These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Schistosoma mansoni see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_10660#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 16 consensus length = 1499 fasta sequence [TTGGCCCTCAGGCAGAATCGGCACGAGGAACATCCCGCCTATTTCGATACACATCTCTTAGTAATAATTTCCTCTTACGTAATGGAACGCCTCCTACGACTTGGTGCTGATGGACTAGCCGCCTTAGGGCAATCAAATGCCCAGCCAACAGATGGTCCTGTACCAGATACTGCTGAACAGGTGTATATTAGTAGTCTTGCACTACTAAAAATGCTAAAACATGGACGAGCTGGAGTCCCAATGGAGGTTATGGGATTAATGTTAGGCGAATTTGTTGATGACTATACTGTGACGGTTGTGGATGTGTTTGCTATGCCCCAGTCCGG-CACAGGTGTGAGCGTCGAAGCAGTAGATCCTGTATTTCAGGCT-AAAATGTTGGATATGCTTAGACAAACTGGACGTCCAGAAATGGTTGTCGGATGGTATCACTCACATCCTGG-A-TTCGGTTGCTGGTTATCT-GGTGTGGATATGAATACACAACAAAGTTTTGAAGCTCTATCGGATCGTGCGGTAGCTGTAGTTGTTGATCCAATACAGAGTGTGAAAGGCAAAGTTGTCATCGATGCTTTTCGTCTGATCAACCCAAATCTTGTAATTGCTAATCAAGAACCCAGACAGACAACATCTAATGTTGGTCATCTTAGCAAGCCAACAATCCAAGCGCTTATTCACGGTCTTAACAGACATTATTACTCTTTACCTATTAATTATCGTAAGAATAAGTGGGAAATTAAGATGTTGATGAATCTAAACAAGCGTACGTGGCGAGATGGACTAACCTTGGAAGATTATAATACTCACTGTTCAGCTAATCACAAAACTCTTCAAACTATGCTTGATCTAGTCAAGTCATACCATAAATCTCTTGAAGATGAAGAAAAGATGACTCCAGAACAATTAGCCATCAAAAATGTTGGAAAAATGGATCCAAAGCGACATCTTGGAGAGCACGTAGATGAGTTAATGACATCCAATATCACTCAATCCTTAGGAGCAATGTTGCATTCAGTTGTTTTCACGTAAACAATTACCAAATAAATTCTTTATAAAACATTGAAAAAAAAAAAATTGTTACTGTGAAGTTGTGTTTACTGAAGTATTTTTACTGTCTTTAGGAAACATGAGTTCTGATGCATTAACCGAAGAAGAGCGTTCACTTATTGAAGCTAAACGAAGAAAAGCGCTTGAGTCCCGTAACCGAAATACTGCGGGCGGACTTGTTAGTTCAGTGCCTATAGTTCAGAAACAGAATGTGGTTGCTAAGCAGCCCTTATGCTATGAAGGTGGTTATGATAGTATGCATACTGAAAAGGTAGGAGATTTCGTACATATGGCTAGAAAATGGGTGGAATCTGGGTAAGTTATTCAGGTTNTATCACATCTTTCTATCTTAATAGGGTGCTAATGTATAAGTTGGGCGNTATTAAGTAGCGGTTNNCGTGTACTAATGTTTAACTATACAGTCTTTAGCTCTTGNTCAAACGCAGNCACTCAATTTA] [+] EMBL CD083484 [TTGGCCCTCAGGCAGAATCGGCACGAGGAACATCCCGCCTATTTCGATACACATCTCTTAGTAATAATTTCCTCTTACGTAATGGAACGCCTCCTACGACTTGGTGCTGATGGACTAGCCGCCTTAGGGCAATCAAATGCCCAGCCAACAGATGGTCCTGTACCAGATACTGCTGAACAGGTGTATATTAGTAGTCTTGCACTACTAAAAATGCTAAAACATGGACGAGCTGGAGTCCCAATGGAGGTTATGGGATTAATGTTAGGCGAATTTGTTGATGACTATACTGTGACGGTTGTGGATGTGTTTGCTATGCCCCAGTCCGG CACAGGTGTGAGCGTCGAAGCAGTAGATCCTGTATTTCAGGCT AAAATGTTGGATATGCTTAGACAAACTGGACGTCCAGAAATGGTTGTCGGATGGTATCACTCACATCCTGG A TTCGGTTGCTGGTTATCT GGTGTG ] [+] EMBL AF014465 [ CCTATTTCGATACACATCTCTTAGTAATAATTTCCTCTTACGTAATGGAACGCCTCCTACGACTTGGTGCTGATGGACTAGCCGCCTTAGGGCAATCAAATGCCCAGCCAACAGATGGTCCTGTACCAGATACTGCTGAACAGGTGTATATTAGTAGTCTTGCACTACTAAAAATGCTAAAACATGGACGAGCTGGAGTCCCAATGGAGGTTATGGGATTAATGTTAGGCGAATTTGTTGATGACTATACTGTGACGGTTGTGGATGTGTTTGCTATGCCCCAGTCCGG