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Oryza sativa
cluster # 8200 cluster # 8200       Sequences # 5       consensus # 1


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_8200#0 length = 1097 sequences # 5  

consensusID : consensus_8200#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 5
consensus length = 1097
fasta sequence
                              [AAACCTAAAGAATCACCAGCCTTGCAAACCAATCAACCTGTCTAGATTAATTTTTGCATGCTCTCTGGAATGGAGAAACAACCTGCAATGCTTCTCGTTCTTGTGACACTCTGCGCCTTCGCATGCAAGCGATCCGTCGCACAGTCTGCCTTTGCCACGTTCTACGGTGGCAAGGACGGGTCGGGCACCATGGGTGGCGCGTGTGGGTACGGTAACCTGTACAACGCCGGGTACGGGCTGTACAACGCGGCGCTGAGCTCGGCGCTGTTCAACGACGGCGCCATGTGCGGCGCGTGCTACACCATCACCTGCGACACCAGCC-AGACCAAGTGGTGCAAGCCCGGCGGCAACTCCATCACCATC-AC-GGCCACCAACTTATGCCCGCCTAACTGGGCGCTGCCCAGCAACAGCGGCGGGTGGTGCAACCCACCGCGGCAGCACTTCGACATGTCACAGCCGGCCTGGGAGAACATCGCCGTCTATCAAGCCGGCATTGTCCCCGTCAACTACAAGAGGGTTCCGTGCCAGAGGAGCGGGGGGATCCGGTTCGCGATCAGCGGTCACGACTACTTTGAGCTTGTGACCGTGACGAACGTGGGCGGCAGCGGCGTGGTGGCGCAGATGTCGATCAAGGGGTCCAACACGGGCTGGATGGCGATGAGCAGGAATTGGGGCGCCAATTGGCAGAGCAACGCGTACCTCGCCGGGCAGAGCCTGTCCTTCATTGTGCAGCTCGACGACGGCCGAAAGGTCACGGCCTGGAACGTCGCCCCGTCCAACTGGTTCTTCGGTGCCACCTACTCTACCTCTTGGGTGCAGTTCTGAAGTACTGCAACGTACGTACAGGTTTAGTTGATAAATTATACACATGCTGTTCATGGACATAATTAATTAATTACTAGCCATCCCGGCCGTTTGTGCATGTTCTGCTAGGTTGTGTGTTGCGTGGCATTAACTTGTTTTTCTCTGTTACCAGTCG-TTTTGTCAAACGCGTTGGTTGTGGCAAGCGCGATTGAATGTTTTGCCCACCAATTAATGTAACTGATCGTATGGGTGTTGAGTTAATAAATTATGTTTAATTATGCGGATGCCAAAAA]

