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Oryza sativa
cluster # 9375 cluster # 9375       Sequences # 6       consensus # 1


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_9375#0 length = 1442 sequences # 6  

consensusID : consensus_9375#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 6
consensus length = 1442
fasta sequence
                              [GTTGATAATGAGATTGACCCTGAAAATTCATGGAGATGGGATATTGGGATCGCATTTCAATATTGACTCAGTACTTACCTTTTGATCTGATGGTCCTTTGAACTACATGGTCCTTTGAACTACCAAGCTGGGGTAAATGCTACACTCTGCTCTGAAACTTTAGATGTACCAATCAAACATACAGCAATCATGTGTTTTTGCATAAGACCTTATTCTTATGTGTTCCTTCCCTTCAAGTCCTGCTATATGATAATTTAGTGTATAATGCTGAGTCCAGCATGGTTTTGCTTATATATGGCAATTGTTGTTTCTACCCAACTAACGAAGCTCTAATTAAGATTGATATCATCTCTTTTCTTCGATGTTGGTATTTAGCACTATCTATATTCTGTAGTAGTCATCATGATAAGTCTCTCGATTGAAAATCTGAAATATTGTAGGATCGTGTGCTTATCTTGTTGGCCAAGCTTGCTGCATGTGTTAGACCTTCGTATATTACAGATAGCATTTCAGCGGCAGATGTCAGCCTAACTCGAAACATGTCATATTTCCGGCGTGTTAATTCCAATGGCATTCCTAAAATCACTTACTTACACCTTTATGAGTGTGAGGCTTTCTCGATCGGCATCTTTTGTTTGCCTCCAAGGGGTGTCATTCCTCTCCATAAATCACCC--ACATGACTGTGTTCAGTAAGCTTCTTTTTGGTGAGCTGCGTGTGAAGTCCTATGATTGGGCTGATGCCTCACAAGATTCAACTGATGCTCAGTTGCAAGGAGCCCGCTTAGCAAAGGTGAAGGTTGATGGCACCTTGAATGCACCTTGTGCAACATCGGTACTATATCCGGAAGATGGTGGCAACCTGCACTGCTTCACCGCACATACTGCTTGTGCTGTTCTTGATGTCCTTGGCCCACCATATGACGATGGCAGTGGGAGGCACTGCCAGCACTACAACGTCTCTTCCTCT-GCACCTTCTGCTGGAGATTCAAAGCCCCTTCCTGGAGACGAT-GGATACGCAT-GGCTGGAGGAGTGTGAACCACCAGACAA-TTTTCATCTTG-TC-GGGTC-AACTTATAT-GGG-TCCAAGAATTGTGGACAATTGAACTTACGA-GGATTCCTTGG-TTTCTTGC-AGCGCATGA-TGTAACTTTCA-TTTGGTGTAAATACATCGCTGGAGAAAATAGGTCCTCCTTTGGGTCATAACTAGACCACGTTCATCATCACTTAAACTGGAGGACCTAAATTGCTTAGTAATAAAAACATGCTCGGTAATTGAGGTTGTGTAGGCCTTTGCTGTATTTTTTTTTCTTGTTCATTTCTGTGTTTTCTTGTGTCTCTAGTCTGTACCAGTTAGCAGTGTAGCATTGGATTGCCTGATTCATCATGTTCCCAAGTAATGTTTGGACTTGCTAAAAAAATCAGAAATCTTTTCCTTTTCCTGAAAAAATT]