CACAGGTGTGAGCGTCGAAGCAGTAGATCCTGTATTTCAGGCT AAAATGTTGGATATGCTTAGACAAACTGGACGTCCAGAAATGGTTGTCGGATGGTATCACTCACATCCTGG A TTCGGTTGCTGGTTATCT GGTGTGGATATGAATACACAACAAAGTTTTGAAGCTCTATCGGATCGTGCGGTAGCTGTAGTTGTTGATCCAATACAGAGTGTGAAAGGCAAAGTTGTCATCGATGCTTTTCGTCTGATCAACCCAAATCTTGTAATTGCTAATCAAGAACCCAGACAGACAACATCTAATGTTGGTCATCTTAGCAAGCCAACAATCCAAGCGCTTATTCACGGTCTTAACAGACATTATTACTCTTTACCTATTAATTATCGTAAGAATAAGTGGGAAATTAAGATGTTGATGAATCTAAACAAGCGTACGTGGCGAGATGGACTAACCTTGGAAGATTATAATACTCACTGTTCAGCTAATCACAAAACTCTTCAAACTATGCTTGATCTAGTCAAGTCATACCATAAATCTCTTGAAGATGAAGAAAAGATGACTCCAGAACAATTAGCCATCAAAAATGTTGGAAAAATGGATCCAAAGCGACATCTTGGAGAGCACGTAGATGAGTTAATGACATCCAATATCACTCAATCCTTAGGAGCAATGTTGCATTCAGTTGTTTTCACGTAAACAATTACCAAATAAATTCTTTATAAAACATTGAAAAAAA ] [+] EMBL CD078550 [ TGGAACGCCTCCTACGACTTGGTGCTGATGGACTAGCCGCCTTAGGGCAATCAAATGCCCAGCCAACAGATGGTCCTGTACCAGATACTGCTGAACAGGTGTATATTAGTAGTCTTGCACTACTAAAAATGCTAAAACATGGACGAGCTGGAGTCCCAATGGAGGTTATGGGATTAATGTTAGGCGAATTTGTTGATGACTATACTGTGACGGTTGTGGATGTGTTTGCTATGCCCCAGTCCGG CACAGGTGTGAGCGTCGAAGCAGTAGATCCTGTATTTCAGGCT AAAATGTTGGATATGCTTAGACAAACTGGACGTCCAGAAATGGTTGTCGGATGGTATCACTCACATCCTGG A TTCGGTTGCTGGTTATCT GGTGTGGATATGAATACACAACAAAGTTTTGAAGCTCTATCGGATCGTGCGGTAGCTGTAGTTGTTGATCCAATACAGAGTGTGAAAGGCAAAGTTGTCATCGATGCTTTTCGTCTGATCAACCCAAATCTTGTAATTGCTAATCAAGAACCCAGACAGACAACATCTAATGTTGGTCATCTTAGCAAGCCAACAATCCAAGCGCTTATTCACGGTCTTAACAGACAT ] [+] EMBL CD190348 [ CCTACGACTTGGTGCTGATGGACTAGCCGCCTTAGGGCAATCAAATGCCCAGCCAACAGATGGTCCTGTACCAGATACTGCTGAACAGGTGTATATTAGTAGTCTTGCACTACTAAAAATGCTAAAACATGGACGAGCTGGAGTCCCAATGGAGGTTATGGGATTAATGTTAGGCGAATTTGTTGATGACTATACTGTGACGGTTGTGGATGTGTTTGCTATGCCCCAGTCCGG CACAGGTGTGAGCGTCGAAGCAGTAGATCCTGTATTTCAGGCT AAAATGTTGGATATGCTTAGACAAACTGGACGTCCAGAAATGGTTGTCGGATGGTATCACTCACATCCTGG A TTCGGTTGCTGGTTATCT GGTGTGGATATGAATACACAACAAAGTTTTGAAGCTCTATCGGATCGTGCGGTAGCTGTAGTTGTTGATCCAATACAGAGTGTGAAAGGCAAAGTTGTCATCGATGCTTTTCGTCTGATCAACCCAAATCTTGTA ] [+] EMBL CD139247 [ GACTAGCCGCCTTAGGGCAATCAAATGCCCAGCCAACAGATGGTCCTGTACCAGATACTGCTGAACAGGTGTATATTAGTAGTCTTGCACTACTAAAAATGCTAAAACATGGACGAGCTGGAGTCCCAATGGAGGTTATGGGGTTAATGTTAGGCGAATTTGTTGATGACTATACTGTGACGGTTGTGGATGTGTTTGCTATGCCCCAGTCCGGACACAGGTGTGAGCGTCGAAGCAGTAGATCCTGTATTTCAGGCT AAAATGTTGGATATGCTTAGACAAACTGGACATCCAGAAATGGTTGTCGGATGGTATCACTCACATCCTGG A TTCGGTTGCTGGTTATCT GGTGTGGATATGAATACACAACAAAGTTTTGAAGCTCTATCGGATCGTGCGGTAGCTGTAGTTGTTGATCCAATACA ] [+] EMBL CD132825 [ CGCCTTAGGGCAATCAAATGCCCAGCCAACAGATGGTCCTGTACCAGATACTGCTGAACAGGTGTATATTAGTAGTCTTGCACTACTAAAAATGCTAAAACATGGACGAGCTGGAGTCCCAATGGAGGTTATGGGATTAATGTTAGGCGAATTTGTTGATGACTATGCTGTGACGGTTGTGGATGTGTTTGCTATGCCCCAGTCCGG CACAGGTGTGAGCGTCGAAGCAGTAGATCCTGTATTTCAGGCT AAAATGTTGGATATGCTTAGACAAACTGGACGTCCAGAAATGGTTGTCGGATGGTATCACTCACATCCTGG A TTCGGTTGCTGGTTATCT GGTGTGGATATGAATACACAACAAAGTTTTGAAGCTCTATCGGATCGTGCGGTAGCTGTAGTTGTTGATCCAATACAGAGTGTGAAAGGCAAAGTTGTCATCGATGCTTTTCGTCTGATCAACCCAAATCTTGTAATTGCTAATCAAGAACCCAGACAGACAACATCTAATGTTGGTCATCTTAGCAAGCCAACAATCCAAGCGCTTATTCACGGTCTTAACAGAC ] [+] EMBL CD159419 [ AACAGGTGTATATTAGTAGTCTTGCACTACTAAAAATGCTAAAACATGGACGAGCTGGAGTCCCAATGGAGGTTATGGGATTACTGTTAGGCGAATTTGTTGATGACTATACTGTGACGGTTGTGGATGTGTTTGCTATGCCCCAGTCCGG CACGGGTGTGAGCGTCGAAGCAGTAGATCCTGTATTTCAGGCT AAAATGTTGGATATGCTTAGACAAACTGGACGTCCAGAAATGGTTGTCGGATGGTATCACTCACATCCTGG A TTCGGTTGCTGGTTATCT GGTGTGGATATGAATACACAACAAAGTTTTGAAGCTCTATCGGATCGTGCGGTAGCTGTAGTTGTTGATCCAATACAGAGTGTGAAAGGCAAAGTTGTCATCGATGCTTTTCGTCTGATCAACCCAAATCTTGTAATTGCTAATCAAGAACCCAGACAGACAACATCTAATGTTGGTCATCTTAGCAAGCCAACAATCCAAGCGCTTATTCACGGTCTTAACAGACATTATTACTCTTTACCTATTAATTATCGTAAGAATAAGTGGGAAA TAAGATGGTGATG ] [+] EMBL CD182818 [ GTATATTAGTAGTCTTGCACTACTAAAAATGCTAAAACATGGACGAGCTGGAGTCCCAATGGAGGTTATGGGATTAATGTTAGGCGAATTTGTTGATGACTATACTGTGACGGTTGTGGATGTGTTTGCTATGCCCCAGTCCGG CACAGGTGTGAGCGTCGAAGCAGTAGATCCTGTATTTCAGGCT ANAATGTTGGATATGCTTAGACAAACTGGACGTCCAGAAATGGTTGTCGGATGGTATCACTCACATCCTGGNA TTCGGNTGCTGGNTACCTGGGTGT GATATGAATACACANCAAAGTTTTGAAGCTCT ] [+] EMBL CD182740 [ GTATATTAGTAGTCTTGCACTACTAAAAATGCTAAAACATGGACGAGCTGGAGTCCCAATGGAGGTTATGGGATTAATGTTAGGCGAATTTGTTGATGACTATACTGTGACGGTTGTGGATGTGTTTGCTATGCCCCAGTCCGG CACAGGTGTGAGCGTCGAAGCAGTAGATCCTGTATTTCAGGCTAAAAATGTTGGATATGCTTAGAC AACTGNACGTCCAGAAATGGTTGTCGGATGGTATCACTCACATNCTGG ATTTCCGTTGCTGG TATCT GGTGTGGATATGAATACACAACAAAGTTTTGAAGCTCT ] [-] EMBL CD184355 [ GTTATGGGATTAATGTTAGGCGAATTTGTTGATGACTATACTGTGACGGTTGTGGATGTGTTTGCTATGCCCCAGTCCGG CACAGGTGTGAGCGTCGAAGCAGTAGATCCTGTATTTCAGGCT AAAATGTTGGATATGCTTAGACAAACTGGACGTCCAGAAATGGTTGTCGGATGGTATCACTCACATCCTGG A TTCGGTTGCTGGTTATCT GGTGTGGATATGAATACACAACAAAGTTTTGAAGCTCTATCGGATCGTGCGGTAGCTGTAGTTGTTGATCCAATACAGAGTGTGAAAGGCAAAGTTGTCATCGATGCTTTTCGTCTGATCAACCCAAATCTTGTAA ] [+] EMBL CD125858 [ TGGTATCACTCACATCCTGG A TTCGGTTGCTGGTTATCT GGTGTGGATATGAATACACAACAAAGTTTTGAAGCTCTATCGGATCGTGCGGTAGCTGTAGTTGTTGATCCAATACAGAGTGTGAAAGGCAAAGTTGTCATCGATGCTTTTCGTCTGATCAACCCAAATCTTGTAATTGCTAATCAAGAACCCAGACAGACAACATCTAATGTTGGTCATCTTAGCAAGCCAACAATCCAAGCGCTTATTCACGGTCTTAACAGACATTATTACTCTTTACCTATTAATTATCGTAAGAATAAGTGGGAAATTAAGATGTTGATGAATCTAAACAAGCGTACGTGGCGAGATGGACTAACCTTGGAAGATTATAATACTCACTGTTCAGCTAATCACAAAACTCTTCAAACTATGCTTGATCTAGTCAAGTCATACCATAAATCTCTTGAAGATGAAGAAAAGATGACTCCAGAACAATTAGCCATCAAAAATGTTGGAAAAATGGCTCCAAAGCGACATCTTGGAGAGCA ] [-] EMBL CD073017 [ CAACAAAG TTTGAAGCTCTATCGGATCGTGCGGTAGCTGTAGTTGTTGATCCAATACAGAGTGTGAAAGGCAAAGTTGTCATCGATGCTTTTCGTCTGATCAACCCAAATCTTGTAATTGCTAATCAAGAACCCAGACAGACAACATNTAATGTTGGTCATTTTAGCAAGCCAACAATCCAAGCGCTTATTCACGGTCTTAACAGACATTATTACTCTTTACCTATTAATTATCGTAAGAATAAGTGGGAAATTAAGATGTTGATGAATCTAAACAAGCGTACGTGGCGAGATGGACTAACCTTGGAAGATTATAATACTCACTGTTCAGCTAATCACAAAACTCTTCAAACTATGCTTGATCTAGTCAAGTCATACCATAAATCTCTTGAAGATGAAGAAAAGATGACTCCAGAACAATTAGCCATCAAAAATGTTGGAAAAATGGATCCAAAGCGACATCTTGGAGAGCACGTAGATGAGTTAATGACATCCAATATCACTCAATCCTTAGGAGCAATGTTGCATTCAGTTGTTTTCACGTAAACAATTACCAAATAA ] [-] EMBL BG931551 [ GGATCGTGCGGTAGCTGTAGTTGTTGATCCAATACAGAGTGTGAAAGGCAAAGTTGTCATCGATGCTTTTCGTCTGATCAACCCAAATCTTGTAATTGCTAATCAAGAACCCAGACAGACAACATCTAATGTTGGTCATCTTAGCAAGCCAACAATCCAAGCGCTTATTCACGGTCTTAACAGACATTATTACTCTTTACCTATTAATTATCGTAAGAATAAGTGGGAAATTAAGATGTTGATGAATCTAAACAAGCGTACGTGGCGAGATGGA ] [+] EMBL CD163277 [ TGATCCAATACAGAGTGTGAAAGGCAAAGTTGTCATCGATGCTTTTCGTCTGATCAACCCAAATCTTGTAATTGCTAATCAAGAACCCAGACAGACAACATCTAATGTTGGTCATCTTAGCAAGCCAACAATCCAAGCGCTTATTCACGGTCTTAACAGACATTATTACTCTTTACCTATTAATTATCGTAAGAATAAGTGGGAAATTAAGATGTTGATGAATCTAAACAAGCGTACGTGGCGAGATGGACTAACCTTGGAAGATTATAATACTCACTGTTCAGCTAATCACAAAACTCTTCAAACTATGCTTGATCTAGTCAAGTCATACCATAAATCTCTTGAAGATGAAGAAAAGATGACTCCAGAACAATTAGCCATCAAAAATGTTGGAAAAATGGATCCAAAGCGACATCTTGGAGAGCACGTAGATGAGTTAATGACATCCAATATCACT ] [-] EMBL AI395164 [ ATCTTAGCAAGCC ACAATCCAAGCGCTTATTCACGGTCTTAACAGACATTATTACTCTTTACCTATTAATTATCGTAAGACTAAGTGGGAAATTAAGATGTTGATGAATCTAAACAAGCGTACGTGGCGAGATGGACTAACCTTGGAAGATTATAATACTCACTGTTCAGCTAATCACAAAACTCTTCAAACTATGCTTGATCTAGTCAAGTCATACCATAAATCTCTTGAAGATGAAGAAAAGATGACTCCAGAACAATTAGCCATCAAAAATGTTGGAAAAATGGATCCAAAGCGACATCTTGGAGAGCACGTAGATGAGTTAATGACATCCAATATCACTCAATCCTTAGGAGCAATGTTGCATTCAGTTGTTTTCACGTAAACAATTACCAAATAAATTCTTTATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA ] [+] EMBL CD090225 [ ACGTAGATGAGTTAATGACATCCAATATCACTCAATCCTTAGGAGCAATGTTGCATTCAGTTGTTTTCACGTAAACAATTACCAAATAAATTCTTTATAAAACATTGAGTTCTATCCAATTGTTACTGTGAAGTTGTGTTTACTGAAGTATTTTTACTGTCTTTAGGAAACATGAGTTCTGATGCATTAACCGAAGAAGAGCGTTCACTTATTGAAGCTAAACGAAGAAAAGCGCTTGAGTCCCGTAACCGAAATACTGCGGGCGGACTTGTTAGTTCAGTGCCTATAGTTCAGAAACAGAATGTGGTTGCTAAGCAGCCCTTATGCTATGAAGGTGGTTATGATAGTATGCATACTGAAAAGGTAGGAGATTTCGTACATATGGCTAGAAAATGGGTGGAATCTGGGTAAGTTATTCAGGTTNTATCACATCTTTCTATCTTAATAGGGTGCTAATGTATAAGTTGGGCGNTATTAAGTAGCGGTTNNCGTGTACTAATGTTTAACTATACAGTCTTTAGCTCTTGNTCAAACGCAGNCACTCAATTTA] consensusID : consensus_10660#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 2 consensus length = 680 fasta sequence [TACTCTTGTGATTTGTTGCATGCTACCAGAGGAAAAAAGCAAAGTAATTCTACGTGCTGGAACCGAAAAACCATGTGAACATGATCGGGTCGTTGTCGATGTCTCACTTGTTGTTGATACCAAAGTGATTCTTCAGAACCAGAATATTACTTTTGATGTGGGGCATGCAGAGGATTTTGGAGTTATAAAAGTTGTGGATAATATAGTCCAAGAAATGGGTTGCGGGGAACAGTGTGAAGTGAGTCTTACATCCGACTACGCCTTCACAGATTTGGAGAGGACATTTTTGAAAATCAGTGATGCATGTTTTCACAAACTATTGTTTAAGATATATCTCCAAGATGTCAAAAAGCTTGCAGAGTTTTGGCAAATGTCTGAAAGTGAAAAGTTTATTGTTGCTGATGTGATGAAATGTCGTGGTAATAAGCTTCTAAATACTGGATTATTGGTTCGTGCATTCAATTGCTACAAAAAAGCTATTAGAATCCTAGAAGGAAGCACCAGTGTGACTGACCGTAACTATACCGACCCAACGATGCCAGATTATCAGCTGTCGAAACCTAGCCCACATCAGTTATTGGCTATNTGCCTATCGAATGCAGCCCACTGCCTTTNTAAATTTGGAACAAACAGTACTATTAATCCAAAGAAGTCTCGATTCGATTACCTTTCTGCATGCA] [+] EMBL AW017348 [TACTCTTGTGATTTGTTGCATGCTACCAGAGGAAAAAAGCAAAGTAATTCTACGTGCTGGAACCGAAAAACCATGTGAACATGATCGGGTCGTTGTCGATGTCTCACTTGTTGTTGATACCAAAGTGATTCTTCAGAACCAGAATATTACTTTTGATGTGGGGCATGCAGAGGATTTTGGAGTTATAAAAGTTGTGGATAATATAGTCCAAGAAATGGGTTGCGGGGAACAGTGTGAAGTGAGTCTTACATCCGACTACGCCTTCACAGATTTGGAGAGGACATTTTTGAAAATCAGTGATGCATGTTTTCACAAACTATTGTTTAAGATATATCTCCAAGATGTCAAAAAGCTTGCAGAGTTTTGGCAAATGTCTGAAAGTGAAAAGTTTATTGTTGCTGATGTGATGAAATGTCGTGGTAATAAGCTTCTAAATACTGGATTATTGGTTCGTGCATTCAATTGCTACAAAAAAGCTATTAGAATCCTAGAAGGAAGCACCAGTGTGACTGACCGTAACTATACCGACCCAACGATGCCAGATTATCAGCTGTCGAAACCTAGCCCACATCAGTTATTGGCTATNTGCCTATCGAATGCAGCCCACTGCCTTTNTAAATTTGGAACAAA ] [+] EMBL CD082526 [ AGTAATTCTACGTGCTGGAACCGAAAAACCATGTGAACATGATCGGGTCGTTGGCGATGTCTCACTTGTTGTTGATACCAAAGTGATTCTTCAGAACCAGAATATTACTTTTGATGTGGGGCATGCAGAGGATTTTGGAGTTATAAAAGTTGTGGATAATATAGTCCAAGAAATGGGTTGCGGGGAACAGTGTGAAGTGAGTCTTACATCCGACTACGCCTTCACAGATTTGGAGAGGACATTTTTGAAAATCAGTGATGCATGTTTTCACAAACTATTGTTTAAGATATATCTCCAAGATGTCAAAAAGCTTGCAGAGTTTTGGCAAATGTCTGAAAGTGAAAAGTTTATTGTTGCTGATGTGATGAAATGTCGTGGTAATAAGCTTCTAAATACTGGATTATTGGTTCGTGCATTCAATTGCTACAAAAAAGCTATTAGAATCCTAGAGGGAAGCACCAGTGTGACTGACTGTAACTATACCGACCCAACGATGCCAGATTATCAGCTGTCGAAACCTAGCCCACATCAGTTATTGGCTATTTGCCTATCGAATGCAGCCCACTGCCTTTNTAAATTTGGAACAANCAGTACTATTAATCCAAAGAAGTCTCGATTCGATTACCTTTCTGCATGCA] consensusID : consensus_10660#2 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 508 fasta sequence [TCTTGTGATTTGTTGCATGCTACCAGAGGAAAAAAGCAAAGTAATTCTACGTGCTGGAACCGAAAAACCATGTGAACATGATCGGGTCGTTGTCGATGTCTCACTTGTTGTTGATACCAAAGTGATTCTTCAGAACCAGAATATTACTTTTGATGTGGGGCATGCAGAGGATTTTGGAGTTATAAAGGTTGTGGATGTGTTTGCTATGCCCCAGTCCGGCACAGGTGTGAGCGTCGAAGCAGTAGATCCTGTATTTCAGGCTAAAATGTTGGATATGCTTAGACAAACTGGACGTCCAGAAATGGTTGTCGGATGGTATCACTCACATCCTGGATTCGGTTGCTGGTTATCTGGTGTGGATATGAATACACAACAAAGTTTTGAAGCTCTATCGGATCGTGCGGTAGCTGTAGTTGTTGATCCAATACAGAGTGTGAAAGGCAAAGTTGTCATCGATGCTTTTCGTCTGATCAACCCAAATCTTGTAATTGCTAATCAAGAACCCAGA] [+] EMBL AF014466 [TCTTGTGATTTGTTGCATGCTACCAGAGGAAAAAAGCAAAGTAATTCTACGTGCTGGAACCGAAAAACCATGTGAACATGATCGGGTCGTTGTCGATGTCTCACTTGTTGTTGATACCAAAGTGATTCTTCAGAACCAGAATATTACTTTTGATGTGGGGCATGCAGAGGATTTTGGAGTTATAAAGGTTGTGGATGTGTTTGCTATGCCCCAGTCCGGCACAGGTGTGAGCGTCGAAGCAGTAGATCCTGTATTTCAGGCTAAAATGTTGGATATGCTTAGACAAACTGGACGTCCAGAAATGGTTGTCGGATGGTATCACTCACATCCTGGATTCGGTTGCTGGTTATCTGGTGTGGATATGAATACACAACAAAGTTTTGAAGCTCTATCGGATCGTGCGGTAGCTGTAGTTGTTGATCCAATACAGAGTGTGAAAGGCAAAGTTGTCATCGATGCTTTTCGTCTGATCAACCCAAATCTTGTAATTGCTAATCAAGAACCCAGA] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_10660#0 TTGGCCCTCAGGCAGAATCGGCACGAGGAACATCCCGCCTATTTCGATACACATCTCTTA 60 consensus_10660#2 ------------------------------------------------------------ consensus_10660#1 ------------------------------------------------------------ consensus_10660#0 GTAATAATTTCCTCTTACGTAATGGAACGCCTCCTACGACTTGGTGCTGATGGACTAGCC 120 consensus_10660#2 -------------------------------TCTTGTGATTTGTTGCATGCT-ACCAGAG 28 consensus_10660#1 ----------------------------TACTCTTGTGATTTGTTGCATGCT-ACCAGAG 31 ** * ** *** *** ** ** consensus_10660#0 GCCTTAGGGCAATCAAATGCCCAGCCAACAGATGGTCCTGTACCAGATACTGCTGAACAG 180 consensus_10660#2 GAAAAAAGCAAAGTAATTCTACGTGCTGGAACCGAA---AAACCATGTGAACATGATCGG 85 consensus_10660#1 GAAAAAAGCAAAGTAATTCTACGTGCTGGAACCGAA---AAACCATGTGAACATGATCGG 88 * * * ** ** * * * * * **** * *** * * consensus_10660#0 GTGTATATTAGTAGTCTTGCACTACTAAAAATGCTAAAACATGGACGAGCTGGAGTCCCA 240 consensus_10660#2 GTCGTTGTCGAT-GTCTCAC-TTGTTGTTGATACCAAAGT---GATTCTTCAGAACCAGA 140 consensus_10660#1 GTCGTTGTCGAT-GTCTCAC-TTGTTGTTGATACCAAAGT---GATTCTTCAGAACCAGA 143 ** * * * **** * * * ** * *** ** ** * * consensus_10660#0 ATGGAGGTTATGGGATTAATGTTAGGCGAATTTGTTGATGACTATACTGTGACGGTTGTG 300 consensus_10660#2 ATATTACTT------TTGATGTGGGGC-ATGCAGAGGATTTTGGAGTTATAAAGGTTGTG 193 consensus_10660#1 ATATTACTT------TTGATGTGGGGC-ATGCAGAGGATTTTGGAGTTATAAAAGTTGTG 196 ** ** ** **** *** * * *** * * * ****** consensus_10660#0 GATG-TGTTTGCTATGCCCCAGTCCGGCACAGGTGTGAGCGTCGAAGCAGTAGATCCTGT 359 consensus_10660#2 GATG-TGTTTGCTATGCCCCAGTCCGGCACAGGTGTGAGCGTCGAAGCAGTAGATCCTGT 252 consensus_10660#1 GATAATATAGTCCAAG---AAATGGGTTGCGGGGAACAGTGT----GAAGTGAGTCTTAC 