cluster # 2504

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Schistosoma mansoni
cluster # 2504 cluster # 2504 Sequences # 2 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_2504#0 length = 507 sequences # 1

consensus_2504#1 length = 466 sequences # 1

consensusID : consensus_2504#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 507
fasta sequence

                              [CTAACAATTTCAACATGGATCTACATGGAATAATTCAATAGCGTATTTCACGTTATTATCATCACTAATACTATTCTCGTTATTATACAATGTGGTTTGTGATGATTGATGGTTAATTTCTGTTTCGATTATGATTGGTTGATTGAATGATTGGAGGAGCCAAGGATGATTGAGACATTCTTTGGCAGACATACGTTGTGTCGGTGAACGTTGAAGAAGGCGCTGAATAAAGTCAATTGAATCGGGTGAACGATTATTAAAAAGGGAATCAGGATACGTAATTGTACCATGAGTAATATTTTGCATTGTGATATATTTATCTTCACCAAGAAATGGAGAAATTCCAGTAAGTAGATAATATGTAAGAACTCCAACAGACCACATATCTGTAGCAAATGTGATAGGATCATAGTTAATAAATTTCCGGTGCAACATAATCAGGAGTTCCTGCAAGTTCTCGATGTTGTTTGCCTTCAGTTAATATGGTCGCTAAACCAAAATCTGTGA]

[+] EMBL CD065819             [CTAACAATTTCAACATGGATCTACATGGAATAATTCAATAGCGTATTTCACGTTATTATCATCACTAATACTATTCTCGTTATTATACAATGTGGTTTGTGATGATTGATGGTTAATTTCTGTTTCGATTATGATTGGTTGATTGAATGATTGGAGGAGCCAAGGATGATTGAGACATTCTTTGGCAGACATACGTTGTGTCGGTGAACGTTGAAGAAGGCGCTGAATAAAGTCAATTGAATCGGGTGAACGATTATTAAAAAGGGAATCAGGATACGTAATTGTACCATGAGTAATATTTTGCATTGTGATATATTTATCTTCACCAAGAAATGGAGAAATTCCAGTAAGTAGATAATATGTAAGAACTCCAACAGACCACATATCTGTAGCAAATGTGATAGGATCATAGTTAATAAATTTCCGGTGCAACATAATCAGGAGTTCCTGCAAGTTCTCGATGTTGTTTGCCTTCAGTTAATATGGTCGCTAAACCAAAATCTGTGA]




>consensus_2504#0
CTAACAATTTCAACATGGATCTACATGGAATAATTCAATAGCGTATTTCACGTTATTATC
ATCACTAATACTATTCTCGTTATTATACAATGTGGTTTGTGATGATTGATGGTTAATTTC
TGTTTCGATTATGATTGGTTGATTGAATGATTGGAGGAGCCAAGGATGATTGAGACATTC
TTTGGCAGACATACGTTGTGTCGGTGAACGTTGAAGAAGGCGCTGAATAAAGTCAATTGA
ATCGGGTGAACGATTATTAAAAAGGGAATCAGGATACGTAATTGTACCATGAGTAATATT
TTGCATTGTGATATATTTATCTTCACCAAGAAATGGAGAAATTCCAGTAAGTAGATAATA
TGTAAGAACTCCAACAGACCACATATCTGTAGCAAATGTGATAGGATCATAGTTAATAAA
TTTCCGGTGCAACATAATCAGGAGTTCCTGCAAGTTCTCGATGTTGTTTGCCTTCAGTTA
ATATGGTCGCTAAACCAAAATCTGTGA

consensusID : consensus_2504#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 466
fasta sequence

                              [TTTTTGGATATCTTTCTAATAGACTGTTCGGATGATGATGATGGGTGGTTGTTTATCGAAGAGATAAAATGTGTAGATAATGCTGAGTTGACAACAGGAAGATTGTCAACACACAATTTTAGTGAAGGCAATAGTTTGACAAAATTTGTTTGACTAACAACATCTACATATGGAACAATATATACAGGAGACTGTACTAAAAACTGGGTTAAACAAACTGGTGACATAAATTCATTAACAATTTCAGCAATTGGATCTACATGGAATAATTCAATAGCGTATTACACGTTATTATCATCACTAATACTATTCTCGTTATTATACAATGTGGTTTGTGATGATTGATGGTTAATTTCTGTTTCGATTATGATTGGTTGATTGAATGATTGGAGGAGCCAAGGATGATTGAGACATTCTTTGGCAGACATACGTTCGTCTATGTACCTACGTCGGTGAACGTTGAAGA]

