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Oryza sativa
cluster # 9527 cluster # 9527       Sequences # 6       consensus # 1


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_9527#0 length = 1064 sequences # 6  

consensusID : consensus_9527#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 6
consensus length = 1064
fasta sequence
                              [GTACAACTTCCCGCTCGCCGGCGGCGGCCGCGGCGCGGACCCGTCGATCCCGGAGGCGTTCCTCTTGGAGCTCCAGTCCCGGTGCGCCCCCGGCGACTTCAACACGCGGCTGCCGCTCGTCCGCGGCAGCGAGGCCGAGTTGGACACCTCCATCCTCCGCAACATCCGCAACGGCTTCGCCGTCATCGCCTCCGACGCCGCGCTTTACAACGCCACGGCCACCGTCGGCGTCGTCGACACCTACTCCAGCATGCTCAGCGCCTTCTTCGGCCCCTACTTCCGCCAGGACTTCGCCGACGCCATGGTCAAGATGGGGAGCGTCGGCGTGCTCACCGGCGCCGCC-GCGAGGTCAGGAAAGTCTGCTCCAAGTTCAACTGAG-TTTG-AAAAAAAATTAAGCTAGAGCTATTAGCTGGTAGAATGAGATGAAAATTAATCAT-CCATGGTTGGCATAATTTTAATTTCTTCTTGAAATCAACAAAATTGTGTAGATCATAATTAAATTACTGGAAATTAAAAGGAATTGATCAAGTTCATGTGCATCTTGCTGGGACAGAAGAAGAGAGAAATTTTGCATAAA-GGTCCAAAAATATTAAATTAATTGAGGATCTGTGCAGTTTTCTTCTTTTCTGGGGTCTCAGAAGATGGAATATATACAGAGAGAGGGGTTATAAGATAAATTTGGTCTACATGTTTATATATATACATATATGTACAAGTGAGATATAGTCATTTTTGTTCTTGGGTTTGGGGTATTTTGTTGATTTGTTGCCGAGTGAAACTGTAAAGAAGTGTTGAATTCATTGATTCTAAGTGGTGCCAAACCTCTGTAACGATCTGTCCCCTAGCTTAATTTTTTTTCTTTGGTTGGATTGTAAATTAAAAGCTACCATTTGCTTCTTGTTACGAGCTTTAAAGTGCAGTTATATTGTTAGGGCCGGCCTAGTACATGGATTGTTCTATCATCTTTGATATATGCAATGCAATTACCAGGTAGTGTAAATTTTTCACTGAATTACAAGTCAACTGATTTGTTAGGTTTGTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA]

