cluster # 8694

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Oryza sativa
cluster # 8694 cluster # 8694 Sequences # 5 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_8694#0 length = 487 sequences # 4

consensus_8694#1 length = 396 sequences # 1

consensusID : consensus_8694#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 4
consensus length = 487
fasta sequence

                              [CGCCAGGACAGGCCGCCGTTGCTCCGGCGGCCTGGAGCCCATGCGCGCAACGTCCCGGCGAGGCTTGCTCCTGACGGTGGCTCGTGGATGGCGCGCGCGTCGACCCGCCCCCGCCGAGAGGGCTGGGCCGAGTGCTCCTGATCCGCCGCCGCCGCCGGCCACC-GCACGACGAATCTTCCGGCCGCCTGAGATAGAAAGTACTAAAAATGCGAAACTTGTGGGCAATGATTGTTTGTTTGCTTCCTCCCTAATTAATTAAATTAATCTCAAATTCTTAATCACCATCAAGGACCCAAAAATCTTGTGGTTTAGGAAGGCCTCTCTTGTGGTTAACATCAAATCACAAGTCTAAATCCAAATGGATGGGACTCTAATTTTTCTGTGTAGTATTAGTATACAATGATGATAGTAC-ATTTGATTTGTTATTAATTGGTTATTAATTAAAGGTGATTTGATCAACTAAACTTTATGTGGTCCAAAAAAAAAA]

[+] EMBL BI812636             [CGCCAGGACAGGCCGCCGTTGCTCCGGCGGCCTGGAGCCCATGCGCGCAACGTCCCGGCGAGGCTTGCTCCTGACGGTGGCTCGTGGATGGCGCGCGCGTCGACCCGCCCCCGCCGAGGAGGCTGGGCCGAGTGCTCCTGATCCGCCGCCGCCGCCGGCCACCAGCACGACGAATCTTCC GCCGCCTGAGATAGAAAGTACTAAAAATGCGAAACTTGT GGC ATGATTGTTTGTTTGCTTCCTCCCTAATTAATTAAATTAATCTCAAATTCTTAATCACCATCAAGGACCCAAAAATCTTGTGGTTTAGGAA GCCTCTCTTGTGGTTAACATCAAATCACAAGTCTAAATCC AATGGATGGGACTCTAATTTTTCTGTGTAGTATTAGTATACCATGATGATAGTAC ATTTGATTTGTTATTAATTGGTTATTAATTAAAGGTGATTTGATCAACTAGACTTTATGTGGTCCAAAAAAAAAA]
[+] EMBL BI806486             [                                                                                                                     GAGGGCTGGGCCGAGTGCTCCTGATCCGCCGCCGCCGCCGGCCACC GCACGACGAATCTTCCGGCCGCCTGAGATAGAAAGTACTAAAAATGCGAAACTTGTGGGCAATGATTGTTTGTTTGCTTCCTCCCTAATTAATTAAATTAATCTCAAATTCTTAATCACCATC AGGACCCAAAAATCTTGTGGTTTAGGAAGGCCTCTCTTGTGGTTAACATCAAATCACAAGTCTAAATCCAAATGGATGGGACTCTAATTTTTCTGTGTAGTATTAGTATACAATGATGATAGTAC ATTTGATTTGTTATTAATTGGTTATTAATTAAAGGTGATTTGATCAACTAAAaaaaaa                 ]
[-] EMBL CB654904             [                                                                                                                      AGGGCTGGGCCGAGTGCTCCTGATCCGCCGCCGCCGCCGGCCACC GCACGACGAATCTTCCGGCCGCCTGAGATAGAAAGTACTAAAAATGCGAAACTTGTGGGCAATGATTGTTTGTTTGCTTCCTCCCTAATTAATTAAATTAATCTCAAATT                                                                                                                                                                                                                       ]
[+] EMBL CF196338             [                                                                                                                              GCCGAGTGCTCCTGATCCGCCGCCGCCGCCGGCCACC GCACGACGAATCTTCCGGCCGCCTGAGATAGAAAGTACTAAAAATGCGAAACTTGTGGGCAATGATTGTTTGTTTGCTTCCTCCCTAATTAATTAAATTAATCTCAAATTCTTAATCACCATCAAGGACCCAAAAATCTTGTGGTTTAGGAAGGCCTCTCTTGTGGTTAACATCAAATCACAAGTCTAAATCCAAATGGATGGGACTCTAATTTTTCTGTGTAGTATTAGTATACAATGATGATAGTACAATTTGATTTGTTATTAATTGGTTATTAATTAAAGGTGATTTGATCAACTAA                        ]




>consensus_8694#0
CGCCAGGACAGGCCGCCGTTGCTCCGGCGGCCTGGAGCCCATGCGCGCAACGTCCCGGCG
AGGCTTGCTCCTGACGGTGGCTCGTGGATGGCGCGCGCGTCGACCCGCCCCCGCCGAGAG
GGCTGGGCCGAGTGCTCCTGATCCGCCGCCGCCGCCGGCCACCGCACGACGAATCTTCCG
GCCGCCTGAGATAGAAAGTACTAAAAATGCGAAACTTGTGGGCAATGATTGTTTGTTTGC
TTCCTCCCTAATTAATTAAATTAATCTCAAATTCTTAATCACCATCAAGGACCCAAAAAT
CTTGTGGTTTAGGAAGGCCTCTCTTGTGGTTAACATCAAATCACAAGTCTAAATCCAAAT
GGATGGGACTCTAATTTTTCTGTGTAGTATTAGTATACAATGATGATAGTACATTTGATT
TGTTATTAATTGGTTATTAATTAAAGGTGATTTGATCAACTAAACTTTATGTGGTCCAAA
AAAAAAA

consensusID : consensus_8694#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 396
fasta sequence

