Home
Who am I
Technology
EST Assembly
Contact

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Oryza sativa
cluster # 9681 cluster # 9681       Sequences # 6       consensus # 1


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_9681#0 length = 1816 sequences # 6  

consensusID : consensus_9681#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 6
consensus length = 1816
fasta sequence
                              [CAATCAGGTTTCCATGTTTGAAGCCAAGGTTGCTAGTGGCAACGGTGAGCAAACTTTGAGCAGAGACGTTTATAGACTGGGGCACAGATTGGATTTCTTTCGGATGCTCCCTTTCTTTTATACAACCATCGGGTTTTATTTCAACACAATGATGGTGGTGCTAACAGTCTATGCATTTGTATGGGGGCGCTTTTATCTCGCACTGAGTGGTCTTGAGGCTTTCATCAGCAGCAATACTAACTCCACAAATAATGCAGCGCTAGGAGCTGTCCTTAATCAGCAGTTTGTCATACAACTAGGCATTTTCACTGCACTGCCCATGATAATTGAAAACTCACTTGAACATGGGTTCCTCACTGCAGTTTGGGATTTCATAAAAATGCAATTGCAGTTTGCATCTGTTTTCTACACCTTCTCGATGGGAACGAAGACACATTATTATGGGCGGACAATTCTTCATGGAGGTGCAAAATATCGAGCCACTGGCCGTGGTTTTGTTGTGGAGCACAAAAAATTTGCAGAAAATTATAGGCTGTATGCTCGTAGCCACTTCATCAAAGCAATAGAGCTTGGTGTGATATTGACTCTTTATGCTTCTTATGGTAGCAGCTCTGGGAACACATTAGTGTACATCCTGCTGACAATTTCCAGTTGGTTTCTAGTTCTTTCGTGGATTCTTGCTCCATTCATTTTTAATCCTTCAGGATTGGATTGGCTGAAGAATTTTAATGATTTTGAGGATTTCCTAAACTGGATTTGGTTCCGGGGTGGAATCTCAGTGAAGTCAGATCAAAGCTGGGAGAAGTGGTGGGAAGAAGAAACTGATCATCTTCGGACAACTGGTCTGTTTGGGAGCATATTGGAAATCATATTGGACCTTCGGTTTTTCTTCTTTCAATATGCAATTGTTTATCGGCTACACATTGCCGGTACAAGCAAAAGCATCCTTGTCTACCTTCTTTCCTGGGCATGTGTCCTGCTGGCTTTTGTGGCTCTTGTGACAGTTGCTTACTTTCGCGACAAATATTCAGCAAAGAAGCACATACGTTACCGGCTTGTCCAGGCTATTATTGTTGGTGCAACGGTGGCTGCTATTGTTCTGTTGTTAGAATTCACAAAGTTCCAATTCATTGATACCTTTACCAGCCTTTTGGCTTTTCTTCCGACTGGCTGGGGAATCATATCTATTGCTCTGGTATTCAAGCCTTATCTGAGGAGGTCTGAGATGGTCTGGAGAAGTGTGGTTACTTTGGCACGCCTATATGATATAATGTTTGGAGTAATTGTTATGGCACCAGTAGCTGTGTTGTCATGGCTGCCTGGACTCCAGGAGATGCAGACGAGGATCCTGTTCAATGAAGCATTTAGTAGGGGACTACATATTTCCCAAATCATTACTGGAAAAAAATCACATGGAGTTTGAGCTGGATTCATCTTCCTTTTCTGAAAATGACCTGCCTTGATGGTATTCTATTGGAACGCTGCCCTTCTCAAGGTTCATACAGGCTTCCCAGTTTAGATTAGATGGATGCTAGTTCTATGTACAGGACTCTTTATCTTGATTCTTCTTAACTCAATTTACACATGGATTTCTATGGTAGAGATGATACAGTCGATCGAATGGGTTGTCAATTTGGTTTATATTCATGGTTCGAGATTTGGTAGCTTATTAGAAATTTTGTAGCGAAACAGAGCTGTACAAACTTTATCGTGAATGCACCTGCTTATGCCGTCCGTAGATCTCTTGAGGTGGCTGCCCTTTTTGTTGTAAAGTTTATTATTTGCTGTTTGCGCATACCTGCACATACACCTTCAT]

