cluster # 4057

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Schistosoma mansoni
cluster # 4057 cluster # 4057 Sequences # 2 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_4057#0 length = 576 sequences # 1

consensus_4057#1 length = 455 sequences # 1

consensusID : consensus_4057#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 576
fasta sequence

                              [TTAAATCTGAATTGAAAACTCATGTTAATCGTTCTGATGCCTTAGTAGGGGAAATGAATCGTTTGACTAAAGTTGTAAGTTCATTATCGGAAGAACTGAACCATGCTAATAATCGAACTAATGAAGTGCAAGGTCAATTGCATGATTTACAAGTTGATCTTGTTCATACACAGAATGAATTACAATTGAAGGAAGATGAAGTTCAGCGTCAACGAACTAATGTTGAACAGTTAAGATTACAATTATGTGAAGAAAATACACAAACAGAGAGATTTCGTACGGAACTTGAAACATTGCAATCAGCTAAGGTTCAAGCTGAAAATGAATTATCATCATCAAATAATTTAATTCAAGAATTAAAAATATCATTAACAAATGAAAAGAATCGAGCTCAGTCGTTAAAAATTGAATTGGATCAATTATATGACCAAATTAGGAAGAACACTTATCAAACTACTCCAACGCCAAATAATAATAATAATAATGCTATTGGTGGAAATATGACTACAACTAATGAAAATAAAGCACCTAATGATTGGTCATCANATCTTAATCCACGTGTCTATGAAGCGATAA]

[+] EMBL AI977326             [TTAAATCTGAATTGAAAACTCATGTTAATCGTTCTGATGCCTTAGTAGGGGAAATGAATCGTTTGACTAAAGTTGTAAGTTCATTATCGGAAGAACTGAACCATGCTAATAATCGAACTAATGAAGTGCAAGGTCAATTGCATGATTTACAAGTTGATCTTGTTCATACACAGAATGAATTACAATTGAAGGAAGATGAAGTTCAGCGTCAACGAACTAATGTTGAACAGTTAAGATTACAATTATGTGAAGAAAATACACAAACAGAGAGATTTCGTACGGAACTTGAAACATTGCAATCAGCTAAGGTTCAAGCTGAAAATGAATTATCATCATCAAATAATTTAATTCAAGAATTAAAAATATCATTAACAAATGAAAAGAATCGAGCTCAGTCGTTAAAAATTGAATTGGATCAATTATATGACCAAATTAGGAAGAACACTTATCAAACTACTCCAACGCCAAATAATAATAATAATAATGCTATTGGTGGAAATATGACTACAACTAATGAAAATAAAGCACCTAATGATTGGTCATCANATCTTAATCCACGTGTCTATGAAGCGATAA]




>consensus_4057#0
TTAAATCTGAATTGAAAACTCATGTTAATCGTTCTGATGCCTTAGTAGGGGAAATGAATC
GTTTGACTAAAGTTGTAAGTTCATTATCGGAAGAACTGAACCATGCTAATAATCGAACTA
ATGAAGTGCAAGGTCAATTGCATGATTTACAAGTTGATCTTGTTCATACACAGAATGAAT
TACAATTGAAGGAAGATGAAGTTCAGCGTCAACGAACTAATGTTGAACAGTTAAGATTAC
AATTATGTGAAGAAAATACACAAACAGAGAGATTTCGTACGGAACTTGAAACATTGCAAT
CAGCTAAGGTTCAAGCTGAAAATGAATTATCATCATCAAATAATTTAATTCAAGAATTAA
AAATATCATTAACAAATGAAAAGAATCGAGCTCAGTCGTTAAAAATTGAATTGGATCAAT
TATATGACCAAATTAGGAAGAACACTTATCAAACTACTCCAACGCCAAATAATAATAATA
ATAATGCTATTGGTGGAAATATGACTACAACTAATGAAAATAAAGCACCTAATGATTGGT
CATCANATCTTAATCCACGTGTCTATGAAGCGATAA

consensusID : consensus_4057#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 455
fasta sequence

                              [GGTACTGACTCAGCATCCTTAATTTGAAGTACCTAATACTCGAATGTTTGAATATCTTTTCTTCAAACCCCAGTGAAGTCATGAATGCTCACTACTGTGTAGTTCAGTGTTAGAATAAAACATGTGTTAAGTGCTTCTTAGTTTTATTGGTTATCTGACAAAGGTTAATTTTTAATGTCAACTTGGTGAATTGTCCATTTCCCGTAAGGTCAAATGAAAACACTGTTTATTGCTTTTTTTGTTTGAATAAATTCTTCGTTTTTATTTTGAAAAAAAATATAGTTTTGCCCCTTTCACTTGTTTCCCCCCTCACGGTTTTTACTTTGCCAGAACTACTCCAACGCCAAATAATAATAATAATGCTATCGGTGGAAATATGACTACAACTAATGAAAATAAAGCACCTAATGATTATTCATCAAATCTTAATCCACGTGTCTATGAAGCGATAAATC]

