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Oryza sativa
cluster # 9719 cluster # 9719       Sequences # 6       consensus # 1


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_9719#0 length = 576 sequences # 6  

consensusID : consensus_9719#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 6
consensus length = 576
fasta sequence
                              [TCCCCGTTCCCGGAATTTCCGG-TCTA-CCACGCGTCCCTAAATTATAAGA-G-CTCTAT-TGTATCTTTTACTCCCTCCATCCC-AAATATAAGGCTCAACCACTCATAACAC-AAGACCAAGAAAATATTTAATCACATTCTTGGTTTGGATCACCTCGAT-GCATGAAA-GCAAGGAAGATGTGCCCCAGCCCGAACCGCTGCCCCTCAAATTCTTCCTGCCCCAGCCCAAACCGCTGCCCCTAAAATTCGAGATTTATTAAGGCTAATCTATTTGTTCCACTGCGGAGGAAGACGTACCGCCACCGCCACCGCGAGGAAGTCCGGTTGATGTGCCGCGCGAGCCTCCAGCCCCAGCCCGAACCGCTGCCCCTCGGATAGCTTGGTTACTGCTGTAATGTGAATTGCTTTATCGAGAATGTACTTGGAATGTGAATTGCTTTCTCCAGGATGTGAGATTGTCAATTGCTTGTGAGAATGTGTGTGTATATATAGATATATATGTCATTTTTCTCTTTTTTTTAGCTAAT-TTCA-TTTAAAC-AACAGTC-CCTT-TTGAATGTGGCGTGTATTTTATCTCTAAAAA]

