Home
Who am I
Technology
EST Assembly
Contact

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Schistosoma mansoni
cluster # 10660 cluster # 10660       Sequences # 19       consensus # 3


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_10660#0 length = 1499 sequences # 16  
consensus_10660#1 length = 680 sequences # 2  
consensus_10660#2 length = 508 sequences # 1  

consensusID : consensus_10660#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 16
consensus length = 1499
fasta sequence
                              [TTGGCCCTCAGGCAGAATCGGCACGAGGAACATCCCGCCTATTTCGATACACATCTCTTAGTAATAATTTCCTCTTACGTAATGGAACGCCTCCTACGACTTGGTGCTGATGGACTAGCCGCCTTAGGGCAATCAAATGCCCAGCCAACAGATGGTCCTGTACCAGATACTGCTGAACAGGTGTATATTAGTAGTCTTGCACTACTAAAAATGCTAAAACATGGACGAGCTGGAGTCCCAATGGAGGTTATGGGATTAATGTTAGGCGAATTTGTTGATGACTATACTGTGACGGTTGTGGATGTGTTTGCTATGCCCCAGTCCGG-CACAGGTGTGAGCGTCGAAGCAGTAGATCCTGTATTTCAGGCT-AAAATGTTGGATATGCTTAGACAAACTGGACGTCCAGAAATGGTTGTCGGATGGTATCACTCACATCCTGG-A-TTCGGTTGCTGGTTATCT-GGTGTGGATATGAATACACAACAAAGTTTTGAAGCTCTATCGGATCGTGCGGTAGCTGTAGTTGTTGATCCAATACAGAGTGTGAAAGGCAAAGTTGTCATCGATGCTTTTCGTCTGATCAACCCAAATCTTGTAATTGCTAATCAAGAACCCAGACAGACAACATCTAATGTTGGTCATCTTAGCAAGCCAACAATCCAAGCGCTTATTCACGGTCTTAACAGACATTATTACTCTTTACCTATTAATTATCGTAAGAATAAGTGGGAAATTAAGATGTTGATGAATCTAAACAAGCGTACGTGGCGAGATGGACTAACCTTGGAAGATTATAATACTCACTGTTCAGCTAATCACAAAACTCTTCAAACTATGCTTGATCTAGTCAAGTCATACCATAAATCTCTTGAAGATGAAGAAAAGATGACTCCAGAACAATTAGCCATCAAAAATGTTGGAAAAATGGATCCAAAGCGACATCTTGGAGAGCACGTAGATGAGTTAATGACATCCAATATCACTCAATCCTTAGGAGCAATGTTGCATTCAGTTGTTTTCACGTAAACAATTACCAAATAAATTCTTTATAAAACATTGAAAAAAAAAAAATTGTTACTGTGAAGTTGTGTTTACTGAAGTATTTTTACTGTCTTTAGGAAACATGAGTTCTGATGCATTAACCGAAGAAGAGCGTTCACTTATTGAAGCTAAACGAAGAAAAGCGCTTGAGTCCCGTAACCGAAATACTGCGGGCGGACTTGTTAGTTCAGTGCCTATAGTTCAGAAACAGAATGTGGTTGCTAAGCAGCCCTTATGCTATGAAGGTGGTTATGATAGTATGCATACTGAAAAGGTAGGAGATTTCGTACATATGGCTAGAAAATGGGTGGAATCTGGGTAAGTTATTCAGGTTNTATCACATCTTTCTATCTTAATAGGGTGCTAATGTATAAGTTGGGCGNTATTAAGTAGCGGTTNNCGTGTACTAATGTTTAACTATACAGTCTTTAGCTCTTGNTCAAACGCAGNCACTCAATTTA]