[+] EMBL AK060407             [CAATCAGGTTTCCATGTTTGAAGCCAAGGTTGCTAGTGGCAACGGTGAGCAAACTTTGAGCAGAGACGTTTATAGACTGGGGCACAGATTGGATTTCTTTCGGATGCTCCCTTTCTTTTATACAACCATCGGGTTTTATTTCAACACAATGATGGTGGTGCTAACAGTCTATGCATTTGTATGGGGGCGCTTTTATCTCGCACTGAGTGGTCTTGAGGCTTTCATCAGCAGCAATACTAACTCCACAAATAATGCAGCGCTAGGAGCTGTCCTTAATCAGCAGTTTGTCATACAACTAGGCATTTTCACTGCACTGCCCATGATAATTGAAAACTCACTTGAACATGGGTTCCTCACTGCAGTTTGGGATTTCATAAAAATGCAATTGCAGTTTGCATCTGTTTTCTACACCTTCTCGATGGGAACGAAGACACATTATTATGGGCGGACAATTCTTCATGGAGGTGCAAAATATCGAGCCACTGGCCGTGGTTTTGTTGTGGAGCACAAAAAATTTGCAGAAAATTATAGGCTGTATGCTCGTAGCCACTTCATCAAAGCAATAGAGCTTGGTGTGATATTGACTCTTTATGCTTCTTATGGTAGCAGCTCTGGGAACACATTAGTGTACATCCTGCTGACAATTTCCAGTTGGTTTCTAGTTCTTTCGTGGATTCTTGCTCCATTCATTTTTAATCCTTCAGGATTGGATTGGCTGAAGAATTTTAATGATTTTGAGGATTTCCTAAACTGGATTTGGTTCCGGGGTGGAATCTCAGTGAAGTCAGATCAAAGCTGGGAGAAGTGGTGGGAAGAAGAAACTGATCATCTTCGGACAACTGGTCTGTTTGGGAGCATATTGGAAATCATATTGGACCTTCGGTTTTTCTTCTTTCAATATGCAATTGTTTATCGGCTACACATTGCCGGTACAAGCAAAAGCGTCCTTGTCTACCTTCTTTCCTGGGCATGTGTCCTGCTGGCTTTTGTGGCTCTTGTGACAGTTGCTTACTTTCGCGACAAATATTCAGCAAAGAAGCACATACGTTACCGGCTTGTCCAGGCTATTATTGTTGGTGCAACGGTGGCTGCTATTGTTCTGTTGTTAGAATTCACAAAGTTCCAATTCATTGATACCTTTACCAGCCTTTTGGCTTTTCTTCCGACTGGCTGGGGAATCATATCTATTGCTCTGGTATTCAAGCCTTATCTGAGGAGGTCTGAGATGGTCTGGAGAAGTGTGGTTACTTTGGCACGCCTATATGATATAATGTTTGGAGTAATTGTTATGGCACCAGTAGCTGTGTTGTCATGGCTGCCTGGACTCCAGGAGATGCAGACGAGGATCCTGTTCAATGAAGCATTTAGTAGGGGACTACATATTTCCCAAATCATTACTGGAAAAAAATCACATGGAGTTTGAGCTGGATTCATCTTCCTTTTCTGAAAATGACCTGCCTTGATGGTATTCTATTGGAACGCTGCCCTTCTCAAGGTTCATACAGGCTTCCCAGTTTAGATTAGATGGATGCTAGTTCTATGTACAGGACTCTTTATCTTGATTCTTCTTAACTCAATTTACACATGGATTTCTATGGTAGAGATGATACAGTCGATCGAATGGGTTGTCAATTTGGTTTATATTCATGGTTCGAGATTTGGTAGCTTATTAGAAATTTTGTAGCGAAACAGAGCTGTACAAACTTTATCGTGAATGCACCTGCTTATGC                                                                                      ]
