cluster # 4338

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Schistosoma mansoni
cluster # 4338 cluster # 4338 Sequences # 3 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_4338#0 length = 649 sequences # 1

consensus_4338#1 length = 589 sequences # 2

consensusID : consensus_4338#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 649
fasta sequence

                              [TGATAAATTAGTGATGTTTCGAATCCCAGTCAAACAAATTCCTTTAGATTTCAGCAAAGTTGGCACAGATGAAGTTATTAAAGATAATCTGAATTTTGTCAAACTACCGGAAAACAATTTAATCCCTAATTTCCTTTACAGTTTGGCAGTTGTTTTNNNNNNTTGGTTTCAACAATTAAAAAATACTTCTATTGAGATCCCTTCTGTGTTTAGTGGGTCGTCTGTTGGACTTGCTGTAGCTTCCTGTGCTATCGCAAATATATACAACGATGGCTCATCTATTAGTGAATTGTGTGAATTTTATAATAATTNNNNNNNNNNNNNNNATCAGTTATTGATTTCGGGTAGCAAAACTACTAGTTACAGAGCGGATGTTGTACACAGCTTTAATGCTATACAGTCAACTTTTAACAGTCTTGAAGATGTGATTACAACTCTCAACTGTCTTGTACCAGAGAATAAACAGTCAAATTACCCTCTGGAAAGCTGGTACATTTTTTAGCTACTCAGTTAGATTCTTTAGAGCCCTCTAGCAGACGCTATTCAGTCTTAAGAGTATGGCTTCCGAAACTTCTCCTTATTAAAGAAAGAAATCCCGATGCAACATCTANGCTAACANAAGTGACAAATACTNTAATAACTTTTATTG]

[+] EMBL CD080954             [TGATAAATTAGTGATGTTTCGAATCCCAGTCAAACAAATTCCTTTAGATTTCAGCAAAGTTGGCACAGATGAAGTTATTAAAGATAATCTGAATTTTGTCAAACTACCGGAAAACAATTTAATCCCTAATTTCCTTTACAGTTTGGCAGTTGTTTTNNNNNNTTGGTTTCAACAATTAAAAAATACTTCTATTGAGATCCCTTCTGTGTTTAGTGGGTCGTCTGTTGGACTTGCTGTAGCTTCCTGTGCTATCGCAAATATATACAACGATGGCTCATCTATTAGTGAATTGTGTGAATTTTATAATAATTNNNNNNNNNNNNNNNATCAGTTATTGATTTCGGGTAGCAAAACTACTAGTTACAGAGCGGATGTTGTACACAGCTTTAATGCTATACAGTCAACTTTTAACAGTCTTGAAGATGTGATTACAACTCTCAACTGTCTTGTACCAGAGAATAAACAGTCAAATTACCCTCTGGAAAGCTGGTACATTTTTTAGCTACTCAGTTAGATTCTTTAGAGCCCTCTAGCAGACGCTATTCAGTCTTAAGAGTATGGCTTCCGAAACTTCTCCTTATTAAAGAAAGAAATCCCGATGCAACATCTANGCTAACANAAGTGACAAATACTNTAATAACTTTTATTG]




>consensus_4338#0
TGATAAATTAGTGATGTTTCGAATCCCAGTCAAACAAATTCCTTTAGATTTCAGCAAAGT
TGGCACAGATGAAGTTATTAAAGATAATCTGAATTTTGTCAAACTACCGGAAAACAATTT
AATCCCTAATTTCCTTTACAGTTTGGCAGTTGTTTTNNNNNNTTGGTTTCAACAATTAAA
AAATACTTCTATTGAGATCCCTTCTGTGTTTAGTGGGTCGTCTGTTGGACTTGCTGTAGC
TTCCTGTGCTATCGCAAATATATACAACGATGGCTCATCTATTAGTGAATTGTGTGAATT
TTATAATAATTNNNNNNNNNNNNNNNATCAGTTATTGATTTCGGGTAGCAAAACTACTAG
TTACAGAGCGGATGTTGTACACAGCTTTAATGCTATACAGTCAACTTTTAACAGTCTTGA
AGATGTGATTACAACTCTCAACTGTCTTGTACCAGAGAATAAACAGTCAAATTACCCTCT
GGAAAGCTGGTACATTTTTTAGCTACTCAGTTAGATTCTTTAGAGCCCTCTAGCAGACGC
TATTCAGTCTTAAGAGTATGGCTTCCGAAACTTCTCCTTATTAAAGAAAGAAATCCCGAT
GCAACATCTANGCTAACANAAGTGACAAATACTNTAATAACTTTTATTG

consensusID : consensus_4338#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 589
fasta sequence

