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Oryza sativa
cluster # 9304 cluster # 9304       Sequences # 6       consensus # 1


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_9304#0 length = 3127 sequences # 6  

consensusID : consensus_9304#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 6
consensus length = 3127
fasta sequence
                              [GAGATACGTGGCTATGAGGAAGGTTCAAGATTCTTGATTGTATTTCGTTTGGGGCCATCAGATGGACCAATCAGGATTGAGAACCGGACAAGTAGTACAACTATCAGTGCTCGACAGTCTGGTTTGGGAGAGGATTCTTGGATACAAGTGAAACCACTTTCAACCAAAAAATATTCTTGGGATGACCCATATGGACATACAACTTTTGATGTTAGCATCCAGCAAGGAGATGTTACTTTCTTTCAGTGTGTTGACCTGGAAAACCCTGATGAATGTTCCGCTGGTTTTAGAGAACATCACCTCAAGCTCAGTATAGTTGAGACTGCTGATGTTAAGATTTTGAAGTTTGCTGATTACCCAAGAAGACAAGAGGGAGGGTACAGATCTGATCTGGGTGATCACCAAGCCTCGCCAGTTATGCAAAATGATACAGATACAGGTGCTGGACTATTGGAACTTATTGTTGAACTTGGAGTTGTTGGAGTCTCTTTGATTGATCATAAACCGAGAGAGCTTTTGTACTTACATCTGCAGAAGCTTTTTATTTCATACATGACTGGTTACAATTCTGGTACCACTAGCAGGTTTAAGTTAATTATTGGCCATATGCAACTAGATAATCAGTTGCCATTGTCTATAATGCCTGTTGCTTTGGCAACTGAGAGCATGCCTGACTCAAACCATCCTGTATTTAAAGCAAACATCGCCGTAAGCAATGTAACTTCAAATGGTATTCAAGTCTATCCACATGTCTATATCCGGGTAACTGATCAAACATGGAGGTTGAATATTCATGAACCTATTATTTGGGCATTGGTTGATTTCTACAGCAATCTTCGTTTTGTCAGCACCAACAACATCTCAACTGTAACAGAAGTGGATCCTGAGATACGAATAGAGCTTGTTGATATATCGGAGATAAGGTTGAAAATATCTCTGGAAACTGCGCCTACTCAAAGACCACGTGGTGTCCTTGGCATATGGAGCCCTGTCCTATCAGCTGTAGGCAATGCACTTAAGATTCAGGTGCATCTGCGTAAGGTCATGCACAGAAGTCGTTACATGCGGAAGAGTTCCATCATTCCCGCAATCACGAACCGAATCAAGAGAGATCTGATCCACAATCCTCTGCACCTAATATTTTCAGTAGATTTTCTTGGAGTGACAAAATCAACTTTGTCATCACTTAGTAAAGGGTTTGCAGAGCTCTCTACTGATGGGCAATTTCTTCAGCTGAGATCAAAGCAGGTTTGGTCAAGGAGAATAACTGGTGTTGGTGATGGACTAGTTCAAGGGACTGAAGCATTTGCTCAGGGTTTGGCTTTTGGGGTTTCTGGTGTTCTAAGAAAGCCAGTCGAGAGTGCCCGACAGTATGGTGCAATTGGCATTGCACATGGTCTTGGCCGTGCTTTTGTGGGGTTTATTGTCCAACCCTTAAGTGGGGCCTTTGATTTCTTCTCATTGACAGTTGATGGAATTAGTGCCAGCTTTATGAGATGCGTGGATATTCTGAATAATAAACATGTCCCTCAGAGGATTAGAGATCCTCGTGCTATACACCGAGATGGTATAATAAGAGAGTACGACAAAGTACAAGCTGCGGGCCAGATGGCCCTTTACCTAGCAGAGGCTAGCAGATATTTTGCATGCACAGATTTATTTCGGGAACCTTCAAAGTATGCATGGTCAGATTACTATGAAGATCATTTTATCGTACAAAATCAGAAGGTTGCTTTGGTAACAAACAAACGAGTGATACTGCTTCAGTGCGTGGATCTAGATAAAATGGATAAGAAGCCTTCGAAAATACTTTGGGACGTTCCTTGGGAAGATGTGCTTGCATTGGAGCTGGCAAAAGCTGGGTATCAAAGGCCTTCTCACGTAATCATACATCTGAAGAATTTTAGGAGATCTGAAAACTTTGTAAGGCTTATAAAGTGCAACGTTGATGAGGAGCATGAACCTCAGGCTCTTCTACTTTGTTCTTCAATTCGAAAGATGTGGAGATCTCACCAGGCAGATATGAAAGTTGTACCCTTGAAGGTTCCTGGGGGCCAGCACGATGTATATTTCGCATTTGATGAAGATATGAGGGAGTTCCACAGTTTTGCTAGGCCTTTGCTAAGCCCAAGGGGAGCAGCAAGTAATGTTGAGGAGCGACTCATTAACGATACAGTTAACTTCCAGAACATGTGGAGCAGTGAACAAG-AAATTCGAAGCAGATGCAAACTACTTTCAAAGCAGGTTGCAGATGATGGAAGGGTGTTTAGTATCTGGAGGCCTCTCTGCCCTAGTGGGTATGTCTCAATCGGAGATATTGCTCATGTTGGCATTCATCCACCACATGTTGC-TGCTGTCTACAAAAATG-TGGGTGGAAATTTCGCTCTGCCACTTGGCTATGACCTGGTTTGG-AGAAACTGTGGTGAGGATTACAGGAATCCTGTATCAATATGGTTTCCACGGCCACCTGAAGGATACGTAGCTCTCGGATGCGTGGCTGTATCTGCTTTTGAGGAGCCCCCTCTCGACTCTGCCTTCTGTGTTAGTGAGAGATTTGCGGAAGATGCAGTATACGAGGAGCAAATTGTATGGGCTTCGTCAGATGCCTACCCATGGGGATGCTATGTTTACCAAGTTCAGAGCAAGTCACTGCAATTCATGGCGATGCGGCGGCCAAAAGAAGAGTGTGAGCTAAAACCTAAGAAGGTATCAGAGTCTTATGCCCAGCAAGCAT-TGGAGAGGTCCTGAGATGAGAGGCAAACATGCCATGCATTAGTGTAGACACTAGACACATGTAAAGTGATGTA-CATAACATAGGTGGGTATACATGCGTGTAAGAAAGGAGTCAGGAGCAGGACAGATCCAGCATTTTCGTGCAAGATGTGTCCGAAATGAGAGTTTCAGGTTTACATTTGCTCCCATTTGTAATCCATCATTCTGCTTCTACCTTTGTCAGACCCTTGGGGTCAAAGCTTGTACGTCGAGCACTTGTACCAAACAATCCGTCTGCTTGTCAACCAGCAGAAAAGGGGTTGTAAATTTTGTACATGTAAAATCGGTTGTACTTTTATTCAGCACTAAATAAAAAGCATGTAAGCGGTTGGGGGCAGAAAAAAAAAGAAAAAAA]

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[+] EMBL CB620559             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ATACTAAGAGAGTACGACAAAGTACAAGCTGCGGGCCAGATGGCCCTTTACCTAGCAGAGGCTAGCAGATATTTTGCATGCACAGATTTATTTCGGGAACCTTCAAAGTATGCATGGTCAGATTACTATGAAGATCATTTTATCGTACAAAATCAGAAGGTTGCTTTGGTAACAAACAAACGAGTGATACTGCTTCAGTGCGTGGATCTAGATAAAATGGATAAGAAGCCTTCGAAAATACTTTGGGACGTTCCTTGGGAAGATGTGCTTGCATTGGAGCTGGCAAAAGCTGGGTATCAAAGGCCTTCTCACGTAATCATACATCTGAAGAATTTTAGGAGATCTGAAAACTTTGTAAGGCTTATAAAGTGCAACGTTGATGAGGAGCATGAACCTCAGGCTCTTCTACTTTGTTCTTCAATTCGAAAGATGTGGAGATCTCACCAGGCAGATATGAAAGTTGTACCCTTGAAGGTTCCTGGGGGCCAGCACGATGTATATTTCGCATTTGATGAAGATATGAGGGAGTTCCACAGTTTTGCTAGGCCTTTGCTAAGCCCAAGGGGAGCAGCAAGTAATGTTGAGGAGCGACTCATTAACGATACAGTTAACTTCCAGAACATGTGGAGCAGTGAACAAG AAATTCGAAGCAGATGCAAACTACTTTCAAAGCAGGTTGCAGATGATGGAAGGGTGTTTAGTATCTGGAGGCCTCTCTGCCCTAGTGGGTATGTCTCAATCGGAGATATTGCTCATGTT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ]
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[+] EMBL CF308144             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TTTCAAAGCAGGTTGCAGATGATGGAAGGGTGTTTAGTATCTGGAGGCCTCTCTGCCCTAGTGGGTATGTCTCAATCGGAGATATTGCTCATGTTGGCATTCATCCACCACATGTTGC TGCTGTCTACAAAAATG TGGGTGGAAATTTCGCTCTGCCACTTGGCTATGACCTGGTTTGG AGAAACTGTGGTGAGGATTACAGGAATCCTGTATCAATATGGTTTCCACGGCCACCTGAAGGATACGTAGCTCTCGGATGCGTGGCTGTATCTGCTTTTGAGGAGCCCCCTCTCGACTCTGCCTTCTGTGTTAGTGAGAGATTTGCGGAAGATGCAGTATACGAGGAGCAAATTGTATGGGCTTCGTCAGATGCCTACCCATGGGGATGCTATGTTTACCAAGTTCAGAGCAAGTCACTGCAATTCATGGCGATGCGGCGGCCAAAAGAAGAGTGTGAGCTAAAACCTAAGAAGGTATCAGAGTCTTATGCCCAGCAAGCATNTGGAGAGGTCCTGAGATGAGAGGCAAACATGCCATGCATTAGTGTAGACACTAGACACATGTAAAGTGATGTACCATAACATAGGT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ]
[-] EMBL CB620560             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                CGTGGCTGTATCTGCTTTTGAGGAGCCCCCTCTCGACTCTGCCTTCTGTGTTAGTGAGAGATTTGCGGAAGATGCAGTATACGAGGAGCAAATTGTATGGGCTTCGTCAGATGCCTACCCATGGGGATGCTATGTTTACCAAGTTCAGAGCAAGTCACTGCAATTCATGGGGATGCGGCGGCCAAAAGAAGAGTGTGAGCTAAAACCTAAGAAGGTATCAGAGTCTTATGCCCAGCAAGCAT TGGAGAGGTCCTGAGATGAGAGGCAAACATGCCATGCATTAGTGTAGACACTAGACACATGTAAAGTGATGTA CATAACATAGGTGGGTATACATGCGTGTAAGAAAGGAGTCAGGAGCAGGACAGATCCAGCATTTTCGTGCAAGATGTGTCCGAAATGAGAGTTTCAGGTTTACATTTGCTCCCATTTGTAATCCATCATTCTGCTTCTACCTTTGTCAGACCCTTGGGGTCAAAGCTTGTACGTGGAGCACTTGTACCAAACAATCCGTCTGCTTGTCAACCAGCAGAAAAGGGGTGGTAAATTTTGTACATGTAAAATCGGTTGT CTTTTATTCAGCACTAAATAAAAAGCATGTAAGCGGTTGGGGGCAGAAAAAAAAAGA      ]