[+] EMBL CB662404             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         CACAAAAAATTTGCAGAAAATTATAGGCTGTATGCTCGTAGCCACTTCATCAAAGCAATACAGCTTGGTGTGATATTGACTCTTTATGCTTCTTATGGTATCAGCTCTGGGAACACATTAGTGTACATCCTGCTGACAATTTCCAGTTGGTTTCTAGTTCTTTCGTGGATTCTTGCTCCATTCATTTTTAATCCTTCAGGATTGGATTGGCTGAAGAATTTTAATGATTTTGAGGATTTCCTAAACTGGATTTGGTTCCGGGGTGGAATCTCAGTGAAGTCAGATCAAAGCTGGGAGAAGTGGTGGGAAGAAGAAACTGATCATCTTCGGACAACTGGTCTGTTTGGGAGCATATTGGAAATCATATTGGACCTTCGGTTTTTCTTCTTTCAATATGCAATTGTTTATCGGCTACACATTGCCGGTACAAGCAAAAGCATCCTTGTCTACCTTCTTTCCTGGGCATGTGTCCTGCTGGCTTTTGTGGCTCTTGTGACAGTTGCTTACTTTCGCGACAAATATTCAGCAAAGAAGCACATACGTTACCGGCTTGTCCAGGCTATTATTGTTGGTGCAACGGTGGCTGCTATTGTTCTGTTGTTAGAATTCACAAAGTTCCAATTCATTGATACCTTTACCAGCCTTTTGGCTTTTCTTCCGACTGGCTGGGGAATCATATCTATTGCTCTGGTATTCAAGCCTTATCT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ]
[+] EMBL CB662461             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         CACAAAAAATTTGCAGAAAATTATAGGCTGTATGCTCGTAGCCACTTCATCAAAGCAATAGAGCTTGGTGTGATATTGACTCTTTATGCTTCTTATGGTAGCAGCTCTGGGAACACATTAGTGTACATCCTGCTGACAATTTCCAGTTGGTTTCTAGTTCTTTCGTGGATTCTTGCTCCATTCATTTTTAATCCTTCAGGATTGGATTGGCTGAAGAATTTTAATGATTTTGAGGATTTCCTAAACTGGATTTGGTTCCGGGGTGGAATCTCAGTGAAGTCAGATCAAAGCTGGGAGAAGTGGTGGGAAGAAGAAACTGATCATCTTCCGACAACTGGTCTGTTTGGGAGCATATTGGAAATCATATTGGACCTTCGGTTTTTCTTCTTTCAATATGCAATTGTTTATCGGCTACACATTGCCGGTACAAGCAAAAGCATCCTTGTCTACCTTCTTTCCTGGGCATGTGTCCTGCTGGCTTTTGTGGCTCTTGTGACAGTTGCTTACTTTCGCGACAAATATTCAGCAAAGAAGCACATACGTTACCGGCTTGTCCAGGCTATTATTGTTGGTGCAACGGTGGCTGCTATTGTTCTGTTGTTAGAATTCACAAAGTTCCAATTCATTGATACCTTTACCAGCCTTTTGGCTTTTCTTCCGACTGGCTGGGGAATCATATCTATTGCTCTGGTATTCAAG                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ]
[-] EMBL CB662462             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ATCCTTGTCTACC TCTTTCCTGGGCATGTGTCCTGCTGGCTTTTGTGGCTCTTGTGACAGTTGCTTACTTTCGCGACAAATATTCAGCAAAGAAGCACATACGTTGCCGGCTTGTCCAGGCTATTATTGTTGGTGCAACGGTGGCTGCTATTGTTCTGTTGTTAGAATTCACAAAGTTCCAATTCATTGATACCTTTACCAGCCTTTTGGCTTTTCTTCCGACTGGCTGGGGAATCATATCTATTGCTCTGGTATTCAAGCCTTATCTGAGGAGGTCTGAGATGGTCTGGAGAAGTGTGGTTACTTTGGCACGCCTATATGATATAATGTTTGGAGTAATTGTTATGGCACCAGTAGCTGTGTTGTCATGGCTGCCTGGACTCCAGGAGATGCAGACGAGGATCCTGTTCAATGAAGCATTTAGTAGGGGACTACATATTTCCCAAATCATTACTGGAAAAAAATCACATGGAGTTTGAGCTGGATTCATCTTCCTTTTCTGAAAATGACCTGCCTTGATGGTATTCTATTGGAACGCTGCCCTTCTCAAGGTTCATACAGGCTTCCCAGTTTAGATTAGATGGATGCTAGTTCTATGTACAGGACTCTTTATCTTGATTCTTCTTAACTCAATTTACACATGGATTTTTATGGTAGAGATGATACAGTCGATCGAATGGGTTGTCAATTTGGTTTATATTCATGGTTCGAGATTTGGTAGCTTATTAGAAATTTTGTAGCGAAACAGAGCTGTACAAACTTTATCGTGAATGCACCTGCTTAT                                                                                        ]
[-] EMBL CB662405             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TGGCTCTTGTGACAGTTGCTTACTTTCGCGACAAATATTCAGCAAAGAAGCACATACGTTACCGGCTTGTCCAGGCTATTATTGTTGGTGCAACGGTGGCTGATATTGTTCTGTTGTTAGAATTCACAAAGTTCCAATTCATTGATACCTTTACCAGCCTTTTGGCTTTTCTTCCGACTGGCTGGGGAATCATATCTATTGCTCTGGTATTCAAGCCTTATCTGAGGAGGTCTGAGATGGTCTGGAGAAGTGTGGTTACTTTGGCACGCCTATATGATATAATGTTTGGAGTAATTGTTATGGCACCAGTAGCTGTGTTGTCATGGCTGCCTGGACTCCAGGAGATGCAGACGAGGATCCTGTTCAATGAAGCATTTAGTAGGGGACTACATATTTCCCAAATCATTACTGGAAAAAAATCACATGGAGTTTGAGCTGGATTCATCTTCCTTTTTTGAAAATGACCTGCCTTGATGGTATTCTATTGGAACGCTGCCCTTCTCAAGGTTCATACAGGCTTCCCAGTTTAGATTAGATGGATGCTAGTTCTATGTACAGGACTCTTTATCTTGATTCTTCTTAACTCAATTTACACATGGATTTCTATGGTAGAGATGATTCAGTCGATCGAATGGGTTGTCAATTTGGTTTATATTCATGGTTCGAGATTTGGTAGCTTATTAGAAATTTTGTAGCGAATCAGAGCTGTACAGGCTTTATCGTGAATGCACCTGCTTATGCCGTCC                                                                                 ]
[-] EMBL BE040372             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       GACAGTGGCTTACTTTCNCGACAAATATTCAGCAAAGAAGCACATACGTTCCCGGCTTGTCCAGGCTATAATTGTTGGTGCAACGGTGCCTGCTATTGTTCTG TGTTAGAATTCACAAAGTTCCAATTCATTGATACCTTTACCAGCC TTTGGCTTTTCTTCCGACTGGTTGGGGAATCATATCTATTGCTCTGGTATTCAAGCCTTATCTGAGGAGGTCTTAGATGGTCTGGAGAAGTGTGGTTACTTTGGCACGCCTATATGATATAATGTTTGGAGTAATTGTTATGGCACCAGTAGCTGTGTTGTCATGGCTGCCTGGACTCCAGGAGATGCAGACGAGGATCCTGTTCAATGAAGCATTTAGTAGGGGACTACATATTTCCCAAATCATTACTGGAAAAAAATCACATGGAGTTTGAGCTGGATTCATCTTCCTTTTCTGAAAATGACCTGCCTTGATGGTATTCTATTGGAACGCTGCCCTTCTCAAGGTTCATACAGGCTTCCCAGTTTAGATTAGATGGATGCTAGTTCTATGTACAGGACTCTTTATCTTGATTCTTCTTAACTCAATTTACACATGGATTTCTATGGTAGAGATGATACAGTCGATCGAATGGGTTGTCAATTTGGTTTATATTCATGGTTCGAGATTTGGTAGCTTATTAGAAATTTTGTAGCGAAACAGAGCTGTACAAACTTTATCGTGAATGCACCTGCTTATGCCGTGCGTAGATCTCTTGAGGTGGCTGCCCTTTTTGTTGTAAAGTTTATTATTTGCTGTTTGCGCATACCTGCACATACACCTTCAT]


