cluster # 840

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Oryza sativa
cluster # 840 cluster # 840 Sequences # 2 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_840#0 length = 621 sequences # 1

consensus_840#1 length = 613 sequences # 1

consensusID : consensus_840#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 621
fasta sequence

                              [AATCCACGCGCCCCACCTCGCCGCCGTCGCCGCCGCCGCGATGGACGCGGAGGCGTCGGAGCTGCGGGCGAGGCTCGCCGCCGCGGTGCACGCGCTCAATCACGGCGGCGGCGGGCACCACGACCCGTCGGCGCGGCTCGCGGCCAACCAGTGGCTCCTCGCGCTGCAGCGGTCGCCGCAGGCGTGGGGGGTGGCNACCTCGCTGCTGGCCGCGCCTCCCCCGGGTCACCCGCCCCCGTCCGGCGACCTGTTCTTCTTCGCCGCGAAGATGCTCCGTGAGGAAGAGCCAATGCCCCCCCTCCGCCGCCGGTGGTTGTCTCATGCCGCATGAGGTGGCCCACCTCCTATAGGTGTTGCTCATGCCGACGGACAAGATCAGCCTCTTTTCCGCTTGGTTGTTCACGCACATATCACTGGCATTTCCTTCGTGTGTCTATCGAGGCGAGTGCTGGAATGACAACACAACTCTCTTTGATGTTGCCCCCTCCCTGACTTCCACAATAAATCTGCTCGCTGTGGTTCGAATTACAGGTCTTGCCCAATATCAGGATGGAAACTCCCAACTAACACAGCCCTGGCTTTTACTTCCGTATCCGCGCACATTGTCACCCTGCTTCGCCT]

[+] EMBL CA754954             [AATCCACGCGCCCCACCTCGCCGCCGTCGCCGCCGCCGCGATGGACGCGGAGGCGTCGGAGCTGCGGGCGAGGCTCGCCGCCGCGGTGCACGCGCTCAATCACGGCGGCGGCGGGCACCACGACCCGTCGGCGCGGCTCGCGGCCAACCAGTGGCTCCTCGCGCTGCAGCGGTCGCCGCAGGCGTGGGGGGTGGCNACCTCGCTGCTGGCCGCGCCTCCCCCGGGTCACCCGCCCCCGTCCGGCGACCTGTTCTTCTTCGCCGCGAAGATGCTCCGTGAGGAAGAGCCAATGCCCCCCCTCCGCCGCCGGTGGTTGTCTCATGCCGCATGAGGTGGCCCACCTCCTATAGGTGTTGCTCATGCCGACGGACAAGATCAGCCTCTTTTCCGCTTGGTTGTTCACGCACATATCACTGGCATTTCCTTCGTGTGTCTATCGAGGCGAGTGCTGGAATGACAACACAACTCTCTTTGATGTTGCCCCCTCCCTGACTTCCACAATAAATCTGCTCGCTGTGGTTCGAATTACAGGTCTTGCCCAATATCAGGATGGAAACTCCCAACTAACACAGCCCTGGCTTTTACTTCCGTATCCGCGCACATTGTCACCCTGCTTCGCCT]




>consensus_840#0
AATCCACGCGCCCCACCTCGCCGCCGTCGCCGCCGCCGCGATGGACGCGGAGGCGTCGGA
GCTGCGGGCGAGGCTCGCCGCCGCGGTGCACGCGCTCAATCACGGCGGCGGCGGGCACCA
CGACCCGTCGGCGCGGCTCGCGGCCAACCAGTGGCTCCTCGCGCTGCAGCGGTCGCCGCA
GGCGTGGGGGGTGGCNACCTCGCTGCTGGCCGCGCCTCCCCCGGGTCACCCGCCCCCGTC
CGGCGACCTGTTCTTCTTCGCCGCGAAGATGCTCCGTGAGGAAGAGCCAATGCCCCCCCT
CCGCCGCCGGTGGTTGTCTCATGCCGCATGAGGTGGCCCACCTCCTATAGGTGTTGCTCA
TGCCGACGGACAAGATCAGCCTCTTTTCCGCTTGGTTGTTCACGCACATATCACTGGCAT
TTCCTTCGTGTGTCTATCGAGGCGAGTGCTGGAATGACAACACAACTCTCTTTGATGTTG
CCCCCTCCCTGACTTCCACAATAAATCTGCTCGCTGTGGTTCGAATTACAGGTCTTGCCC
AATATCAGGATGGAAACTCCCAACTAACACAGCCCTGGCTTTTACTTCCGTATCCGCGCA
CATTGTCACCCTGCTTCGCCT

consensusID : consensus_840#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 613
fasta sequence