[-] EMBL CF308143             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  CCATGCATTAGTGTAGCCACTAGACACATGTAAAGTGATGTA CATAACATAGGTGGGTATACATGCGTGTAAAAAAGGAGTCAGGACCAGGACAGATCCAGCATTTTCGTGCAAAATGTGTCCGAAATGAGAGTTTCAGGTTTACATTTGCTCCCATTTGTAATCCATCATTCGGCTTCTCCCTTTGTCAGACCCTTGGGGTCAAAGTTTGTACGTCGAGCACTTGTACCAAACAATCCGTTTGTTTGTCAACCAGCAAAAAAGGGGTTGTAAATTTTGTACATGTAAAATCGGTTGTACTTTTATTCAGCATTAAATAAAAAGCATGTAAGCGGTTGGGCGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAA]


>consensus_9304#0 GAGATACGTGGCTATGAGGAAGGTTCAAGATTCTTGATTGTATTTCGTTTGGGGCCATCA GATGGACCAATCAGGATTGAGAACCGGACAAGTAGTACAACTATCAGTGCTCGACAGTCT GGTTTGGGAGAGGATTCTTGGATACAAGTGAAACCACTTTCAACCAAAAAATATTCTTGG GATGACCCATATGGACATACAACTTTTGATGTTAGCATCCAGCAAGGAGATGTTACTTTC TTTCAGTGTGTTGACCTGGAAAACCCTGATGAATGTTCCGCTGGTTTTAGAGAACATCAC CTCAAGCTCAGTATAGTTGAGACTGCTGATGTTAAGATTTTGAAGTTTGCTGATTACCCA AGAAGACAAGAGGGAGGGTACAGATCTGATCTGGGTGATCACCAAGCCTCGCCAGTTATG CAAAATGATACAGATACAGGTGCTGGACTATTGGAACTTATTGTTGAACTTGGAGTTGTT GGAGTCTCTTTGATTGATCATAAACCGAGAGAGCTTTTGTACTTACATCTGCAGAAGCTT TTTATTTCATACATGACTGGTTACAATTCTGGTACCACTAGCAGGTTTAAGTTAATTATT GGCCATATGCAACTAGATAATCAGTTGCCATTGTCTATAATGCCTGTTGCTTTGGCAACT GAGAGCATGCCTGACTCAAACCATCCTGTATTTAAAGCAAACATCGCCGTAAGCAATGTA ACTTCAAATGGTATTCAAGTCTATCCACATGTCTATATCCGGGTAACTGATCAAACATGG AGGTTGAATATTCATGAACCTATTATTTGGGCATTGGTTGATTTCTACAGCAATCTTCGT TTTGTCAGCACCAACAACATCTCAACTGTAACAGAAGTGGATCCTGAGATACGAATAGAG CTTGTTGATATATCGGAGATAAGGTTGAAAATATCTCTGGAAACTGCGCCTACTCAAAGA CCACGTGGTGTCCTTGGCATATGGAGCCCTGTCCTATCAGCTGTAGGCAATGCACTTAAG ATTCAGGTGCATCTGCGTAAGGTCATGCACAGAAGTCGTTACATGCGGAAGAGTTCCATC ATTCCCGCAATCACGAACCGAATCAAGAGAGATCTGATCCACAATCCTCTGCACCTAATA TTTTCAGTAGATTTTCTTGGAGTGACAAAATCAACTTTGTCATCACTTAGTAAAGGGTTT GCAGAGCTCTCTACTGATGGGCAATTTCTTCAGCTGAGATCAAAGCAGGTTTGGTCAAGG AGAATAACTGGTGTTGGTGATGGACTAGTTCAAGGGACTGAAGCATTTGCTCAGGGTTTG