                              [CAGGACCCCAAAATCTTGTGGTTTAGGAAGGCCTCTCTTGTGGTTAACATCCAATCACAAGTCTAAATCCAATGGATGGGACTCNAATTTTTCTGTGTAGTATTAGTGAGACATGATGATAGTACAATTTGATTTGTTATTAATTGGTTATTAATTAAAGGTGATTNGGATCACTGAGACTTTATGTGGTCAAGAATGTCTCCCTGTATTGTATGAGTGACCACTACCACTCGATATTTTTTTCCTTCCATCTTGGCTGAGTCCTGTCTTGTGTTTGTTTATTGGTATCTCAATGTACTGGGCTTACCACTTGTATGGACAGTATTGTTACACTAACACAGTGTGTACCCCCCAGTCGTGTTAGCTTGAATGGGAAGACCATGATCAAAAAAAAAA]

[+] EMBL BM038874             [CAGGACCCCAAAATCTTGTGGTTTAGGAAGGCCTCTCTTGTGGTTAACATCCAATCACAAGTCTAAATCCAATGGATGGGACTCNAATTTTTCTGTGTAGTATTAGTGAGACATGATGATAGTACAATTTGATTTGTTATTAATTGGTTATTAATTAAAGGTGATTNGGATCACTGAGACTTTATGTGGTCAAGAATGTCTCCCTGTATTGTATGAGTGACCACTACCACTCGATATTTTTTTCCTTCCATCTTGGCTGAGTCCTGTCTTGTGTTTGTTTATTGGTATCTCAATGTACTGGGCTTACCACTTGTATGGACAGTATTGTTACACTAACACAGTGTGTACCCCCCAGTCGTGTTAGCTTGAATGGGAAGACCATGATCAAAAAAAAAA]




>consensus_8694#1
CAGGACCCCAAAATCTTGTGGTTTAGGAAGGCCTCTCTTGTGGTTAACATCCAATCACAA
GTCTAAATCCAATGGATGGGACTCNAATTTTTCTGTGTAGTATTAGTGAGACATGATGAT
AGTACAATTTGATTTGTTATTAATTGGTTATTAATTAAAGGTGATTNGGATCACTGAGAC
TTTATGTGGTCAAGAATGTCTCCCTGTATTGTATGAGTGACCACTACCACTCGATATTTT
TTTCCTTCCATCTTGGCTGAGTCCTGTCTTGTGTTTGTTTATTGGTATCTCAATGTACTG
GGCTTACCACTTGTATGGACAGTATTGTTACACTAACACAGTGTGTACCCCCCAGTCGTG
TTAGCTTGAATGGGAAGACCATGATCAAAAAAAAAA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_8694#0      CGCCAGGACAGGCCGCCGTTGCTCCGGCGGCCTGGAGCCCATGCGCGCAACGTCCCGGCG 60
consensus_8694#1      -----------------------------------------------------------C 1
                                                                                  

consensus_8694#0      AGGCTTGCTCCTGACGGTGGCTCGTGGATGGCGCGCGCGTCGACCCGCCCCCGCCGAGAG 120
consensus_8694#1      AGGACCCCAAAATCTTGTGGTTTAGGAAGGCCTCTCTTGT-GGTTAACATCCAATCACAA 60
                      ***    *        **** *   * * * * * *  ** *     *  **    * * 

consensus_8694#0      GGCTGGGCCGAGTGCTCCTGATCCGCCGCCGCCGCCGGCCACCGCACGACGAATCTTCCG 180
consensus_8694#1      GTCTAAATCCAATGGATGGGACTCN--AATTTTTCTGTGTAGTATTAGTGAGACATGATG 118
                      * **    * * **     **  *          * *   *      *    *  *   *

consensus_8694#0      GCCGCCTGAGATAGAAAGTACTAAAAATGCGAAACTTGTGGGCAATGATTGT--TTGTTT 238
consensus_8694#1      ATAG--TACAATTTGATTTGTTATTAATTGGTTATTAATTAAAGGTGATTNGGATCACTG 176
                         *  *   **   *  *  **  ***  *  * *  *      *****    *   * 

consensus_8694#0      GCTTCCTCCCTAATTAATTAAATTAATCTCAAATTCTTAATCACCATCAAGGACCCAAAA 298
consensus_8694#1      AGACTTTATGTGGTCAAGAATGTCTCCCTGTATTGTATGAGTGACCACTACCACTCGATA 236
                            *   *  * **  *  *    **  * *   * *    *  * *  ** * * *

consensus_8694#0      ATCTTGTGGTTTAGGAAGGCCTCTCTTGTGGTTAACATCAAATCACAAGTCTAAATCCAA 358
consensus_8694#1      TTTTTTTCCTTCCATCTTGGCTGAGTCCTGTCTTGTGTTTGTTTATTGGT----ATCTCA 292
                       * ** *  **       * **   *  **  *    *    * *   **    ***  *

consensus_8694#0      ATGGATGGGACTC-TAATTTTTCTGTGTAGTATTAGTATACAATGATGATA-GTACATTT 416
consensus_8694#1      ATGTACTGGGCTTACCACTTGTATGGACAGTATTGTTACACTAACACAGTGTGTACCCCC 352
                      *** *  ** **    * ** * **   ******  ** ** *  *   *  ****    

consensus_8694#0      GATTTGTTATTAATTGGTTATTAATTAAAGGTGATTTGATCAACTAAACTTTATGTGGTC 476
consensus_8694#1      CAGTCGTGTTAGCTTGAATGGGAA--GACCATGATCAAAAAAAAAA-------------- 396
                       * * **  *   ***  *   **   *   ****   *  **  *              

consensus_8694#0      CAAAAAAAAAA 487
consensus_8694#1      -----------