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Oryza sativa
cluster # 8195 cluster # 8195       Sequences # 5       consensus # 2


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_8195#0 length = 678 sequences # 4  
consensus_8195#1 length = 362 sequences # 1  

consensusID : consensus_8195#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 4
consensus length = 678
fasta sequence
                              [CGCGAACGCGTGGGCGCGCGCCCCGCGTCGTCGNC-GGGCANCCGCTCCGCCTCCTCGGGATGGAGTTCGAGGACGGGCACCGTCCTCGCCGCGCTCACCGGGGTCACCGTCATCGCGCTGCTCTTCACCAACGTCGGCTGGAACGTCATCGGCTCGGTCATGATCGGCGCCGCCCTCGTCGCCGCGCACGCCACGCTCCGCTCCACCGACGACCTCTTCTTGACCGAGCAGGAGGCCGCCGGCGACGGCCTGGTGGCCGCCGGCATGAGCGCCGCCGGACCAATCTTGCCCACCTACGTTCGCATCGCTTGATCTACTCG-GCTTGGTATGATGATATCCCCCCAAGATGCATCAATCTCTTTATCCAACACTCGTAGCTAATTGATGTTCTTGCCTTGCAAATTAGCTATGAATGATTGTGTGTGTCTCCTGGCTGGAATTTATACTGTGTAATTATCAAACCTAGCAGTTGATTTGATCTTTGATGATATATATGGTACGGTGTTTGTTGATTCTTTTGTTAGCGTGTACAAATACTAGCTTTGCGTGTGATCATACTATGAACATATTGAGTCGCAACTGAATTGAGTAAAAAAATATGGTGGTGGTGTTAATTTGCNAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA]

[+] EMBL AU083462             [CGCGAACGCGTGGGCGCGCGCCCCGCGTCGTCGNC GGGCANCCGCTCCGCCTCCTCGGGATGGAGTTCGAGGACGGGCACCGTCCTCGCCGCGCTCACCGGGGTCACCGTCATCGCGCTGCTCTTCACCAACGTCGGCTGGAACGTCATCGGCTCGGTCATGATCGGCGCCGCCCTCGTCGCCGCGCACGCCACGCTCCGCTCCACCGACGACCTCTTCTTGACCGAGCAGGAGGCCGCCGGCGACGGCCTGGTGGCCGCCGGCATGAGCGCCGCCGGACCAATCTTGCCCACCTACGTTCGCATCGCTTGATCTACTCG GCTTGGTATGATGATATCCCCCCAAGATGCATCAATCTCTTTATCCAACACTCGTAGCTAATTGATGTTCTTGCCTTGCAAATTAGCTATGAATGATTGTGTGTGTCTCCTGGCTGGAATTTATACTGTGTAATTATCAAACCTAGCAGTTGATTTGATCTTTGATGATATATATGGTACGGTGTTTGTTGATTCTTTTGTTAGCGTGTACAAATACTAGCTTTGCGTGTGATCATACTATGAACATATTGAGTCGCAACTGAATTGAGTAAAAAAA                                                                                 ]
[+] EMBL OSC716               [                      CCGCGTCGTCGGCGGGGCAGCCGNTCCGCCTCCTCGGGATGGAGTTCGAGGAC GGCACCNTNCTCGCCGCGCTCACCGGGGTCACCGTCATCGCGCTGCTCTTCACCAACGTCGGCTGGAACGTCATCGGCTCGGTCATGATCGGCGCCGCCCTCGTCGCCGCGCACGGCACGCTCCGNTCCACCGACGACCTTTTCTTGACCGAGCAGGAGGCCGCCGGCGACGG CTGGTGGCCGCCGGCATGAGCGCCGACGGACCAATCTTGCCCACCTACGTTCGCATCGCTTGATCTACTTGNGTTTGGTATGA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ]
[+] EMBL CA757665             [                                                                                                                                                                                                                                                        GCCTGGTGGCCGCGGGCATGAGCGCCGCCGGACCAATCTTGCCCACCTACGTTCGCATCGCTTGATCTACTCG GCTTGGTATGATGATATCCCCCCAAGATGCATCAATCTCTTTATCCAACACTCGTAGCTAATTGATGTTCTTGCCTTGCAAATTAGCTATGAGTGATTATGTAGGTCTCCTGGCTGGAATTTATACTGTGTAATTATCAAACCTAGCAGTTGATTTGATCTTTGATGATATAaaaaaaa                                                                                                                                                                                   ]
[+] EMBL CA756226             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       CTTGCCTTGCAAATTAGCTATGAATGATTGTGTGTGTCTCCTGGCTGGAATTTATACTGTGTAATTATCAAACCTAGCAGTTGATTTGATCTTTGATGATATATATGGTACGGTGTTTGTTGATTCTTTTGTTAGCGTGTACAAATACTAGCTTTGCGTGTGATCATACTATGAACATATTGAGTCGCAACTGAATTGAGTAAATTAGTATGGTGGTGGTGTTAATTTGCNAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA]