                              [AATCCACGCGCCCCACCTCGCCGCCGTCGCCGCCGCCGCGATGGACGCGGAGGCGTCGGAGCTGCGGGCGAGGCTCGCCGCCGCGGTGCACGCGCTCAATCACGGCGGCGGCGGGCACCACGACCCGTCGGCGCGGCTCGCGGCCAACCAGTGGCTCCTCGCGCTGCAGCGGTCGCCGCAGGCGTGGGGGGTGGCGACCTCGCTGCTGGCCGCGCCGCCCCCGGGCCACCCGCCCCCGCCCGCCGACCTGCTCTTCTTCGCCGCGCAGATGCTCCGGAGGAAGATCCAGTGCCCCCCCGCCGCCGCCGGTGGTTGCCCCACGCCGCAAGAGGTTGCCCACCTCCTCGACGCGCTCCTCCTCGCGGCGGGGCGGGTCTGCCTCGGCCCGCCGCGGCTGCTCACGCAGATCTCCCTGGTGCTCGCGGCGTTGGAGCTCCGCGTCGAGTGGGGGGTGGACGGCCTCTTCGAGGGGATGGGGGTCCTCCCCTACCCCGCCCGGATGGAGCTGCTCACTGTGCTTCCCAATCAAGTCTGGAATGGACAGAACGTTCGAACCTGGGGTGGAATCCGACTTTTCCTTCAATGTCTACCGCTGAGTTCTTGACGATAGCGC]

[+] EMBL CA754949             [AATCCACGCGCCCCACCTCGCCGCCGTCGCCGCCGCCGCGATGGACGCGGAGGCGTCGGAGCTGCGGGCGAGGCTCGCCGCCGCGGTGCACGCGCTCAATCACGGCGGCGGCGGGCACCACGACCCGTCGGCGCGGCTCGCGGCCAACCAGTGGCTCCTCGCGCTGCAGCGGTCGCCGCAGGCGTGGGGGGTGGCGACCTCGCTGCTGGCCGCGCCGCCCCCGGGCCACCCGCCCCCGCCCGCCGACCTGCTCTTCTTCGCCGCGCAGATGCTCCGGAGGAAGATCCAGTGCCCCCCCGCCGCCGCCGGTGGTTGCCCCACGCCGCAAGAGGTTGCCCACCTCCTCGACGCGCTCCTCCTCGCGGCGGGGCGGGTCTGCCTCGGCCCGCCGCGGCTGCTCACGCAGATCTCCCTGGTGCTCGCGGCGTTGGAGCTCCGCGTCGAGTGGGGGGTGGACGGCCTCTTCGAGGGGATGGGGGTCCTCCCCTACCCCGCCCGGATGGAGCTGCTCACTGTGCTTCCCAATCAAGTCTGGAATGGACAGAACGTTCGAACCTGGGGTGGAATCCGACTTTTCCTTCAATGTCTACCGCTGAGTTCTTGACGATAGCGC]




>consensus_840#1
AATCCACGCGCCCCACCTCGCCGCCGTCGCCGCCGCCGCGATGGACGCGGAGGCGTCGGA
GCTGCGGGCGAGGCTCGCCGCCGCGGTGCACGCGCTCAATCACGGCGGCGGCGGGCACCA
CGACCCGTCGGCGCGGCTCGCGGCCAACCAGTGGCTCCTCGCGCTGCAGCGGTCGCCGCA
GGCGTGGGGGGTGGCGACCTCGCTGCTGGCCGCGCCGCCCCCGGGCCACCCGCCCCCGCC
CGCCGACCTGCTCTTCTTCGCCGCGCAGATGCTCCGGAGGAAGATCCAGTGCCCCCCCGC
CGCCGCCGGTGGTTGCCCCACGCCGCAAGAGGTTGCCCACCTCCTCGACGCGCTCCTCCT
CGCGGCGGGGCGGGTCTGCCTCGGCCCGCCGCGGCTGCTCACGCAGATCTCCCTGGTGCT
CGCGGCGTTGGAGCTCCGCGTCGAGTGGGGGGTGGACGGCCTCTTCGAGGGGATGGGGGT
CCTCCCCTACCCCGCCCGGATGGAGCTGCTCACTGTGCTTCCCAATCAAGTCTGGAATGG
ACAGAACGTTCGAACCTGGGGTGGAATCCGACTTTTCCTTCAATGTCTACCGCTGAGTTC
TTGACGATAGCGC