[+] EMBL CD083484             [TTGGCCCTCAGGCAGAATCGGCACGAGGAACATCCCGCCTATTTCGATACACATCTCTTAGTAATAATTTCCTCTTACGTAATGGAACGCCTCCTACGACTTGGTGCTGATGGACTAGCCGCCTTAGGGCAATCAAATGCCCAGCCAACAGATGGTCCTGTACCAGATACTGCTGAACAGGTGTATATTAGTAGTCTTGCACTACTAAAAATGCTAAAACATGGACGAGCTGGAGTCCCAATGGAGGTTATGGGATTAATGTTAGGCGAATTTGTTGATGACTATACTGTGACGGTTGTGGATGTGTTTGCTATGCCCCAGTCCGG CACAGGTGTGAGCGTCGAAGCAGTAGATCCTGTATTTCAGGCT AAAATGTTGGATATGCTTAGACAAACTGGACGTCCAGAAATGGTTGTCGGATGGTATCACTCACATCCTGG A TTCGGTTGCTGGTTATCT GGTGTG                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ]
[+] EMBL AF014465             [                                     CCTATTTCGATACACATCTCTTAGTAATAATTTCCTCTTACGTAATGGAACGCCTCCTACGACTTGGTGCTGATGGACTAGCCGCCTTAGGGCAATCAAATGCCCAGCCAACAGATGGTCCTGTACCAGATACTGCTGAACAGGTGTATATTAGTAGTCTTGCACTACTAAAAATGCTAAAACATGGACGAGCTGGAGTCCCAATGGAGGTTATGGGATTAATGTTAGGCGAATTTGTTGATGACTATACTGTGACGGTTGTGGATGTGTTTGCTATGCCCCAGTCCGG CACAGGTGTGAGCGTCGAAGCAGTAGATCCTGTATTTCAGGCT AAAATGTTGGATATGCTTAGACAAACTGGACGTCCAGAAATGGTTGTCGGATGGTATCACTCACATCCTGG A TTCGGTTGCTGGTTATCT GGTGTGGATATGAATACACAACAAAGTTTTGAAGCTCTATCGGATCGTGCGGTAGCTGTAGTTGTTGATCCAATACAGAGTGTGAAAGGCAAAGTTGTCATCGATGCTTTTCGTCTGATCAACCCAAATCTTGTAATTGCTAATCAAGAACCCAGACAGACAACATCTAATGTTGGTCATCTTAGCAAGCCAACAATCCAAGCGCTTATTCACGGTCTTAACAGACATTATTACTCTTTACCTATTAATTATCGTAAGAATAAGTGGGAAATTAAGATGTTGATGAATCTAAACAAGCGTACGTGGCGAGATGGACTAACCTTGGAAGATTATAATACTCACTGTTCAGCTAATCACAAAACTCTTCAAACTATGCTTGATCTAGTCAAGTCATACCATAAATCTCTTGAAGATGAAGAAAAGATGACTCCAGAACAATTAGCCATCAAAAATGTTGGAAAAATGGATCCAAAGCGACATCTTGGAGAGCACGTAGATGAGTTAATGACATCCAATATCACTCAATCCTTAGGAGCAATGTTGCATTCAGTTGTTTTCACGTAAACAATTACCAAATAAATTCTTTATAAAACATTGAAAAAAA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ]
[+] EMBL CD078550             [                                                                                  TGGAACGCCTCCTACGACTTGGTGCTGATGGACTAGCCGCCTTAGGGCAATCAAATGCCCAGCCAACAGATGGTCCTGTACCAGATACTGCTGAACAGGTGTATATTAGTAGTCTTGCACTACTAAAAATGCTAAAACATGGACGAGCTGGAGTCCCAATGGAGGTTATGGGATTAATGTTAGGCGAATTTGTTGATGACTATACTGTGACGGTTGTGGATGTGTTTGCTATGCCCCAGTCCGG CACAGGTGTGAGCGTCGAAGCAGTAGATCCTGTATTTCAGGCT AAAATGTTGGATATGCTTAGACAAACTGGACGTCCAGAAATGGTTGTCGGATGGTATCACTCACATCCTGG A TTCGGTTGCTGGTTATCT GGTGTGGATATGAATACACAACAAAGTTTTGAAGCTCTATCGGATCGTGCGGTAGCTGTAGTTGTTGATCCAATACAGAGTGTGAAAGGCAAAGTTGTCATCGATGCTTTTCGTCTGATCAACCCAAATCTTGTAATTGCTAATCAAGAACCCAGACAGACAACATCTAATGTTGGTCATCTTAGCAAGCCAACAATCCAAGCGCTTATTCACGGTCTTAACAGACAT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ]
[+] EMBL CD190348             [                                                                                            CCTACGACTTGGTGCTGATGGACTAGCCGCCTTAGGGCAATCAAATGCCCAGCCAACAGATGGTCCTGTACCAGATACTGCTGAACAGGTGTATATTAGTAGTCTTGCACTACTAAAAATGCTAAAACATGGACGAGCTGGAGTCCCAATGGAGGTTATGGGATTAATGTTAGGCGAATTTGTTGATGACTATACTGTGACGGTTGTGGATGTGTTTGCTATGCCCCAGTCCGG CACAGGTGTGAGCGTCGAAGCAGTAGATCCTGTATTTCAGGCT AAAATGTTGGATATGCTTAGACAAACTGGACGTCCAGAAATGGTTGTCGGATGGTATCACTCACATCCTGG A TTCGGTTGCTGGTTATCT GGTGTGGATATGAATACACAACAAAGTTTTGAAGCTCTATCGGATCGTGCGGTAGCTGTAGTTGTTGATCCAATACAGAGTGTGAAAGGCAAAGTTGTCATCGATGCTTTTCGTCTGATCAACCCAAATCTTGTA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ]
[+] EMBL CD139247             [                                                                                                                GACTAGCCGCCTTAGGGCAATCAAATGCCCAGCCAACAGATGGTCCTGTACCAGATACTGCTGAACAGGTGTATATTAGTAGTCTTGCACTACTAAAAATGCTAAAACATGGACGAGCTGGAGTCCCAATGGAGGTTATGGGGTTAATGTTAGGCGAATTTGTTGATGACTATACTGTGACGGTTGTGGATGTGTTTGCTATGCCCCAGTCCGGACACAGGTGTGAGCGTCGAAGCAGTAGATCCTGTATTTCAGGCT AAAATGTTGGATATGCTTAGACAAACTGGACATCCAGAAATGGTTGTCGGATGGTATCACTCACATCCTGG A TTCGGTTGCTGGTTATCT GGTGTGGATATGAATACACAACAAAGTTTTGAAGCTCTATCGGATCGTGCGGTAGCTGTAGTTGTTGATCCAATACA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ]
[+] EMBL CD132825             [                                                                                                                       CGCCTTAGGGCAATCAAATGCCCAGCCAACAGATGGTCCTGTACCAGATACTGCTGAACAGGTGTATATTAGTAGTCTTGCACTACTAAAAATGCTAAAACATGGACGAGCTGGAGTCCCAATGGAGGTTATGGGATTAATGTTAGGCGAATTTGTTGATGACTATGCTGTGACGGTTGTGGATGTGTTTGCTATGCCCCAGTCCGG CACAGGTGTGAGCGTCGAAGCAGTAGATCCTGTATTTCAGGCT AAAATGTTGGATATGCTTAGACAAACTGGACGTCCAGAAATGGTTGTCGGATGGTATCACTCACATCCTGG A TTCGGTTGCTGGTTATCT GGTGTGGATATGAATACACAACAAAGTTTTGAAGCTCTATCGGATCGTGCGGTAGCTGTAGTTGTTGATCCAATACAGAGTGTGAAAGGCAAAGTTGTCATCGATGCTTTTCGTCTGATCAACCCAAATCTTGTAATTGCTAATCAAGAACCCAGACAGACAACATCTAATGTTGGTCATCTTAGCAAGCCAACAATCCAAGCGCTTATTCACGGTCTTAACAGAC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ]
[+] EMBL CD159419             [                                                                                                                                                                               AACAGGTGTATATTAGTAGTCTTGCACTACTAAAAATGCTAAAACATGGACGAGCTGGAGTCCCAATGGAGGTTATGGGATTACTGTTAGGCGAATTTGTTGATGACTATACTGTGACGGTTGTGGATGTGTTTGCTATGCCCCAGTCCGG CACGGGTGTGAGCGTCGAAGCAGTAGATCCTGTATTTCAGGCT AAAATGTTGGATATGCTTAGACAAACTGGACGTCCAGAAATGGTTGTCGGATGGTATCACTCACATCCTGG A TTCGGTTGCTGGTTATCT GGTGTGGATATGAATACACAACAAAGTTTTGAAGCTCTATCGGATCGTGCGGTAGCTGTAGTTGTTGATCCAATACAGAGTGTGAAAGGCAAAGTTGTCATCGATGCTTTTCGTCTGATCAACCCAAATCTTGTAATTGCTAATCAAGAACCCAGACAGACAACATCTAATGTTGGTCATCTTAGCAAGCCAACAATCCAAGCGCTTATTCACGGTCTTAACAGACATTATTACTCTTTACCTATTAATTATCGTAAGAATAAGTGGGAAA TAAGATGGTGATG                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ]
[+] EMBL CD182818             [                                                                                                                                                                                      GTATATTAGTAGTCTTGCACTACTAAAAATGCTAAAACATGGACGAGCTGGAGTCCCAATGGAGGTTATGGGATTAATGTTAGGCGAATTTGTTGATGACTATACTGTGACGGTTGTGGATGTGTTTGCTATGCCCCAGTCCGG CACAGGTGTGAGCGTCGAAGCAGTAGATCCTGTATTTCAGGCT ANAATGTTGGATATGCTTAGACAAACTGGACGTCCAGAAATGGTTGTCGGATGGTATCACTCACATCCTGGNA TTCGGNTGCTGGNTACCTGGGTGT GATATGAATACACANCAAAGTTTTGAAGCTCT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ]
[+] EMBL CD182740             [                                                                                                                                                                                      GTATATTAGTAGTCTTGCACTACTAAAAATGCTAAAACATGGACGAGCTGGAGTCCCAATGGAGGTTATGGGATTAATGTTAGGCGAATTTGTTGATGACTATACTGTGACGGTTGTGGATGTGTTTGCTATGCCCCAGTCCGG CACAGGTGTGAGCGTCGAAGCAGTAGATCCTGTATTTCAGGCTAAAAATGTTGGATATGCTTAGAC AACTGNACGTCCAGAAATGGTTGTCGGATGGTATCACTCACATNCTGG ATTTCCGTTGCTGG TATCT GGTGTGGATATGAATACACAACAAAGTTTTGAAGCTCT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ]
[-] EMBL CD184355             [                                                                                                                                                                                                                                                      GTTATGGGATTAATGTTAGGCGAATTTGTTGATGACTATACTGTGACGGTTGTGGATGTGTTTGCTATGCCCCAGTCCGG CACAGGTGTGAGCGTCGAAGCAGTAGATCCTGTATTTCAGGCT AAAATGTTGGATATGCTTAGACAAACTGGACGTCCAGAAATGGTTGTCGGATGGTATCACTCACATCCTGG A TTCGGTTGCTGGTTATCT GGTGTGGATATGAATACACAACAAAGTTTTGAAGCTCTATCGGATCGTGCGGTAGCTGTAGTTGTTGATCCAATACAGAGTGTGAAAGGCAAAGTTGTCATCGATGCTTTTCGTCTGATCAACCCAAATCTTGTAA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ]
[+] EMBL CD125858             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TGGTATCACTCACATCCTGG A TTCGGTTGCTGGTTATCT GGTGTGGATATGAATACACAACAAAGTTTTGAAGCTCTATCGGATCGTGCGGTAGCTGTAGTTGTTGATCCAATACAGAGTGTGAAAGGCAAAGTTGTCATCGATGCTTTTCGTCTGATCAACCCAAATCTTGTAATTGCTAATCAAGAACCCAGACAGACAACATCTAATGTTGGTCATCTTAGCAAGCCAACAATCCAAGCGCTTATTCACGGTCTTAACAGACATTATTACTCTTTACCTATTAATTATCGTAAGAATAAGTGGGAAATTAAGATGTTGATGAATCTAAACAAGCGTACGTGGCGAGATGGACTAACCTTGGAAGATTATAATACTCACTGTTCAGCTAATCACAAAACTCTTCAAACTATGCTTGATCTAGTCAAGTCATACCATAAATCTCTTGAAGATGAAGAAAAGATGACTCCAGAACAATTAGCCATCAAAAATGTTGGAAAAATGGCTCCAAAGCGACATCTTGGAGAGCA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ]
[-] EMBL CD073017             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  CAACAAAG TTTGAAGCTCTATCGGATCGTGCGGTAGCTGTAGTTGTTGATCCAATACAGAGTGTGAAAGGCAAAGTTGTCATCGATGCTTTTCGTCTGATCAACCCAAATCTTGTAATTGCTAATCAAGAACCCAGACAGACAACATNTAATGTTGGTCATTTTAGCAAGCCAACAATCCAAGCGCTTATTCACGGTCTTAACAGACATTATTACTCTTTACCTATTAATTATCGTAAGAATAAGTGGGAAATTAAGATGTTGATGAATCTAAACAAGCGTACGTGGCGAGATGGACTAACCTTGGAAGATTATAATACTCACTGTTCAGCTAATCACAAAACTCTTCAAACTATGCTTGATCTAGTCAAGTCATACCATAAATCTCTTGAAGATGAAGAAAAGATGACTCCAGAACAATTAGCCATCAAAAATGTTGGAAAAATGGATCCAAAGCGACATCTTGGAGAGCACGTAGATGAGTTAATGACATCCAATATCACTCAATCCTTAGGAGCAATGTTGCATTCAGTTGTTTTCACGTAAACAATTACCAAATAA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ]
[-] EMBL BG931551             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         GGATCGTGCGGTAGCTGTAGTTGTTGATCCAATACAGAGTGTGAAAGGCAAAGTTGTCATCGATGCTTTTCGTCTGATCAACCCAAATCTTGTAATTGCTAATCAAGAACCCAGACAGACAACATCTAATGTTGGTCATCTTAGCAAGCCAACAATCCAAGCGCTTATTCACGGTCTTAACAGACATTATTACTCTTTACCTATTAATTATCGTAAGAATAAGTGGGAAATTAAGATGTTGATGAATCTAAACAAGCGTACGTGGCGAGATGGA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ]
[+] EMBL CD163277             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TGATCCAATACAGAGTGTGAAAGGCAAAGTTGTCATCGATGCTTTTCGTCTGATCAACCCAAATCTTGTAATTGCTAATCAAGAACCCAGACAGACAACATCTAATGTTGGTCATCTTAGCAAGCCAACAATCCAAGCGCTTATTCACGGTCTTAACAGACATTATTACTCTTTACCTATTAATTATCGTAAGAATAAGTGGGAAATTAAGATGTTGATGAATCTAAACAAGCGTACGTGGCGAGATGGACTAACCTTGGAAGATTATAATACTCACTGTTCAGCTAATCACAAAACTCTTCAAACTATGCTTGATCTAGTCAAGTCATACCATAAATCTCTTGAAGATGAAGAAAAGATGACTCCAGAACAATTAGCCATCAAAAATGTTGGAAAAATGGATCCAAAGCGACATCTTGGAGAGCACGTAGATGAGTTAATGACATCCAATATCACT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ]
[-] EMBL AI395164             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ATCTTAGCAAGCC ACAATCCAAGCGCTTATTCACGGTCTTAACAGACATTATTACTCTTTACCTATTAATTATCGTAAGACTAAGTGGGAAATTAAGATGTTGATGAATCTAAACAAGCGTACGTGGCGAGATGGACTAACCTTGGAAGATTATAATACTCACTGTTCAGCTAATCACAAAACTCTTCAAACTATGCTTGATCTAGTCAAGTCATACCATAAATCTCTTGAAGATGAAGAAAAGATGACTCCAGAACAATTAGCCATCAAAAATGTTGGAAAAATGGATCCAAAGCGACATCTTGGAGAGCACGTAGATGAGTTAATGACATCCAATATCACTCAATCCTTAGGAGCAATGTTGCATTCAGTTGTTTTCACGTAAACAATTACCAAATAAATTCTTTATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ]
[+] EMBL CD090225             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ACGTAGATGAGTTAATGACATCCAATATCACTCAATCCTTAGGAGCAATGTTGCATTCAGTTGTTTTCACGTAAACAATTACCAAATAAATTCTTTATAAAACATTGAGTTCTATCCAATTGTTACTGTGAAGTTGTGTTTACTGAAGTATTTTTACTGTCTTTAGGAAACATGAGTTCTGATGCATTAACCGAAGAAGAGCGTTCACTTATTGAAGCTAAACGAAGAAAAGCGCTTGAGTCCCGTAACCGAAATACTGCGGGCGGACTTGTTAGTTCAGTGCCTATAGTTCAGAAACAGAATGTGGTTGCTAAGCAGCCCTTATGCTATGAAGGTGGTTATGATAGTATGCATACTGAAAAGGTAGGAGATTTCGTACATATGGCTAGAAAATGGGTGGAATCTGGGTAAGTTATTCAGGTTNTATCACATCTTTCTATCTTAATAGGGTGCTAATGTATAAGTTGGGCGNTATTAAGTAGCGGTTNNCGTGTACTAATGTTTAACTATACAGTCTTTAGCTCTTGNTCAAACGCAGNCACTCAATTTA]