                              [TCGAATCCCAGTCAAACAAATTCCTTTAGATTTCAGCAAAGTTGGCACAGATGATGTTATTAAAGATAATCTGAATTTTGTCAAACTACCGGAAAACAATTTAATCCCTAATTTCCTTTACAGTTTGGCAGTTGTTTTATCATTTTGGTTTCAACAATTAAAAAATACTTCTATTGAGATCCCTTCTGTGTTTAGTGGGTCGTCTGTTGGACTTGCTGTAGCTTCCTGTGCTATCGCAAATATATACAACGATGGCTCATCTATTAGTGAATTGTGTGAATTTTATAATAATTTAAGCACGATGCCCGATCAGTTATTGATTTCGGGTAGCAAAACTACTAGTTACAGAGCGGATGTTGTACACAGCTTTAATGCTATACAGTCAACTTTTAACAGTCTTGAAGATGTGATTACAACTCTCAACTGTCTTGTACCAGAGAATAAACAGTCAAATTACTTCACTTTTGCACAGCCTTGGATACTGTTTCCCTCTGGAAAGCTGGTACATTTTTTAGCTACTCAGTTAGATTCTNTAGAGCCCTCTAGCAGACGCTATTCAGTCTTAAGAGTATGGCTTTCCGAACTTCTC]

[+] EMBL CD190734             [TCGAATCCCAGTCAAACAAATTCCTTTAGATTTCAGCAAAGTTGGCACAGATGATGTTATTAAAGATAATCTGAATTTTGTCAAACTACCGGAAAACAATTTAATCCCTAATTTCCTTTACAGTTTGGCAGTTGTTTTATCATTTTGGTTTCAACAATTAAAAAATACTTCTATTGAGATCCCTTCTGTGTTTAGTGGGTCGTCTGTTGGACTTGCTGTAGCTTCCTGTGCTATCGCAAATATATACAACGATGGCTCATCTATTAGTGAATTGTGTGAATTTTATAATAATTTAAGCACGATGCCCGATCAGTTATTGATTTCGGGTAGCAAAACTACTAGTTACAGAGCGGATGTTGTACACAGCTTTAATGCTATACAGTCAACTTTTAACAGTCTTGAAGATGTGATTACAACTCTCAACTGTCTTGTACCAGAGAATAAACAGTCAAATTACTTCACTTTTGCACAGCCTTGGATACTGTTTCCCTCTGGAAAGCTGGTACATTTTTTAGCTACTCAGTTAGATTCTNTAGAGCCCTCTAGCAGACGCTATTCAGTCTTAAGAGTATGGCTTTCCGAACTTCTC]
[+] EMBL CD177720             [                                                                                                                                                                       CTTCTATTGAGATCCCTTCTGTGTTTAGTGGGTCGTCTGTTGGACTTGCTGTAGCTTCCTGTGCTATCGCAAATATATACAACGATGGCTCATCTATTAGTGAATTGTGTGAATTTTATAATAATTTAAGCACGATGCCCGATCAGTTATTGATTTCGGGTAGCAAAACTACTAGTTACAGAGCGGATGTTGTACACAGCTTTAATGCTATACAGTCAACTTTTAACAGTCTTGAAGATGTGATTACAACTCTCAACTGTCTTGTACCAGAG ATAAACAGTCAAA TACTT                                                                                                                                  ]




>consensus_4338#1
TCGAATCCCAGTCAAACAAATTCCTTTAGATTTCAGCAAAGTTGGCACAGATGATGTTAT
TAAAGATAATCTGAATTTTGTCAAACTACCGGAAAACAATTTAATCCCTAATTTCCTTTA
CAGTTTGGCAGTTGTTTTATCATTTTGGTTTCAACAATTAAAAAATACTTCTATTGAGAT
CCCTTCTGTGTTTAGTGGGTCGTCTGTTGGACTTGCTGTAGCTTCCTGTGCTATCGCAAA
TATATACAACGATGGCTCATCTATTAGTGAATTGTGTGAATTTTATAATAATTTAAGCAC
GATGCCCGATCAGTTATTGATTTCGGGTAGCAAAACTACTAGTTACAGAGCGGATGTTGT
ACACAGCTTTAATGCTATACAGTCAACTTTTAACAGTCTTGAAGATGTGATTACAACTCT
CAACTGTCTTGTACCAGAGAATAAACAGTCAAATTACTTCACTTTTGCACAGCCTTGGAT
ACTGTTTCCCTCTGGAAAGCTGGTACATTTTTTAGCTACTCAGTTAGATTCTNTAGAGCC
CTCTAGCAGACGCTATTCAGTCTTAAGAGTATGGCTTTCCGAACTTCTC