[-] EMBL CB652786             [GTACAACTTCCCGCTCGCCGGCGGCGGCCGCGGCGCGGACCCGTCGATCCCGGAGGCGTTCCTCTTGGAGCTCCAGTCCCGGTGCGCCCCCGGCGACTTCAACACGCGGCTGCCGCTCGTCCGCGGCAGCGAGGCCGAGTTGGACACCTCCATCCTCCGCAACATCCGCAACGGCTTCGCCGTCATCGCCTCCGACGCCGCGCTTTACAACGCCACGGCCACCGTCGGCGTCGTCGACACCTACTCCAGCATGCTCAGCGCCTTCTTCGGCCCCTACTTCCGCCAGGACTTCGCCGACGCCATGGTCAAGATGGGGAGCGTCGGCGTGCTCACCGGCGCCGCCGGCGAGGTCAGGAAAGTCTGCTCCAAGTTCAACTGAG TTTG AAAAAAAATTAAGCTAGAGCTATTAGCTGGTAGAATGAGATGAAAATTAATCAT CCATGGTTGGCATAATTTTAATTTCTTCTTGAAATCAACAAAATTGTGTAGATCATAATTAAATTACTGGAAATTAAAAGGAATTGATCAAGTTCATGTGCATCTTGCTGGGACAGAAGAAGAGAGAAATTTTGCATAAA GGTCCAAAAATATTAAATTAATTGAGGATCTGTGCAGTTTTCTTCTTTTCTGGGGTCTCAGAAGAT GAAGATATACAGAGAGAGGGGTTATAAGATAAAaac                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ]
[+] EMBL OSS14433A            [                                                                                                                                                                                                                                                                AGCGCCTTCTTCGGCCCCTACTTCCGCCA GACTTCNCCGACGCCATGGTCAAGATGGGGAGCGTCGGCGTGCTCACCGGCGNCGCC GCGAGGTCAGGAAAGTCTGCTCCAAGTTCAACTGAG TTTG AAAAAAAATTAAGCTAGAGCTATTAGCTGGTAGAATGAGATGAAAATTAATCAT CCATGGTTGGCATAATTTTAATTTCTTCTTGAAATCAACAAAATTGTGTAGATCATAATTAAATTACTGGAAATTAAAAGGAATTGATCAAGTTCATGTGCATCTTGCTGGGACAGAAGAAGAGAGAAATTTTGCATAAA GGTCCAAAAATATTAAATTAATTGAGGATCTGTGCAGTTTTCTTCTTTTCTGGGGTCTCAGAAGGTGGNATATATACAGAGAGAGGGG TATAAGNTAAATTTGGNCT CATG TTATATATATACATATATGTNCAAGTG GGTAT GGCATTTTTGT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ]
[+] EMBL OSS14544A            [                                                                                                                                                                                                                                                                AGCGCCTTCTTCGGCCCCTACTTCCGCCAGGACTTCGCCGACGCCATGGTCAAGATGGGGAGCGTCGGCGTGCTCACCGGCGCCGCC GCGAGGTCAGGAAAGTCTGCTCCAAGTTCAACTGAG TTTG AAAAAAAATTAAGCTAGAGCTATTAGCTGGTAGAATGAGATGAAAATTAATCAT CCATGGTTGGCATAATTTTAATTTCTTCTTGAAATCAACAAAATTGTGTAGATCATAATTAAATTACTGGAAATTAAAAGGAATTGATCAAGTTCATGTGCATCTTGCTGGGACAGAAGAAGAGAGAAATTTTGCATAAAGGGTCCAAAAATATTAAATTAATTGNGGGTCTGTGCAGTTTTCTTCNTTT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ]
[+] EMBL AU088699             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    CAACTGAGTTTTG AAAAAAAATTAAGCTAGAGCTATTAGCTGGTAGAATGAGATGAAAATTAATCATCCCATGGTTGGCATAATTTTAATTTCTTCTTGAAATCAACAAAATTGTGTAGATCATAATTAAATTACTGGAAATTAAAAGGAATTGATCAAGTTCATGTGCATCTTGCTGGGACAGAAGAAGAGAGAAATTTTGCATAAA GGTCCAAAAATATTAAATTAATTGAGGATCTGTGCAGTTTTCTTCTTTTCTGGGGTCTCAGAAGATGGAATATATACAGAGAGAGGGGTTATAAGATAAATTTGGTCTACATGTTTATATATATACATATATGTACAAGTGAGATATAGTCAaaaaaaaaa                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ]
[+] EMBL AU096608             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AACTGAG TTTGAAAAAAAAATTAAGCTAGAGCTATTAGCTGGTAGAATGAGATGAAAATTAATCAT CCATGGTTGGCATAATTTTAATTTCTTCTTGAAATCAACAAAATTGTGTAGATCATAATTAAATTACTGGAAATTAAAAGGAATTGATCAAGTTCATGTGCATCTTGCTGGGACAGAAGAAGAGAGAAATTTTGCATAAA GGTCCAAAAATATTAAATTAATTGAGGATCTGTGCAGTTTTCTTCTTTTCTGGGGTCTCAGAAGATGGAATATATACAGAGAGAGGGGTTATAAGATAAATTTGGTCTACATGTTTATATATATACATATATGTACAAGTGAGATATAGTCATTTTTGTTCTTGGGTTTGGGGTATTTTGTTGATTTGTTGCCGAGTGAAACTGTAAAGAAGTGTTGAATTCATTGATTCTAAGTGGTGCCAAACCTCTGTAACGATCTGTCCCCTAGCTTAATTTTTTTTCTTTGGTTGGATTGTAAATTAAAAGCTACCATTTGCTTCTTGTTACGAGCTTTAAAGTGCAGTTATATTGTTAGGGCCGGCCTAGTACATGGATTGTTCTATCATCTTTGATATATGCAATGCAATTACCAGGTAGTGTAAATTTTTCACTGAATTACAAGTCAACTGATTTGTTAGGTTTGTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA]
[+] EMBL AU096632             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TACTGGAAATTAAANGGAATTGATCAAGTTCATGTGCATCTTGCTGGGACAGAAGANGAGAGAAATTTTGCATAAA GGTCCAAAAATATTAAATTAATTGAGGATCTGTGCAGTTTTCTTCTTTTCTGGGGNCTCAGAAGATGGAATATATACAGAGAGAGGGGTTATAAGATAAATTTGGTCTACATGTTTATATATATACATATATGTACAAGTGAGATATAGTCATTTTTGTTCTTGGGTTTGGGGTATTTTGTTGATTTGTTNCCGAGTGAAACTGTAAAGAAGTGTTGAATTCATTGATTCTAAGTGGTGCCAAACCTCTGTAACGATCTGTCCCCTAGCTTAATTTTTTTTCTTTGGTTGGATTGTAAATTAAAAGCTACCATTTGCTTCTTGTTACGAGCTTTAAAGTGCAGTTATATTGTTAGGGCCGGCCTAGTACATGGATTGTTCTATCATCTTTGATATATGCAATGCAATTACCAGGTAGTGTAAATTTTTCACTGAATTACAAGTCAACTGATTTGTTAGGTTTGTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA]