[-] EMBL CD179779             [GGTACTGACTCAGCATCCTTAATTTGAAGTACCTAATACTCGAATGTTTGAATATCTTTTCTTCAAACCCCAGTGAAGTCATGAATGCTCACTACTGTGTAGTTCAGTGTTAGAATAAAACATGTGTTAAGTGCTTCTTAGTTTTATTGGTTATCTGACAAAGGTTAATTTTTAATGTCAACTTGGTGAATTGTCCATTTCCCGTAAGGTCAAATGAAAACACTGTTTATTGCTTTTTTTGTTTGAATAAATTCTTCGTTTTTATTTTGAAAAAAAATATAGTTTTGCCCCTTTCACTTGTTTCCCCCCTCACGGTTTTTACTTTGCCAGAACTACTCCAACGCCAAATAATAATAATAATGCTATCGGTGGAAATATGACTACAACTAATGAAAATAAAGCACCTAATGATTATTCATCAAATCTTAATCCACGTGTCTATGAAGCGATAAATC]




>consensus_4057#1
GGTACTGACTCAGCATCCTTAATTTGAAGTACCTAATACTCGAATGTTTGAATATCTTTT
CTTCAAACCCCAGTGAAGTCATGAATGCTCACTACTGTGTAGTTCAGTGTTAGAATAAAA
CATGTGTTAAGTGCTTCTTAGTTTTATTGGTTATCTGACAAAGGTTAATTTTTAATGTCA
ACTTGGTGAATTGTCCATTTCCCGTAAGGTCAAATGAAAACACTGTTTATTGCTTTTTTT
GTTTGAATAAATTCTTCGTTTTTATTTTGAAAAAAAATATAGTTTTGCCCCTTTCACTTG
TTTCCCCCCTCACGGTTTTTACTTTGCCAGAACTACTCCAACGCCAAATAATAATAATAA
TGCTATCGGTGGAAATATGACTACAACTAATGAAAATAAAGCACCTAATGATTATTCATC
AAATCTTAATCCACGTGTCTATGAAGCGATAAATC

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_4057#0      TTAAATCTGAATTGAAAACTCATGTTAATCGTTCTGATGCCTTAGTAGGGGAAATGAATC 60
consensus_4057#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4057#0      GTTTGACTAAAGTTGTAAGTTCATTATCGGAAGAACTGAACCATGCTAATAATCGAACTA 120
consensus_4057#1      -------------------------------GGTACTGACTCA-GC--ATCCTTAATT-- 24
                                                      * *****  ** **  **  *  *    

consensus_4057#0      ATGAAGTGCAAGGTCAATTGCATGATTTACAAGTTGATCTTGTTCATACACAGAATGAAT 180
consensus_4057#1      -TGAAGTACCTAAT-ACTCGAATGTTT---GAATATCTTTTCTTCAAACCCCAGTGAAGT 79
                       ****** *    * * * * *** **    * *   * ** **** ** *      * *

consensus_4057#0      TACAATTGA--AGGAAGATGAAGTTCAGCGTCAACGAACTAATGTTGAACAGTTAAGATT 238
consensus_4057#1      CATGAATGCTCACTACTGTGTAGTTCAGTGTTA--GAATAAAACATGTGTTAAGTGCTTC 137
                       *  * **   *  *   ** ******* ** *  ***  **   **           * 

consensus_4057#0      ACAATTATGTGAAGAAAATACACAAACAGAGAGATTTCGTACGGAACTTGAAACATTGCA 298
consensus_4057#1      TTAGTTTTATTGGTTATCTG-ACAAAGGTTAATTTTTAATGTC-AACTTGGTGAATTGT- 194
                        * ** * *     *  *  *****     *  ***  *    ******    ****  

consensus_4057#0      ATCAGCTAAGGTTCAAGCTGAAAATGAATTATCATCATCAAATAATTTAATTCAAGAATT 358
consensus_4057#1      -CCATTTCCCGT--AAGGTCAAA-TGAA--AACACTGTTTATTGCTTTTTTTGTTTGAAT 248
                        **  *   **  *** * *** ****  * **   *  * *  ***  **     * *

consensus_4057#0      AAAAATATCATTAACAAAT--GAAAAGAATCGAGCTCAGTCGTTAAAAATTGAATTGGAT 416
consensus_4057#1      AAATTCTTCGTTTTTATTTTGAAAAAAAATATAGTTTTGCCCCTTTCACTTG--TTTCCC 306
                      ***    ** **   *  *   **** ***  ** *  * *  *   * ***  **    

consensus_4057#0      CAATTATATGACCAAATTAGGAAGAACACTTATCAAACTACTCCAACGCCAAATAATAAT 476
consensus_4057#1      CCCTCACGGTTTTTACTTTGCCAGAAC-----------TACTCCAACGCCAAATAATAAT 355
                      *  * *        * ** *  *****           **********************

consensus_4057#0      AATAATAATGCTATTGGTGGAAATATGACTACAACTAATGAAAATAAAGCACCTAATGAT 536
consensus_4057#1      AATAAT---GCTATCGGTGGAAATATGACTACAACTAATGAAAATAAAGCACCTAATGAT 412
                      ******   ***** *********************************************

consensus_4057#0      TGGTCATCANATCTTAATCCACGTGTCTATGAAGCGATAA--- 576
consensus_4057#1      TATTCATCAAATCTTAATCCACGTGTCTATGAAGCGATAAATC 455
                      *  ****** ******************************