>consensus_8195#0 CGCGAACGCGTGGGCGCGCGCCCCGCGTCGTCGNCGGGCANCCGCTCCGCCTCCTCGGGA TGGAGTTCGAGGACGGGCACCGTCCTCGCCGCGCTCACCGGGGTCACCGTCATCGCGCTG CTCTTCACCAACGTCGGCTGGAACGTCATCGGCTCGGTCATGATCGGCGCCGCCCTCGTC GCCGCGCACGCCACGCTCCGCTCCACCGACGACCTCTTCTTGACCGAGCAGGAGGCCGCC GGCGACGGCCTGGTGGCCGCCGGCATGAGCGCCGCCGGACCAATCTTGCCCACCTACGTT CGCATCGCTTGATCTACTCGGCTTGGTATGATGATATCCCCCCAAGATGCATCAATCTCT TTATCCAACACTCGTAGCTAATTGATGTTCTTGCCTTGCAAATTAGCTATGAATGATTGT GTGTGTCTCCTGGCTGGAATTTATACTGTGTAATTATCAAACCTAGCAGTTGATTTGATC TTTGATGATATATATGGTACGGTGTTTGTTGATTCTTTTGTTAGCGTGTACAAATACTAG CTTTGCGTGTGATCATACTATGAACATATTGAGTCGCAACTGAATTGAGTAAAAAAATAT GGTGGTGGTGTTAATTTGCNAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA AAAAAAAAAAAAAAAAAA



consensusID : consensus_8195#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 362
fasta sequence
                              [TCGGCTCGTCTATGTATCGGCCCGCCCTCGTCCCGCGCACGCCACGCTCCGCTCCACCGACGACCTCTTCTTGACCGACCAGGAGCCGCCGGCGACGGCCTGGTGCCCCGGCATGAGCCCCCGGACCATCTTGCCCACCTACGTTCGCATCGCTTGATCTACTCGGCTTGGTATGATGATATCCCCCCAGATGCATCATCTCTTTATCCACACTCGTAGCTAATTGATGTTCTTCCTTCAATTAGCTATGAATGATTATGTGTGTCTCCTGGCTGGAATTTATACTGTGTAATTATCAACCTACCGTTGATTGGATCTTTGATGATATATATGGTACGGTGTTTGTTGATCCAAAAAAAAAA]

[+] EMBL BI797883             [TCGGCTCGTCTATGTATCGGCCCGCCCTCGTCCCGCGCACGCCACGCTCCGCTCCACCGACGACCTCTTCTTGACCGACCAGGAGCCGCCGGCGACGGCCTGGTGCCCCGGCATGAGCCCCCGGACCATCTTGCCCACCTACGTTCGCATCGCTTGATCTACTCGGCTTGGTATGATGATATCCCCCCAGATGCATCATCTCTTTATCCACACTCGTAGCTAATTGATGTTCTTCCTTCAATTAGCTATGAATGATTATGTGTGTCTCCTGGCTGGAATTTATACTGTGTAATTATCAACCTACCGTTGATTGGATCTTTGATGATATATATGGTACGGTGTTTGTTGATCCAAAAAAAAAA]