>consensus_10660#0 TTGGCCCTCAGGCAGAATCGGCACGAGGAACATCCCGCCTATTTCGATACACATCTCTTA GTAATAATTTCCTCTTACGTAATGGAACGCCTCCTACGACTTGGTGCTGATGGACTAGCC GCCTTAGGGCAATCAAATGCCCAGCCAACAGATGGTCCTGTACCAGATACTGCTGAACAG GTGTATATTAGTAGTCTTGCACTACTAAAAATGCTAAAACATGGACGAGCTGGAGTCCCA ATGGAGGTTATGGGATTAATGTTAGGCGAATTTGTTGATGACTATACTGTGACGGTTGTG GATGTGTTTGCTATGCCCCAGTCCGGCACAGGTGTGAGCGTCGAAGCAGTAGATCCTGTA TTTCAGGCTAAAATGTTGGATATGCTTAGACAAACTGGACGTCCAGAAATGGTTGTCGGA TGGTATCACTCACATCCTGGATTCGGTTGCTGGTTATCTGGTGTGGATATGAATACACAA CAAAGTTTTGAAGCTCTATCGGATCGTGCGGTAGCTGTAGTTGTTGATCCAATACAGAGT GTGAAAGGCAAAGTTGTCATCGATGCTTTTCGTCTGATCAACCCAAATCTTGTAATTGCT AATCAAGAACCCAGACAGACAACATCTAATGTTGGTCATCTTAGCAAGCCAACAATCCAA GCGCTTATTCACGGTCTTAACAGACATTATTACTCTTTACCTATTAATTATCGTAAGAAT AAGTGGGAAATTAAGATGTTGATGAATCTAAACAAGCGTACGTGGCGAGATGGACTAACC TTGGAAGATTATAATACTCACTGTTCAGCTAATCACAAAACTCTTCAAACTATGCTTGAT CTAGTCAAGTCATACCATAAATCTCTTGAAGATGAAGAAAAGATGACTCCAGAACAATTA GCCATCAAAAATGTTGGAAAAATGGATCCAAAGCGACATCTTGGAGAGCACGTAGATGAG TTAATGACATCCAATATCACTCAATCCTTAGGAGCAATGTTGCATTCAGTTGTTTTCACG TAAACAATTACCAAATAAATTCTTTATAAAACATTGAAAAAAAAAAAATTGTTACTGTGA AGTTGTGTTTACTGAAGTATTTTTACTGTCTTTAGGAAACATGAGTTCTGATGCATTAAC CGAAGAAGAGCGTTCACTTATTGAAGCTAAACGAAGAAAAGCGCTTGAGTCCCGTAACCG AAATACTGCGGGCGGACTTGTTAGTTCAGTGCCTATAGTTCAGAAACAGAATGTGGTTGC TAAGCAGCCCTTATGCTATGAAGGTGGTTATGATAGTATGCATACTGAAAAGGTAGGAGA TTTCGTACATATGGCTAGAAAATGGGTGGAATCTGGGTAAGTTATTCAGGTTNTATCACA TCTTTCTATCTTAATAGGGTGCTAATGTATAAGTTGGGCGNTATTAAGTAGCGGTTNNCG TGTACTAATGTTTAACTATACAGTCTTTAGCTCTTGNTCAAACGCAGNCACTCAATTTA