[+] EMBL BI803378             [TCCCCGTTCCCGGAATTTCCGG TCTA CCACGCGTCCCTAAATTATAAGA G CTCTAT TGTATC TTTACTCCCTCCATCCC AAATATAAGGCTCAACCACTCATAACAC AAGACC AGAAAATATTTAATCACATTCTTGGTTTGGATCACCTCGAT GCATGAAA GCAAGGAAGATGTGCCCCAGCCCGAACCGCTGCCCCTCAAATTCTTCCTGCCCCAGCCCAAACCGCTGCCCCTAAAATTCGAGATTTATTAAGGCTAATCTATTTGTTCCACTGCGGAGGAAGACGTACCGCCACCGCCACCGCGAGGAAGTCCGGTTGATGTGCCGCGCGAGCCTCCAGCCCCAGCCCGAACCGCTGCCCCTCGGATAGCTTGGTTACTGCTGTAATGTGAATTGCTTTATCGAGAATGTACTTGGAATGTGAATTGCTTTCTCCAGGATGTGAGATTGTCAATTGCTTGTGAGAATGTGTGTGTATATATAGATATATATGTCATTTTTCTCTTTTTTTTAGCTAAT TTCA TTTAAAC AACAGTC CCTT TTGAATGTGGCGTGTATTTTATCTCTAAAAA]
[+] EMBL BI803739             [                 cCCGGTTCAACCCACGCGTCCCTAAATTATAAGA G CTCTATGTGTATCTTTTACTCCCTCCATCCC AAATATAAGGCTCAACCACTCATAACACAAAGA CAAGAAAATATTTAATCACATTCTTGGTTTGGATCACCTCGAT GCATGAAA GCAAGGAAGATGTGCCCCAGCCCGAACCGCTGCCCCTCAAATTCTTCCTGCCCCAGCCC AACCGCTGCCCCTAAAATTCGAGATTTATTAAGGCTAATCTATTTGTTCCACTGCGGAGGAAGACGTACCGCCACCGCCACCGCGAGGAAGTCCGGTTGATGTGCCGCGCGAGCCTCCAGCCCCAGCCCGAACCGCTGCCCCTCGGATAGCTTGGTTACTGCTGTAATGTGAATTGCTTTATCGAGAATGTACTTGGAATGTGAATTGCTTTCTCCAGGATGTGAGATTGTCAATTGCTTGTGAGAATGTGTGTGTATATATAGATATATATGTCATTTTTCTCTTTTTTTTAGCTAAT TTCA TTTAAAC AACAGTC CCTT TTGAATGTGGCGTGTATTTTATCTCTAAAAA]
[+] EMBL BI799186             [                                               AAGA GCCTCTAT TGTATCTTTTACTCCCTCCATCCCAAAATATAAGGCTCAACCACTCATAACACAAAGACCAAGAAAATATTTAATCACATTCTTGGTTTGGATCACCTCGATCGCATGAAACCCAAGGAAGATGTGCCCCAGCCCGAACCGCTGCCCCTCAAATTCTTCCTGCCCCAGCCCAAACCGCTGCCCCTAAAATTCGAGATTTATTAAGGCTAATCTATTTGTTCCACTGCGGAGGAAGACGTACCGCCACCGCCACCGCGAGGAAGTCCGGTTGATGTGCCGCGCGAGCCTCCAGCCCCAGCCCGAACCGCTGCCCCTCGGATAGCTTGGTTACTGCTGTAATGTGAATTGCTTTATCGAGAATGTACTTGGAATGTGAATTGCTTTCTCCAGGATGTGAGATTGTCAATTGCTTGTGAGAATGTGTGTGTATATATAGATATATATGTCATTTTTCTCTTTTTTTTAGCTAAT TTCA TTTAAACAAACAGTC AGTT TTGAATGTGGCGTGTATTTTATCTCTAAAAA]
[+] EMBL BI799579             [                                               AAGAGG CTCTAT TGTATCTTTTACTCCCTCCATCCCAAAATATAAGGCTCAACCACTCATAACACAAAGACCAAGAAAATATTTAATCACATTCTTGGTTTGGATCACCTCGAT GCATGAAA GCAAGGAAGATGTGCCCCAGCCCGAACCGCTGCCCCTCAAATTCTTCCTGCCCCAGCCCAAACCGCTGCCCCTAAAATTCGAGATTTATTAAGGCTAATCTATTTGTTCCACTGCGGAGGAAGACGTACCGCCACCGCC CCGCGAGGAAGTCCGGTTGATGTGCCGCGCGAGCCTCCAGCCCCAGCCCGAACCGCTGCCCCTCGGATAGCTTGGTTACTGCTGTAATGTGAATTGCTTTATCGAGAATGTACTTGGAATGTGAATTGCTTTCTCCAGGATGTGAGATTGTCAATTGCTTGTGAGAATGTGTGTGTATATATAGATATATATGTCATTTTTCTCTTTTTTTTAGCTAATCTTCACTTTAAAC AAC GTC AGTT TTGAATGTGGCGTGTATTTTATCTCTAAAAA]
[+] EMBL BI803914             [                                               AAGA GCCTCTAT TGTATCTTTTACTCCCTCCATCCC AAATATAAGGCTCAACCACTCATAACAC AAGACCAAGAAAATATTTAATCACATTCTTGGTTTGGATCACCTCGAT GCATGAAA GCAAGGAAGATGTGCCCCAGCCCGAACCGCTGCCCCTCAAATTCTTCCTGCCCCAGCCC AACCGCTGCCCCTAAAATTCGAGATTTATTAAGGCTAATCTATTTGTTCCACTGCGGAGGAAGACGTACCGCCACCGCCACCGCGAGGAAGTCCGGTTGATGTGCCGCGCGAGCCTCCAGCCCCAGCCCGAACCGCTGCCCCTCGGATAGCTTGGTTACTGCTGTAATGTGAATTGCTTTATCGAGAATGTACTTGGAATGTGAATTGCTTTCTCCAGGATGTGAGATTGTCAATTGCTTGTGAGAATGTGTGTGTATATATAGATATATATGTCATTTTTCTCTTTTTTTTA CTAAT TTCA TTTAAAC AACAGTC CCTTCTTGAAT TGGCGTGTATTTTATCTCTAAAAA]
[+] EMBL BI803950             [                                                                ATCTTTTACTCCCTCCATCCC AAATATAAGGCTCAACCACTCATAACAC AAGACCAAGAAAATATTTAATCACATTCTTGGTTTGGATCACCTCGAT GCATGAAA GCAAGGAAGATGTGCCCCAGCCCGAACCGCTGCCCCTCAAATTCTTCCTGCCCCAGCCC AACCGCTGCCCCTAAAATTCGAGATTTATTAAGGCTAATCTATTTGTTCCACTGCGGAGGAAGACGTACCGCCACCGCCACCGCGAGGAAGTCCGGTTGATGTGCCGCGCGAGCCTCCAGCCCCAGCCCGAACCGCTGCCCCTCGGATAGCTTGGTTACTGCTGTAATGTGAATTGCTTTATCGAGAATGTACTTGGAATGTGAATTGCTTTCTCCAGGATGTGAGATTGTCAATTGCTTGTGAGAATGTGTGTGTATATATAGATATATATGTCATTTTTCTCTTTTTTTTAGCTAAT TTCA TTTAAAC AACAGTCAGCTT TTGAATGTGGCGTGTATTTTATCTCTAAAAA]


>consensus_9719#0 TCCCCGTTCCCGGAATTTCCGGTCTACCACGCGTCCCTAAATTATAAGAGCTCTATTGTA TCTTTTACTCCCTCCATCCCAAATATAAGGCTCAACCACTCATAACACAAGACCAAGAAA ATATTTAATCACATTCTTGGTTTGGATCACCTCGATGCATGAAAGCAAGGAAGATGTGCC CCAGCCCGAACCGCTGCCCCTCAAATTCTTCCTGCCCCAGCCCAAACCGCTGCCCCTAAA ATTCGAGATTTATTAAGGCTAATCTATTTGTTCCACTGCGGAGGAAGACGTACCGCCACC GCCACCGCGAGGAAGTCCGGTTGATGTGCCGCGCGAGCCTCCAGCCCCAGCCCGAACCGC TGCCCCTCGGATAGCTTGGTTACTGCTGTAATGTGAATTGCTTTATCGAGAATGTACTTG GAATGTGAATTGCTTTCTCCAGGATGTGAGATTGTCAATTGCTTGTGAGAATGTGTGTGT ATATATAGATATATATGTCATTTTTCTCTTTTTTTTAGCTAATTTCATTTAAACAACAGT CCCTTTTGAATGTGGCGTGTATTTTATCTCTAAAAA



clustalw multiple alignements is not computed in this case


Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)