[+] EMBL AK060313             [AAACCTAAAGAATCACCAGCCTTGCAAACCAATCAACCTGTCTAGATTAATTTTTGCATGCTCTCTGGAATGGAGAAACAACCTGCAATGCTTCTCGTTCTTGTGACACTCTGCGCCTTCGCATGCAAGCGATCCGTCGCACAGTCTGCCTTTGCCACGTTCTACGGTGGCAAGGACGGGTCGGGCACCATGGGTGGCGCGTGTGGGTACGGTAACCTGTACAACGCCGGGTACGGGCTGTACAACGCGGCGCTGAGCTCGGCGCTGTTCAACGACGGCGCCATGTGCGGCGCGTGCTACACCATCACCTGCGACACCAGCC AGACCAAGTGGTGCAAGCCCGGCGGCAACTCCATCACCATC AC GGCCACCAACTTATGCCCGCCTAACTGGGCGCTGCCCAGCAACAGCGGCGGGTGGTGCAACCCACCGCGGCAGCACTTCGACATGTCACAGCCGGCCTGGGAGAACATCGCCGTCTATCAAGCCGGCATTGTCCCCGTCAACTACAAGAGGGTTCCGTGCCAGAGGAGCGGGGGGATCCGGTTCGCGATCAGCGGTCACGACTACTTTGAGCTTGTGACCGTGACGAACGTGGGCGGCAGCGGCGTGGTGGCGCAGATGTCGATCAAGGGGTCCAACACGGGCTGGATGGCGATGAGCAGGAATTGGGGCGCCAATTGGCAGAGCAACGCGTACCTCGCCGGGCAGAGCCTGTCCTTCATTGTGCAGCTCGACGACGGCCGAAAGGTCACGGCCTGGAACGTCGCCCCGTCCAACTGGTTCTTCGGTGCCACCTACTCTACCTCTTGGGTGCAGTTCTGAAGTACTGCAACGTACGTACAGGTTTAGTTGATAAATTATACACATGCTGTTCATGGACATAATTAATTAATTACTAGCCATCCCGGCCGTTTGTGCATGTTCTGCTAGGTTGTGTGTTGCGTGGCATTAACTTGTTTTTCTCTGTTACCAGTCG TTTTGTCAAACGCGTTGGTTGTGGCAAGCGCGATTGAATGTTTTGCCCACCAATTAATGTAACTGATCGTATGGGTGTTGAGTTAATAAATTATGTTTAATTA               ]
[+] EMBL OS30479              [                CAGCCTTGCAAACCAATCAACCTGTCTAGATTAATTTTTGCATGCTCTCTGGAATGGAGAAACAACCTGCAATGCTTCTCGTTCTTGTGACACTCTGCGCCTTCGCATGCAAGCNATCCGTCGCACAGTCTGCCTTTGCCACGTTCTACGGTGGCAAGGACGGGTCGTGCACCATGGGTGGCGCGTGTGGGTACGGTAACCTGTACAACGCCGGGTACGGGCTGTACAACGCGGCGCTGAGCTCGGCGCTGTTCAACGACGGCGCCATGTGCGGCGCGTGCTACACCATCACCTGCGACACCAGCC AGACCAAGTGGTGCAAGCCCGGCGGCAACTCCATCACCATC AC GGCCACCAACTTATGCCCGCCTAACTGGGCGCTGCCCAGCAACAGCGGCGGGTGGTGCAACCCACCGCTGCAGCACTTCGACATGTCACAGCCGGCCTGGGAGAACATCGCCGTCTATCAAGCCGGCATTGTCCCCGTCAACTACAAGAGGGTTCCGTGCCAGAGGAGCGGGGGGATCCGGTTCGCGATCAGCGGTCACGACTACTTTGAGCTTGTGACCGTGACGAACGTGGGCGGCAGCGGCGTGGTGGCGCAGATGTCGATCAAGGGGTCCAACACGGGCTGGATGGCGATGAGCAGGAATTGGGGCGCCAATTGGCAGAGCAACGCGTACCTCGCCGGGCAGAGCCTGTCCTTCATTGTGCAGCTCGACGACGGCCGCAAGGTCACGGCCTGGAACGTCGCCCCGTCCAACTGGTTCTTCGGTGCCACCTACTCTACCTCTTGGGTGCAGTTCTGAAGTACTGCAACGTACGTACAGGTTTAGTTGATAAATTATACACATGCTGTTCATGGACATAATTAATTAATTACTAGCCATCCCGGCCGTTTGTGCATGTTCTGCTAGGTTGTGTGTTGCGTGGCATTAACTTGTTTTTCTCTGTTACCAGTCGTTTTTGTCAAACGCGTTGGTTGTGGCAAGCGCGATTGAATGTTTTGCCCACCAATTAATGTAACTGATCGTATGGGTGTTGAGTTAATAAATTATGTTTAATTA               ]
[+] EMBL OSR04481A            [                CAGCCTTGCAAACCAATCAACCTGTCTAGATTAATTTTTGCATGCTCTCTGGAATGGAGAAACAACCTGCAATGCTTCTCGTTCTTGTGACACTCTGCGCCTTCGCATGCAAGCGATCCGTCGCACAGTCTGNCTTTGCCACGTTCTACGGTGGCAAGGACGGGTCGGGCACCATGGGTGGCGCGTGTGGGTACGGTAACCTGTACAACGCCGGGTACGGGCTGTACAACGCGGCGCTGAGCTCGGCGCTGTTCAACGACGGCGCCATGTGCGGCGCGTGCTACACCATCACCTGCGACACCAGCCAAGACCAAGTGGTGCAAGCCCGGCGGCAACTCCATCACCATCAACGGGCCACCAAC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ]
[+] EMBL CA753464             [                CAGCCTTGCAAACCAATCAACCTGTCTAGATTAATTTTTGCATGCTCTCTGGAATGGAGAAACAACCTGCAATGCTTCTCGTTCTTGTGACACTCTGCGCCTTCGCATGCAAGCGATCCGTCGCACAGTCTGCCTTTGCCACGTTCTACGGTGGCAAGGACGGGTCGGGCACCATGGGTGGCGCGTGTGGGTACGGTAACCTGTACAACGCCGGGTACGGGCTGTACAACGCGGCGCTGAGCTCGGCGCTGTTCAACGACGGCGCCATGTGCGGCGCGTGCTACACCATCACCTGCGACACCAGC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ]
[+] EMBL AU031673             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tnCAGTTCTGAAGTACTGCAACGTACGTACAGGTTTAGTTGATAAATTATACACATGCTGTTCATGGACATAATTAATTAATTACTAGCCATCCCGGCCGTTTGTGCATGTTCTGCTAGGTTGTGTGTTGCGTGGCATTAACTTGTTTTTCTCTGTTACCAGTCG TTTTGTCAAACGCGTTGGTTGTGGCAAGCGCGATTGAATGTTTTGCCCACCAATTAATGTAACTGATCGTATGGGTGTTGAGTTAATAAATTATGTTTAATTATGCGGATGCCAAAAA]