GCTTTTGGGGTTTCTGGTGTTCTAAGAAAGCCAGTCGAGAGTGCCCGACAGTATGGTGCA ATTGGCATTGCACATGGTCTTGGCCGTGCTTTTGTGGGGTTTATTGTCCAACCCTTAAGT GGGGCCTTTGATTTCTTCTCATTGACAGTTGATGGAATTAGTGCCAGCTTTATGAGATGC GTGGATATTCTGAATAATAAACATGTCCCTCAGAGGATTAGAGATCCTCGTGCTATACAC CGAGATGGTATAATAAGAGAGTACGACAAAGTACAAGCTGCGGGCCAGATGGCCCTTTAC CTAGCAGAGGCTAGCAGATATTTTGCATGCACAGATTTATTTCGGGAACCTTCAAAGTAT GCATGGTCAGATTACTATGAAGATCATTTTATCGTACAAAATCAGAAGGTTGCTTTGGTA ACAAACAAACGAGTGATACTGCTTCAGTGCGTGGATCTAGATAAAATGGATAAGAAGCCT TCGAAAATACTTTGGGACGTTCCTTGGGAAGATGTGCTTGCATTGGAGCTGGCAAAAGCT GGGTATCAAAGGCCTTCTCACGTAATCATACATCTGAAGAATTTTAGGAGATCTGAAAAC TTTGTAAGGCTTATAAAGTGCAACGTTGATGAGGAGCATGAACCTCAGGCTCTTCTACTT TGTTCTTCAATTCGAAAGATGTGGAGATCTCACCAGGCAGATATGAAAGTTGTACCCTTG AAGGTTCCTGGGGGCCAGCACGATGTATATTTCGCATTTGATGAAGATATGAGGGAGTTC CACAGTTTTGCTAGGCCTTTGCTAAGCCCAAGGGGAGCAGCAAGTAATGTTGAGGAGCGA CTCATTAACGATACAGTTAACTTCCAGAACATGTGGAGCAGTGAACAAGAAATTCGAAGC AGATGCAAACTACTTTCAAAGCAGGTTGCAGATGATGGAAGGGTGTTTAGTATCTGGAGG CCTCTCTGCCCTAGTGGGTATGTCTCAATCGGAGATATTGCTCATGTTGGCATTCATCCA CCACATGTTGCTGCTGTCTACAAAAATGTGGGTGGAAATTTCGCTCTGCCACTTGGCTAT GACCTGGTTTGGAGAAACTGTGGTGAGGATTACAGGAATCCTGTATCAATATGGTTTCCA CGGCCACCTGAAGGATACGTAGCTCTCGGATGCGTGGCTGTATCTGCTTTTGAGGAGCCC CCTCTCGACTCTGCCTTCTGTGTTAGTGAGAGATTTGCGGAAGATGCAGTATACGAGGAG CAAATTGTATGGGCTTCGTCAGATGCCTACCCATGGGGATGCTATGTTTACCAAGTTCAG AGCAAGTCACTGCAATTCATGGCGATGCGGCGGCCAAAAGAAGAGTGTGAGCTAAAACCT AAGAAGGTATCAGAGTCTTATGCCCAGCAAGCATTGGAGAGGTCCTGAGATGAGAGGCAA ACATGCCATGCATTAGTGTAGACACTAGACACATGTAAAGTGATGTACATAACATAGGTG GGTATACATGCGTGTAAGAAAGGAGTCAGGAGCAGGACAGATCCAGCATTTTCGTGCAAG ATGTGTCCGAAATGAGAGTTTCAGGTTTACATTTGCTCCCATTTGTAATCCATCATTCTG CTTCTACCTTTGTCAGACCCTTGGGGTCAAAGCTTGTACGTCGAGCACTTGTACCAAACA ATCCGTCTGCTTGTCAACCAGCAGAAAAGGGGTTGTAAATTTTGTACATGTAAAATCGGT TGTACTTTTATTCAGCACTAAATAAAAAGCATGTAAGCGGTTGGGGGCAGAAAAAAAAAG AAAAAAA



clustalw multiple alignements is not computed in this case


Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)