consensusID : consensus_10660#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 680
fasta sequence
                              [TACTCTTGTGATTTGTTGCATGCTACCAGAGGAAAAAAGCAAAGTAATTCTACGTGCTGGAACCGAAAAACCATGTGAACATGATCGGGTCGTTGTCGATGTCTCACTTGTTGTTGATACCAAAGTGATTCTTCAGAACCAGAATATTACTTTTGATGTGGGGCATGCAGAGGATTTTGGAGTTATAAAAGTTGTGGATAATATAGTCCAAGAAATGGGTTGCGGGGAACAGTGTGAAGTGAGTCTTACATCCGACTACGCCTTCACAGATTTGGAGAGGACATTTTTGAAAATCAGTGATGCATGTTTTCACAAACTATTGTTTAAGATATATCTCCAAGATGTCAAAAAGCTTGCAGAGTTTTGGCAAATGTCTGAAAGTGAAAAGTTTATTGTTGCTGATGTGATGAAATGTCGTGGTAATAAGCTTCTAAATACTGGATTATTGGTTCGTGCATTCAATTGCTACAAAAAAGCTATTAGAATCCTAGAAGGAAGCACCAGTGTGACTGACCGTAACTATACCGACCCAACGATGCCAGATTATCAGCTGTCGAAACCTAGCCCACATCAGTTATTGGCTATNTGCCTATCGAATGCAGCCCACTGCCTTTNTAAATTTGGAACAAACAGTACTATTAATCCAAAGAAGTCTCGATTCGATTACCTTTCTGCATGCA]