[+] EMBL CB000918             [GTTGATAATGAGATTGACCCTGAAAATTCATGGAGATGGGATATTGGGATCGCATTTCAATATTGACTCAGTACTTACCTTTTGATCTGATGGTCCTTTGAACTACATGGTCCTTTGAACTACCAAGCTGGGGTAAATGCTACACTCTGCTCTGAAACTTTAGATGTACCAATCAAACATACAGCAATCATGTGTTTTTGCATAAGACCTTATTCTTATGTGTTCCTTCCCTTCAAGTCCTGCTATATGATAATTTAGTGTATAATGCTGAGTCCAGCATGGTTTTGCTTATATATGGCAATTGTTGTTTCTACCCAACTAACGAAGCTCTAATTAAGATTGATATCATCTCTTTTCTTCGATGTTGGTATTTAGCACTATCTATATTCTGTAGTAGTCATCATGATAAGTCTCTCGATTGAAAATCTGAAATATTGTAGGATCGTGTGCTTATCTTGTTGGCCAAGCTTGCTGCATGTGTTAGACCTTCGTATATTACAGATAGCATTTCAGCGGCAGATGTCAGCCTAACTCGAAACATGTCATATTTCCGGCGTGTTAATTCCAATGGCATTCCTAAAATCACTTACTTACACCTTTATGAGTGTGAGGCTTTCTCGATCGGCATCTTTTGTTTGCCTCCAAGGGGTGTCATTCCTCTCCATAAATCACCC  ACATGACTGTGTTCA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ]
[+] EMBL OSR19441A            [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TTCTCGATCGGCATCTTTTGTTTGCCTCCAAGGGGTGTCATTCCTCTCCAT AATCACCCCAACATGACTGTGTTCAGTAAGCTTCTTTTTGGTGAGCTGCGTGTGAAGTCCTATGATTGGGCTGATGCCTCACAAGATTCAACTGATGCTCAGTTGCAAGGAGCCCGCTTAGCAAAGGTGAAGGTTGATGGCACCTTGAATGCACCTTGTGCAACATCGGTACTATATCCGGAAGATGGTGGCAACCTGCACTGCTTCACCGCACATACTGCTTGTGCTGTTCTTGATGTCCTTGGCCCACCATATGACGATGGCAGTGGGAGGCACTGCCAGCACTACAACGTCTCTTCCTCTGGCACCTTCTGCTGGAGATTCAAAGCCCCTTCCTGGAGACGATGGGATACGCATGGGCTGGAGGAGTGTGAACCACCAGACAA TTTTCATCTTG TC GGGTC AACTTATAT GGG TCCAAGAATTGTGGACAATTGAACTTACGA GGATTCCTTGG TTTCTTGC AGCGCATGA TGTAACTTTCA TTTGGTGTAAATACATCGCTGGAGAAAATAGGTCCTCCTTTGGGTCATAACTAGACCACGTTCATCATCACTTAAACTGGAGGACCTAAATTGCTTAGTAATAAAAACATGCTCGGTAATTGAGGTTGTGTAGGCCTT                                                                                                                                                              ]
[+] EMBL D43270               [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              AGTTGCAAGGAGCCCGCTTAGCAAAGGTGAAGGTTGATGGCACCTTGAATGCACCTTGT CAACATCGGTACTATATTNGGAAGATGGTGGCAACCTGCACTGCTTCACCGNACATACTGCTTGTGCTGTTCTTGATGTTCTTGGNCCACCATATGACGATGGCAGTGGGNGGCACTGNCAGCACTACAACGTCTCTTCCTCT GCACCTTCTTCTGGAGATTCAAAGCCCCTTCCTGGAGACGAT GGATACGCAT GGCTGGTGGAGTGTGAACCACCAGCCAA TTTTCATCTTGTTCGGGGTCAAACTTATAT GGGNTCCAAG                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ]
[+] EMBL OSC356               [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ACCTTGTG AACATCGGTACTATATCCGGAAGATGGTGGCAACCTGCACTGCTTCACCGCACATACTGCTTGTGCTGTTCTTGATGTCCTTGGCCCACCATATGACGATGGCAGTGGGAGGCACTGCCAGCACTACAACGTCTCTTCCTCT GCACCTTCTGCTGGAGATTCAAAGCCCCTTCCTGGAGACGAT GGATACGCAT GGCTGGAGGAGTGTGAACCACCAGACAA TTTTCATCTTG TC GGGTC AACTTATAT GGG TCCAAGAATTGTGGACAATTGAACTTACGAGGGATTCCTTGG TTTCTTGCAAGCGAATGATTGTAACTTTCATTTTGGNGTAAAT                                                                                                                                                                                                                                                                                            ]
[+] EMBL AU031820             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TCCTGGAGACGAT GGATACGCATGGGCTGGAGGAGTGTGANCCACCAGACAATTTTTCATCTTG TC GGGTC AACTTATATGGGG TCCAAGAATTGTGGACAATTGAACTTACGA GGATTCCTTGGTTTTCTTGC AGCGCATGA TGTAACTTTCA TTTGGTGTAAATACATCGCTGGAGAAAATAGGTCCTCCTTT GGTCATAACTAGACCACGTTCATCATCACTTAAACTGGAGGACCTAAATTGCTTAGTAATAAAAACATGCTCGGTAATTGAGGTTGTGTAGGCCTTTGCTGTATTTTTTTTTCTTGTTCATTTCTGTGTTTTCTTGTGTCTCTAGTCTGTACCAGTTAGCAGTGTAGCATTGGATTGCCTGATTCATCATGTTCCCAAGTAATGTTTGGACTTGCTAAAAAAATCAGAAATCTTTTCCTTTTCCTGAAAAAA  ]
[+] EMBL C99149               [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         GAGGACCTAAATTGCTTAGTAATAAAAACATGCTCGGTAATTGAGGTTGTGTAGGCCTTTGCTGTATTTTTTTTTCTTGTTCATTTCTGTGTTTTCTTGTGTCTCTAGTCTGTACCAGTTAGCAGTGTAGCATTGGATTGCCTGATTCATCATGTTCCCNAGTAATGTTTGGACTTGCTAANAAAATNAGAAATCTTTTCCTTTTCCTGACTAATTT]