>consensus_9527#0 GTACAACTTCCCGCTCGCCGGCGGCGGCCGCGGCGCGGACCCGTCGATCCCGGAGGCGTT CCTCTTGGAGCTCCAGTCCCGGTGCGCCCCCGGCGACTTCAACACGCGGCTGCCGCTCGT CCGCGGCAGCGAGGCCGAGTTGGACACCTCCATCCTCCGCAACATCCGCAACGGCTTCGC CGTCATCGCCTCCGACGCCGCGCTTTACAACGCCACGGCCACCGTCGGCGTCGTCGACAC CTACTCCAGCATGCTCAGCGCCTTCTTCGGCCCCTACTTCCGCCAGGACTTCGCCGACGC CATGGTCAAGATGGGGAGCGTCGGCGTGCTCACCGGCGCCGCCGCGAGGTCAGGAAAGTC TGCTCCAAGTTCAACTGAGTTTGAAAAAAAATTAAGCTAGAGCTATTAGCTGGTAGAATG AGATGAAAATTAATCATCCATGGTTGGCATAATTTTAATTTCTTCTTGAAATCAACAAAA TTGTGTAGATCATAATTAAATTACTGGAAATTAAAAGGAATTGATCAAGTTCATGTGCAT CTTGCTGGGACAGAAGAAGAGAGAAATTTTGCATAAAGGTCCAAAAATATTAAATTAATT GAGGATCTGTGCAGTTTTCTTCTTTTCTGGGGTCTCAGAAGATGGAATATATACAGAGAG AGGGGTTATAAGATAAATTTGGTCTACATGTTTATATATATACATATATGTACAAGTGAG ATATAGTCATTTTTGTTCTTGGGTTTGGGGTATTTTGTTGATTTGTTGCCGAGTGAAACT GTAAAGAAGTGTTGAATTCATTGATTCTAAGTGGTGCCAAACCTCTGTAACGATCTGTCC CCTAGCTTAATTTTTTTTCTTTGGTTGGATTGTAAATTAAAAGCTACCATTTGCTTCTTG TTACGAGCTTTAAAGTGCAGTTATATTGTTAGGGCCGGCCTAGTACATGGATTGTTCTAT CATCTTTGATATATGCAATGCAATTACCAGGTAGTGTAAATTTTTCACTGAATTACAAGT CAACTGATTTGTTAGGTTTGTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA



clustalw multiple alignements is not computed in this case


Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)