[+] EMBL AW017348             [TACTCTTGTGATTTGTTGCATGCTACCAGAGGAAAAAAGCAAAGTAATTCTACGTGCTGGAACCGAAAAACCATGTGAACATGATCGGGTCGTTGTCGATGTCTCACTTGTTGTTGATACCAAAGTGATTCTTCAGAACCAGAATATTACTTTTGATGTGGGGCATGCAGAGGATTTTGGAGTTATAAAAGTTGTGGATAATATAGTCCAAGAAATGGGTTGCGGGGAACAGTGTGAAGTGAGTCTTACATCCGACTACGCCTTCACAGATTTGGAGAGGACATTTTTGAAAATCAGTGATGCATGTTTTCACAAACTATTGTTTAAGATATATCTCCAAGATGTCAAAAAGCTTGCAGAGTTTTGGCAAATGTCTGAAAGTGAAAAGTTTATTGTTGCTGATGTGATGAAATGTCGTGGTAATAAGCTTCTAAATACTGGATTATTGGTTCGTGCATTCAATTGCTACAAAAAAGCTATTAGAATCCTAGAAGGAAGCACCAGTGTGACTGACCGTAACTATACCGACCCAACGATGCCAGATTATCAGCTGTCGAAACCTAGCCCACATCAGTTATTGGCTATNTGCCTATCGAATGCAGCCCACTGCCTTTNTAAATTTGGAACAAA                                                  ]
[+] EMBL CD082526             [                                          AGTAATTCTACGTGCTGGAACCGAAAAACCATGTGAACATGATCGGGTCGTTGGCGATGTCTCACTTGTTGTTGATACCAAAGTGATTCTTCAGAACCAGAATATTACTTTTGATGTGGGGCATGCAGAGGATTTTGGAGTTATAAAAGTTGTGGATAATATAGTCCAAGAAATGGGTTGCGGGGAACAGTGTGAAGTGAGTCTTACATCCGACTACGCCTTCACAGATTTGGAGAGGACATTTTTGAAAATCAGTGATGCATGTTTTCACAAACTATTGTTTAAGATATATCTCCAAGATGTCAAAAAGCTTGCAGAGTTTTGGCAAATGTCTGAAAGTGAAAAGTTTATTGTTGCTGATGTGATGAAATGTCGTGGTAATAAGCTTCTAAATACTGGATTATTGGTTCGTGCATTCAATTGCTACAAAAAAGCTATTAGAATCCTAGAGGGAAGCACCAGTGTGACTGACTGTAACTATACCGACCCAACGATGCCAGATTATCAGCTGTCGAAACCTAGCCCACATCAGTTATTGGCTATTTGCCTATCGAATGCAGCCCACTGCCTTTNTAAATTTGGAACAANCAGTACTATTAATCCAAAGAAGTCTCGATTCGATTACCTTTCTGCATGCA]