>consensus_9681#0 CAATCAGGTTTCCATGTTTGAAGCCAAGGTTGCTAGTGGCAACGGTGAGCAAACTTTGAG CAGAGACGTTTATAGACTGGGGCACAGATTGGATTTCTTTCGGATGCTCCCTTTCTTTTA TACAACCATCGGGTTTTATTTCAACACAATGATGGTGGTGCTAACAGTCTATGCATTTGT ATGGGGGCGCTTTTATCTCGCACTGAGTGGTCTTGAGGCTTTCATCAGCAGCAATACTAA CTCCACAAATAATGCAGCGCTAGGAGCTGTCCTTAATCAGCAGTTTGTCATACAACTAGG CATTTTCACTGCACTGCCCATGATAATTGAAAACTCACTTGAACATGGGTTCCTCACTGC AGTTTGGGATTTCATAAAAATGCAATTGCAGTTTGCATCTGTTTTCTACACCTTCTCGAT GGGAACGAAGACACATTATTATGGGCGGACAATTCTTCATGGAGGTGCAAAATATCGAGC CACTGGCCGTGGTTTTGTTGTGGAGCACAAAAAATTTGCAGAAAATTATAGGCTGTATGC TCGTAGCCACTTCATCAAAGCAATAGAGCTTGGTGTGATATTGACTCTTTATGCTTCTTA TGGTAGCAGCTCTGGGAACACATTAGTGTACATCCTGCTGACAATTTCCAGTTGGTTTCT AGTTCTTTCGTGGATTCTTGCTCCATTCATTTTTAATCCTTCAGGATTGGATTGGCTGAA GAATTTTAATGATTTTGAGGATTTCCTAAACTGGATTTGGTTCCGGGGTGGAATCTCAGT GAAGTCAGATCAAAGCTGGGAGAAGTGGTGGGAAGAAGAAACTGATCATCTTCGGACAAC TGGTCTGTTTGGGAGCATATTGGAAATCATATTGGACCTTCGGTTTTTCTTCTTTCAATA TGCAATTGTTTATCGGCTACACATTGCCGGTACAAGCAAAAGCATCCTTGTCTACCTTCT TTCCTGGGCATGTGTCCTGCTGGCTTTTGTGGCTCTTGTGACAGTTGCTTACTTTCGCGA CAAATATTCAGCAAAGAAGCACATACGTTACCGGCTTGTCCAGGCTATTATTGTTGGTGC AACGGTGGCTGCTATTGTTCTGTTGTTAGAATTCACAAAGTTCCAATTCATTGATACCTT TACCAGCCTTTTGGCTTTTCTTCCGACTGGCTGGGGAATCATATCTATTGCTCTGGTATT CAAGCCTTATCTGAGGAGGTCTGAGATGGTCTGGAGAAGTGTGGTTACTTTGGCACGCCT ATATGATATAATGTTTGGAGTAATTGTTATGGCACCAGTAGCTGTGTTGTCATGGCTGCC TGGACTCCAGGAGATGCAGACGAGGATCCTGTTCAATGAAGCATTTAGTAGGGGACTACA TATTTCCCAAATCATTACTGGAAAAAAATCACATGGAGTTTGAGCTGGATTCATCTTCCT TTTCTGAAAATGACCTGCCTTGATGGTATTCTATTGGAACGCTGCCCTTCTCAAGGTTCA TACAGGCTTCCCAGTTTAGATTAGATGGATGCTAGTTCTATGTACAGGACTCTTTATCTT GATTCTTCTTAACTCAATTTACACATGGATTTCTATGGTAGAGATGATACAGTCGATCGA ATGGGTTGTCAATTTGGTTTATATTCATGGTTCGAGATTTGGTAGCTTATTAGAAATTTT GTAGCGAAACAGAGCTGTACAAACTTTATCGTGAATGCACCTGCTTATGCCGTCCGTAGA TCTCTTGAGGTGGCTGCCCTTTTTGTTGTAAAGTTTATTATTTGCTGTTTGCGCATACCT GCACATACACCTTCAT



clustalw multiple alignements is not computed in this case


Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)