTAGGTCTCCTGGCTGGAATTTATACTGTGTAATTATCAAACCTAGCAGTTGATTTGATCTTTGATGATATAaaaaaaa ]
[+] EMBL CA756226 [ CTTGCCTTGCAAATTAGCTATGAATGATTGTGTGTGTCTCCTGGCTGGAATTTATACTGTGTAATTATCAAACCTAGCAGTTGATTTGATCTTTGATGATATATATGGTACGGTGTTTGTTGATTCTTTTGTTAGCGTGTACAAATACTAGCTTTGCGTGTGATCATACTATGAACATATTGAGTCGCAACTGAATTGAGTAAATTAGTATGGTGGTGGTGTTAATTTGCNAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA]
consensusID : consensus_8195#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 362 fasta sequence
[TCGGCTCGTCTATGTATCGGCCCGCCCTCGTCCCGCGCACGCCACGCTCCGCTCCACCGACGACCTCTTCTTGACCGACCAGGAGCCGCCGGCGACGGCCTGGTGCCCCGGCATGAGCCCCCGGACCATCTTGCCCACCTACGTTCGCATCGCTTGATCTACTCGGCTTGGTATGATGATATCCCCCCAGATGCATCATCTCTTTATCCACACTCGTAGCTAATTGATGTTCTTCCTTCAATTAGCTATGAATGATTATGTGTGTCTCCTGGCTGGAATTTATACTGTGTAATTATCAACCTACCGTTGATTGGATCTTTGATGATATATATGGTACGGTGTTTGTTGATCCAAAAAAAAAA]
[+] EMBL BI797883 [TCGGCTCGTCTATGTATCGGCCCGCCCTCGTCCCGCGCACGCCACGCTCCGCTCCACCGACGACCTCTTCTTGACCGACCAGGAGCCGCCGGCGACGGCCTGGTGCCCCGGCATGAGCCCCCGGACCATCTTGCCCACCTACGTTCGCATCGCTTGATCTACTCGGCTTGGTATGATGATATCCCCCCAGATGCATCATCTCTTTATCCACACTCGTAGCTAATTGATGTTCTTCCTTCAATTAGCTATGAATGATTATGTGTGTCTCCTGGCTGGAATTTATACTGTGTAATTATCAACCTACCGTTGATTGGATCTTTGATGATATATATGGTACGGTGTTTGTTGATCCAAAAAAAAAA]
consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment
consensus_8195#0 CGCGAACGCGTGGGCGCGCGCCCCGCGTCGTCGNCGGGCANCCGCTCCGCCTCCTCGGGA 60
consensus_8195#1 ------------------------------------------------------------
consensus_8195#0 TGGAGTTCGAGGACGGGCACCGTCCTCGCCGCGCTCACCGGGGTCACCGTCATCGCGCTG 120
consensus_8195#1 ------------------------------------------------------------
consensus_8195#0 CTCTTCACCAACGTCGGCTGGAACGTCATCGGCTCGGTCATG-ATCGGCGCCGCCCTCGT 179
consensus_8195#1 ----------------------------TCGGCTCGTCTATGTATCGGC-CCGCCCTCGT 31
******** *** ****** **********
consensus_8195#0 CGCCGCGCACGCCACGCTCCGCTCCACCGACGACCTCTTCTTGACCGAGCAGGAGGCCGC 239
consensus_8195#1 C-CCGCGCACGCCACGCTCCGCTCCACCGACGACCTCTTCTTGACCGACCAGGAG-CCGC 89
* ********************************************** ****** ****
consensus_8195#0 CGGCGACGGCCTGGTGGCCGCCGGCATGAGCGCCGCCGGACCAATCTTGCCCACCTACGT 299
consensus_8195#1 CGGCGACGGCCTGGTGCC--CCGGCATGAGCCCC--CGGACCA-TCTTGCCCACCTACGT 144
**************** * *********** ** ******* ****************
consensus_8195#0 TCGCATCGCTTGATCTACTCGGCTTGGTATGATGATATCCCCCCAAGATGCATCAATCTC 359
consensus_8195#1 TCGCATCGCTTGATCTACTCGGCTTGGTATGATGATATCCCCCCA-GATGCATCA-TCTC 202
********************************************* ********* ****
consensus_8195#0 TTTATCCAACACTCGTAGCTAATTGATGTTCTTGCCTTGCAAATTAGCTATGAATGATTG 419
consensus_8195#1 TTTATCCA-CACTCGTAGCTAATTGATGTTCTTCCTTC---AATTAGCTATGAATGATTA 258
******** ************************ * * ******************
consensus_8195#0 TGTGTGTCTCCTGGCTGGAATTTATACTGTGTAATTATCAAACCTAGCAGTTGATTTGAT 479
consensus_8195#1 TGTGTGTCTCCTGGCTGGAATTTATACTGTGTAATTATCAA-CCTACC-GTTGATTGGAT 316
***************************************** **** * ******* ***
consensus_8195#0 CTTTGATGATATATATGGTACGGTGTTTGTTGATTCTTTTGTTAGCGTGTACAAATACTA 539
consensus_8195#1 CTTTGATGATATATATGGTACGGTGTTTGTTGATCCAAAAAAAAAA-------------- 362
********************************** * *
consensus_8195#0 GCTTTGCGTGTGATCATACTATGAACATATTGAGTCGCAACTGAATTGAGTAAAAAAATA 599
consensus_8195#1 ------------------------------------------------------------
consensus_8195#0 TGGTGGTGGTGTTAATTTGCNAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 659
consensus_8195#1 ------------------------------------------------------------
consensus_8195#0 AAAAAAAAAAAAAAAAAAA 678
consensus_8195#1 -------------------
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| Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||