Home
Who am I
Technology
EST Assembly
Contact

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Oryza sativa
cluster # 8201 cluster # 8201       Sequences # 5       consensus # 1

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_8201#0 length = 886 sequences # 5  
consensusID : consensus_8201#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 5
consensus length = 886
fasta sequence 
                              [GGCAACGTCAGCAATGGCGGAAGGATCAGATGCATGCAGGTGTGGCCGATTGAGGGCATTAAGAAGTTCGAGACTCTGTCGTACTTGCCGCCATTGACAGTGGAGGACCTTTTGAAGCAGATCGAGTACCTGCTCCGATCTAAGTGGGTGCCTTGCTTGGAGTTCAGCAAGGTCGGATTCGTCTACCGTGAGAATCACAGATCACCCGGATACTACGATGGCAGGTACTGGACCATGTGGAAGCTGCCCATGTTCGGCTGCACCGATGCCACCCAGGTGCTCAAGGAGCTCGAGGAGGCCAAGAAGG-CCTA-CCCCG-ATGCCTTTGTCCGTATCATCG-GC-TTCGACAACGT-CAGGCAGGTGCAGTTGATTAGCTTCATCGCCTACAAGCCCCCAGGTTGCGAGGAGTCTGGTGGCAACTAAGCTAAGATCAAGCATCGCGCTGGTGGATTGCTGCCTATAATAATAGTATGCAGCTTTGTTTTGGGCTATGTTGATGATATATCAATATATAATATGCTATATATTTTTATTTTACAGTTTGGTTATGTACCATCTCAATGGCCTCTGCTCTTAACACATATGTAATAATCTCTTCCCTCCCTCTCCGGCCGGTTTTATTGTAAGAGTACTACAATTATCGTTGGGTGAGGATATGTGAAAACAAAGCTCCGGCTATATACACACAAGATATGTATCTAGAGCATATCTGATAAATTCGTCGACAATAAAAAAAATGGATGGTATCACGTAATTATGTTTGTTTTTAAGTATTTGTTTGCAATGTTTGTTTCTATGTTTAACCGAATGTATTGTGAATATACGATCTGACATAATTATTTGTGTAAGTTAATTAGTAAACGAATGTATTTCTTTTTGAGAGAAAAAA]