>consensus_10660#1 TACTCTTGTGATTTGTTGCATGCTACCAGAGGAAAAAAGCAAAGTAATTCTACGTGCTGG AACCGAAAAACCATGTGAACATGATCGGGTCGTTGTCGATGTCTCACTTGTTGTTGATAC CAAAGTGATTCTTCAGAACCAGAATATTACTTTTGATGTGGGGCATGCAGAGGATTTTGG AGTTATAAAAGTTGTGGATAATATAGTCCAAGAAATGGGTTGCGGGGAACAGTGTGAAGT GAGTCTTACATCCGACTACGCCTTCACAGATTTGGAGAGGACATTTTTGAAAATCAGTGA TGCATGTTTTCACAAACTATTGTTTAAGATATATCTCCAAGATGTCAAAAAGCTTGCAGA GTTTTGGCAAATGTCTGAAAGTGAAAAGTTTATTGTTGCTGATGTGATGAAATGTCGTGG TAATAAGCTTCTAAATACTGGATTATTGGTTCGTGCATTCAATTGCTACAAAAAAGCTAT TAGAATCCTAGAAGGAAGCACCAGTGTGACTGACCGTAACTATACCGACCCAACGATGCC AGATTATCAGCTGTCGAAACCTAGCCCACATCAGTTATTGGCTATNTGCCTATCGAATGC AGCCCACTGCCTTTNTAAATTTGGAACAAACAGTACTATTAATCCAAAGAAGTCTCGATT CGATTACCTTTCTGCATGCA



consensusID : consensus_10660#2
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 508
fasta sequence
                              [TCTTGTGATTTGTTGCATGCTACCAGAGGAAAAAAGCAAAGTAATTCTACGTGCTGGAACCGAAAAACCATGTGAACATGATCGGGTCGTTGTCGATGTCTCACTTGTTGTTGATACCAAAGTGATTCTTCAGAACCAGAATATTACTTTTGATGTGGGGCATGCAGAGGATTTTGGAGTTATAAAGGTTGTGGATGTGTTTGCTATGCCCCAGTCCGGCACAGGTGTGAGCGTCGAAGCAGTAGATCCTGTATTTCAGGCTAAAATGTTGGATATGCTTAGACAAACTGGACGTCCAGAAATGGTTGTCGGATGGTATCACTCACATCCTGGATTCGGTTGCTGGTTATCTGGTGTGGATATGAATACACAACAAAGTTTTGAAGCTCTATCGGATCGTGCGGTAGCTGTAGTTGTTGATCCAATACAGAGTGTGAAAGGCAAAGTTGTCATCGATGCTTTTCGTCTGATCAACCCAAATCTTGTAATTGCTAATCAAGAACCCAGA]

[+] EMBL AF014466             [TCTTGTGATTTGTTGCATGCTACCAGAGGAAAAAAGCAAAGTAATTCTACGTGCTGGAACCGAAAAACCATGTGAACATGATCGGGTCGTTGTCGATGTCTCACTTGTTGTTGATACCAAAGTGATTCTTCAGAACCAGAATATTACTTTTGATGTGGGGCATGCAGAGGATTTTGGAGTTATAAAGGTTGTGGATGTGTTTGCTATGCCCCAGTCCGGCACAGGTGTGAGCGTCGAAGCAGTAGATCCTGTATTTCAGGCTAAAATGTTGGATATGCTTAGACAAACTGGACGTCCAGAAATGGTTGTCGGATGGTATCACTCACATCCTGGATTCGGTTGCTGGTTATCTGGTGTGGATATGAATACACAACAAAGTTTTGAAGCTCTATCGGATCGTGCGGTAGCTGTAGTTGTTGATCCAATACAGAGTGTGAAAGGCAAAGTTGTCATCGATGCTTTTCGTCTGATCAACCCAAATCTTGTAATTGCTAATCAAGAACCCAGA]