249 *** * * * * * * * * * ** ** ** * *** ** * consensus_10660#0 ATTTCAGGCTAAAATGTTGGATATGCTTAGACAAACTGGACGTCCAGAAATGGTTGTCGG 419 consensus_10660#2 ATTTCAGGCTAAAATGTTGGATATGCTTAGACAAACTGGACGTCCAGAAATGGTTGTCGG 312 consensus_10660#1 A--TCCGACTACGCCTTC--ACAGATTTGGAGAGG--ACATTTTTGAAAATCAGTGATGC 303 * ** * *** * * * ** ** * * * **** ** * consensus_10660#0 ATGGTATCACTCACATCCTGGATTCGGTTGCTGGTTATCTGGTGTGGATATGAATACACA 479 consensus_10660#2 ATGGTATCACTCACATCCTGGATTCGGTTGCTGGTTATCTGGTGTGGATATGAATACACA 372 consensus_10660#1 ATGTTTTCAC--AAACTATTGTTTAAGATA-----TATCT--CCAAGATGTCAAAAAGCT 354 *** * **** * * * * ** * * ***** *** * ** * * consensus_10660#0 -ACAAAGTTTTGAAGCTCTATCGGATCGTGCGGTAGCTGTAGTTGTTGATCCAATACAGA 538 consensus_10660#2 -ACAAAGTTTTGAAGCTCTATCGGATCGTGCGGTAGCTGTAGTTGTTGATCCAATACAGA 431 consensus_10660#1 TGCAGAGTTTTGGCAAA-TGTCTGAAAGTGAAAAGTTTATTGTTGCTGATGTGATGAAAT 413 ** ******* * ** ** *** * * **** **** ** * consensus_10660#0 GTGTGAAAGGCAAAGTTGTCATCGATGCTTT-TCGTCTGATCAACCCAAATCTTGTAATT 597 consensus_10660#2 GTGTGAAAGGCAAAGTTGTCATCGATGCTTT-TCGTCTGATCAACCCAAATCTTGTAATT 490 consensus_10660#1 GTCGTGGTAATAAGCTTCTAAATACTGGATTATTGGTTCGTGCATTCAATTGCTACAAAA 473 ** ** ** * * ** ** * * * * * *** * * ** consensus_10660#0 GCTAATCAAGAACCCAGACAGACAACATCTAATGTTGGTCATCTTAGCAA-GCCAACAAT 656 consensus_10660#2 GCTAATCAAGAACCCAGA------------------------------------------ 508 consensus_10660#1 AAGCTATTAGAATCCTAGAAGGAAGCA-CCAGTGTGACTGACCGTAACTATACCGACCCA 532 **** ** consensus_10660#0 CCAAGCGCTTATTCACGGTCTTAACAGACATTATTACTCTTTACCTATTAATTATCGTAA 716 consensus_10660#2 ------------------------------------------------------------ consensus_10660#1 ACGATGCCAGATTATCAGCTGT--CGAAACCTAGCCCACATCAGTTATTGGCTATNTGCC 590 consensus_10660#0 GAATAAGTGGGAAATTAAGATGTTGATGAATCTAAACAAGCGTACGTGGCGAGATGGACT 776 consensus_10660#2 ------------------------------------------------------------ consensus_10660#1 TATCGAATGCAGCCCACTGCCTTTNTAAATTTGGAACAAACAGTACTATTAATCCAAAGA 650 consensus_10660#0 AACCTTGGAA-GATTATAATACTCACTGTTCAGCTAATCACAAAACTCTTCAAACTATGC 835 consensus_10660#2 ------------------------------------------------------------ consensus_10660#1 AGTCTCGATTCGATTACCTTTCTGCATGCA------------------------------ 680 consensus_10660#0 TTGATCTAGTCAAGTCATACCATAAATCTCTTGAAGATGAAGAAAAGATGACTCCAGAAC 895 consensus_10660#2 ------------------------------------------------------------ consensus_10660#1 ------------------------------------------------------------ consensus_10660#0 