cluster # 4578

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Schistosoma mansoni
cluster # 4578 cluster # 4578 Sequences # 3 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_4578#0 length = 534 sequences # 2

consensus_4578#1 length = 498 sequences # 1

consensusID : consensus_4578#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 534
fasta sequence

                              [AACGATCATAATGTCATATAGTATGGATTAAAAGCTGGCTGTGTGTTTGAGTCATATGGTTGATAATTTGTAATTGTAGTAAGTCGAAACGATGACTTATTGAAGAGAGGGTATTTTGCGTTTATTTATCTGTTGATTTATGTAAACACACAGACAATGTTGTTGTTCAAATGTAAGCGACTCTCATCCAGACACTTGAGTATTTTCAACGTGCTGTCCTGCTCTCCACATATTTTCATGACTGTAAGTGTTTTGTTTTGTTAGTGTGACGTGATAATAAATTTGTTATACGTAAGTTGGTTGATGACAGATGTGTGATCCATATGTTAGTGGTGAGTATATCTGGTTGGCACGTANTGAGTGAATAAGAATAGTGGAAATACGATTTACAGGCCGGCAGACAAAGATGAGGATAGAATTATTGCATCAGATCCAGAGAGAATCTAACCTCAGTTGTTGACATTTTGGTGATAATGCTTGTTGTCGAAATAACACAAAATTTCTTTTATGAATCTCTTTTGAAGAGCTTGAGTT]

[+] EMBL CD090454             [AACGATCATAATGTCATATAGTATGGATTAAAAGCTGGCTGTGTGTTTGAGTCATATGGTTGATAATTTGTAATTGTAGTAAGTCGAAACGATGACTTATTGAAGAGAGGGTATTTTGCGTTTATTTATCTGTTGATTTATGTAAACACACAGACAATGTTGTTGTTCAAATGTAAGCGACTCTCATCCAGACACTTGAGTATTTTCAACGTGCTGTCCTGCTCTCCACATATTTTCATGACTGTAAGTGTTTTGTTTTGTTAGTGTGACGTGATAATAAATTTGTTATACGTAAGTTGGTTGATGACAGATGTGTGATCCATATGTTAGTGGTGAGTATATCTGGTTGGCACGTAN                                                                                                                                                                                 ]
[+] EMBL CD180934             [                                                                                                                                                                                                                                                            TTGTTTTGTTAGTGTGACGTGATAATAAATTTGTTATACGCAAGTTGGTTGATGACAGATGTGTGATCCATATGTTAGTGGTGAGTATATCTGGTTGGCACGTAGTGAGTGAATAAGAATAGTGGAAATACGATTTACAGGCCGGCAGACAAAGATGAGGATAGAATTATTGCATCAGATCCAGAGAGAATCTAACCTCAGTTGTTGACATTTTGGTGATAATGCTTGTTGTCGAAATAACACAAAATTTCTTTTATGAATCTCTTTTGAAGAGCTTGAGTT]




>consensus_4578#0
AACGATCATAATGTCATATAGTATGGATTAAAAGCTGGCTGTGTGTTTGAGTCATATGGT
TGATAATTTGTAATTGTAGTAAGTCGAAACGATGACTTATTGAAGAGAGGGTATTTTGCG
TTTATTTATCTGTTGATTTATGTAAACACACAGACAATGTTGTTGTTCAAATGTAAGCGA
CTCTCATCCAGACACTTGAGTATTTTCAACGTGCTGTCCTGCTCTCCACATATTTTCATG
ACTGTAAGTGTTTTGTTTTGTTAGTGTGACGTGATAATAAATTTGTTATACGTAAGTTGG
TTGATGACAGATGTGTGATCCATATGTTAGTGGTGAGTATATCTGGTTGGCACGTANTGA
GTGAATAAGAATAGTGGAAATACGATTTACAGGCCGGCAGACAAAGATGAGGATAGAATT
ATTGCATCAGATCCAGAGAGAATCTAACCTCAGTTGTTGACATTTTGGTGATAATGCTTG
TTGTCGAAATAACACAAAATTTCTTTTATGAATCTCTTTTGAAGAGCTTGAGTT

consensusID : consensus_4578#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 498
fasta sequence

                              [TATATTTGTATTTGTATTTGTATTTGTATGTATATTTATATATCTATATATATGTAGCTAATGTGTGTGGATAAATTCGATATTATTGCGAGTGTTGTTTGACATTACATTACTAATTAGTACTACTGAGGATATAGTGAGAAAAGCGTTTACACTGTAAGTGTTTTGTTTTGTTAGTGTGACGTGATAATAAATTTGTTATACGTAAGTTGGTTGATGACAGATGTGTGATCCATATGTTAGTGGTGAGTATATCTGGTTGGCACGTAGTGAGTGAATAAGAATAGTGGAATTGATGATATATAAGCTATTGCTGGTAGGTAATGGTATAAGTAATCAAATGGTTTTTCTGATTTATCTTTGACTTCGTCTTTGTGCCTGTTAACTTTAATGGTATTGGTAACGATCATAATGTCATATAGTATGGATTAAAAGCCGGCTGTGTGTTTGAGTCATATGGTTGATAATTTGTAATTGTAGTAAGTCGAAACGATGACT]