[-] EMBL CF300045             [GGCAACGTCAGCAATGGCGGAAGGATCAGATGCATGCAGGTGTGGCCGATTGAGGGCATTAAGAAGTTCGAGACTCTGTCGTACTTGCCGCCATTGACAGTGGAGGACCTTTTGAAGCAGATCGAGTACCTGCTCCGATCTAAGTGGGTGCCTTGCTTGGAGTTCAGCAAGGTCGGATTCGTCTACCGTGAGAATCACAGATCACCCGGATACTATGACGGTAGGTACTGGACCATGTGGAAGCTGCCCATGTTCGGCTGCACCGATGCCACCCAGGTGCTCAAGGAGCTCGAGGAGGCCAAGAAGGCCCTA CCCCGAATGCCTTTGTCCGTATCATCG GC TTCGACAACGT CAGGCAGGTGCAGTTGATTAGCTTCATCGCCTACAAGCCCCCAGGTTGCGAGGAGTCTGGTGGCAACTAAGCTAAGATCAAGCATCGCGCTGGTGGATTGCTGCCTATAATAATAGTATGCAGCTTTGTTTTGGGCTATGTTGATGATATATCAATATATAATATGCTATATATTTTTATTTTAaaaaaa                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ]
[+] EMBL CB680017             [                                                                                                                                                                AGTTCACCTTGGTTGGATTCGTCTACCGTGAGAACCACAGGTCTCCCGGGTACTACGATGGCAGGTATTGGACCATGTGGAAGCTGCCCATGTTCGGCTGCACCGATGCCACCCAAGTGCTCAAGGAGCTCGAGGAGGCCAAGAAGG CCTA CCCCG ATGCCTTTGTCCGTATCATCGTGCGTTCGACAACGT CAGGCAGGTGCAGTTGATTAGCTTCATCGCCTACAAGCCCCCAGGTTGCGAGGAGTCTGGTGGCAACTAAGCTAAGATCAAGCATCGCGCTGGTGGATTGCTGCCTATAATAATAGTATGCAGCTTTGTTTTGGGCTATGTTGATGATATATCAATATATAATATGCTATATATTTTTATTTTACAGTTTGGTTATGTACCATCTCAATGGCCTCTGCTCTTAACACATATGTAATAATCTCTTCCCTCCCTCTCCGGCCGGTTTTATTGTAAGAGTACTACAATTATCGTTGGGTGAGGATATGTGAAAACAAAGCTCCGGCTATATACACACAAGATATGTATCTAGAGCATATCTGATAAATTCGTCGACAATAAAAAAAATGGATGGTATCACGTAATTATGTTTGTTTTTAAGTATTTGTTTGCAATGTTTGTTTCTATGTTTAACCGAATGTATTGTGAATATACGATCTG                                                           ]
[-] EMBL CF308817             [                                                                                                                                                                                                                      ACGATGGCAGGTATTGGACCATGTGGAAGCTGCCCATGTTCGGCTGCACCGATGCCACNCAGGTGCTCAAGGAGCTCGAGGAGGCCAAGAAGG CCTA CCCCG ATGCCTTTGTCCGTATCATCG GC TTCGACAACGT CAGGCAGGTGCAGTTGATTAGCTTCATCGCCTACAAGCCCCCAGGTTGCGAGGAGTCTGGTGGCAACTAAGCTAAGATCAAGCATCGCGCTGGTGGATTGCTGCCTATAATAATAGTATGCAGCTTTGTTTTGGGCTATGTTGATGATATATCAATATATAATATGCTATATATTTTTATTTTACAGTTTGGTTATGTACCATCTCAATGGCCTCTGCTCTTAACACATATGTAATAATCTCTTCCCTCCCTCTCCGGCCGGTTTTATTGTAAGAGTACTACAATTATCGTTGGGTGAGGATATGT AAAACAAAGCTCCGGCTATATACACACAAGATATGTATCTAGAGCATATCTGATAAATTCGTCGACAAT AAAAAAATGGATGGTATCACGTAATTATGTTTGTTTTTAAGTATTaaaaaa                                                                                                            ]
[-] EMBL CF334303             [                                                                                                                                                                                                                              AGGTACTGGACCATGTGGAAACTGCCCATGTTTGGATGCACCGATGCCACCCAGGTGCTCAAGGAGCTCGAGGAGGCCAAGAAGG CCTACCCCCG ATGCCTTTGTCCGTATCATCG GC TTCGACAACGT CAGGCAGGTGCAGTTGATTAGCTTCATCGCCTACGAGCCCCCAGGTTGCGAGGAGTCTGGTGGCAACTAAGCTAAGATCAAGCATCGCGCTGGTGGATTGCTGCCTATAATAATAGTATGCAGCTTTGTTTTGGGCTATGTTGATGATATATCAATATATAATATGCTATATATTTTTATTTTACAGTTTGGTTATGTACCATCTCAATGGCCTCTGCTCTTAACACATATGTAATAATCTCTTCCCTCCCTCTCCGGCCGGTCTTATTGTAAGAGTACTACAATTATCGTTGGGTGAGGATATGTGAAAACAAAGCTCCGGCTATATACACACAAGATATGTATCTAGAGCATATCTGATAAATTCGTCGACAATAAAAAAAATGGATGGTATCACGTAATTATGTTTGTTTTTAAaaaaaaaa                                                                                                               ]
[-] EMBL CF297063             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              TCATCG GC TTCGACAACGTCCAGGCAGGTGCAGTTGATTAGCTTCATCGCCTACAAGCCCCCAGGTTGCGAGGAGTCTGGTGGCAACTAAGCTAAGATCAAGCATCGCGCTGGTGGATTGCTGCCTATAATAATAGTATGCAGCTTTGTTTTGGGCTATGTTGATGATATATCAATATATAATATGCTATATATTTTTATTTTACAGTTTGGTTATGTACCATCTCAATGGCCTCTGCTCTTAACACATATGTAATAATCTCTTCCCTCCCTCTCCGGCCGGTTTTATTGTAAGAGTACTACAATTATCGTTGGGTGAGGATATGTGAAAACAAAGCTCCGGCTATATACACACAAGATATGTATCTAGAGCATATCTGATAAATTCGTCGACAATAAAAAAAATGGATGGTATCACGTGATTATGTTTGTTTTTAAGTATTTGTTTGCAATGTTTGTTTCTATGTTTAACCGAATGTATTGTGAATATAGGATCTGACATAATTATTTGTGTAAGTTAATTAGTAAACGAATGTATTTCTTTTTGAGAGAAAAAA]




>consensus_8201#0
GGCAACGTCAGCAATGGCGGAAGGATCAGATGCATGCAGGTGTGGCCGATTGAGGGCATT
AAGAAGTTCGAGACTCTGTCGTACTTGCCGCCATTGACAGTGGAGGACCTTTTGAAGCAG
ATCGAGTACCTGCTCCGATCTAAGTGGGTGCCTTGCTTGGAGTTCAGCAAGGTCGGATTC
GTCTACCGTGAGAATCACAGATCACCCGGATACTACGATGGCAGGTACTGGACCATGTGG
AAGCTGCCCATGTTCGGCTGCACCGATGCCACCCAGGTGCTCAAGGAGCTCGAGGAGGCC
AAGAAGGCCTACCCCGATGCCTTTGTCCGTATCATCGGCTTCGACAACGTCAGGCAGGTG
CAGTTGATTAGCTTCATCGCCTACAAGCCCCCAGGTTGCGAGGAGTCTGGTGGCAACTAA
GCTAAGATCAAGCATCGCGCTGGTGGATTGCTGCCTATAATAATAGTATGCAGCTTTGTT
TTGGGCTATGTTGATGATATATCAATATATAATATGCTATATATTTTTATTTTACAGTTT
GGTTATGTACCATCTCAATGGCCTCTGCTCTTAACACATATGTAATAATCTCTTCCCTCC
CTCTCCGGCCGGTTTTATTGTAAGAGTACTACAATTATCGTTGGGTGAGGATATGTGAAA
ACAAAGCTCCGGCTATATACACACAAGATATGTATCTAGAGCATATCTGATAAATTCGTC
GACAATAAAAAAAATGGATGGTATCACGTAATTATGTTTGTTTTTAAGTATTTGTTTGCA
ATGTTTGTTTCTATGTTTAACCGAATGTATTGTGAATATACGATCTGACATAATTATTTG
TGTAAGTTAATTAGTAAACGAATGTATTTCTTTTTGAGAGAAAAAA

clustalw multiple alignements is not computed in this case
Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)