AATTAGCCATCAAAAATGTTGGAAAAATGGATCCAAAGCGACATCTTGGAGAGCACGTAG 955 consensus_10660#2 ------------------------------------------------------------ consensus_10660#1 ------------------------------------------------------------ consensus_10660#0 ATGAGTTAATGACATCCAATATCACTCAATCCTTAGGAGCAATGTTGCATTCAGTTGTTT 1015 consensus_10660#2 ------------------------------------------------------------ consensus_10660#1 ------------------------------------------------------------ consensus_10660#0 TCACGTAAACAATTACCAAATAAATTCTTTATAAAACATTGAAAAAAAAAAAATTGTTAC 1075 consensus_10660#2 ------------------------------------------------------------ consensus_10660#1 ------------------------------------------------------------ consensus_10660#0 TGTGAAGTTGTGTTTACTGAAGTATTTTTACTGTCTTTAGGAAACATGAGTTCTGATGCA 1135 consensus_10660#2 ------------------------------------------------------------ consensus_10660#1 ------------------------------------------------------------ consensus_10660#0 TTAACCGAAGAAGAGCGTTCACTTATTGAAGCTAAACGAAGAAAAGCGCTTGAGTCCCGT 1195 consensus_10660#2 ------------------------------------------------------------ consensus_10660#1 ------------------------------------------------------------ consensus_10660#0 AACCGAAATACTGCGGGCGGACTTGTTAGTTCAGTGCCTATAGTTCAGAAACAGAATGTG 1255 consensus_10660#2 ------------------------------------------------------------ consensus_10660#1 ------------------------------------------------------------ consensus_10660#0 GTTGCTAAGCAGCCCTTATGCTATGAAGGTGGTTATGATAGTATGCATACTGAAAAGGTA 1315 consensus_10660#2 ------------------------------------------------------------ consensus_10660#1 ------------------------------------------------------------ consensus_10660#0 GGAGATTTCGTACATATGGCTAGAAAATGGGTGGAATCTGGGTAAGTTATTCAGGTTNTA 1375 consensus_10660#2 ------------------------------------------------------------ consensus_10660#1 ------------------------------------------------------------ consensus_10660#0 TCACATCTTTCTATCTTAATAGGGTGCTAATGTATAAGTTGGGCGNTATTAAGTAGCGGT 1435 consensus_10660#2 ------------------------------------------------------------ consensus_10660#1 ------------------------------------------------------------ consensus_10660#0 TNNCGTGTACTAATGTTTAACTATACAGTCTTTAGCTCTTGNTCAAACGCAGNCACTCAA 1495 consensus_10660#2 ------------------------------------------------------------ consensus_10660#1 ------------------------------------------------------------ consensus_10660#0 TTTA 1499 consensus_10660#2 ---- consensus_10660#1 ---- |
Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||