>consensus_8200#0 AAACCTAAAGAATCACCAGCCTTGCAAACCAATCAACCTGTCTAGATTAATTTTTGCATG CTCTCTGGAATGGAGAAACAACCTGCAATGCTTCTCGTTCTTGTGACACTCTGCGCCTTC GCATGCAAGCGATCCGTCGCACAGTCTGCCTTTGCCACGTTCTACGGTGGCAAGGACGGG TCGGGCACCATGGGTGGCGCGTGTGGGTACGGTAACCTGTACAACGCCGGGTACGGGCTG TACAACGCGGCGCTGAGCTCGGCGCTGTTCAACGACGGCGCCATGTGCGGCGCGTGCTAC ACCATCACCTGCGACACCAGCCAGACCAAGTGGTGCAAGCCCGGCGGCAACTCCATCACC ATCACGGCCACCAACTTATGCCCGCCTAACTGGGCGCTGCCCAGCAACAGCGGCGGGTGG TGCAACCCACCGCGGCAGCACTTCGACATGTCACAGCCGGCCTGGGAGAACATCGCCGTC TATCAAGCCGGCATTGTCCCCGTCAACTACAAGAGGGTTCCGTGCCAGAGGAGCGGGGGG ATCCGGTTCGCGATCAGCGGTCACGACTACTTTGAGCTTGTGACCGTGACGAACGTGGGC GGCAGCGGCGTGGTGGCGCAGATGTCGATCAAGGGGTCCAACACGGGCTGGATGGCGATG AGCAGGAATTGGGGCGCCAATTGGCAGAGCAACGCGTACCTCGCCGGGCAGAGCCTGTCC TTCATTGTGCAGCTCGACGACGGCCGAAAGGTCACGGCCTGGAACGTCGCCCCGTCCAAC TGGTTCTTCGGTGCCACCTACTCTACCTCTTGGGTGCAGTTCTGAAGTACTGCAACGTAC GTACAGGTTTAGTTGATAAATTATACACATGCTGTTCATGGACATAATTAATTAATTACT AGCCATCCCGGCCGTTTGTGCATGTTCTGCTAGGTTGTGTGTTGCGTGGCATTAACTTGT TTTTCTCTGTTACCAGTCGTTTTGTCAAACGCGTTGGTTGTGGCAAGCGCGATTGAATGT TTTGCCCACCAATTAATGTAACTGATCGTATGGGTGTTGAGTTAATAAATTATGTTTAAT TATGCGGATGCCAAAAA



clustalw multiple alignements is not computed in this case


Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)