>consensus_9375#0 GTTGATAATGAGATTGACCCTGAAAATTCATGGAGATGGGATATTGGGATCGCATTTCAA TATTGACTCAGTACTTACCTTTTGATCTGATGGTCCTTTGAACTACATGGTCCTTTGAAC TACCAAGCTGGGGTAAATGCTACACTCTGCTCTGAAACTTTAGATGTACCAATCAAACAT ACAGCAATCATGTGTTTTTGCATAAGACCTTATTCTTATGTGTTCCTTCCCTTCAAGTCC TGCTATATGATAATTTAGTGTATAATGCTGAGTCCAGCATGGTTTTGCTTATATATGGCA ATTGTTGTTTCTACCCAACTAACGAAGCTCTAATTAAGATTGATATCATCTCTTTTCTTC GATGTTGGTATTTAGCACTATCTATATTCTGTAGTAGTCATCATGATAAGTCTCTCGATT GAAAATCTGAAATATTGTAGGATCGTGTGCTTATCTTGTTGGCCAAGCTTGCTGCATGTG TTAGACCTTCGTATATTACAGATAGCATTTCAGCGGCAGATGTCAGCCTAACTCGAAACA TGTCATATTTCCGGCGTGTTAATTCCAATGGCATTCCTAAAATCACTTACTTACACCTTT ATGAGTGTGAGGCTTTCTCGATCGGCATCTTTTGTTTGCCTCCAAGGGGTGTCATTCCTC TCCATAAATCACCCACATGACTGTGTTCAGTAAGCTTCTTTTTGGTGAGCTGCGTGTGAA GTCCTATGATTGGGCTGATGCCTCACAAGATTCAACTGATGCTCAGTTGCAAGGAGCCCG CTTAGCAAAGGTGAAGGTTGATGGCACCTTGAATGCACCTTGTGCAACATCGGTACTATA TCCGGAAGATGGTGGCAACCTGCACTGCTTCACCGCACATACTGCTTGTGCTGTTCTTGA TGTCCTTGGCCCACCATATGACGATGGCAGTGGGAGGCACTGCCAGCACTACAACGTCTC TTCCTCTGCACCTTCTGCTGGAGATTCAAAGCCCCTTCCTGGAGACGATGGATACGCATG GCTGGAGGAGTGTGAACCACCAGACAATTTTCATCTTGTCGGGTCAACTTATATGGGTCC AAGAATTGTGGACAATTGAACTTACGAGGATTCCTTGGTTTCTTGCAGCGCATGATGTAA CTTTCATTTGGTGTAAATACATCGCTGGAGAAAATAGGTCCTCCTTTGGGTCATAACTAG ACCACGTTCATCATCACTTAAACTGGAGGACCTAAATTGCTTAGTAATAAAAACATGCTC GGTAATTGAGGTTGTGTAGGCCTTTGCTGTATTTTTTTTTCTTGTTCATTTCTGTGTTTT CTTGTGTCTCTAGTCTGTACCAGTTAGCAGTGTAGCATTGGATTGCCTGATTCATCATGT TCCCAAGTAATGTTTGGACTTGCTAAAAAAATCAGAAATCTTTTCCTTTTCCTGAAAAAA TT



clustalw multiple alignements is not computed in this case


Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)