[-] EMBL CD092059             [TTTTTGGATATCTTTCTAATAGACTGTTCGGATGATGATGATGGGTGGTTGTTTATCGAAGAGATAAAATGTGTAGATAATGCTGAGTTGACAACAGGAAGATTGTCAACACACAATTTTAGTGAAGGCAATAGTTTGACAAAATTTGTTTGACTAACAACATCTACATATGGAACAATATATACAGGAGACTGTACTAAAAACTGGGTTAAACAAACTGGTGACATAAATTCATTAACAATTTCAGCAATTGGATCTACATGGAATAATTCAATAGCGTATTACACGTTATTATCATCACTAATACTATTCTCGTTATTATACAATGTGGTTTGTGATGATTGATGGTTAATTTCTGTTTCGATTATGATTGGTTGATTGAATGATTGGAGGAGCCAAGGATGATTGAGACATTCTTTGGCAGACATACGTTCGTCTATGTACCTACGTCGGTGAACGTTGAAGA]




>consensus_2504#1
TTTTTGGATATCTTTCTAATAGACTGTTCGGATGATGATGATGGGTGGTTGTTTATCGAA
GAGATAAAATGTGTAGATAATGCTGAGTTGACAACAGGAAGATTGTCAACACACAATTTT
AGTGAAGGCAATAGTTTGACAAAATTTGTTTGACTAACAACATCTACATATGGAACAATA
TATACAGGAGACTGTACTAAAAACTGGGTTAAACAAACTGGTGACATAAATTCATTAACA
ATTTCAGCAATTGGATCTACATGGAATAATTCAATAGCGTATTACACGTTATTATCATCA
CTAATACTATTCTCGTTATTATACAATGTGGTTTGTGATGATTGATGGTTAATTTCTGTT
TCGATTATGATTGGTTGATTGAATGATTGGAGGAGCCAAGGATGATTGAGACATTCTTTG
GCAGACATACGTTCGTCTATGTACCTACGTCGGTGAACGTTGAAGA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_2504#0      CTAACAATTTCAACATGGATCTACATGGAATAATTCAATAGCGTATTTCACGTTATTATC 60
consensus_2504#1      -------------------TTTTTGGATATCTTTCTAATAGACTGTT-CGGATGATGATG 40
                                         * *      *    *  *****  * ** *   * ** ** 

consensus_2504#0      ATCACTAATACTATTCTCGTTATTATACAATGTGGTTTGTGATGATTGATGGTTAATTTC 120
consensus_2504#1      ATGGGTGGTTGT-TTATCGAAGAGATAAAATGTG-TAGATAATGCTGAGTTGACAACAGG 98
                      **   *  *  * ** ***     *** ****** *   * *** *   * *  **    

consensus_2504#0      TGTTTCGATTATGATTGGTTGATTGAATGATTGGAGGAGCCAAGGATGATTGAGACATTC 180
consensus_2504#1      AA----GATTGTCAACACACAATT------TTAGTGAAGGCAATAGTTTGACAAAATTTG 148
                            **** * *       ***      ** * * ** ***   *     * *  ** 

consensus_2504#0      TTTGGCAGACATACGTTGTGTCGGTGAACGT-TGAAGAAGGCGCTGAATAAAGTCAATTG 239
consensus_2504#1      TTTGACTAACAACATCTACATATGGAACAATATATACAGGAGACTGTACTAAA--AACTG 206
                      **** *  ***     *   *  *  *   * *  * * *   *** *  **   ** **

consensus_2504#0      AATCGGGTGAACGATTATTAAAAAGGGAATCAGGATAC--GTAATTGTACC-ATGAGTAA 296
consensus_2504#1      GGTTAAACAAACTGGTGACATAAATTCATTAACAATTTCAGCAATTGGATCTACATGGAA 266
                        *      ***   *   * ***   * * *  **    * ***** * * *   * **

consensus_2504#0      TATTTTG-CATTGTGATATAT-TTATCTTCACCAAGAAATGGAGAAATTCCAGTAAGTAG 354
consensus_2504#1      TAATTCAATAGCGTATTACACGTTATTATCATCACTAA----TACTATTCTCGTTATTAT 322
                      ** **    *  **  ** *  ****  *** **  **        ****  ** * ** 

consensus_2504#0      ATAATATG--TAAGAACTCCAACAGACCACATATCTGTAGCAAATGTGATAGGATCATAG 412
consensus_2504#1      ACAATGTGGTTTGTGATGATTGATGGTTA-ATTTCTGTTTCGATTATGATTGGTTGATTG 381
                      * *** **  *    *        *   * ** *****  * * * **** ** * ** *

consensus_2504#0      TTAATAAATTTCCGGTGCAAC-ATAATCAGGAGTTCCT---GCAAGTTCTCGATGTTGTT 468
consensus_2504#1      --AATGATTGGAGGAGCCAAGGATGATTGAGACATTCTTTGGCAGACATACGTTCGTCTA 439
                        *** * *    *   ***  ** **   **  * **   ***      ** *  * * 

consensus_2504#0      TGCCTTCAGTTAATATGGTCGCTAAACCAAAATCTGTGA 507
consensus_2504#1      TGTACCTACGTCG-GTGAACGTTGAAGA----------- 466
                      **     *  *    **  ** * **