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_4338#0      TGATAAATTAGTGATGTTTCGAATCCCAGTCAAACAAATTCCTTTAGATTTCAGCAAAGT 60
consensus_4338#1      ------------------TCGAATCCCAGTCAAACAAATTCCTTTAGATTTCAGCAAAGT 42
                                        ******************************************

consensus_4338#0      TGGCACAGATGAAGTTATTAAAGATAATCTGAATTTTGTCAAACTACCGGAAAACAATTT 120
consensus_4338#1      TGGCACAGATGATGTTATTAAAGATAATCTGAATTTTGTCAAACTACCGGAAAACAATTT 102
                      ************ ***********************************************

consensus_4338#0      AATCCCTAATTTCCTTTACAGTTTGGCAGTTGTTTTNNNNNNTTGGTTTCAACAATTAAA 180
consensus_4338#1      AATCCCTAATTTCCTTTACAGTTTGGCAGTTGTTTTATCATTTTGGTTTCAACAATTAAA 162
                      ************************************      ******************

consensus_4338#0      AAATACTTCTATTGAGATCCCTTCTGTGTTTAGTGGGTCGTCTGTTGGACTTGCTGTAGC 240
consensus_4338#1      AAATACTTCTATTGAGATCCCTTCTGTGTTTAGTGGGTCGTCTGTTGGACTTGCTGTAGC 222
                      ************************************************************

consensus_4338#0      TTCCTGTGCTATCGCAAATATATACAACGATGGCTCATCTATTAGTGAATTGTGTGAATT 300
consensus_4338#1      TTCCTGTGCTATCGCAAATATATACAACGATGGCTCATCTATTAGTGAATTGTGTGAATT 282
                      ************************************************************

consensus_4338#0      TTATAATAATTNNNNNNNNNNNNNNNATCAGTTATTGATTTCGGGTAGCAAAACTACTAG 360
consensus_4338#1      TTATAATAATTTAAGCACGATGCCCGATCAGTTATTGATTTCGGGTAGCAAAACTACTAG 342
                      ***********               **********************************

consensus_4338#0      TTACAGAGCGGATGTTGTACACAGCTTTAATGCTATACAGTCAACTTTTAACAGTCTTGA 420
consensus_4338#1      TTACAGAGCGGATGTTGTACACAGCTTTAATGCTATACAGTCAACTTTTAACAGTCTTGA 402
                      ************************************************************

consensus_4338#0      AGATGTGATTACAACTCTCAACTGTCTTGTACCAGAGAATAAACAGTCAAATTAC----- 475
consensus_4338#1      AGATGTGATTACAACTCTCAACTGTCTTGTACCAGAGAATAAACAGTCAAATTACTTCAC 462
                      *******************************************************     

consensus_4338#0      --------------------------CCTCTGGAAAGCTGGTACATTTTTTAGCTACTCA 509
consensus_4338#1      TTTTGCACAGCCTTGGATACTGTTTCCCTCTGGAAAGCTGGTACATTTTTTAGCTACTCA 522
                                                **********************************

consensus_4338#0      GTTAGATTCTTTAGAGCCCTCTAGCAGACGCTATTCAGTCTTAAGAGTATGGCTTCCGAA 569
consensus_4338#1      GTTAGATTCTNTAGAGCCCTCTAGCAGACGCTATTCAGTCTTAAGAGTATGGCTTTCCGA 582
                      ********** ******************************************** *  *

consensus_4338#0      ACTTCTCCTTATTAAAGAAAGAAATCCCGATGCAACATCTANGCTAACANAAGTGACAAA 629
consensus_4338#1      ACTTCTC----------------------------------------------------- 589
                      *******                                                     

consensus_4338#0      TACTNTAATAACTTTTATTG 649
consensus_4338#1      --------------------