>consensus_8195#1 TCGGCTCGTCTATGTATCGGCCCGCCCTCGTCCCGCGCACGCCACGCTCCGCTCCACCGA CGACCTCTTCTTGACCGACCAGGAGCCGCCGGCGACGGCCTGGTGCCCCGGCATGAGCCC CCGGACCATCTTGCCCACCTACGTTCGCATCGCTTGATCTACTCGGCTTGGTATGATGAT ATCCCCCCAGATGCATCATCTCTTTATCCACACTCGTAGCTAATTGATGTTCTTCCTTCA ATTAGCTATGAATGATTATGTGTGTCTCCTGGCTGGAATTTATACTGTGTAATTATCAAC CTACCGTTGATTGGATCTTTGATGATATATATGGTACGGTGTTTGTTGATCCAAAAAAAA AA



consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_8195#0      CGCGAACGCGTGGGCGCGCGCCCCGCGTCGTCGNCGGGCANCCGCTCCGCCTCCTCGGGA 60
consensus_8195#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8195#0      TGGAGTTCGAGGACGGGCACCGTCCTCGCCGCGCTCACCGGGGTCACCGTCATCGCGCTG 120
consensus_8195#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8195#0      CTCTTCACCAACGTCGGCTGGAACGTCATCGGCTCGGTCATG-ATCGGCGCCGCCCTCGT 179
consensus_8195#1      ----------------------------TCGGCTCGTCTATGTATCGGC-CCGCCCTCGT 31
                                                  ********   *** ****** **********

consensus_8195#0      CGCCGCGCACGCCACGCTCCGCTCCACCGACGACCTCTTCTTGACCGAGCAGGAGGCCGC 239
consensus_8195#1      C-CCGCGCACGCCACGCTCCGCTCCACCGACGACCTCTTCTTGACCGACCAGGAG-CCGC 89
                      * ********************************************** ****** ****

consensus_8195#0      CGGCGACGGCCTGGTGGCCGCCGGCATGAGCGCCGCCGGACCAATCTTGCCCACCTACGT 299
consensus_8195#1      CGGCGACGGCCTGGTGCC--CCGGCATGAGCCCC--CGGACCA-TCTTGCCCACCTACGT 144
                      **************** *  *********** **  ******* ****************

consensus_8195#0      TCGCATCGCTTGATCTACTCGGCTTGGTATGATGATATCCCCCCAAGATGCATCAATCTC 359
consensus_8195#1      TCGCATCGCTTGATCTACTCGGCTTGGTATGATGATATCCCCCCA-GATGCATCA-TCTC 202
                      ********************************************* ********* ****

consensus_8195#0      TTTATCCAACACTCGTAGCTAATTGATGTTCTTGCCTTGCAAATTAGCTATGAATGATTG 419
consensus_8195#1      TTTATCCA-CACTCGTAGCTAATTGATGTTCTTCCTTC---AATTAGCTATGAATGATTA 258
                      ******** ************************ * *    ****************** 

consensus_8195#0      TGTGTGTCTCCTGGCTGGAATTTATACTGTGTAATTATCAAACCTAGCAGTTGATTTGAT 479
consensus_8195#1      TGTGTGTCTCCTGGCTGGAATTTATACTGTGTAATTATCAA-CCTACC-GTTGATTGGAT 316
                      ***************************************** **** * ******* ***

consensus_8195#0      CTTTGATGATATATATGGTACGGTGTTTGTTGATTCTTTTGTTAGCGTGTACAAATACTA 539
consensus_8195#1      CTTTGATGATATATATGGTACGGTGTTTGTTGATCCAAAAAAAAAA-------------- 362
                      ********************************** *       *                

consensus_8195#0      GCTTTGCGTGTGATCATACTATGAACATATTGAGTCGCAACTGAATTGAGTAAAAAAATA 599
consensus_8195#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8195#0      TGGTGGTGGTGTTAATTTGCNAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 659
consensus_8195#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8195#0      AAAAAAAAAAAAAAAAAAA 678
consensus_8195#1      -------------------
                                         




Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)