These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Schistosoma mansoni see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_4301#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 371 fasta sequence [TATAGTATTTATAGGAATTCTGTCAATATGATAAATGGTCAATATATTTTAATGATAAACTAAATTCCATATCTCTTTTCAGTTCAAATTATTAAAATAAAAAAAATGATTCAAACCAACAAGTTGCAATATAAATAAAAATGATAGTAATATTTAATGAAATTTTTTTAAACTAAAAATTAACACCCAACAATAAATACCTGTTCTCCAAGAGATTACATTCTACAGGTGTATTTTTCATGATAACACTTCTAGTTGTATAAATTGTAATTGGTTCATTTAATAGTGACGATTTAGCATCACATGGTTCGTTGTAAATTCCAGTAGGATTTATGTTATTCAAAGTATTATTAACATTATTATAATTATTA] [+] EMBL CD066756 [TATAGTATTTATAGGAATTCTGTCAATATGATAAATGGTCAATATATTTTAATGATAAACTAAATTCCATATCTCTTTTCAGTTCAAATTATTAAAATAAAAAAAATGATTCAAACCAACAAGTTGCAATATAAATAAAAATGATAGTAATATTTAATGAAATTTTTTTAAACTAAAAATTAACACCCAACAATAAATACCTGTTCTCCAAGAGATTACATTCTACAGGTGTATTTTTCATGATAACACTTCTAGTTGTATAAATTGTAATTGGTTCATTTAATAGTGACGATTTAGCATCACATGGTTCGTTGTAAATTCCAGTAGGATTTATGTTATTCAAAGTATTATTAACATTATTATAATTATTA] consensusID : consensus_4301#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 2 consensus length = 325 fasta sequence [TTGCCGCTATCATAATTGCATGAACTGTTCTCCAAGAGATTACATTCTACAGGTGTATTTTTCATGATAACACTTCTAGTTGTATAAATTGTAATTGGTTCATTTAATAGTGACGATTTAGCATCACATGGTTCGTTGTAAATTCCAGTAGGATTTATGTTATTCAAAGTATTATTAACATTATTATAATTATTATTTAGTGATTTATTACATGGATCGAAGTTAGTCAGTAGTGAAGTAACAACAACACTGTCAGATATTTCATGATATTGTTGATTATGGTGCTGATGTTGACGATGTGAATCAACACTACCTCCACTAAATG] [+] EMBL CD066831 [TTGCCGCTATCATAATTGCATGAACTGTTCTCCAAGAGATTACATTCTACAGGTGTATTTTTCATGATAACACTTCTAGTTGTATAAATTGTAATTGGTTCATTTAATAGTGACGATTTAGCATCACATGGTTCGTTGTAAATTCCAGTAGGATTTATGTTATTCAAAGTATTATTAACATTATTATAATTATTATTTAGTGATTTATTACATGGATCGAAGTTAGTCAGTAGTGAAGTAACAACAACACTGTCAGATATTTCATGATATTGTTGATTATGGTGCTGATGTTGACGATGTGAATCA ] [-] EMBL CD112605 [ CATAATTGCATGAACTGTTCTCCAAGAGATTACATTCTACAGGTGTATTTTTCATGATAACACTTCTAGTTGTATAAATTGTAATTGGTTCATTTAATAGTGACGATTTAGCATCACATGGTTCGTTGTAAATTCCAGTAGGATTTATGTTATTCAAAGTATTATTAACATTATTATAATTATTATTTAGTGATTTATTACATGGATCGAAGTTAGACAGTAGTGAAGTAACAACAACACTGTCAGATATTTCATGATATTGTTGATTATGGTGCTGATGTTGACGATGTGAATCAACACTACCTCCACTAAATG] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_4301#0 TATAGTATTTATAGGAATTCTGTCAATATGATAAATGGTCAATATATTTTAATGATAAAC 60 consensus_4301#1 ------------------------------------------------------------ consensus_4301#0 TAAATTCCATATCTCTTTTCAGTTCAAATTATTAAAATAAAAAAAATGATTCAAACCAAC 120 consensus_4301#1 ------------------------------------------------------------ consensus_4301#0 AAGTTGCAATATAAATAAAAATGATAGTAATATTTAATGAAATTTTTTTAAACTAAAAAT 180 consensus_4301#1 -----------------------------------------------------TTGCCGC 7 * consensus_4301#0 TAACACCCAACAATAAATACCTGTTCTCCAAGAGATTACATTCTACAGGTGTATTTTTCA 240 consensus_4301#1 TATCATAATTGCATGAA---CTGTTCTCCAAGAGATTACATTCTACAGGTGTATTTTTCA 64 ** ** ** ** **************************************** consensus_4301#0 TGATAACACTTCTAGTTGTATAAATTGTAATTGGTTCATTTAATAGTGACGATTTAGCAT 300 consensus_4301#1 TGATAACACTTCTAGTTGTATAAATTGTAATTGGTTCATTTAATAGTGACGATTTAGCAT 124 ************************************************************ consensus_4301#0 CACATGGTTCGTTGTAAATTCCAGTAGGATTTATGTTATTCAAAGTATTATTAACATTAT 360 consensus_4301#1 CACATGGTTCGTTGTAAATTCCAGTAGGATTTATGTTATTCAAAGTATTATTAACATTAT 184 ************************************************************ consensus_4301#0 TATAATTATTA------------------------------------------------- 371 consensus_4301#1 TATAATTATTATTTAGTGATTTATTACATGGATCGAAGTTAGTCAGTAGTGAAGTAACAA 244 *********** consensus_4301#0 ------------------------------------------------------------ consensus_4301#1 CAACACTGTCAGATATTTCATGATATTGTTGATTATGGTGCTGATGTTGACGATGTGAAT 304 consensus_4301#0 --------------------- consensus_4301#1 CAACACTACCTCCACTAAATG 325 |
Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||