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_840#0      AATCCACGCGCCCCACCTCGCCGCCGTCGCCGCCGCCGCGATGGACGCGGAGGCGTCGGA 60
consensus_840#1      AATCCACGCGCCCCACCTCGCCGCCGTCGCCGCCGCCGCGATGGACGCGGAGGCGTCGGA 60
                     ************************************************************

consensus_840#0      GCTGCGGGCGAGGCTCGCCGCCGCGGTGCACGCGCTCAATCACGGCGGCGGCGGGCACCA 120
consensus_840#1      GCTGCGGGCGAGGCTCGCCGCCGCGGTGCACGCGCTCAATCACGGCGGCGGCGGGCACCA 120
                     ************************************************************

consensus_840#0      CGACCCGTCGGCGCGGCTCGCGGCCAACCAGTGGCTCCTCGCGCTGCAGCGGTCGCCGCA 180
consensus_840#1      CGACCCGTCGGCGCGGCTCGCGGCCAACCAGTGGCTCCTCGCGCTGCAGCGGTCGCCGCA 180
                     ************************************************************

consensus_840#0      GGCGTGGGGGGTGGCNACCTCGCTGCTGGCCGCGCCTCCCCCGGGTCACCCGCCCCCGTC 240
consensus_840#1      GGCGTGGGGGGTGGCGACCTCGCTGCTGGCCGCGCCGCCCCCGGGCCACCCGCCCCCGCC 240
                     *************** ******************** ******** ************ *

consensus_840#0      CGGCGACCTGTTCTTCTTCGCCGCGAAGATGCTCCGTGAGGAAGAGCCAATGCCCCCCCT 300
consensus_840#1      CGCCGACCTGCTCTTCTTCGCCGCGCAGATGCTCCG-GAGGAAGATCCAGTGCCCCCCCG 299
                     ** ******* ************** ********** ******** *** ********* 

consensus_840#0      CCGCCGCCGGTGGTTGTCTCATGCCGCATGAGGTGGCCCACCTCCTATAGGTGTTGCTCA 360
consensus_840#1      CCGCCGCCGGTGGTTGCCCCACGCCGCAAGAGGTTGCCCACCTCCTCGACGCGCTCCTCC 359
                     **************** * ** ****** ***** ***********  * * * * *** 

consensus_840#0      TGCCGACGGACAAGATCAGCCTCTTTTCCGCTTGGTTGTTCACGCACATATCACTGGCAT 420
consensus_840#1      TCGCGGCGGGGCGGGTCTGCCTCGGCCCGCCGCGGCTGCTCACGCAGATCTCCCTGGTGC 419
                     *  ** ***    * ** *****    *  *  ** ** ******* ** ** ****   

consensus_840#0      TTCCTTCGTGTGTCTATCGAGGCGAGTGCTGGAATGACAACACAACTCTCTTTGATGTTG 480
consensus_840#1      TCGCGGCGTTGGAGCTCCGCGTCGAGTGGGGGGTGGACGGC-CTCTTCGAGGGGATGGGG 478
                     *  *  ***  *     ** * ******  **   ***  * *   **     ****  *

consensus_840#0      CCCCCTCCCTGACTTCCACA-ATAAATCTGCTCGCTGTGGTTCGAATTACAGGTCTTGCC 539
consensus_840#1      GTCCTCCCCTACCCCGCCCGGATGGAGCTGCTCACTGTGCTTCCCAAT-CAAGTCTGG-- 535
                       **  ****  *   * *  **  * ****** ***** ***  * * ** **** *  

consensus_840#0      CAATATCAGGATGGAAACTCCCAAC-TAACACAGC-CCTGGCTTTTACTTCCGTATCCGC 597
consensus_840#1      -AAT----GGACAGAACGTTCGAACCTGGGGTGGAATCCGACTTTTCCTTCAATGTCTAC 590
                      ***    ***  ***  * * *** *      *   * * ***** ****  * **  *

consensus_840#0      -GCACATTGTCACCCTGCTTCGCCT 621
consensus_840#1      CGCTGAGTTCTTGACGATAGCGC-- 613
                      **  * *      *     ***