[-] EMBL CD202730             [TATATTTGTATTTGTATTTGTATTTGTATGTATATTTATATATCTATATATATGTAGCTAATGTGTGTGGATAAATTCGATATTATTGCGAGTGTTGTTTGACATTACATTACTAATTAGTACTACTGAGGATATAGTGAGAAAAGCGTTTACACTGTAAGTGTTTTGTTTTGTTAGTGTGACGTGATAATAAATTTGTTATACGTAAGTTGGTTGATGACAGATGTGTGATCCATATGTTAGTGGTGAGTATATCTGGTTGGCACGTAGTGAGTGAATAAGAATAGTGGAATTGATGATATATAAGCTATTGCTGGTAGGTAATGGTATAAGTAATCAAATGGTTTTTCTGATTTATCTTTGACTTCGTCTTTGTGCCTGTTAACTTTAATGGTATTGGTAACGATCATAATGTCATATAGTATGGATTAAAAGCCGGCTGTGTGTTTGAGTCATATGGTTGATAATTTGTAATTGTAGTAAGTCGAAACGATGACT]




>consensus_4578#1
TATATTTGTATTTGTATTTGTATTTGTATGTATATTTATATATCTATATATATGTAGCTA
ATGTGTGTGGATAAATTCGATATTATTGCGAGTGTTGTTTGACATTACATTACTAATTAG
TACTACTGAGGATATAGTGAGAAAAGCGTTTACACTGTAAGTGTTTTGTTTTGTTAGTGT
GACGTGATAATAAATTTGTTATACGTAAGTTGGTTGATGACAGATGTGTGATCCATATGT
TAGTGGTGAGTATATCTGGTTGGCACGTAGTGAGTGAATAAGAATAGTGGAATTGATGAT
ATATAAGCTATTGCTGGTAGGTAATGGTATAAGTAATCAAATGGTTTTTCTGATTTATCT
TTGACTTCGTCTTTGTGCCTGTTAACTTTAATGGTATTGGTAACGATCATAATGTCATAT
AGTATGGATTAAAAGCCGGCTGTGTGTTTGAGTCATATGGTTGATAATTTGTAATTGTAG
TAAGTCGAAACGATGACT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_4578#0      AACGATCATAATGTCATATAGTATGGATTAAAAGCTGGCTGTGTGTTTGAGTCATATGGT 60
consensus_4578#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4578#0      TGATAATTTGTAATTGTAGTAAGTCGAAACGATGACTTATTGAAGAGAGGGTATTT-TGC 119
consensus_4578#1      -------------------TATATTTGTATTTGTATTTGTATTTGTATGTATATTTATAT 41
                                         **  *    *     * ** *    *   *  ***** *  

consensus_4578#0      GTTTATTTATCTGTTGATT-TATGTAAACACACAGACAATGTTGTTGTTCAAATGTAAGC 178
consensus_4578#1      ATCTATATATATGTAGCTAATGTGTGTGGATAAATTCGATATTATTG--CGAGTGTTGTT 99
                       * *** *** *** * *  * ***    * * *  * ** ** ***  * * ***    

consensus_4578#0      GACTCTCATCCAGACACTTGAGTATTTTCAACGTGCTGTCCTGCTCTCCACATATTTTCA 238
consensus_4578#1      TGACATTACATTACTAATT-AGTACTACTGAGGATATAGTGAG------AAAAGCGTTTA 152
                           * *       * ** **** *    * *   *     *      * *    ** *

consensus_4578#0      TGACTGTAAGTGTTTTGTTTTGTTAGTGTGACGTGATAATAAATTTGTTATACGTAAGTT 298
consensus_4578#1      C-ACTGTAAGTGTTTTGTTTTGTTAGTGTGACGTGATAATAAATTTGTTATACGTAAGTT 211
                        **********************************************************

consensus_4578#0      GGTTGATGACAGATGTGTGATCCATATGTTAGTGGTGAGTATATCTGGTTGGCACGTANT 358
consensus_4578#1      GGTTGATGACAGATGTGTGATCCATATGTTAGTGGTGAGTATATCTGGTTGGCACGTAGT 271
                      ********************************************************** *

consensus_4578#0      GAGTGAATAAGAATAGTGGAAAT-ACGATTTACAGGCC------GGCAGACAAAGATGAG 411
consensus_4578#1      GAGTGAATAAGAATAGTGGAATTGATGATATATAAGCTATTGCTGGTAGGTAATGGTATA 331
                      ********************* * * *** ** * **       ** **  ** * *   

consensus_4578#0      GATAG--AATTATTGCATCAGATCCAGAGAGAATCTAACCTCAGTTGTTGACA-TTTTGG 468
consensus_4578#1      AGTAATCAAATGGTTTTTCTGATTTATCTTTGACTTCGTCTTTGTGCCTGTTAACTTTAA 391
                        **   ** *  *   ** ***  *      *  *   **  **   **  *  ***  

consensus_4578#0      TGATAATGCTTGTTGTCGAAATAACACAAAATTTCTTTTATGAATCTCTTTTGAAGAGCT 528
consensus_4578#1      TGGTATTGGTAACGATCATAATGTCATATAGTATGGATTAAAAGCCGGCTGTGT---GTT 448
                      ** ** ** *     **  ***  ** * * * *   ***  *  *   * **    * *

consensus_4578#0      TGAGTT-------------------------------------------- 534
consensus_4578#1      TGAGTCATATGGTTGATAATTTGTAATTGTAGTAAGTCGAAACGATGACT 498
                      *****