>consensus_10660#2 TCTTGTGATTTGTTGCATGCTACCAGAGGAAAAAAGCAAAGTAATTCTACGTGCTGGAAC CGAAAAACCATGTGAACATGATCGGGTCGTTGTCGATGTCTCACTTGTTGTTGATACCAA AGTGATTCTTCAGAACCAGAATATTACTTTTGATGTGGGGCATGCAGAGGATTTTGGAGT TATAAAGGTTGTGGATGTGTTTGCTATGCCCCAGTCCGGCACAGGTGTGAGCGTCGAAGC AGTAGATCCTGTATTTCAGGCTAAAATGTTGGATATGCTTAGACAAACTGGACGTCCAGA AATGGTTGTCGGATGGTATCACTCACATCCTGGATTCGGTTGCTGGTTATCTGGTGTGGA TATGAATACACAACAAAGTTTTGAAGCTCTATCGGATCGTGCGGTAGCTGTAGTTGTTGA TCCAATACAGAGTGTGAAAGGCAAAGTTGTCATCGATGCTTTTCGTCTGATCAACCCAAA TCTTGTAATTGCTAATCAAGAACCCAGA



consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_10660#0      TTGGCCCTCAGGCAGAATCGGCACGAGGAACATCCCGCCTATTTCGATACACATCTCTTA 60
consensus_10660#2      ------------------------------------------------------------
consensus_10660#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_10660#0      GTAATAATTTCCTCTTACGTAATGGAACGCCTCCTACGACTTGGTGCTGATGGACTAGCC 120
consensus_10660#2      -------------------------------TCTTGTGATTTGTTGCATGCT-ACCAGAG 28
consensus_10660#1      ----------------------------TACTCTTGTGATTTGTTGCATGCT-ACCAGAG 31
                                                      ** *  ** *** ***      ** **  

consensus_10660#0      GCCTTAGGGCAATCAAATGCCCAGCCAACAGATGGTCCTGTACCAGATACTGCTGAACAG 180
consensus_10660#2      GAAAAAAGCAAAGTAATTCTACGTGCTGGAACCGAA---AAACCATGTGAACATGATCGG 85
consensus_10660#1      GAAAAAAGCAAAGTAATTCTACGTGCTGGAACCGAA---AAACCATGTGAACATGATCGG 88
                       *    * *  **  ** *   *   *   *   *       ****  *     *** * *

consensus_10660#0      GTGTATATTAGTAGTCTTGCACTACTAAAAATGCTAAAACATGGACGAGCTGGAGTCCCA 240
consensus_10660#2      GTCGTTGTCGAT-GTCTCAC-TTGTTGTTGATACCAAAGT---GATTCTTCAGAACCAGA 140
consensus_10660#1      GTCGTTGTCGAT-GTCTCAC-TTGTTGTTGATACCAAAGT---GATTCTTCAGAACCAGA 143
                       **   * *   * ****  *  *  *    ** * ***     **       **  *  *

consensus_10660#0      ATGGAGGTTATGGGATTAATGTTAGGCGAATTTGTTGATGACTATACTGTGACGGTTGTG 300
consensus_10660#2      ATATTACTT------TTGATGTGGGGC-ATGCAGAGGATTTTGGAGTTATAAAGGTTGTG 193
consensus_10660#1      ATATTACTT------TTGATGTGGGGC-ATGCAGAGGATTTTGGAGTTATAAAAGTTGTG 196
                       **     **      ** ****  *** *    *  ***        * * *  ******

consensus_10660#0      GATG-TGTTTGCTATGCCCCAGTCCGGCACAGGTGTGAGCGTCGAAGCAGTAGATCCTGT 359
consensus_10660#2      GATG-TGTTTGCTATGCCCCAGTCCGGCACAGGTGTGAGCGTCGAAGCAGTAGATCCTGT 252
consensus_10660#1      GATAATATAGTCCAAG---AAATGGGTTGCGGGGAACAGTGT----GAAGTGAGTCTTAC 249
                       ***  * *   * * *    * *  *   * **    ** **    * ***   ** *  

consensus_10660#0      ATTTCAGGCTAAAATGTTGGATATGCTTAGACAAACTGGACGTCCAGAAATGGTTGTCGG 419
consensus_10660#2      ATTTCAGGCTAAAATGTTGGATATGCTTAGACAAACTGGACGTCCAGAAATGGTTGTCGG 312
consensus_10660#1      A--TCCGACTACGCCTTC--ACAGATTTGGAGAGG--ACATTTTTGAAAATCAGTGATGC 303
                       *  ** * ***     *   * *   ** ** *      *  *    ****   **  * 

consensus_10660#0      ATGGTATCACTCACATCCTGGATTCGGTTGCTGGTTATCTGGTGTGGATATGAATACACA 479
consensus_10660#2      ATGGTATCACTCACATCCTGGATTCGGTTGCTGGTTATCTGGTGTGGATATGAATACACA 372
consensus_10660#1      ATGTTTTCAC--AAACTATTGTTTAAGATA-----TATCT--CCAAGATGTCAAAAAGCT 354
                       *** * ****  * *   * * **  * *      *****      *** * ** *  * 

consensus_10660#0      -ACAAAGTTTTGAAGCTCTATCGGATCGTGCGGTAGCTGTAGTTGTTGATCCAATACAGA 538
consensus_10660#2      -ACAAAGTTTTGAAGCTCTATCGGATCGTGCGGTAGCTGTAGTTGTTGATCCAATACAGA 431
consensus_10660#1      TGCAGAGTTTTGGCAAA-TGTCTGAAAGTGAAAAGTTTATTGTTGCTGATGTGATGAAAT 413
                         ** *******      * ** **  ***       * * **** ****   **  *  

consensus_10660#0      GTGTGAAAGGCAAAGTTGTCATCGATGCTTT-TCGTCTGATCAACCCAAATCTTGTAATT 597
consensus_10660#2      GTGTGAAAGGCAAAGTTGTCATCGATGCTTT-TCGTCTGATCAACCCAAATCTTGTAATT 490
consensus_10660#1      GTCGTGGTAATAAGCTTCTAAATACTGGATTATTGGTTCGTGCATTCAATTGCTACAAAA 473
                       **         **  ** * *    **  ** * *  *  *  *  *** *  *  **  

consensus_10660#0      GCTAATCAAGAACCCAGACAGACAACATCTAATGTTGGTCATCTTAGCAA-GCCAACAAT 656
consensus_10660#2      GCTAATCAAGAACCCAGA------------------------------------------ 508
consensus_10660#1      AAGCTATTAGAATCCTAGAAGGAAGCA-CCAGTGTGACTGACCGTAACTATACCGACCCA 532
                               **** **                                             

consensus_10660#0      CCAAGCGCTTATTCACGGTCTTAACAGACATTATTACTCTTTACCTATTAATTATCGTAA 716
consensus_10660#2      ------------------------------------------------------------
consensus_10660#1      ACGATGCCAGATTATCAGCTGT--CGAAACCTAGCCCACATCAGTTATTGGCTATNTGCC 590
                                                                                   

consensus_10660#0      GAATAAGTGGGAAATTAAGATGTTGATGAATCTAAACAAGCGTACGTGGCGAGATGGACT 776
consensus_10660#2      ------------------------------------------------------------
consensus_10660#1      TATCGAATGCAGCCCACTGCCTTTNTAAATTTGGAACAAACAGTACTATTAATCCAAAGA 650
                                                                                   

consensus_10660#0      AACCTTGGAA-GATTATAATACTCACTGTTCAGCTAATCACAAAACTCTTCAAACTATGC 835
consensus_10660#2      ------------------------------------------------------------
consensus_10660#1      AGTCTCGATTCGATTACCTTTCTGCATGCA------------------------------ 680
                                                                                   

consensus_10660#0      TTGATCTAGTCAAGTCATACCATAAATCTCTTGAAGATGAAGAAAAGATGACTCCAGAAC 895
consensus_10660#2      ------------------------------------------------------------
consensus_10660#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_10660#0      AATTAGCCATCAAAAATGTTGGAAAAATGGATCCAAAGCGACATCTTGGAGAGCACGTAG 955
consensus_10660#2      ------------------------------------------------------------
consensus_10660#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_10660#0      ATGAGTTAATGACATCCAATATCACTCAATCCTTAGGAGCAATGTTGCATTCAGTTGTTT 1015
consensus_10660#2      ------------------------------------------------------------
consensus_10660#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_10660#0      TCACGTAAACAATTACCAAATAAATTCTTTATAAAACATTGAAAAAAAAAAAATTGTTAC 1075
consensus_10660#2      ------------------------------------------------------------
consensus_10660#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_10660#0      TGTGAAGTTGTGTTTACTGAAGTATTTTTACTGTCTTTAGGAAACATGAGTTCTGATGCA 1135
consensus_10660#2      ------------------------------------------------------------
consensus_10660#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_10660#0      TTAACCGAAGAAGAGCGTTCACTTATTGAAGCTAAACGAAGAAAAGCGCTTGAGTCCCGT 1195
consensus_10660#2      ------------------------------------------------------------
consensus_10660#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_10660#0      AACCGAAATACTGCGGGCGGACTTGTTAGTTCAGTGCCTATAGTTCAGAAACAGAATGTG 1255
consensus_10660#2      ------------------------------------------------------------
consensus_10660#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_10660#0      GTTGCTAAGCAGCCCTTATGCTATGAAGGTGGTTATGATAGTATGCATACTGAAAAGGTA 1315
consensus_10660#2      ------------------------------------------------------------
consensus_10660#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_10660#0      GGAGATTTCGTACATATGGCTAGAAAATGGGTGGAATCTGGGTAAGTTATTCAGGTTNTA 1375
consensus_10660#2      ------------------------------------------------------------
consensus_10660#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_10660#0      TCACATCTTTCTATCTTAATAGGGTGCTAATGTATAAGTTGGGCGNTATTAAGTAGCGGT 1435
consensus_10660#2      ------------------------------------------------------------
consensus_10660#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_10660#0      TNNCGTGTACTAATGTTTAACTATACAGTCTTTAGCTCTTGNTCAAACGCAGNCACTCAA 1495
consensus_10660#2      ------------------------------------------------------------
consensus_10660#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_10660#0      TTTA 1499
consensus_10660#2      ----
consensus_10660#1      ----
                           




Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)